文摘
人类DNA多态性不同地理区域,最常见的是观察到的变化反映出遥远祖先的差异。这里我们探讨地理集群共同影响复杂性状的遗传变异的样本来自英国的~ 450000人。33特征分析,21显示显著的地理集群在基因水平在控制了祖先,可能反映了移民的社会经济地位(SES)。等位基因与受教育程度有关(EA)显示,大多数集群、SES低EA-decreasing等位基因聚类在煤矿领域等领域。人离开煤矿区域携带更多EA-increasing平均等位基因比其他地区的英国。地理集群水平与基因之间的关联的复杂特征和地区措施SES,健康和文化成果。我们的结果与假设一致,社会分层叶可见分常见的地理安排等位基因频率和基因-环境的相互关系。
这是一个预览的订阅内容,通过访问你的机构
相关的文章
开放获取文章引用这篇文章。
社会之间的文化价值观差异的基因预测
科学报告开放获取2023年5月17日
干细胞的遗传基础职业选择和区域经济性能:一个英国生物库全基因组关联研究
人类基因组学开放获取2023年5月10日
合作伙伴的选择,混淆和特征融合导致表型的伴侣相似
自然的人类行为开放获取2023年3月16日
访问选项
访问其他自然组合期刊性质和54
得到自然+,请求书在线访问订阅
29.99美元/ 30天
取消任何时候
订阅本杂志
收到12个数字问题和在线访问的文章
每年119.00美元
只有9.92美元的问题
本文租或购买
价格不同的文章类型
从1.95美元
来39.95美元
价格可能受当地税收计算在结帐
数据可用性
本研究进行了使用英国生物库的数据资源(申请号12514)和dbGaP(加入号码:phs000674)。英国生物库的数据访问请求一次研究项目已提交和英国生物库委员会批准。dbGaP数据也可以访问请求一次研究项目已经dbGaP提交和批准。分析了区域措施,是公开的,可以下载使用中提供的链接方法。
代码的可用性
自定义R代码用于统计分析(例如,莫兰的计算我)是可以从相应的作者的请求。
引用
电影Tobler, w . r .计算机模拟在底特律地区的城市发展。经济学。地理的。46,234 - 240 (1970)。
11月,j . et al .基因镜子地理在欧洲。自然456年,98 - 101 (2008)。
Abdellaoui, et al。人口结构、迁移,在荷兰和多元化选择。欧元。j .的嗡嗡声。麝猫。21,1277 - 1285 (2013)。
Kerminen, s . et al .精细遗传结构在芬兰。G3(贝塞斯达)7,3459 - 3468 (2017)。
莱斯利,et al。精细的英国人口的遗传结构。自然519年,309 - 314 (2015)。
张,G。,Muglia, L. J., Chakraborty, R., Akey, J. M. & Williams, S. M. Signatures of natural selection on genetic variants affecting complex human traits.达成。Transl。染色体组。2,78 - 94 (2013)。
Berg, j。j &鸡笼,g .人口多基因的遗传信号适应。公共科学图书馆麝猫。10e1004412 (2014)。
Turkheimer、大肠三定律行为遗传学和他们的意思。咕咕叫。Dir。Psychol。科学。9,160 - 164 (2000)。
库尔特,r &斯科特,j .住宅流动性的动机是什么?重新检查应承担的自我报告原因应承担的欲望,使住宅的动作。Popul。空间的地方21,354 - 371 (2015)。
长,乡-城移民和社会经济流动性在维多利亚时代的英国。j .经济学。嘘。65年1-35 (2005)。
公园,C。神圣的世界:介绍地理和宗教(出版社,2002)。
Rodden, j .政治偏好的地理分布。为基础。启Polit。科学。13,321 - 340 (2010)。
博伊尔,p .人口地理:迁移和不平等在死亡率和发病率。掠夺。嗡嗡声。地理的。28,767 - 776 (2004)。
刘易斯,g . &展台,m .地区差异在英国精神健康。j .论文。社区卫生46,608 - 611 (1992)。
Tyrrell, j . et al .身高、体重指数、和社会经济地位:孟德尔随机化研究在英国生物库。Br。地中海。J。352年i582 (2016)。
土拨鼠,m .健康差距:一个不平等的世界的挑战。《柳叶刀》386年,2442 - 2444 (2015)。
英格兰中部胡须、大肠等。健康或南北分裂?全国性调查数据的分析对吸烟和高风险喝酒。BMJ开放7e014210 (2017)。
