颧骨的评论等。1)提出了四个批评我们的研究(2]。(1)观察调节基因没有最直接同源基因在其他真菌参与交配。(2)再分析RNA-seq数据未能发现upregulation 18r . irregularis在共存的两个基因r . irregularis在木薯隔离。(3)< 0.1的概率调整导致了大量的假阳性。(4)没有证据表明两个r . irregularis隔离了散度在一个假定的MAT-locus指示交配兼容性。我们认为有严重错误的假设和原理用于re-analyses, mis-interpretation原始数据,以及丢弃的重要数据,没有任何理由。

基因的同源性

虽然颧骨et al。”不排除这种可能性,Mateus等人发现的基因参与交配,“他们有资格之间的同源性推理co-inoculation中差异表达的基因治疗和基因在其他真菌物种交配“伪进化关系”或“不是最好的直接同源”。这些语句意味着他们没有重视了序列同源关系中确定Mateus et al . Orthology并不一定意味着保护基因功能和基因与等效函数不一定是直接同源(3]。因此,误导认为两个基因具有相同的功能在解释“最佳候选人直接同源”的角色在网上确认。此外,仅仅依靠一个网上搜索探索直接同源推断函数可能会导致严重的问题是没有一个搜索算法摆脱偏见如果subfunctionalization或neofunctionalization同源染色体之间的事件发生。

颧骨等人并没有考虑,或者误解了,基因表达的实验证据解释其同源性搜索。毫不奇怪,他们的“最佳同系物”不调节,因为我们已经看到这些基因没有调节原始数据集。我们的方法由执行一个实验来确定基因在足底专门调节当两个隔离共存。然后我们发现他们的假定的功能相同。我们没有看是否最直接同源基因。然而,我们讨论了一个相同的方法来识别基因功能的局限性(2]。令我们吃惊的是,一组一致的20个基因调节co-inoculation治疗在不同的寄主植物,和9的20多个寄主植物(调节)共享相同的共同特征基因在不同的其他真菌物种交配的步骤(无花果。Mateus et al . 3和4)。

颧骨等人主张的识别达到18基因差异表达的Mateus et al。”对高质量蛋白质的数据库变得Mycocosm Rhiir2”(指的蛋白质数据库的“Rhiir2”r . irregularis)。事实上,颧骨等人相比,18基因对“所有蛋白基因的真菌物种目录变得真菌基因组资源”包括1318个类群。的解释上的点击数量如此庞大的数据集是误导,因为如果一个基因是高度保守的真菌的王国,我们希望数百支安打在这个数据库。相反,如果一个r . irregularis基因是非常特定于Glomeromycotina类群,我们期望很少打(因为有少Glomeromycotina基因组数据库中)。因此,表1支安打的数量从颧骨等人反映数据库的大小以及如何保存一个给定的基因,而不是基因是否从一个大的基因家族。颧骨等人发现了所谓的“最亲密的直接同源”r . irregularis真菌基因与其他真菌物种交配的显示使用OrthoMCL“最佳冲击”。然而,从直接同源区分假字是一个复杂的任务,在遥远的物种,特别是如果生物体高度paralogous。每个基因的更谨慎的分析,包括确认他们位于相似的基因位置,将提供更多的确定性,一个给定的基因可能是直接同源。因此,评估RNA表达自己的“最佳冲击”仍然是不完整的努力找到最佳直接同源。

RNA-seq数据的再分析

从原始数据,颧骨et al。1)表示,一些基因调节隔离DAOM197198 co-inoculation治疗和表达下调与隔离B1和co-inoculation治疗(一个词叫做“不一致”)。这是完全不正确的。在复制的一致性反应,治疗比较,在不同寄主植物是显而易见的从无花果。1罪犯,2和补充表6 - 9 Mateus et al。2]。我们唯一的解释是,颧骨et al。1只是误解了叠化的值在补充表6的Mateus et al。2]。积极的叠化值发生在比较(B1比co-inoculation)和负(co-inoculation比DAOM197198)进行了比较。然而,这些值是负的,因为治疗之间的字母顺序以及软件流程。出于同样的原因,分析meiosis-specific基因颧骨et al。(补充表3 (1])实际上证明“一致性”,但他们声称这是“不一致。“我们只能得出这样的结论:他们误读DEseq2的输出。

颧骨等人似乎犯了另一个重要的错误再分析。他们报告的比较治疗DAOM197198和co-inoculation, B1和co-inoculation。事实上,颧骨等人没有报道B1和co-inoculation比较。补充表,以及原始数据存入GitHub (GitHub库:madhubioinfo),证明他们确实进行了双向比较DAOM197198与co-inoculation与DEseq2然后比较三个治疗B1, co-inoculation, DAOM197198(原始数据从GitHub库:madhubioinfo)。三种治疗方法的结果作为输入DEseq2分析是软件比较第一个和第三个治疗。再分析、颧骨等人实际上B1与DAOM197198相比,完全无效的主张。

颧骨等人声称,他们已经发现具体upregulation只有两种假定的直系同源基因RNA-seq数据的再分析。但是他们丢弃的数据没有给出任何科学依据的。在补充表2、颧骨等人似乎已经手动编辑几例:“N。=不能计算基于映射读取”尽管分析应该产生一个值,并在我们的分析。没有解释为什么他们认为无法计算表达式的值,特别是对于只有一个给定基因的比较(DAOM197198比Co-inoculation)而不是其他的比较相同的基因(B1比Co-inoculation)。因此,这些值的遗漏,确保他们再分析将提供一个不同的结论Mateus et al。

调整概率阈值

明确表示在Mateus et al .,我们使用了一个调整< 0.1的概率最大化识别有趣的基因。然而,概率阈值的变化不会改变基因调节的主要发现大量同源染色体的基因参与真菌交配。11、突出显示的18个基因,显示一个调整的概率< 0.05比较,和其他7,调整后的概率低于0.05在0.05和0.1之间比较和其他比较(补充表6 (2])。此外,我们还观察到几种调节基因显示一个调整的概率低于0.05在多个寄主植物(图3 8和9和补充文件,从Mateus et al。)。这表明在co-inoculation调节基因治疗的实验证据是健壮的。

交配真菌分离株的兼容性

作者质疑交配的可能性之间的兼容性隔离B1和DAOM197198,因为没有序列信息的假定的MAT-locus [4)提供。尽管缺乏实验证据发表AMF是兼容的只有当携带不同的等位基因在这个轨迹,我们测试了如果两个隔离不同的等位基因。事实上,我们确认隔离B1显示MAT-6假定的MAT-locus(参见LC602501 NCBI序列加入)和隔离DAOM集群MAT-4类型(4]。因此,隔离B1和DAOM197198港口的不同等位基因MAT-locus“假定”。

最后,颧骨等人问道:“证据在哪里?“回应他们问题,特定的基因在AM真菌upregulation共存的证据就是颧骨等人选择不看到它。