文摘gydF4y2Ba
埃及伊蚊gydF4y2Ba和gydF4y2Ba答:蚊gydF4y2Ba蚊子是登革热病毒的主要载体(DENV)和其它虫媒病毒,包括Zika病毒(ZIKV)。理解的因素影响传播的虫媒病毒蚊子对人类是一个优先级,因为它可以告知公众健康和有针对性的干预措施。推理的病毒之间的交互媒介昆虫可能会影响传播,我们分析了viromes 815城市gydF4y2Ba伊蚊gydF4y2Ba蚊子来自全球12个国家。两个mosquito-specific病毒,Phasi Charoen-like病毒(PCLV)和霍伊Tubiacanga病毒(HTV),是最丰富的gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba在全球范围内。病毒循环的时空分析地方性城市地区发现的几率增加200% DENV在野外gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba蚊子HTV和PCLV都在场的时候。使用在实验室小鼠模型,我们表明,存在着和PCLV蚊子传播的能力增加DENV ZIKV脊椎动物宿主。通过转录组分析,我们发现,在DENV-infected蚊子,存在的差别和PCLV阻止对这些组蛋白H4,我们识别作为体内重要的前病毒的宿主因素。gydF4y2Ba
这是一个预览的订阅内容,gydF4y2Ba通过访问你的机构gydF4y2Ba
访问选项gydF4y2Ba
访问其他自然组合期刊性质和54gydF4y2Ba
得到自然+,请求书在线访问订阅gydF4y2Ba
29.99美元gydF4y2Ba/ 30天gydF4y2Ba
取消任何时候gydF4y2Ba
订阅本杂志gydF4y2Ba
收到12个数字问题和在线访问的文章gydF4y2Ba
每年119.00美元gydF4y2Ba
只有9.92美元的问题gydF4y2Ba
本文租或购买gydF4y2Ba
价格不同的文章类型gydF4y2Ba
从gydF4y2Ba1.95美元gydF4y2Ba
来gydF4y2Ba39.95美元gydF4y2Ba
价格可能受当地税收计算在结帐gydF4y2Ba
数据可用性gydF4y2Ba
小RNA和转录组库从这项研究已经存入顺序读取存档(SRA)在NCBI(项目加入gydF4y2BaPRJNA722589gydF4y2Ba)。序列生成RdRP地区新发现的病毒被存入在入世MZ556103-MZ556111基因库。加入数字小核糖核酸库提供了补充表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。gydF4y2Ba源数据gydF4y2Ba本文提供的。gydF4y2Ba
代码的可用性gydF4y2Ba
这项工作中使用的所有脚本保存在GitHub,可以访问gydF4y2Bahttps://github.com/ericgdp/sRNA-viromegydF4y2Ba1.0版本的代码。gydF4y2Ba
引用gydF4y2Ba
韦弗,s . C。,Charlier, C., Vasilakis, N. & Lecuit, M. Zika, chikungunya, and other emerging vector-borne viral diseases.为基础。启地中海gydF4y2Ba69年gydF4y2Ba,395 - 408 (2018)。gydF4y2Ba
Bhatt,美国等全球分布和登革热的负担。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba496年gydF4y2Ba,504 - 507 (2013)。gydF4y2Ba
墨西拿,j.p. et al。全球传播登革热病毒类型:映射70年历史。gydF4y2Ba趋势MicrobiolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba22gydF4y2Ba,138 - 146 (2014)。gydF4y2Ba
Franklinos, l·h·V。琼斯,k . E。,Redding, D. W. & Abubakar, I. The effect of global change on mosquito-borne disease.柳叶刀感染。说。gydF4y2Ba19gydF4y2Bae302-e312 (2019)。gydF4y2Ba
Kraemer, m . g . et al。过去和未来传播的虫媒病毒向量gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba和gydF4y2Ba白纹伊蚊gydF4y2Ba。gydF4y2BaNat。MicrobiolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,854 - 863 (2019)。gydF4y2Ba
克伦威尔,e·a . et al .昆虫的指标之间的关系gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba丰富和登革热病毒感染。gydF4y2Ba公共科学图书馆Negl。太。说。gydF4y2Ba11gydF4y2Bae0005429 (2017)。gydF4y2Ba
de Almeida j . P。•阿吉亚尔·e·R。,Armache, J. N., Olmo, R. P. & Marques, J. T. The virome of vector mosquitoes.咕咕叫。当今。性研究。gydF4y2Ba49gydF4y2Ba广州(2021)。gydF4y2Ba
•阿吉亚尔,e·r·g·r . et al . Sequence-independent病毒特性表达模式的基础上产生的小分子rna病毒主机。gydF4y2Ba核酸Res。gydF4y2Ba43gydF4y2Ba,6191 - 6206 (2015)。gydF4y2Ba
伊尔,s m . et al .不为人知地登革病毒感染在埃及伊蚊自然种群。gydF4y2BamSpheregydF4y2Ba5gydF4y2Bae00316-20 (2020)。gydF4y2Ba
Ramos-Nino, m . e . et al .盛行的Phasi Charoen-like从野生病毒gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba在格林纳达,W.I.揭示了宏基因组分析。gydF4y2Ba《公共科学图书馆•综合》gydF4y2Ba15gydF4y2Bae0227998 (2020)。gydF4y2Ba
施,c . et al .稳定不同的核心在不同的蚊子真核viromes来自瓜德罗普岛,使用单一的蚊子病毒宏基因组。gydF4y2Ba微生物组gydF4y2Ba7gydF4y2Ba121 (2019)。gydF4y2Ba
Zakrzewski, m . et al .映射的virome野生gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba从凯恩斯和曼谷。gydF4y2Ba科学。代表。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba4690 (2018)。gydF4y2Ba
