自然的观点:预印本革命的下一个目标是什么

主持人:尼克·佩特里克·豪

欢迎来到自然的Take，是来自自然．多年来，我们经常收到要求我们深入研究主题的请求——换句话说，对与你有关的科学主题进行分析。我们听说了，这就是我们想做的自然的年代。在每一集里，我们都会介绍一些自然在一个房间里讨论一个大话题，看看讨论会把我们引向何方。在第一集里，我们讨论的是预印本。现在，这些未经同行评议的开放获取文章在大流行期间变得更加常见——有时是好有时是坏。自然As well在我们的报道中越来越多地使用它们，这甚至导致人们发邮件批评我们对它们的使用。无论如何，它们已经成为科学出版不可或缺的一部分，但它们当然有其优点和缺点。为了深入了解这一点，我在这里召集了三位来自不同领域的知识渊博的嘉宾自然．首先，我抓到埃山·马苏德自然的社论编辑器。

伊桑·马苏德

嘿,你好,尼克。

主持人:尼克·佩特里克·豪

接下来是播客里熟悉的莉齐·吉布尼。

丽齐吉

大家好，我是Lizzie，我写关于物理的文章自然．

主持人:尼克·佩特里克·豪

最后但同样重要的是，手稿编辑和免疫学家佐尔坦·费荷瓦里。

Zoltan Fehervari

你好,尼克。谢谢你邀请我。

主持人:尼克·佩特里克·豪

当然，我是主持人尼克·佩特里克·豪。谢谢大家来参加我的新节目做我的小白鼠。现在，正如我提到的，预印本在疫情期间有一点激增，但这并不是什么新鲜事。例如，在物理学中，它们已经存在很长时间了。

丽齐吉

是的，我想是从1991年就有了。我确实查过，因为我以为只是永远。但事实证明，那是很久以前的事了。它们长了很多。所以，我认为它在很长一段时间内是相当稳定的，然后它就冲破了屋顶。我想说大多数物理学家可能会在arXiv所以，在我们的领域，这是非常非常普遍的。但我知道这在其他领域并不常见。

主持人:尼克·佩特里克·豪

和arXiv当你这么说的时候，那是这些预印本的主要仓库。

丽齐吉

是的,没错。这是巨大的。现在那里大约有200万份论文。当然，在物理学，数学和计算机科学中，它是很多年前开始的，它是非常标准的。但从那以后，我们几乎每个学科都有了新的存储库。我想说，这真的正在成为主流。

主持人:尼克·佩特里克·豪

你认为它发生了怎样的变化?

伊桑·马苏德

我的意思是，我确实发现的是，最初几乎有一种预期预印本实际上可能会在很大程度上改变科学出版，部分原因是现在的设施让社区能够发表他们想要做的，然后有这种即时的后口袋访问所有的顶级专家快速潜入并帮助他们的发现。然后，当然，这可能会导致其他的事情。我不知道这在多大程度上可能发生或不可能发生。但我认为，就我们作为科学编辑和科学记者的工作方式而言，它已经改变了很多事情。

丽齐吉

我认为现在的谨慎程度比以前少了很多。当然，作为一名记者，我记得当我第一次来这里的时候大概是9年前，我想，我们需要一种特殊的许可来写一些来自arXiv你可以理解——它没有经过同行评审。但现在，很明显，我们非常清楚我们所报道的论文没有经过同行评审。但我们不需要在任何地方得到一个特殊的勾框来让我们这样做。这只是标准。

主持人:尼克·佩特里克·豪

佐尔坦，作为一个从作者那里接收论文的人，试图把他们的作品发表出来，预印本是如何改变你的工作流程的，或者他们改变了吗?

