表观遗传重编程使得从原始生殖细胞过渡到生殖母细胞gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba为每个对称CpG, WGBS分布覆盖。箱形图,上下铰链对应于第一和第三个四分位数,中心行对应于中值,最大值和最小值对应的最高和最低值1.5×内部四分位范围内,分别。gydF4y2BabgydF4y2Ba,Aba-seq方法的概述gydF4y2Ba^15gydF4y2Ba。gydF4y2BacgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaegydF4y2Ba、密度热地图5 hmc的相关性水平2 kb windows(至少四个对称的论文认定)E14灯头小鼠ES细胞TAB-seq所计算的gydF4y2Ba^35gydF4y2Ba(gydF4y2BaxgydF4y2Ba设在)和Aba-seqgydF4y2Ba^15gydF4y2Ba(gydF4y2BaygydF4y2Ba设在)(gydF4y2BacgydF4y2Ba);TAB-seqgydF4y2Ba^35gydF4y2Ba(gydF4y2BaxgydF4y2Ba设在)和hMeDIPgydF4y2Ba^36gydF4y2Ba(gydF4y2BaygydF4y2Ba设在)(gydF4y2BadgydF4y2Ba)或Aba-seqgydF4y2Ba^15gydF4y2Ba(gydF4y2BaxgydF4y2Ba设在)和hMeDIPgydF4y2Ba^36gydF4y2Ba(gydF4y2BaygydF4y2Ba设在)(gydF4y2BaegydF4y2Ba)。为gydF4y2BacgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BaegydF4y2Ba皮尔森相关系数(ρ)。具体细节为所有扩展数据数据对样本大小和如何在样本收集统计数据和再现性的部分。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba、密度热地图5 hmc / 2 kb窗口的水平(以最小的四个论文认定)E10.5热解色谱(gydF4y2BaygydF4y2Ba设在)和E14灯头老鼠胚胎干细胞gydF4y2Ba^15gydF4y2Ba(gydF4y2BaxgydF4y2Ba设在)。皮尔森相关系数(ρ)。gydF4y2BabgydF4y2Ba水平的5 hmc(确定使用Aba-seq)在各种监管元素E10.5热解色谱(左)或E14灯头小鼠ES细胞gydF4y2Ba^15gydF4y2Ba(右)。gydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于方差分析和Dunnett事后考验。箱形图,上下铰链对应于第一和第三个四分位数,中心行对应于中值,最大值和最小值对应的最高和最低值1.5×内部四分位范围内,分别。gydF4y2BacgydF4y2Ba,Metagene情节显示5 hmc(决定使用Aba-seq)的水平(上)和5 mc的综合水平和5 hmc(决定使用WGBS)(底部)E10.5包括在各级基因表达E10.5热解色谱。gydF4y2BadgydF4y2Ba,gydF4y2BaegydF4y2Ba,Metagene情节显示5 hmc(决定使用Aba-seq)的水平(上)和5 mc的综合水平和5 hmc(决定使用WGBS)(底部)E10.5热解色谱在假定的活性增强剂(gydF4y2BadgydF4y2Ba)或CpG岛(gydF4y2BaegydF4y2Ba)。gydF4y2BafgydF4y2Ba条形图显示的水平5 hmc在E14灯头icr小鼠ES细胞由TAB-seq决定gydF4y2Ba^35gydF4y2Ba(%;亮绿色)或Aba-seqgydF4y2Ba^15gydF4y2Ba(读计数;深绿色),或者在E10.5包括由Aba-seq(阅读;橙色)。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba水平,结合mc和5 hmc由WGBS(左)或水平的5 hmc由Aba-seq(右)在各种功能独特的映射的部分基因组内热解色谱E10.5和E12.5之间。箱形图,上下铰链对应于第一和第三个四分位数,中心行对应于中值,最大值和最小值对应于最高或最低价值1.5×内部四分位范围内,分别。gydF4y2BabgydF4y2Ba5 mc的综合水平和5 hmc(由WGBS)(左)或水平的5 hmc(由Aba-seq)(右)在不同的共识重复元素包括E10.5和E12.5之间。星号表示平均值。gydF4y2Ba

另请参阅gydF4y2Ba扩展数据图5gydF4y2Ba。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba、密度热地图之间的皮尔逊相关性(ρ)水平的5 hmc E10.5包括生物复制(左),E10.5和E11.5热解色谱(中间)和E10.5 E12.5热解色谱(右)。gydF4y2BabgydF4y2Ba,意思是gydF4y2BaZgydF4y2Ba分数描述水平的5 hmc(由Aba-seq)(橙色)和综合水平的5 mc和5 hmc(由WGBS)(灰色),每个阶段规范化5 hmc或组合的平均水平5 mc和5跨阶段hmc。平均数标准误差显示但它太小了。