帕特森,大肠。Villinger, J。,Muthoni, J. N., Dobel-Ober, L. & Hughes, G. L. Exploiting insect-specific viruses as a novel strategy to control vector-borne disease.咕咕叫。当今。昆虫科学。gydF4y2Ba39gydF4y2Ba50-56 (2020)。gydF4y2Ba
Vasilakis: & Tesh r . b . Insect-specific病毒和他们对虫媒病毒传播的潜在影响。gydF4y2Ba咕咕叫。当今。性研究。gydF4y2Ba15gydF4y2Ba,69 - 74 (2015)。gydF4y2Ba
•阿吉亚尔,e·R·g·R。,Olmo, R. P. & Marques, J. T. Virus-derived small RNAs: molecular footprints of host-pathogen interactions.威利Interdiscip。启RNAgydF4y2Ba7gydF4y2Ba,824 - 837 (2016)。gydF4y2Ba
Morazzani, e . M。威利,m R。,Murreddu, M. G., Adelman, Z. N. & Myles, K. M. Production of virus-derived ping-pong-dependent piRNA-like small RNAs in the mosquito soma.公共科学图书馆Pathog。gydF4y2Ba8gydF4y2Bae1002470 (2012)。gydF4y2Ba
麦尔斯,k . M。,Wiley, M. R., Morazzani, E. M. & Adelman, Z. N. Alphavirus-derived small RNAs modulate pathogenesis in disease vector mosquitoes.Proc。《科学。美国gydF4y2Ba105年gydF4y2Ba,19938 - 19943 (2008)。gydF4y2Ba
Frangeul, L。布兰科,H。,Saleh, M.-C. & Suzuki, Y. Differential small RNA responses against co-infecting insect-specific viruses in白纹伊蚊gydF4y2Ba蚊子。gydF4y2Ba病毒gydF4y2Ba12gydF4y2Ba468 (2020)。gydF4y2Ba
Olmo, r . p . et al .控制登革热病毒的中肠gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba异位表达的蛋白质Loqs2 dsrna上。gydF4y2BaNat。MicrobiolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,1385 - 1393 (2018)。gydF4y2Ba
Sedda l . et al。当地登革热病毒传播的空间和时间尺度的自然设置:一项回顾性分析。gydF4y2BaParasit。向量gydF4y2Ba11gydF4y2Ba79 (2018)。gydF4y2Ba
舒尔茨·m·J。,Frydman, H. M. & Connor, J. H. Dual insect specific virus infection limits Arbovirus replication in伊蚊gydF4y2Ba蚊子的细胞。gydF4y2Ba病毒学gydF4y2Ba518年gydF4y2Ba,406 - 413 (2018)。gydF4y2Ba
弗雷德里克斯,a . c . et al。gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba(Aag2)派生克隆蚊子细胞系揭示既存的影响持续感染insect-specific bunyavirus Phasi Charoen-like病毒对虫媒病毒复制。gydF4y2Ba公共科学图书馆Negl。太。说。gydF4y2Ba13gydF4y2Bae0007346 (2019)。gydF4y2Ba
Sedda, L。,Taylor, B. M., Eiras, A. E., Marques, J. T. & Dillon, R. J. Using the intrinsic growth rate of the mosquito population improves spatio-temporal dengue risk estimation.Acta太多。gydF4y2Ba208年gydF4y2Ba105519 (2020)。gydF4y2Ba
林,j j。et al。积极的器官渗透和向量遗传性高流行登革热病毒2世界性的基因型传播小鼠模型。gydF4y2Ba公共科学图书馆Pathog。gydF4y2Ba17gydF4y2Bae1009480 (2021)。gydF4y2Ba
太阳,p . et al .蚊子唾液蛋白促进黄病毒传播自噬的激活。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba11gydF4y2Ba260 (2020)。gydF4y2Ba
Lourenco, j . &莱克尔m .自然持续振荡空间一系列疾病登革热系统与应用程序。gydF4y2Ba公共科学图书馆第一版。医学杂志。gydF4y2Ba9gydF4y2Bae1003308 (2013)。gydF4y2Ba
Lourenco, j . et al . Zika病毒传播的流行病学和生态因素在城市。gydF4y2BaeLifegydF4y2Ba6gydF4y2Bae29820 (2017)。gydF4y2Ba
萨勃拉曼尼亚,等。基因集富集分析:一个基于知识的方法解释全基因组表达谱。gydF4y2BaProc。《科学。美国gydF4y2Ba102年gydF4y2Ba,15545 - 15550 (2005)。gydF4y2Ba
Flaus,。,Downs, J. A. & Owen-Hughes, T. Histone isoforms and the oncohistone code.咕咕叫。当今。麝猫。Dev。gydF4y2Ba67年gydF4y2Ba,61 - 66 (2021)。gydF4y2Ba
里昂,s m . et al .的一个子集replication-dependent组蛋白mrna表达在终末分化组织腺苷酸rna。gydF4y2Ba核酸Res。gydF4y2Ba44gydF4y2Ba,9190 - 9205 (2016)。gydF4y2Ba
Baidaliuk, a . et al . Cell-fusing代理病毒减少虫媒病毒传播gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba蚊子体内。gydF4y2Baj .性研究。gydF4y2Ba93年gydF4y2Bae00705-e00719 (2019)。gydF4y2Ba
Blitvich, b . j . &弗斯,a . e . Insect-specific黄病毒:系统回顾他们的发现、宿主范围、传播方式,重复感染排斥潜在和基因组的组织。gydF4y2Ba病毒gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,1927 - 1959 (2015)。gydF4y2Ba