Zoltan Fehervari

所以，从生物学的角度来说，不管出于什么原因，生物学家对使用预印本一直保持沉默。相当于arXiv是biorXiv对于生物科学，当然还有，medRxiv同样，它们出现在2013年。所以，它们已经存在了一段时间，它们已经出现在我们的视野中有一段时间了，但说实话，我知道很少有人会使用它们，仅仅是出于趣闻。COVID基本上改变了一切，因为许多发行商，比如我们，基本上是要求所有COVID的内容都需要在那里发布。我认为，这自然降低了从事与covid不一定相关的其他生物学领域工作的人的门槛，让他们也开始把自己的东西放在上面biorXiv或medRxiv．说到它如何改变了我的工作，如果我说我经常使用它，那就是在撒谎。如果我有时间-如果我有时间去看提交给我们的论文我很幸运，但如果我有时间，我偶尔会去看一下，但这是一个沼泽般的东西，从某种程度上来说，这是你开始的地方。假设有一篇论文被提交给自然．假设作者对他们的论文提出了一些非常宏大和大胆的主张——我敢说这个表达是“范式转变”，等等等等，“这将改变我们所知道的科学的面貌”之类的。我说，‘好吧，让我们看一眼biorXiv或medRxiv，看看它是否在那里，看看社区是否有很多参与。所以，我会继续，你可以评论它，你可以看到下载的数量，你可以得到所有的指标统计，等等。所以，偶尔，如果我在网上看到一篇论文，它做得很好，得到了很多关注，那么我就会想，嗯，也许里面有什么东西。

主持人:尼克·佩特里克·豪

我们应该在这里说，虽然一般来说生物学家提交预印本的数量肯定比物理学家要少得多，但生物学中的一些领域在预印本服务器上非常活跃，而且已经有一段时间了。因此，一如既往，没有一种方法适用于所有人。但再笼统地想一下，你提到的一件事就是预印本的预同行评议，在那里你可以看到科学家在发表之前的想法。所以，这可以看作是一种积极的态度。预印本的其他优点是什么?

伊桑·马苏德

我认为，特别是如果你可能是那种被认为是中级或中级经验的研究员，所以你不是很有经验，也许你不是真正的早期职业生涯，所以这是一个很好的地方。我的意思是，通常，在发表之前，你会把你的材料发送给智囊团，只是为了在提交之前对其他人的想法有一点感觉。所以，从这个意义上来说，它真的很有帮助，你会发现一些你当时想不到的人。所以，我认为这无疑是一个很大的优势。

主持人:尼克·佩特里克·豪

莉兹，我想在物理上，戴上它基本上是做的事arXiv第一。那么，自20世纪90年代以来，人们看到了哪些积极的方面呢?

丽齐吉

你可以提出索赔。所以，如果有什么发现，你把它放在arXiv那么你就是第一个成功的人。通常有很多不同的团队都在朝着同样的发现努力。这也有利于反驳或挑战发现。人们可能还记得几年前BICEP2的发现——或者他们当时认为这是一个发现——这种扭曲的光揭示了早期宇宙的引力波。结果他们看到的其实是天空中的尘埃图案。这在媒体上是一个巨大的公告，在所有地方自然当然，也一样——很快，我想，在几个星期之内，论文不断地说这个发现是不真实的。那是通过arXiv．它能够如此迅速地做出反应，人们能够把他们的发现公布出来。所以，我认为这种快速反应也很有好处。

主持人:尼克·佩特里克·豪

而且，这种快速反应，当这种情况第一次发生时，世界各国政府都急切地试图获得有关COVID的任何信息，但这也不是没有危险。你们可能都对伊维菌素丑闻很熟悉。这些是预印本，基本上是病毒式传播的，这类信息并不准确，结果是，在世界上传播开来。我想，我只是想知道这些预印本的其他风险是什么?