Brimblecombe, N。,Dorling, D. & Shaw, M. Migration and geographical inequalities in health in Britain.Soc。科学。地中海。50,861 - 878 (2000)。
戴维史密斯,g . &易卜拉欣博士,美国“孟德尔随机化”:可以遗传流行病学有助于理解疾病的环境决定因素?Int。j .论文。3222页(2003)。
理查兹,j·b·&埃文斯,d . m .回学校来防止冠心病吗?Br。地中海。J。https://www.bmj.com/content/358/bmj.j3849(2017)。
Verweij, k . J。,Mosing, M. A., Zietsch, B. P. & Medland, S. E. in人类遗传学统计151 - 170 (Springer, 2012)。
Sudlow, c . et al .英国生物库:一个开放存取资源识别多种复杂疾病的原因中、老年。科学硕士。12e1001779 (2015)。
价格,a . l . et al。主成分分析纠正分层在全基因组关联研究。Nat,麝猫。38,904 - 909 (2006)。
雷,n . r . et al .陷阱从单核苷酸多态性预测复杂的特征。Nat,启麝猫。14,507 - 515 (2013)。
莫兰,p . a .笔记连续随机现象。生物统计学3717-23 (1950)。
Okbay, a . et al .全基因组关联研究确定了74位点与受教育程度有关。自然533年,539 - 542 (2016)。
李,j。j。基因发现和多基因预测的全基因组关联研究受教育程度的110万人。Nat,麝猫。50,1112 - 1121 (2018)。
Pasaniuc, b &价格,a . l .解剖复杂性状的遗传学使用总结协会统计数据。Nat,启麝猫。18,117 - 127 (2017)。
霍沃思,et al。明显的潜在结构在英国生物库样本影响进行流行病学分析。Commun Nat。10333 (2019)。
Niedomysl, t .如何迁移动机变化迁移距离:证据变化在社会经济和人口群体。Reg。钉。45,843 - 855 (2011)。
Foden, M。,Fothergill, S. & Gore, T.煤田的状态:经济和社会条件在前矿业社区英格兰,苏格兰和威尔士区域经济与社会研究中心(谢菲尔德哈勒姆大学,2014)。
比蒂,C。,Fothergill, S. & Powell, R. Twenty years on: has the economy of the UK coalfields recovered?环绕。计划。一个39,1654 - 1675 (2007)。
汤森,P。,Phillimore, P. & Beattie, A.健康和不足:不平等和朝鲜(出版社,1988)。
香港,et al。选择对基因组变异与受教育程度有关。Proc。《科学。美国114年E727-E732 (2017)。
山,w . d . et al .分子遗传贡献社会剥夺和英国生物库的家庭收入。咕咕叫。医学杂志。26,3083 - 3089 (2016)。
芬努凯恩,h . k . et al .分区遗传功能注释使用全基因组关联汇总统计。Nat,麝猫。47,1228 - 1235 (2015)。
Cetateanu, a & Jones, a .了解食品环境之间的关系,剥夺和儿童期体重过重和肥胖症:证据从一个横断面England-wide研究。健康的地方27,68 - 76 (2014)。
Silventoinen、k等。父母的教育和BMI从婴儿到老年的遗传学:汇集分析29双胞胎军团。肥胖27,855 - 865 (2019)。
Menozzi, P。,Piazza, A. & Cavalli-Sforza, L. Synthetic maps of human gene frequencies in Europeans.科学201年,786 - 792 (1978)。
Berg j。j。降低了多基因信号适应英国生物库的高度。eLife8e39725 (2019)。
Sohail, m . et al .多基因适应高度是高估了全基因组关联研究中由于未修正的分层。eLife8e39702 (2019)。
Abdellaoui, a . et al .教育程度影响水平的纯合性通过迁移和选型交配。《公共科学图书馆•综合》10e0118935 (2015)。