Colpitts, t . M。、Barthel年代。,Wang, P. & Fikrig, E. Dengue virus capsid protein binds core histones and inhibits nucleosome formation in human liver cells.《公共科学图书馆•综合》gydF4y2Ba6gydF4y2Bae24365 (2011)。gydF4y2Ba
Mourao, d . et al . histone-like主题在黄热病病毒导致病毒复制。预印在gydF4y2BabioRxivgydF4y2Bahttps://doi.org/10.1101/2020.05.05.078782gydF4y2Ba(2020)。gydF4y2Ba
吉拉迪、大肠等。Histone-derived piRNA生源论取决于Piwi5和Ago3乒乓球伙伴gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba。gydF4y2Ba核酸Res。gydF4y2Ba45gydF4y2Ba,4881 - 4892 (2017)。gydF4y2Ba
Varjak, m . et al。gydF4y2Baed蚊gydF4y2BaPiwi4中的匹威蛋白参与抗病毒反应。gydF4y2BamSpheregydF4y2Ba2gydF4y2Bae00144-17 (2017)。gydF4y2Ba
帕里,r & Asgari年代。gydF4y2Ba伊蚊gydF4y2Baanphevirus: insect-specific病毒分布在全球范围内gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba蚊子有复杂的相互影响gydF4y2Ba沃尔巴克氏体属gydF4y2Ba和登革病毒感染细胞。gydF4y2Baj .性研究。gydF4y2Ba92年gydF4y2Bae00224-18 (2018)。gydF4y2Ba
张,G。,Asad, S., Khromykh, A. A. & Asgari, S. Cell fusing agent virus and dengue virus mutually interact in埃及伊蚊gydF4y2Ba细胞系。gydF4y2Ba科学。代表。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba6935 (2017)。gydF4y2Ba
纳萨尔,F。,Erasmus, J. H., Haddow, A. D., Tesh, R. B. & Weaver, S. C. Eilat virus induces both homologous and heterologous interference.病毒学gydF4y2Ba484年gydF4y2Ba51-58 (2015)。gydF4y2Ba
肯尼,j·L。,Solberg, O. D., Langevin, S. A. & Brault, A. C. Characterization of a novel insect-specific flavivirus from Brazil: potential for inhibition of infection of arthropod cells with medically important flaviviruses.j .性研究。gydF4y2Ba95年gydF4y2Ba,2796 - 2808 (2014)。gydF4y2Ba
Romo, H。,肯尼,j·L。,Blitvich, B. J. & Brault, A. C. Restriction of Zika virus infection and transmission in Aedes aegypti mediated by an insect-specific flavivirus.紧急情况。微生物感染。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba1-13 (2018)。gydF4y2Ba
Goenaga, s . et al .潜力mosquito-specific黄病毒合并感染,nhumirim病毒,阻止西尼罗河病毒在蚊子传播。gydF4y2Ba病毒gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,5801 - 5812 (2015)。gydF4y2Ba
Alefelder, S。,Patel, B. K. & Eckstein, F. Incorporation of terminal phosphorothioates into oligonucleotides.核酸Res。gydF4y2Ba26gydF4y2Ba,4983 - 4988 (1998)。gydF4y2Ba
品牌,j . t . et al .定量限和核通路中的R2D2行动顺序gydF4y2Ba果蝇gydF4y2Ba。gydF4y2BaNat。结构。摩尔。杂志。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba能力(2010)。gydF4y2Ba
马丁,m . Cutadapt删除适配器从高通量测序序列读取。gydF4y2BaEMBnet j。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba10 - 12 (2011)。gydF4y2Ba
马修斯b . j . et al .改进的参考基因组gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba通知虫媒病毒病媒控制。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba563年gydF4y2Ba,501 - 507 (2018)。gydF4y2Ba
陈,X.-G。et al。亚洲虎蚊的基因组序列,gydF4y2Ba白纹伊蚊gydF4y2Ba,揭示了洞察其生物学、遗传学和进化论。gydF4y2BaProc。《科学。美国gydF4y2Ba112年gydF4y2BaE5907-E5915 (2015)。gydF4y2Ba
Langmead B。,Trapnell, C., Pop, M. & Salzberg, S. L. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.基因组医学杂志。gydF4y2Ba10gydF4y2BaR25 (2009)。gydF4y2Ba
Zerbino, d . r .使用短内容测序技术的天鹅绒新创汇编。gydF4y2Ba咕咕叫。Protoc。Bioinform。gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1002/0471250953.bi1105s31gydF4y2Ba(2010)。gydF4y2Ba
Bankevich, a . et al .黑桃:一个新的基因组组装算法及其应用单细胞测序。gydF4y2Baj .第一版。医学杂志。gydF4y2Ba19gydF4y2Ba,455 - 477 (2012)。gydF4y2Ba
奥利里:a . et al .参考序列(RefSeq)在NCBI数据库:现状、分类扩张和功能注释。gydF4y2Ba核酸Res。gydF4y2Ba44gydF4y2BaD733-D745 (2016)。gydF4y2Ba