伊桑·马苏德

所以，我知道，在某种意义上，我们在讨论预印本。但在某种程度上，政府或实验室可以在正式的同行评议发表之前发布其发现的想法，以其自己的方式可能从0年就存在了。我认为有趣的是，大流行与这种超病毒技术能力相吻合，这种技术能力可以快速移动事物。但即使我们把以前的传染病爆发的时间提前到现在，政策制定者、媒体和其他方面都有要求，需要快速的信息。因此，研究人员不得不寻找其他途径来获取这些信息。我想这只是规模的不同。规模太大了。所以，从这个意义上说，这种现象，我想说，可能并不是100%新的。

丽齐吉

这让记者承担了很多责任，我们可以接受。我们与研究界有着非常密切的联系，我意识到，如果我写了一篇预印本论文，那么在我写之前，我基本上是在做自己的同行评审。但在伊维菌素的例子中，以及世界各地的许多出版物中，这并没有发生。所以，预印本的一个很大的风险是，一些出版物，一些新闻媒体，不区分预印本和已发表的论文。

Zoltan Fehervari

这正是我要问你们的问题。我认为情况确实有所好转，但我确实注意到，当然是在大流行的早期，我会读一些东西，我想，‘这有点有趣。然后我开始找那张纸PubMed，或者其他什么东西去找，但是找不到。原来这只是从预印本上报道的。大多数新闻媒体现在已经在这方面做得更好了，他们会把它标记出来，在上面打上小星号，他们会说预印本意味着什么，它没有经过同行评审。我觉得在早期，这有点像西部蛮荒的东西。事实上,英国广播公司报道了一篇我正在审查的文章，但它是预印本，而且没有说它是预印本。我当时以为和我们一起发表论文的那个人，和我们一起审阅论文的那个人，被另一个实验室抢去了，因为我当时想，‘天哪，这些东西英国广播公司谈论的东西听起来和我们在同行评议中得到的东西一模一样，”我真的很担心。瞧，我发现它是开着的biorXiv,但英国广播公司报道了它，却没说它是预印本。

主持人:尼克·佩特里克·豪

在大流行期间，这是一个很常见的故事，对吧，尤其是因为，我想Ehsan之前说过，很多出版商决定开始要求数据和研究以预印本的形式发布，即使是提交给期刊出版，包括自然．

Zoltan Fehervari

所以，当大流行丑恶的抬头时，我们意识到，这是一个具有全球重要性的问题。作为发行商，我们的责任是尽快传播我们所获得的任何信息，而不是在付费墙和同行评审中拖延内容，因为这可能需要花费好几个月的时间。所以，我们非常支持。

伊桑·马苏德

这也是对这一领域中几乎所有人都需要快速发布信息这一事实的回应，这是我们的认可，我想也是几乎所有其他发行商的认可，即我们需要顺应这一流程并理解这是一种正在发生的行为现象，我们需要认识到它，欣赏它，接受它，并与之合作。

丽齐吉

因为研究人员本身正以惊人的速度工作，不是吗?所以，在向世界传播的过程中加入一些东西来减缓这个系统的速度似乎很疯狂。但我认为自然已经搁置预印本有一段时间了，但人们并不知道。我想很多时候，当我们写预印本的时候，人们有时会担心他们不能在某个地方发表他们的论文，比如自然．但事实并非如此。

主持人:尼克·佩特里克·豪

所以,自然是预印本，就像你说的，但是佐尔坦之前说过的关于阅读英国广播公司我们并不一定知道这是预印本，而不是传统的纸张，这让我想知道，我们怎样才能最好地与我们的观众进行交流?例如，在播客中，我们会说，“这还没有经过同行评审，”我认为这可能意味着自然观众。但更一般地说，如何最好地传达预印本是不同的东西?