gydF4y2BacgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BafgydF4y2Ba、密度热图显示之间的关系总(gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BadgydF4y2Ba)或相对(gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba)5 hmc E10.5水平(gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BaegydF4y2Ba)或E11.5 (gydF4y2BadgydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba)热解色谱和组合的变化水平的5 mc和5 hmc包括这两个阶段之间所有2 kb窗户最低20% 5 mc和5 hmc E10.5热解色谱。gydF4y2BaggydF4y2Ba、密度热地图之间的关系的相对水平5 hmc E11.5热解色谱和结合5 mc和5 hmc E11.5包括所有2 kb窗户,最低20% 5 mc和5 hmc E10.5热解色谱。gydF4y2BahgydF4y2Ba水平,结合mc和5 hmc E10.5和E11.5热解色谱2 kb windows最低20% 5 mc和5 hmc E10.5包括,1)丰富的总水平5 hmc E10.5或E11.5(绿色,上部隐蔽泊松调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba< 0.05),或者2)耗尽总5 hmc E10.5和E11.5(红、lower-tail泊松调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba< 0.05)。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba,密度图显示5 mc的综合水平下降和5 hmc在热解色谱E10.5和E11.5 2 kb windows,最低20%的总DNA修饰E10.5包括,1)丰富的总水平5 hmc E10.5或E11.5(绿色,上部隐蔽泊松调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba< 0.05),或者2)耗尽总5 hmc E10.5和E11.5(红、lower-tail泊松调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba< 0.05)。箱形图,上下铰链对应于第一和第三个四分位数,中心行对应于中值,最大值和最小值对应于最高或最低价值1.5×内部四分位范围内,分别。gydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于一个双边Wilcoxon测试。请注意,对于密度热图,斯皮尔曼相关(ρgydF4y2Ba_{年代gydF4y2Ba})所示,红色的线条代表的平滑的意思是由广义相加模型决定的。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba氧化其次是被动的稀释,模型预测之间的正相关程度的综合水平5 mc和5 hmc下降两个阶段(如由WGBS)和总水平5 hmc阶段立即前和后减少。gydF4y2BabgydF4y2Ba,模型暗示5 mc引发DNA的氧化脱甲基作用通过积极机制预测之间的正相关程度的综合水平5 mc和5 hmc减少两个阶段(如由WGBS)之间的相对水平5 hmc前阶段立即减少,进一步氧化5 hmc 5-formylcytosine (5 fc)的病原反应一步完整的氧化5 mc 5-carboxylcytosine (5 cac) (ref。gydF4y2Ba39gydF4y2Ba)。gydF4y2BacgydF4y2Ba5,模型暗示氧化mc在维护后DNA hypomethylation DNA脱甲基的主要波预测,地区之间失去了大部分的DNA甲基化两个阶段(也就是说,那些新hypomethylated)将有很高的相对水平的5 hmc舞台后立即DNA脱甲基的主要波为了消除残留甲基化和/或异常gydF4y2Ba新创gydF4y2Ba甲基化。因此,有限的相关性程度的综合水平5 mc和5 hmc下降两个阶段之间(如由WGBS)和5 hmc的相对水平阶段后立即减少也可能会看到。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,的表达gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba总记录(左)gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba外显子4 E12.5(右)gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}和野生型热解色谱。调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba值(左)DESeq2和计算gydF4y2BaPgydF4y2Ba通过学生的值(右)计算gydF4y2BatgydF4y2Ba以及。星号表示平均值。gydF4y2BabgydF4y2Ba疣状,代表的N末端TET1 E12.5野生型和蛋白质gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}热解色谱。酒吧代表10μm规模。gydF4y2BacgydF4y2Ba,的表达gydF4y2BaTet2gydF4y2Ba和gydF4y2BaTet3gydF4y2Ba在E12.5gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}和野生型热解色谱。