公共存储库是在辩论中使用的数据后暂停19作者。杰基Niam / iStock /盖蒂
3月20日,一个国际研究小组发布了一个引人注目的在线报告1描述基因数据中发现拭子从市场在武汉,中国已经与COVID-19流行的起源有关。数据收集到一个单独的团队在中国和托管在一个主要的在线数据库,全球共享禽流感数据项目(GISAID)。小时后,GISAID暂时吊销作者的访问。
GISAID说,该报告的作者,Zenodo在线平台发布,没有做足够的保护的利益团队——“数据生成器”——在中国,因此违反了规则。
Zenodo报告的作者——一个国际科学家小组开展19,其中许多人发表了论文的起源SARS-CoV-2——否认这一点,说他们在中国曾试图与团队协作,并指出他们的新报告承认团队。
”我觉得我们被惩罚而遵守这封信和规则的精神,”乔尔·韦特海姆说,分子流行病学家加州大学圣地亚哥分校和Zenodo报告的合著者,指GISAID的规则。“这是令人沮丧的。”
GISAID在24小时内恢复Zenodo作者的访问。一位发言人告诉自然数据中心正在审查这一情况,并授予作者访问,调查仍在继续。
事件引发了一场辩论的研究社区如何以及何时传播研究中基于数据在线存储库——尤其是当他们与高度紧张的大流行的起源的问题。
GISAID,一个非盈利的公私合作伙伴关系,是一个有关病毒基因组信息的主要传播者。“这是一个至关重要的资源,为我们的工作,”Spyros Lytras说,进化的格拉斯哥大学的病毒学家,英国并没有参与任何分析。
超过1500万提交来自几乎世界上每一个国家,它是最大的SARS-CoV-2基因组数据库“相当保证金”,说Karthik Gangavarapu,计算生物学家加州大学洛杉矶的一个合作者简要地拒之门外。“如果你想分析COVID-19从全球的角度看,然后你想使用数据从GISAID,“Gangavarapu说。
浣熊的狗
Zenodo报告——没有同行评审——指向浣熊犬(Nyctereutes procyonoides)和其他动物物种尽可能SARS-CoV-2溢出到人类的来源。
相同的数据分析报告中已经形成了一个预印本的基础2贴在研究广场在2022年2月由中国疾病控制和预防中心的研究人员在北京(中国疾病预防控制中心),生成的数据。2023年3月,Zenodo报告的合著者注意到,数据被公开GISAID和下载它们,然后将数据从公众视野中消失后,请求从数据生成器。
GISAID的规则要求研究人员与数据生成器充分努力协作,涉及发电机的分析。
在3月21日发表公开声明,GISAID说,它已经达到了中国疾病预防控制中心和建立Zenodo报告的作者没有满足这个需求,并传达“只有他们的意图来发布数据生成器的数据”。
GISAID Zenodo报告的作者还说,有中国疾病预防控制中心“挖”的作者在Zenodo发布他们的分析之前,中国疾病预防控制中心组织的工作是在同行评审的杂志上发表。发言人GISAID告知自然中国疾病预防控制中心提交的投诉,声称中国研究人员要求Zenodo报告作者“推迟”出版,因为他们“有手稿待定,在更新一些数据他们提交的请求审查员”。中国疾病预防控制中心(标记为“审查”预印本目前自然组合;自然新闻团队独立于它的出版商,施普林格自然,自然组合期刊出版)。
中国疾病预防控制中心的研究人员联系自然没有回复记者的置评请求。
国际研究小组的成员否认这些指控。在他们的报告和电子邮件发送到GISAID代表所有作者Michael Worobey,亚利桑那大学的进化生物学家,图森,他们说,他们多次试图与数据生成器拒绝合作。中国疾病预防控制中心组织承认团队在分析。
韦特海姆说,这一事实预印本已经网上保护中国疾病预防控制中心的研究人员被挖。和Zenodo报告,作者明确状态,他们尊重中国疾病预防控制中心的研究人员的权利是第一个发布他们的数据和同行评议的论文不打算提交他们的报告进行审查,这将与这一过程。
Zenodo作者在他们的报告中也指出,已经过去三年多的收集数据,这是至关重要的对大流行的起源的理解。
火花的讨论
Zenodo报告的争论引发了讨论更广泛的研究团体。提前发布一份报告的数据所有者的工作发表在杂志,Zenodo研究者可以阻止数据生成器共享信息,由于害怕被挖,古斯塔沃·帕拉西奥斯说,伊坎的病毒学家在西奈山医学院,纽约。这可能会损害未来应对流行病,他说。
但事实上,一个描述数据已经公布的预印本保护数据提供者,其他研究人员说。使用预印本的流行开创了一个先例为数据和分析获得信贷,谢尔盖说池塘,一个计算费城坦普尔大学的进化生物学家,宾夕法尼亚州。“只要你把预印本,股份你声称这些都是您的数据,”他说。
Senjuti萨哈、分子微生物学家儿童健康研究基金会在达卡,问题需要紧急的Zenodo作者:她说人们的生活不依赖于数据在这个时间,因此没有必要急于进行分析。
数据的相关性大流行的起源”并不是一个足够好的理由破坏极其有益的公开数据的企业,完全是依赖的善意数据生产者和用户数据的良好行为”,达伦·马丁说,开普敦大学计算生物学家,南非。
但是而不是试图挖中国疾病预防控制中心工作,其他人认为Zenodo报告是被广泛接受的和有益的科学讨论,应该从预印本接踵而来。“别人可以开始分析数据和数据的可以写他们的解释。他们可以引用原来的人员,让他们产生这些数据的功劳,“西奥桑德森说,弗朗西斯·克里克研究所的遗传学家在伦敦,他强调他的观点不代表他的机构。
缺乏透明度
一些研究人员还说,有一个缺乏清晰GISAID的数据访问规则和他们是如何执行,而且,鉴于GISAID科学研究的重要性、清晰是至关重要的。
规则不明确说任何关于挖,不提供明确的定义需要“最佳努力协作”,不指定期限要求请求合作结束时,不要说一群是否发布使用GISAID数据如果数据生产者减少或不反应,研究人员说自然说话。
更清晰的从GISAID的情况下访问GISAID数据能够撤销防止人员无意中违反规则,Gangavarapu说。
GISAID表示,预计用户应用“常识”,寻求澄清时直接确定的规则。它说它不显式地引用“挖”的使用条款由于短语的广泛的解释。如果当事人不同意合作,这可能导致单独的出版物“但总是需要优先考虑的数据生成器来讲述他们的故事第一”。
GISAID描述近况为“极其罕见”,并说,暂停一个帐户是一个最后的测量。“绝大多数GISAID的成千上万的用户展示声音科学礼仪主动权的压倒性的成功作出了贡献在过去的15年里,“GISAID说。
Zenodo报告被发布后,GISAID做数据分析的核心再次提供给用户。它还介绍了更多的限制访问这些数据,弹出明确指出任何分析基于数据不会公开共享。这个弹出现在已经被移除。
