ISME日报》评论的Steen和同事表示担忧我最近分析的culturability微生物(1,2]。我的分析挑战长期和一再“1% culturability范式”,指出大多数微生物不能被培养。首先,我认为范式定义得很糟糕,但至少可以分为三个假设:(H1)1%的细胞在一个社区可以培养(H2)1%的分类单元在一个社区可以培养或(H3)1%的细胞在一个社区成长镀一个标准的琼脂培养基。第二个并发症中心如何定义两种生物是否相同与不同,研究充满讨论这一点的3]。狭窄的定义相似性必然导致低微生物社区文化的集合表示由于纯粹的丰度和序列变异的微生物。取决于一个定义的问题,当有相同或不同的,和特定的环境中测试,得到不同的答案。然而,我表明,如果你申请的最常见的解释范式(H1)和通常的分类单元的定义相似16 s rRNA相似(~ 97%),你的结论很多,特别是丰富的血统已经培养跨不同的环境。
Steen和同事评论挑战这一结论,但不确定哪个版本(s)范式的挑战。我不怀疑的质量分析,和他们的结论的差异似乎支持我原来的观点上,框架问题很重要。我理解他们的分析测试H2他们dereplicate序列库,从而消除taxon-abundance效果。在我最初的分析中,H2的解释是敏感的罕见的序列变异(图S5在原来的纸)。其中一些罕见变异是真实的生物,而另一些可能代表测序错误。最近许多培养努力聚焦在丰富的血统。因此,罕见的成员或测序错误的增加表示在你的分析应该观察culturability导致低。Steen和同事也提倡一个狭隘的定义分类单元相似。他们状态”,是不可能知道微生物是否可耕种的,直到它被培养的,大量的基因和表型多样性可以菌株之间存在相同的物种。“因此,这并不奇怪,他们得出一个结论,大多数没有培养的微生物类群。
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