Domingue, b . W。,Rehkopf, D. H., Conley, D. & Boardman, J. D. Geographic clustering of polygenic scores at different stages of the life course.RSF4,137 - 149 (2018)。
康明斯,s . C。,McKay, L. & MacIntyre, S. McDonald’s restaurants and neighborhood deprivation in Scotland and England.点。j .上一页。地中海。29日,308 - 310 (2005)。
阿尔弗德,j . R。,Funk, C. L. & Hibbing, J. R. Are political orientations genetically transmitted?点。Polit。科学。牧师。99年,153 - 167 (2005)。
本杰明,d . j . et al .基因结构的经济和政治偏好。Proc。《科学。美国109年,8026 - 8031 (2012)。
Hatemi, p . k . &麦克德莫特,r .政治:遗传学的发现,挑战,和进步。趋势麝猫。28,525 - 533 (2012)。
Hatemi p K。,Medland, S. E., Morley, K. I., Heath, A. C. & Martin, N. G. The genetics of voting: an Australian twin study.Behav。麝猫。37,435 - 448 (2007)。
史密斯,k . et al。生物学、意识形态、和认识论:我们怎么知道政治态度继承,我们为什么要在意吗?点。j . Polit。科学。5617-33 (2012)。
Koenig, l . B。McGue, M。,Krueger, R. F. & Bouchard, T. J. Genetic and environmental influences on religiousness: findings for retrospective and current religiousness ratings.j·珀耳斯。73年,471 - 488 (2005)。
Alabrese E。,Becker, S. O., Fetzer, T. & Novy, D. Who voted for Brexit? Individual and regional data combined.欧元。j . Polit。经济学。56,132 - 150 (2019)。
炒,等。比较社会人口和健康相关特征的英国生物库参与者与一般人群。点。j .论文。186年,1026 - 1034 (2017)。
Selzam, et al。比较内部和家庭两者之间多基因评分预测。点。j .的嗡嗡声。麝猫。105年,351 - 363 (2019)。
香港,等。培养的本质:父母的基因型的影响。科学359年,424 - 428 (2018)。
Llobera, j . R。人类学的邀请:结构、进化和人类社会的文化认同(《书籍,2003)。
罗宾逊,m . r . et al .遗传学证据选型交配的人类。Nat,哼。Behav。10016 (2017)。
Hugh-Jones D。,Verweij, k . J。,Pourcain, B. S. & Abdellaoui, A. Assortative mating on educational attainment leads to genetic spousal resemblance for polygenic scores.情报59,103 - 108 (2016)。
Bycroft, c . et al。英国生物库资源深表现型和基因数据。自然562年,203 - 209 (2018)。
杨,J。,Lee, S. H., Goddard, M. E. & Visscher, P. M. GCTA: a tool for genome-wide complex trait analysis.点。j .的嗡嗡声。麝猫。88年,76 - 82 (2011)。
1000人基因工程财团。一个global reference for human genetic variation.自然526年,68 - 74 (2015)。
亚伯拉罕,G。,Qiu, Y. & Inouye, M. FlashPCA2: principal component analysis of Biobank-scale genotype datasets.生物信息学33,2776 - 2778 (2017)。