丽齐吉

我想，就像你说的，对于我们的观众来说，他们可能知道什么是同行评议。但对很多人来说，我认为，我希望，同行评议，只是意味着一种橡皮图章，表明这已经被其他科学家审查过了。我想很多人都明白这个道理。事实上，另一方面，我认为有些人并不太相信它。很多人认为，如果它经过同行评审，就可以了。这意味着它是百分之百正确的。社区里没有分歧。实际上，如果你看一下这些评论，我们和其他人现在都公开了，你会发现这些评论比这篇论文的大金星要微妙得多，这都是正确的。所以，是的，我认为人们可能不太明白预印本和出版论文之间的区别。但实际上，两者的区别，可能会引起争议，并没有一些人想的那么大。

Zoltan Fehervari

我认为值得补充的是，这并不等同于一些键盘战士在他们的地下室敲掉了什么东西。事实上，在预印本上，有一个层次的策划和节制在继续。也，其他作者arXiv我得给你签字，说这家伙是合法的。

丽齐吉

有版主。

Zoltan Fehervari

他们不完全是笨蛋。类似的工作在medRxiv而且biorXiv．即使是预印本也要进行质量检查。

主持人:尼克·佩特里克·豪

因此，想想伊维菌素和其他发生在预印本上的事情，它们有些出错，这些类型的文章是否有可能损害对科学的信任?

丽齐吉

是的，我认为可能有，因为人们显然不理解预印本和出版论文之间的完全区别。但与此同时，有很多情况下，它是一个大的井喷出版自然这是一个巨大的发现，但它最终被证明不是真的，这是通过同行评议得出的结论。所以，这确实发生了，我认为，在某种程度上，这损害了人们对科学的看法和对科学的信任。但我们真正需要做的是这样一种想法:科学并不是像人们经常描述的那样，是一种一成不变的过程。这是一项不断进行的工作，我们从来都不太确定。这都是不确定性的问题。所以，在一个理想的世界里，我们会帮助你，在你写的任何文章中，无论是关于预印本的，还是关于出版物的，我们会帮助你传递信息，展示科学的真实面目，而不是这种童话版本。

伊桑·马苏德

我认为我们能做的更多的是扩展这个想法我们总是试图接近真相，我们经常得到它，但这是一个过程。这是一个过程。我们在路上了。预印本是其中的一部分。我不认为，目前，预印本是用那种方式进行交流的，我认为说那是，是的，那就是它的所在有点牵强。但我认为，如果我们能以某种方式做到这一点，如果叙事可以改变，我认为那将是非常强大的。

主持人:尼克·佩特里克·豪

是的，另外一件事，我在想预印本，特别是在大流行期间，有太多的预印本，很难发现什么是好的，什么是坏的。有时你可能会说，‘哦，它在这本日记里，我相信这本日记。之类的话。要把它们全部筛选出来，从谷壳中挑出精华，有多难?

丽齐吉

真的，真的很难。我倾向于，我的意思是，如果有一个实验室在某一特定领域有良好的历史，你显然更有可能相信这个实验室的结果，这是一种方式。总的来说，在筛选这个庞大的数字方面，我已经设置了大量的提醒。所以，我发现它真正有用的是，假设你听说了一个实验，也许你得到了一个新闻通稿说有一个实验，他们有一个非常大的目标听起来很遥远，但难以置信。然后你输入所有的关键词，设置你的搜索，然后当他们最终完成搜索时，你就会被ping到。这就是我的做法，就是把它作为一种资源来做我已经有点期待看到的事情，你在等待，然后你可以先去到那里。因为当然，挖别人的消息不只是科学家的事，记者也有。但是，是的，如果你只是-我很少有这样安静的日子-但我以前去过arXiv然后说，‘哦，今天有什么，’我可以告诉你，你的政策不会走得太远。

主持人:尼克·佩特里克·豪

另一方面，我想，科学界一直在推动开放获取，提高透明度。这是朝着那个方向迈出的一步吗?