Altschul, s F。、《W。,Miller, W., Myers, E. W. & Lipman, D. J. Basic local alignment search tool.j·摩尔,杂志。gydF4y2Ba215年gydF4y2Ba,403 - 410 (1990)。gydF4y2Ba
傅,L。,Niu, B., Zhu, Z., Wu, S. & Li, W. CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data.生物信息学gydF4y2Ba28gydF4y2Ba,3150 - 3152 (2012)。gydF4y2Ba
•阿吉亚尔,e·r·g·r . et al。一个单向piRNA集群类似于弗拉门戈轨迹EVE-derived转录和小rna的主要来源gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba蚊子。gydF4y2Ba核糖核酸gydF4y2Ba26gydF4y2Ba,581 - 594 (2020)。gydF4y2Ba
Whitfield z . j . et al .多样性,结构和功能的遗传适应性免疫序列gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba基因组。gydF4y2Ba咕咕叫。医学杂志。gydF4y2Ba27gydF4y2Ba,3511 - 3519。e7 (2017)。gydF4y2Ba
使,等。比较基因组学表明病毒集成丰富和表达piRNAs arboviral向量gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba和gydF4y2Ba白纹伊蚊gydF4y2Ba。gydF4y2BaBMC基因组学gydF4y2Ba18gydF4y2Ba512 (2017)。gydF4y2Ba
Katoh, K。,Misawa, K., Kuma, K. & Miyata, T. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform.核酸Res。gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba,3059 - 3066 (2002)。gydF4y2Ba
米勒,m。,Pfeiffer, W. & Schwartz, T. The CIPRES science gateway: a community resource for phylogenetic analyses. In Towns J.Proc。2011 TeraGrid极端数字会议上发现——TG‘11gydF4y2Ba41岁,1 - 8 (ACM出版社,2011年)。gydF4y2Ba
Darriba, d . et al . ModelTest-NG:一个新的和可伸缩的工具选择的DNA和蛋白质进化模型。gydF4y2Ba摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba37gydF4y2Ba,291 - 294 (2020)。gydF4y2Ba
Kumar年代。,Stecher, G., Li, M., Knyaz, C. & Tamura, K. MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms.摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba35gydF4y2Ba,1547 - 1549 (2018)。gydF4y2Ba
Letunic, i &博克,p .互动生命之树(iTOL) v4:最近的更新和新发展。gydF4y2Ba核酸Res。gydF4y2Ba47gydF4y2BaW256-W259 (2019)。gydF4y2Ba
巴勒塔,a . b . f . et al .微生物群激活IMD辛德毕斯感染途径和限制gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba。gydF4y2BaParasit。向量gydF4y2Ba10gydF4y2Ba103 (2017)。gydF4y2Ba
唐纳德·c·l . et al。完整的基因组序列和sfRNA干扰素拮抗剂活性Zika病毒从累西腓,巴西。gydF4y2Ba公共科学图书馆Negl。太。说。gydF4y2Ba10gydF4y2Bae0005048 (2016)。gydF4y2Ba
博尔格、a . M。,Lohse, M. & Usadel, B. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.生物信息学gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba,2114 - 2120 (2014)。gydF4y2Ba
Patro, R。,Duggal, G., Love, M. I., Irizarry, R. A. & Kingsford, C. Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression.Nat方法。gydF4y2Ba14gydF4y2Ba,417 - 419 (2017)。gydF4y2Ba
罗宾逊,m . d . & Oshlack A一个比例微分表达式RNA-seq分析数据的归一化法。gydF4y2Ba基因组医学杂志。gydF4y2Ba11gydF4y2BaR25 (2010)。gydF4y2Ba
罗宾逊,m D。,McCarthy, D. J. & Smyth, G. K. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data.生物信息学gydF4y2Ba26gydF4y2Ba,139 - 140 (2010)。gydF4y2Ba
Korotkevich, g . et al .快速基因集富集分析。预印在gydF4y2BabioRxivgydF4y2Bahttps://doi.org/10.1101/060012gydF4y2Ba(2016)。gydF4y2Ba
迪托马索·p . et al . T-Coffee: web服务器的多序列比对蛋白质和RNA序列使用结构信息和同源性的扩展。gydF4y2Ba核酸Res。gydF4y2Ba39gydF4y2BaW13-W17 (2011)。gydF4y2Ba
Guindon, s . et al。新算法和最大似然估计方法的发展史:评估PhyML 3.0的性能。gydF4y2Ba系统。医学杂志。gydF4y2Ba59gydF4y2Ba,307 - 321 (2010)。gydF4y2Ba
Lefort, V。,Longueville, J.-E. & Gascuel, O. SMS: Smart Model Selection in PhyML.摩尔。杂志。另一个星球。gydF4y2Ba34gydF4y2Ba,2422 - 2424 (2017)。gydF4y2Ba
兰伯特,d . Zero-inflated泊松回归,与应用程序在制造缺陷。gydF4y2Ba技术计量学gydF4y2Ba34gydF4y2Ba1 - 14 (1992)。gydF4y2Ba