麦卡锡,s . et al .参考小组64976个单基因型污名。Nat,麝猫。48,1279 - 1283 (2016)。
珀塞尔,s . et al .叮铃声:全基因组协会的工具集,基于链接分析。点。j .的嗡嗡声。麝猫。81年,559 - 575 (2007)。
国家统计局;苏格兰国家记录;北爱尔兰的统计和研究机构,2011年人口普查汇总数据。英国数据服务https://doi.org/10.5257/census/aggregate - 2011 - 2(版本:2017年2月)。
奥特曼,d . g . &平淡无奇,j . m .统计指出:正态分布。Br。地中海。J。310年298 (1995)。
Loh, P.-R。et al。高效的贝叶斯混合模型分析增加与大群体力量的联系。Nat,麝猫。47,284 - 290 (2015)。
杨,J。,Zaitlen, N. A., Goddard, M. E., Visscher, P. M. & Price, A. L. Advantages and pitfalls in the application of mixed-model association methods.Nat,麝猫。46,100 - 106 (2014)。
Bulik-Sullivan, b . k . et al . LD得分回归混杂有别于polygenicity全基因组关联研究。Nat,麝猫。47,291 - 295 (2015)。
雷,n . r . et al .全基因组关联分析确定44风险变异和完善抑郁症的遗传结构。Nat,麝猫。50,668 - 681 (2018)。
确认
这项研究是由澳大利亚国家卫生和医学研究理事会(1107258,1107258,1078037,1056929,1048853,1113400)和西尔维娅和查尔斯Viertel慈善基金会(高级医学研究奖学金)。嗜Volksbond鹿特丹和K.J.H.V.支持的基础。嗜和M.G.N. ZonMw赠款支持849200011和531003014从荷兰卫生研究与发展组织(oecd)。B.P.Z.收到澳大利亚研究理事会资助(FT160100298)。英国生物库的研究使用数据资源(申请号:12514)和dbGaP(加入号码:phs000674)。遗传流行病学研究成人健康和衰老研究支持格兰特RC2 AG036607来自美国国立卫生研究院,以及罗伯特·伍德·约翰逊基金会的资助,埃里森医学基金会,基金会和Kaiser Permanente韦恩和格拉迪斯山谷。作者感谢Kaiser Permanente医疗计划,加州北部地区的成员参与了Kaiser Permanente基因研究项目,环境和健康。本研究使用英国生物库资源申请编号为12514。英国生物库建立了威康信托基金会医疗慈善机构,医学研究委员会、卫生部,苏格兰政府和西北地区发展机构。也收到了来自威尔士议会政府的资金,英国心脏基金会和英国糖尿病。投资者没有参与研究设计、数据收集和分析,决定发布或准备手稿。
作者信息
作者和联系
贡献
嗜,D.H.-J。P.M.V.构思和设计研究。嗜,D.H.-J。,L.Y.and K.E.K. analysed the data. A.A. wrote the manuscript and produced the figures. D.H.-J., L.Y., K.E.K., M.G.N., L.V., Y.H., B.P.Z., T.M.F., N.R.W., J.Y., K.J.H.V. and P.M.V. provided significant feedback on the analyses and the manuscript. P.M.V. supervised the project.
相应的作者
道德声明
相互竞争的利益
作者宣称没有利益冲突。
额外的信息
同行审查的信息主要处理编辑器:Stavroula Kousta。
出版商的注意施普林格自然保持中立在发表关于司法主权地图和所属机构。
扩展数据
扩展数据图1变化区域差异的解释未修正的多基因的分数。
线性混合模型的结果,与表型或多基因的分数(没有回归100 pc)作为因变量和地区随机效应(N = 320940无关的个人)。左:地方当局(~ 380区域);中间:MSOA(~ 5300区域),右:煤炭开采地区(安装作为一个二进制变量)。红色:出生的地方;格林:当前地址;黄色=罗斯福之后大幅修正。
扩展数据图2变化区域差异的解释ancestry-corrected多基因的分数。