Zoltan Fehervari

我想说，在某种程度上是这样的，尽管，正如我所说，它还没有被完全接受，特别是在生物科学中。

丽齐吉

我认为这可能是最简单的方法，因为你已经写了这篇论文，它没有任何输入，你可以把它放在存储库中，你遵守了开放获取的要求。它的美妙之处在于你有了另一个版本最终发表在期刊上，你可以看到它的增值和在整个过程中发生的变化，你可以避免所有的障碍和事情为了使你的论文开放存取，你可以把你的原始论文放在一个存储库中。所以，我认为从这个角度来说，推动开放获取肯定是有帮助的。

伊桑·马苏德

显然，开放获取即将到来。这取决于我们在世界的哪个部分，什么学科，什么期刊，但势头显然是存在的。我想，就预印本的吸收而言，来自不同学科群体或不同学科，我确实想知道——我很想知道，Lizzie和Zoltan，你们是怎么想的——我确实想知道这在多大程度上反映了学院合作和竞争力的水平。

Zoltan Fehervari

物理学家在这方面是一个特殊的群体在这方面，事实上。

丽齐吉

但也不总是合作，对吧?就像我说的，这通常是你的主张。它实际上是在说，别人写的这篇论文完全是垃圾。

伊桑·马苏德

也许，特别是当你在某个领域相对较新的时候，你还没有名气，没有名气，但你确实想要确保，这有点像把IP装在信封里。

丽齐吉

我的意思是，它有潜力成为真正的民主化，不是吗?你不需要背后有什么大实验室的名字。你不需要成为一个大教授，我们想说的是，这并不是你在一个大期刊上发表论文的原因，但为了达到这个目标，有很多微妙的因素相互作用，你在科学方面的人脉发挥了巨大的作用。理论上，你可以把你的论文，它可能是开创性的，你把它放在预印本服务器上，这就是它被发布的方式。

Zoltan Fehervari

这在过去发生过，对吧?Grigori Perelman是一个著名的案例。这是一个很有名的故事。Poincaré猜想，有个叫Grigori Perelman的人，听起来并不古怪，他解决了这个猜想，并给出了证明arXiv他对发表在任何官方杂志上都不感兴趣，只是说，‘看，它开始了arXiv．它的存在。你想怎么做就怎么做。“我认为数学可能是一个特例，因为你不需要技术，你不需要很多钱来证明什么。你可以根据他的证明来判断它是否正确。所以，这本书从未出版过。它仅仅存在于arXiv．他们向他提供菲尔兹奖和其他千年奖，他拒绝了，因为他是，我说过，一个古怪的家伙。但这表明，对于某些人，在某些领域，你实际上不需要走完整的出版路线arXiv可能就足够了。这在生物学或分子生物学或一些基于实验室的科学中是行不通的。那是永远洗不掉的，真的，我不这么认为。但对于数学来说，这似乎是非常可行的。

主持人:尼克·佩特里克·豪

我的意思是，抛出一个非常有争议的问题，我们需要日记之类的东西吗?我们能把所有东西都放在arXiv然后科学就对所有人开放了?

伊桑·马苏德

我的意思是，在开放获取出版的基础上，这是其中的一个目标，而且它仍然是社区的一个分支的目标之一。

Zoltan Fehervari

我不会像火鸡一样投票支持圣诞节，所以我确实认为我们仍然需要日记。我知道是谁开始的arXivPaul Ginsberg，我想他建议这是一种绕过整个标准出版路线的方法，我们就这么做了arXiv就是这样。

丽齐吉

是的，我是说arXiv已经存在了很长时间，但物理学期刊仍然存在，所以很明显那里发生了一些事情。我想说，作为一个非专家阅读了大量论文的人，你可以判断出它什么时候编辑得很好，什么时候发表在期刊上。因为，当你在写预印本的时候，你是在直接给你的同行写信。你可能是在给你的竞争对手写信，所以它非常具体，你写的内容和你推销的水平，这与期刊出版物非常非常不同。

Zoltan Fehervari

丽兹，你让我觉得自己是个好编辑。所以，当你读预印本的时候——只是为了记录澄清一下——你会说读最终出版的版本要容易得多，比如说，in自然，而不是预印本。那么，你认为同行评议和编辑互动这一步确实能改善稿件吗?