Hilbe, j . M。gydF4y2Ba负二项回归gydF4y2Ba(2007)。gydF4y2Ba
卡梅隆,a c & Trivedi p K。gydF4y2Ba回归分析的统计数据gydF4y2Ba(剑桥大学出版社,1998)。gydF4y2Ba
Zeileis,。,Kleiber, C. & Jackman, S. Regression models for count data in R.Softw j . Stat。gydF4y2Ba27gydF4y2Ba8 (2008)。gydF4y2Ba
确认gydF4y2Ba
我们感谢所有ZIKAlliance财团的成员,尤其是a b。Failloux和a科尔帮助建立一个网络的合作者和富有成果的讨论贡献;现任和前任成员品牌实验室和M3i单位——昆虫的先天免疫模型,特别是美国Blandin和n马丁斯的建议和讨论。这个IMCBio跨学科主题研究所的工作,来发现2021 - 2028项目的一部分斯特拉斯堡大学健康科学研究所及支持的国际防务展Unistra (ANR - 10 -国际防务展- 0002),由SFRI-STRAT 'US项目(ANR 20 - sfri - 0012),和欧元IMCBio(代IMCBio ANR - 17 - 0023)框架下的法国未来的投资计划以及由前Labex NetRNA (ANR - 10 - labx - 0036) j.tM和J.-L.I。这项工作也支持由慰问Nacional de Desenvolvimento Cientifico e学府(CNPq) J.T.M. E.R.G.R.A.;Fundacao德帕罗尽管做Estado de米纳斯吉拉斯(FAPEMIG),解开Mineira de Imunobiologicos(批准号忠告- 00140 - 16),解开Mineira de Biomoleculas(批准号忠告- 00125 - 16),西班牙de Ciencia e Tecnologia de Vacinas (INCTV),背景区域德合作倒说是FRCT2020地区Grand-Est——ViroMod和斯特拉斯堡大学的高级研究所(2019年美国新闻署奖学金J.T.M.);谷歌拉美研究奖(劳拉2019)J.T.M. J.P.P.d.A。;M.L.N. FAPESP(批准号必须占州政府13/21719-3);2020年欧盟的地平线ZIKAlliance赠款协议没有研究和创新项目。 734548 and Investissement d’Avenir Programs (ANR-10-LABX-0036 and ANR- 11-EQPX-0022) to J.-L.I. and J.T.M.; and ANR PRC TIGERBRIDGE, grant no. 16-CE35-0010-01 to C.P. J.T.M., B.P.D., E.G.K and M.L.N. are CNPq Research Fellows. M.L.N. was partly funded by the Centers for Research in Emerging Infectious Diseases (CREID), the Coordinating Research on Emerging Arboviral Threats Encompassing the Neotropics (CREATE-NEO) grant U01 AI151807 by the National Institutes of Health (NIH/USA). This study was financed in part by the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior—Brasil (CAPES)—Finance Code 001 to J.T.M. and V.A.-S. R.P.O. received a post-doctoral fellowship from CAPES.
作者信息gydF4y2Ba
作者和联系gydF4y2Ba
贡献gydF4y2Ba
R.P.O.,E.R.G.R.A., J.-L.I. and J.T.M conceived the project. R.P.O., Y.M.H.T., E.R.G.R.A., J.P.P.d.A., J.N.A., L.S. and J.T.M. designed the experiments and performed computational analysis. R.P.O., Y.M.H.T., I.J.S.d.F., F.V.F., A.G.A.F., S.C.G.A., A.T.S.S., K.P.R.d.S., A.P.P.V. and A.B. performed experiments. C.H.T., M.D., A.G., C.P., J.O.-N., T.M.V., C.J.M.K., M.A.W., A.L.C.C., M.T.P., M.C.P.P., M.L.N., V.A.-S., R.N.M., M.A.Z.B., B.P.D., E.G.K. and E.M. provided samples and reagents. M.R. performed the mathematical modelling. R.P.O., Y.M.H.T., E.R.G.R.A., J.-L.I. and J.T.M. wrote the manuscript. All authors read and contributed to manuscript editing.
相应的作者gydF4y2Ba
道德声明gydF4y2Ba
相互竞争的利益gydF4y2Ba
作者宣称没有利益冲突。gydF4y2Ba
同行评审gydF4y2Ba
同行审查的信息gydF4y2Ba
微生物学性质gydF4y2Ba感谢匿名评论者对他们的贡献的同行评审工作。gydF4y2Ba
额外的信息gydF4y2Ba
出版商的注意gydF4y2Ba施普林格自然保持中立在发表关于司法主权地图和所属机构。gydF4y2Ba
扩展数据gydF4y2Ba
扩展数据图1同现的139病毒重叠群集群中确定gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba和gydF4y2Ba答:蚊gydF4y2Ba蚊子。gydF4y2Ba
热图代表小RNA丰富的139年91年的小RNA病毒重叠群库gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba和gydF4y2Ba答:蚊gydF4y2Ba蚊子。白色表示没有重叠群的小分子rna映射。叠连群集群定义使用的热图上所示的系统树图。集群的规模序列被列为该假定的病毒。病毒的存在被认为是如果> 50%的重叠群属于集群为代表。gydF4y2Ba
扩展数据图2病毒发展史中确定gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba蚊子。gydF4y2Ba