线性混合模型的结果,与表型或多基因的分数(回归后100 pc)作为因变量和地区随机效应(N = 320940无关的个人)。左:地方当局(~ 380区域);中间:MSOA(~ 5300区域),右:煤炭开采地区(安装作为一个二进制变量)。红色:出生的地方;格林:当前地址;黄色=罗斯福之后大幅修正。
扩展数据图3变化解释ancestry-informative pc的地区差异。
线性混合模型的结果,与电脑作为因变量和地区随机效应(N = 320940无关的个人)。左:地方当局(~ 380区域);中间:MSOA(~ 5300区域),右:煤炭开采地区(安装作为一个二进制变量)。红色:出生的地方;格林:当前地址;黄色=罗斯福之后大幅修正。
扩展数据图4多基因之间的关联分数和区域社会经济措施的结果。
标准化的效应值估计健壮的多基因区域的社会经济指标得分的线性回归结果无关的欧洲血统的英国生物库的参与者(N ~ 320 k)。回归后的多基因的分数都是标准化残差的100台电脑。每个人都被他们地区的价值。重大影响是彩色的,即意义阈值是根据罗斯福修正所有测试四个面板所示。所有SEs≤.002。
扩展数据图5多基因分数之间的关联和地区营养和健康的措施。
标准化效应大小的估计鲁棒线性回归的多基因的营养和健康状况得分区域措施无关的欧洲血统的英国生物库的参与者(N ~ 320 k)。回归后的多基因的分数都是标准化残差的100台电脑。每个人都被他们地区的价值。重大影响是彩色的,即意义阈值是根据罗斯福修正所有测试四个面板所示。所有SEs≤.002。
扩展数据图6多基因之间的关联分数和地区宗教信仰和政治倾向。
标准化效应大小的估计鲁棒线性回归的多基因区域措施得分的虔诚和选举结果无关的欧洲血统的英国生物库的参与者(N ~ 320 k)。回归后的多基因的分数都是标准化残差的100台电脑。每个人都被他们地区的价值。重大影响是彩色的,即意义阈值是根据罗斯福修正所有测试四个面板所示。所有SEs≤.002。
扩展数据图7多基因的分数和个体层面的表型之间的关联。
标准化效应大小的估计鲁棒线性回归的个人得分多基因表型水平无关的欧洲血统的英国生物库的参与者(N ~ 320 k)。回归后的多基因的分数都是标准化残差的100台电脑。重大影响是彩色的,即意义阈值是根据罗斯福修正所有测试四个面板所示。所有SEs≤.002。
扩展数据图8基因区域的社会经济指标之间的相关性结果和一系列复杂的特征和疾病。
遗传相关性(上图)和他们的SEs(下图)基于LD得分回归的RGWASs SES-related特征。罗斯福校正后颜色很重要。绿色数字在左边的部分如下图1的对角线之间的表型相关区域的结果。旁边的蓝色星体特征名称表明英国生物库是特质的GWAS的一部分。看到补充表3的gwas列表汇总统计的复杂特征来自。
扩展数据图9基因区域卫生和营养指标之间的相关性和一系列复杂的特征和疾病。
遗传相关性(上图)和他们的SEs(下图)基于LD得分回归RGWASs的卫生和营养有关的特征。罗斯福校正后颜色很重要。绿色数字在左边的部分如下图1的对角线之间的表型相关区域的结果。旁边的蓝色星体特征名称表明英国生物库是特质的GWAS的一部分。看到补充表3的gwas列表汇总统计的复杂特征来自。
扩展数据图10基因之间的相关性地区宗教信仰和政治倾向和一系列复杂的特征和疾病。
遗传相关性(上图)和他们的SEs(下图)基于LD得分回归的RGWASs ideology-related特征(宗教和政治倾向)。罗斯福校正后颜色很重要。绿色数字在左边的部分如下图1的对角线之间的表型相关区域的结果。旁边的蓝色星体特征名称表明英国生物库是特质的GWAS的一部分。看到补充表3的gwas列表汇总统计的复杂特征来自。
权利和权限
关于这篇文章
引用这篇文章
Abdellaoui,。,Hugh-Jones D。Yengo, L。et al。在英国社会分层的遗传关联。Nat哼Behav3,1332 - 1342 (2019)。https://doi.org/10.1038/s41562 - 019 - 0757 - 5
收到了:
接受:
发表:
发行日期:
DOI:https://doi.org/10.1038/s41562 - 019 - 0757 - 5
本文引用的
干细胞的遗传基础职业选择和区域经济性能:一个英国生物库全基因组关联研究
人类基因组学(2023)
合作伙伴的选择,混淆和特征融合导致表型的伴侣相似
自然的人类行为(2023)
社会之间的文化价值观差异的基因预测
科学报告(2023)
与神经发育障碍相关的遗传影响的荟萃分析和共病的条件
自然的人类行为(2023)
框架研究大陆血统的英国生物库
人类基因组学(2022)