调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba由DESeq2值计算。星号表示平均值。gydF4y2BadgydF4y2Ba,gydF4y2BaegydF4y2Ba,意味着综合水平的5 hmc和5 mc(决定使用rrb)女(gydF4y2BadgydF4y2Ba)或男性(gydF4y2BaegydF4y2Ba)E12.5 E14.5gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}和野生型包括icr和生殖系基因启动子贴上hypermethylated E14.5gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}热解色谱。意味着DNA水平和修改gydF4y2BaPgydF4y2Ba值是计算使用RnBeads软件(见方法)。gydF4y2BafgydF4y2Ba,gydF4y2BaggydF4y2Ba亚硫酸氢,Locus-specific排序的gydF4y2BaDazlgydF4y2Ba启动子(左)gydF4y2BaPeg3gydF4y2BaICR(中间)和IG-DMR E12.5 ICR(右)(gydF4y2BafgydF4y2Ba)和E13.5 (gydF4y2BaggydF4y2Ba)女gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}和野生型热解色谱。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba5 mc的综合水平和5 hmc在启动子(确定使用WGBS)(右)水平的5 hmc推动者(由Aba-seq确定)(中心),或基因表达水平(RNA-seq数据)(右)在连续阶段热解色谱发展的基因组合gydF4y2BakgydF4y2Ba——集群结合mc和5 hmc动力学的基因的启动子区域。gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BacgydF4y2Ba,箱形图描绘的综合水平5 mc和5 hmc在启动子(确定使用WGBS)(左),水平的5 hmc发起人(确定使用Aba-seq)(中心),或基因表达水平(RNA-seq数据)(右)在连续热解色谱的发展阶段三个集群的基因与低CpG促进剂(gydF4y2BabgydF4y2Ba)或中间CpG促进剂(gydF4y2BacgydF4y2Ba)分组gydF4y2BakgydF4y2Ba——集群结合mc和5 hmc动力学的基因的启动子区域。箱形图,上下铰链对应于第一和第三个四分位数,中心行对应于中值,最大值和最小值对应于最高和最低值1.5×内部四分位范围内,分别。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,gydF4y2BabgydF4y2Ba在野生型,结合mc和5 hmc动力学包括(%;WGBS;左);相对5 hmc动力学(Aba-seq读计数规范化E10.5)在野生型热解色谱(左)中心;野生型或表达动态gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}包括(每百万(TPM)成绩单;RNA-seq数据;中心);和5 mc的结合动力学和5在野生型和hmcgydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}包括(%;rrb;右)代表重复元素(IAPA_MM IAPEZI和L1mdTf_II)显著调节(调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba< 0.05;侦探)sex-independent的方式(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba),男性的方式(gydF4y2BabgydF4y2Ba,蓝色的轮廓)或一级的方式(gydF4y2BabgydF4y2Ba,粉红色轮廓)在野生型包括E10.5和E14.5之间。平均值在所有情况下所示。调整gydF4y2BaPgydF4y2Ba微分值重复E14.5野生型和之间的表达分析gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}包括基于软件侦探。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba、CpG密度嗯……基因启动子和其他相关启动子;gydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于一个双边Wilcoxon测试。gydF4y2BabgydF4y2Ba,意思是5 hmc动力学嗯……基因启动子和非活性甲基化和脱甲基的学校在热解色谱;gydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于一个双边配对Wilcoxon测试。gydF4y2BacgydF4y2Ba、日志gydF4y2Ba_2gydF4y2Ba(褶皱变化)之间gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}和野生型E14.5男性(蓝色)和女性(粉红色)热解色谱嗯……基因和其他相关基因集。FWER-adjustedgydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于GSEA软件(见方法)。