系统发育树生成使用RdRp氨基酸(aa)或核苷酸(nt)序列和替代模型表示:gydF4y2Ba一个gydF4y2BaAslam narnavirus (aa - LG + G);gydF4y2BabgydF4y2Ba,Nyamuk partiti-like病毒(aa - BLOSUM 62);gydF4y2BacgydF4y2Ba,奥比斯virgavirus (aa - BLOSUM62 + F);gydF4y2BadgydF4y2Ba,Bahianus弹状病毒(aa - BLOSUM62);gydF4y2BaegydF4y2Ba93年,Lactea totivirus (nt - Tamura-Nei)。引导显示信心接近每一个进化枝和值低于60%都被省略了。gydF4y2Ba
扩展数据图3 Virus-derived小RNA概要蚊子。gydF4y2Ba
小RNA大小分布和5 '基地偏好显示在左边的密度小RNA(覆盖率)显示在右边代表重叠群(s)的研究中确定的12个病毒。gydF4y2Ba
扩展数据图4病毒在蚊子从不同的收集网站的负担。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba池中,大量的小RNA序列库从每个位置。每个点代表小RNA叠连群,丰度和小提琴情节代表重叠群集群(见扩展数据图。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)在不同的位置与颜色匹配的蚊子。误差线代表的标准差均值为每个位置。每个位置重叠群的数量分析上述每个图。gydF4y2BabgydF4y2Ba最新发现的病毒的检测代表叠连群RT-qPCR(黑条)相比,小rna的检测(20 - 30元长度)相同的给定叠连群(灰条)。RT-qPCR对内源性组成型基因检测是规范化gydF4y2BaRpL32gydF4y2Ba。*,表明传统的rt - pcr的检测。gydF4y2BacgydF4y2Ba,病毒重叠群使用独立集常规rt - pcr检测的引物对。常规PCR和qPCR重复两次在同一个样本。病毒的预期大小重叠群。gydF4y2BansgydF4y2Ba表示非特异性带。gydF4y2BadgydF4y2Ba、序列变异病毒重叠群之间的奥比斯virgavirus RNA样本来自苏里南地区RT-qPCR互补的引物。gydF4y2BaegydF4y2Ba,比例相对RT-qPCR和小RNA为每个病毒丰度。独立的蚊子的数量每病毒样本分析上述每个图。gydF4y2BafgydF4y2Ba,结合DENV发病率和ZIKV蚊子捕获位置在前面,当前,随后几年的集合(由−1 0和+ 1,分别)。为每个位置数据从公共资源中获得。gydF4y2Ba
扩展数据图5描述HTV PCLV野外和实验室感染蚊子。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba蚊子携带HTV的地理分布和PCLV Caratinga,巴西。地图显示的密度的成年人gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba蚊子捕获从2010年7月到2011年8月从蚊子的数量估计在个人陷阱捕获。所有蚊子,HTV积极PCLV-positive和双显示积极的个人。病毒检测是由RT-qPCR。地图来源:公开。gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BacgydF4y2Ba组织趋向性HTV PCLV在自然和人工感染gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba蚊子。gydF4y2BabgydF4y2Ba蚊子的解剖和组织测试,方案供RT-qPCR病毒感染。饼图显示HTV和PCLV感染的患病率,评估组织的自然感染野生蚊子或实验室的蚊子注射HTV PCLV。个人组织检测病毒存在于解剖在2 - 4 - 6 - 8天邮报注入(gydF4y2Ba结论gydF4y2Ba由RT-qPCR)。gydF4y2BacgydF4y2Ba,通过rt - pcr检测的存在和PCLV鸡蛋。鸡蛋都与蒸馏水冲洗(无治疗组)或用漂白剂(活性氯2 5%)之前RNA提取。内生组成型基因gydF4y2BaRpL32gydF4y2Ba被用来放大控制。结果是代表两个独立的实验。gydF4y2Bad egydF4y2Ba、HTV PCLV不生长在哺乳动物细胞培养。维洛细胞暴露在蚊子提取包含HTV (gydF4y2BadgydF4y2Ba)和PCLV (gydF4y2BaegydF4y2Ba),上层清液收集在1 -,3 -和5天邮报曝光。一个包含10个高峰gydF4y2Ba5gydF4y2Bapfu水泡性口炎病毒(VSV)添加之前RNA提取和使用规范化存在的量化和PCLV上层清液。没有统计上的显著差异在HTV PCLV水平1 -,3 -和感染后的5天内由双边单向方差分析与瘸子修正多重比较。点和误差表示的意思是平均数标准误差,分别。gydF4y2BangydF4y2Ba表明独立组织培养井测试的数量为每个病毒在每个时间点。gydF4y2Ba
扩展数据图6 HTV PCLV促进系统性ZIKV感染蚊子。gydF4y2Ba
得了gydF4y2Ba、战略评估存在的干扰和PCLV ZIKV感染和复制在自然种群的蚊子。(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)HTV / PCLV-infected和无病毒感染ZIKV野生蚊子种群胸内的注入。感染的病毒载量和流行率的测定(gydF4y2BabgydF4y2Ba)中肠和(gydF4y2BacgydF4y2Ba)的蚊子尸体在2 - 4 - 8天喂食。感染的患病率在每组如下所示的情节。gydF4y2Bad-fgydF4y2Ba实验室的蚊子(gydF4y2BadgydF4y2Ba)被感染人为HTV和PCLV 7天后ZIKV-infected老鼠被喂食。感染的病毒载量和流行率的测定(gydF4y2BaegydF4y2Ba)中肠和(gydF4y2BafgydF4y2Ba)尸体的蚊子在4 - 8天注射。感染的患病率在每组如下所示的情节。gydF4y2Ba胃肠道gydF4y2Ba、实验室的蚊子被感染人为HTV和PCLV或控制(模拟)和7天后感染ZIKV胸廓内的注入。感染的病毒载量和流行率的测定(gydF4y2BahgydF4y2Ba)中肠和(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba)的蚊子尸体在2 - 4 - 8天注射。感染的患病率在每组如下所示的情节。gydF4y2Baj-ngydF4y2Ba、野生蚊子种群自然感染HTV和PCLV获准饲料ZIKV或mock-infected控制感染的老鼠。病毒载量的存在和PCLV测量中肠(gydF4y2Bak, lgydF4y2Ba在尸体)和(gydF4y2Bam, ngydF4y2Ba)的蚊子在4 - 8和14天喂食。gydF4y2Bao-pgydF4y2Ba,HTV / PCLV-infected或控制蚊子被暴露于ZIKV-infected老鼠(gydF4y2BaogydF4y2Ba)。感染的病毒载量和患病率以唾液腺(gydF4y2BapgydF4y2Ba在指定的时间点)的蚊子。饼图下面每组表明ZIKV感染的患病率。gydF4y2Bad.p.fgydF4y2Ba。——喂,天gydF4y2Ba结论gydF4y2Ba。——天注射后,gydF4y2BaNSgydF4y2Ba——不。在盒子的gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba,gydF4y2BahgydF4y2Ba,gydF4y2Ba我gydF4y2Ba,gydF4y2BakgydF4y2Ba,gydF4y2BalgydF4y2Ba,gydF4y2Ba米gydF4y2Ba,gydF4y2BangydF4y2Ba,gydF4y2BapgydF4y2Ba,gydF4y2Ba框显示第二个和第三个四分位范围除以平均而胡须表示最大和最小值。统计学意义是由双尾Mann-Whitney紫外线测试。感染样本的数字测试总数高于每一列表示。每个点代表一个单独的样品。统计学意义的患病率被双尾确切概率法确定。gydF4y2Ba