丽齐吉

是的,当然。

Zoltan Fehervari

很高兴知道这一点。我认为有必要重复一遍。

丽齐吉

越是一般的日志，情况就越是如此。如果是在特定的天文学期刊上，那么可能不会有太大的变化。但如果它要发表在自然那么整个想法就是任何其他的科学家都需要能够阅读它，所以，是的，它通常需要相当大的修改。

主持人:尼克·佩特里克·豪

我不确定我是否能看懂所有的物理论文自然我同意你的观点。

丽齐吉

你在说什么，尼克?

主持人:尼克·佩特里克·豪

那么，作为记者或编辑，你会不会对预印本更加谨慎呢?

丽齐吉

我会做自己版本的同行评议。我会看看他们在论文中引用的是谁，特别是如果那些引用的是过去与他们意见相左的论文。我会去找他们的作者，然后说，嘿，事实上它已经在预印本服务器上了，这意味着你可以广泛地分享它，问你想问多少人对它的看法，他们有多少时间，他们想要仔细阅读它。所以，我要非常小心，因为我自己当然不能看着它说，‘哦，嘿，他们显然篡改了数据’或其他什么。我不是那方面的专家。但你要试着把它发给那些知道的人。

伊桑·马苏德

我只会说，让我们想象一下，我现在要做一个预测。当然，记者在做预测时，我们总是会出错，但这很有趣。所以，如果我们想象一个世界，比方说50年或100年后，没有期刊，有某种系统，出版是完全民主化的，一个非常扁平的结构，我仍然认为在这个系统中，需要出现一些东西，我不会称之为等级，而是某种验证或某种知道我应该读什么书的方法。我为什么要读这个?因为，莉兹，就像你说的，有可能会被这些材料淹没。

丽齐吉

有太多的。

伊桑·马苏德

所以，即使我们没有现在的期刊出版系统它们都因为某种原因消失了，我认为还是需要出现一种分类系统或某种鼓励我们或解释你需要读什么，这是我们的建议，这是我们认为你应该读什么，那种编辑策划。所以，也许它会回来，它可能是一个不同于现有的商业模式，但原则，我认为，可能仍然在那里。所以，预测是危险的。

主持人:尼克·佩特里克·豪

嗯,预测了。考虑到这一点，我们认为预印本的未来会是怎样的?在大流行期间，它们明显大幅增长。这种情况会减弱吗?会发生什么?

Zoltan Fehervari

我的意思是，我认为很明显，发表与covid相关的东西的速度正在放缓。我的意思是，这完全是前所未有的。我的意思是，直到最近，艾滋病都是世界上被研究最多的疾病。我认为，就有关它的出版物数量而言，它很快就会被新冠病毒超越。是的，艾滋病已经存在40年了。新冠病毒已经存在两年半了。这是一个非常奇怪的倒置设置。不过，我确实认为它改变了现状，所以我确实认为人们会越来越多地接触预印本。所以，人们愿意提交预印本的门槛肯定降低了。所以，我认为它们会一直存在下去。 And we’ve just talked about a couple of them at the moment, but there are dozens and dozens of preprints catering to every single little niche area and a few other big ones as well. So, I think they’re to stay and they’ll grow, as long as they get funded, right? Because they’re not. You kind of assume they just go on in the background, but actually, I was reading somewhere it costs about US$1 million to run every year, US$1 million to keeparXiv正在进行，这只是在志愿者身上免费工作。所有的版主都是免费的。但是所有的开销，维护服务器等等，肯定是很贵的。

主持人:尼克·佩特里克·豪

这是一个非常有趣的讨论，但我想我们的时间可能就到此为止了。自然的Take将回归，我们的下一个话题是乌克兰持续的冲突，以及科学在其中的作用。但现在，我能说的只有谢谢大家的加入。

伊桑·马苏德

谢谢你！

Zoltan Fehervari

非常感谢。

丽齐吉

谢谢你,尼克。这是我的荣幸。我学到了很多。

主持人:尼克·佩特里克·豪

谢谢大家。我一直是尼克·佩特里克·豪。下期见。