gydF4y2BadgydF4y2Ba、日志gydF4y2Ba_2gydF4y2Ba(褶皱变化)之间gydF4y2BaDnmt1gydF4y2Ba^CKOgydF4y2Ba(ref。gydF4y2Ba24gydF4y2Ba)和野生型老鼠热解色谱(绿色),或者E14.5女性(粉红色)或男性之间(蓝色)野生型包括E10.5野生型热解色谱,嗯……基因和其他相关基因集。FWER-adjustedgydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于GSEA软件(见方法)。gydF4y2BaegydF4y2Ba的差异之间的相关性,结合水平的5 mc和5 hmc(%,通过rrb) (gydF4y2BaxgydF4y2Ba设在:gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}−野生型(WT))嗯……启动子和基因表达的变化,嗯……(gydF4y2BaygydF4y2Ba设在;日志gydF4y2Ba_2gydF4y2Ba(gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}/野生型)E12.5(左)和E14.5(右)gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}热解色谱。斯皮尔曼相关显示。gydF4y2BafgydF4y2Ba,代表免疫印迹显示TET1和核纤层蛋白B在野生型蛋白表达,DNMT TKO,和gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}DNMT TKO老鼠胚胎干细胞。箱形图,上下铰链对应于第一和第三个四分位数,中心行对应于中值,最大值和最小值对应于最高或最低价值1.5×内部四分位范围内,分别。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,嗯……基因的转录起始点的集中在基因组序列,non-GRR基因激活在男性和女性之间的热解色谱E10.5 E14.5, non-GRR甲基化和脱甲基HCP基因在野生型小鼠ES细胞生长在血清介质。每个水平线代表一个基因;红色代表相对浓缩的强度每一列的顶部显示的功能。转录起始站点和序列5 kb上游和下游的转录起始站点所示。gydF4y2BabgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BafgydF4y2Ba箱形图描绘的综合水平5 mc和5 hmc(使用WGBS确定)gydF4y2Ba^30.gydF4y2Ba(gydF4y2BabgydF4y2Ba);使用Aba-seq水平5 hmc(确定)gydF4y2Ba^15gydF4y2Ba(gydF4y2BacgydF4y2Ba);水平的TET1 (ChIP-seq数据)gydF4y2Ba^21gydF4y2Ba(gydF4y2BadgydF4y2Ba);水平的RING1B (ChIP-seq数据)gydF4y2Ba^38gydF4y2Ba(gydF4y2BaegydF4y2Ba)和水平的H2Aub (ChIP-seq数据)gydF4y2Ba^37gydF4y2Ba(gydF4y2BafgydF4y2Ba)嗯……基因的启动子和其他相关基因在野生型小鼠ES细胞生长在血清媒体。箱形图,上下铰链对应于第一和第三个四分位数,中心行对应于中值,最大值和最小值对应的最高和最低值1.5×内部四分位范围内,分别。gydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于一个双边Wilcoxon测试。gydF4y2BaggydF4y2Ba,Metagene情节描绘中等水平的H3K4me3 (ChIP-seq数据)gydF4y2Ba^30.gydF4y2Ba嗯……基因的转录起始点(左)和non-GRR HCP基因还包括重组期间最初methlylated随后脱甲基(右)在野生型和gydF4y2BaTet1gydF4y2Ba^{−−/gydF4y2Ba}小鼠胚胎干细胞种植在血清中。gydF4y2BaPgydF4y2Ba值是基于成对双边Wilcoxon检测启动子(−1 kb / + 500个基点)。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,嗯……重叠基因和基因显著调节E11.5和/或E12.5 PRC1 CKO热解色谱与野生型相比gydF4y2Ba^26gydF4y2Ba。gydF4y2BaPgydF4y2Ba基于超几何测试值。gydF4y2BabgydF4y2Ba、免疫印迹显示H2Aub代表和H2A水平在野生型或DNMT TKO老鼠胚胎干细胞后6 h DMSO溶液治疗,和野生型或DNMT TKO老鼠胚胎干细胞后6 h PRT4165治疗。gydF4y2BacgydF4y2Ba嗯……基因、分类的基础上,他们依赖5 mc和/或PRC1重组在小鼠胚胎干细胞(见方法)。gydF4y2Ba

嗯……的及时和有效的激活基因,参与了从包括过渡到生殖母细胞和正确的配子形成过程,需要启动子之间的相互作用CpG密度,启动全球DNA脱甲基,TET1招聘、和删除PRC1-mediated镇压。DNA demethylation-dependent(维护与异常和/或残留gydF4y2Ba新创gydF4y2Ba启动子DNA甲基化)和独立(如油气痕迹的潜在招聘或其他基因启动子转录激活物gydF4y2Ba^{22gydF4y2Ba,gydF4y2Ba28gydF4y2Ba})函数TET1对嗯……很重要基因的激活。gydF4y2Ba