扩展数据图7在野生蚊子携带HTV和PCLV基因差异表达。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba基因差异表达,在野生蚊子携带的尸体HTV PCLV或未受感染的兄弟姐妹在DENV感染4、8和14天喂食。gydF4y2BabgydF4y2Ba、上下调节基因对于感染HTV和PCLV在每个时间点所示gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba。常见的基因在时间点所示。gydF4y2BacgydF4y2Ba、免疫基因调控在感染HTV PCLV相比DENV感染后病毒脱毒的兄弟姐妹在不同的时间。gydF4y2Bad egydF4y2Ba,胸腔内注入ZIKV野生蚊子携带HTV和PCLV或病毒免费的兄弟姐妹(gydF4y2BadgydF4y2Ba)。组蛋白H4水平量化蚊中肠的2,4,8天邮报注入ZIKV (gydF4y2BaegydF4y2Ba)。误差的平均值和标准偏差的意思是,和统计学意义是由两面单向方差分析与图基修正多重比较。gydF4y2Ba做减法gydF4y2Ba,人工感染实验室蚊子和HTV PCLV不调节组蛋白H4的水平。gydF4y2BaggydF4y2Ba、实验室的蚊子是人工感染HTV PCLV和组蛋白H4水平在不同时间点进行了分析。在盒子的gydF4y2BaegydF4y2Ba和gydF4y2BaggydF4y2Ba,gydF4y2Ba框显示第二个和第三个四分位范围除以平均而胡须表示最大和最小值。统计数据进行使用双面单向方差分析与图基修正多重比较。每个点代表一个单独的样品。gydF4y2BaCPMgydF4y2Ba——计数每百万,gydF4y2Ba结论gydF4y2Ba。感染后的几天,gydF4y2BaNSgydF4y2Ba——不。gydF4y2Ba
扩展数据图8组蛋白基因的基因组的复杂性gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba,gydF4y2Ba组蛋白H4gydF4y2Ba基因拷贝gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba基因组(Vectorbase版本52)reannotated使用爆炸相似搜索进一步确认RNA-seq读取映射到每个基因复制。连同其他gydF4y2Ba组蛋白gydF4y2Ba基因目前在Vectorbase注释,染色体的拷贝数量或supercontigs和最大的集群基因突出显示。gydF4y2BabgydF4y2Ba、组织最大的集群组蛋白基因的3号染色体上的灰色框。gydF4y2BacgydF4y2Ba,Weblogo显示保护氨基酸序列的组蛋白H4开放阅读框架,只有不同的职位36到98年,分别由一个圆和一个星号表示。氨基酸的数量每个位置的变化。gydF4y2BadgydF4y2Ba组蛋白H4基因核苷酸序列相似性根据组织的系统树图的表达式表示的热图的不同gydF4y2Ba埃及伊蚊gydF4y2Ba组织。引导价值超过60所示。gydF4y2Ba组蛋白H4gydF4y2Ba集群中的基因定位在染色体3所示灰色框和一个聚腺苷酸化信号的存在。gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2Ba组蛋白H4gydF4y2Ba基因表达在野生蚊子种群中存在和PCLV DENV感染或病毒免费的兄弟姐妹,量化的RT-qPCR互补dna合成用随机引物(五个一)或固定低聚糖dTgydF4y2Ba22gydF4y2Ba。gydF4y2Ba结论gydF4y2Ba注射后的天数。在gydF4y2BadgydF4y2BaSRA加入数字所示顺序相同的热图:女性全身(non-BFgydF4y2BaSRR1585314gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1585315gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1585316gydF4y2Ba;48 h post-BFgydF4y2BaSRR1532683gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1532684gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1532685gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1532693gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1532694gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1532695gydF4y2Ba);女性大脑(48 h post-BFgydF4y2BaSRR1166497gydF4y2Ba;96 h post-BFgydF4y2BaSRR1167481gydF4y2Ba);男(大脑gydF4y2BaSRR1167543gydF4y2Ba);女性唾液腺(gydF4y2BaSRR2659965gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR2659966gydF4y2Ba);女性中肠(gydF4y2BaSRR5288077gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR5288080gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR5288082gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR5288087gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR5288093gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR5288100gydF4y2Ba);女性malp。小管(non-BFgydF4y2BaSRR3680433gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR3680434gydF4y2Ba);女性尸体(12 h post-BFgydF4y2BaSRR923823gydF4y2Ba;24小时post-BFgydF4y2BaSRR923830gydF4y2Ba;36 h post-BFgydF4y2BaSRR923835gydF4y2Ba;48 h post-BFgydF4y2BaSRR923841gydF4y2Ba;60 h post-BFgydF4y2BaSRR923847gydF4y2Ba;72 h post-BFgydF4y2BaSRR923736gydF4y2Ba);有限元法。尸体(没有卵巢)24 h post-BF (gydF4y2BaSRR388683gydF4y2Ba);有限元法。低的天线转换开关。束(0 h post-matinggydF4y2BaSRR3213863gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR3213864gydF4y2Ba;6 h post-matinggydF4y2BaSRR3213865gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR3213866gydF4y2Ba;24小时post-matinggydF4y2BaSRR3213867gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR3213868gydF4y2Ba);男性精子(早期gydF4y2BaSRR3554588gydF4y2Ba;晚些时候gydF4y2BaSRR3554589gydF4y2Ba);男性睾丸(gydF4y2BaSRR6311395gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR6311396gydF4y2Ba);胚胎(4 - 8小时gydF4y2BaSRR1578254gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1578255gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1578256gydF4y2Ba);一天老女性卵巢(gydF4y2BaSRR388680gydF4y2Ba);女性卵巢(non-BFgydF4y2BaSRR1167515gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1167516gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1167517gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1167518gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1167519gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1167520gydF4y2Ba;24小时post-BFgydF4y2BaSRR388682gydF4y2Ba;96 h post-BFgydF4y2BaSRR1167538gydF4y2Ba,gydF4y2BaSRR1167539gydF4y2Ba)。gydF4y2Baf-hgydF4y2Ba的组蛋白H4,沉默RNA干扰在成年蚊子。gydF4y2BafgydF4y2Ba,战略dsRNA介导基因沉默在成年蚊子。gydF4y2Bag-hgydF4y2Ba组蛋白H4水平中肠的ISV自由实验室的蚊子(gydF4y2BaggydF4y2Ba)或野生蚊子携带HTV和PCLV (gydF4y2BahgydF4y2Ba)注射dsRNA针对GFP (dsGFP)控制或组蛋白H4 (dsH4) 4天喂食。gydF4y2Ba我gydF4y2BaAGO2水平在中肠的蚊子携带HTV和PCLV注射dsRNA针对GFP (dsGFP)控制或AGO2 (dsAGO2)。每个点代表一个单独的样品。在盒子的gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2BaggydF4y2Ba,gydF4y2BahgydF4y2Ba,gydF4y2Ba我gydF4y2Ba,gydF4y2Ba框显示四分位范围除以平均而胡须表示最大和最小值。统计学意义决定使用双面单向方差分析与图基修正多重比较。gydF4y2Ba
补充信息gydF4y2Ba
补充表gydF4y2Ba
补充表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba小核糖核酸库的概述gydF4y2Ba。小核糖核酸库的元数据在我们的研究中使用(SRA存款ID,物种,蚊子捕获位置,每个池的蚊子数量,RNA治疗,和测序方法)。补充表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba小RNA装配指标gydF4y2Ba。详细信息的重叠群装配长度> 50元,> 199元/小RNA图书馆。补充表gydF4y2Ba3gydF4y2Ba的概述与相似重叠群病毒序列存入基因库gydF4y2Ba。BLASTn的详细信息或从叠连群BLASTp打匹配病毒序列长度(> 199元)/小RNA图书馆。补充表gydF4y2Ba4gydF4y2Ba概述CD-Hit集群gydF4y2Ba。的重叠群组成每个CD-Hit集群。补充表gydF4y2Ba5gydF4y2Ba在这项研究中使用的寡核苷酸gydF4y2Ba。补充表gydF4y2Ba6gydF4y2Ba参数用来模拟DENV传播gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
源数据gydF4y2Ba
源数据图1gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据图2gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据图3gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据图4gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据图5gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据表1数据Fig. /扩展gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据表2数据Fig. /扩展gydF4y2Ba
源数据Newick和fasta格式。gydF4y2Ba
源数据表3数据Fig. /扩展gydF4y2Ba
源数据覆盖的情节在床上用Excel表格格式和酒吧的阴谋。gydF4y2Ba
源数据表4数据Fig. /扩展gydF4y2Ba
统计源数据,未经加工的凝胶图像。gydF4y2Ba
源数据扩展数据Fig. /表5gydF4y2Ba
统计源数据,未经加工的凝胶图像。gydF4y2Ba
源数据扩展数据Fig. /表6gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据扩展数据Fig. /表7gydF4y2Ba
统计数据来源。gydF4y2Ba
源数据扩展数据Fig. /表8gydF4y2Ba
统计源数据,组蛋白基因的注释gff3格式。gydF4y2Ba
权利和权限gydF4y2Ba
Springer性质或其许可方(例如一个社会或其他合作伙伴)拥有独占权下本文与作者出版协议(s)或其他情况下(年代);作者self-archiving接受这篇文章的手稿版本是完全由这样的出版协议的条款和适用法律。gydF4y2Ba
关于这篇文章gydF4y2Ba
引用这篇文章gydF4y2Ba
Olmo, r。,Todjro, Y.M.H., Aguiar, E.R.G.R.et al。gydF4y2Ba蚊子对登革热是由insect-specific病毒调制能力。gydF4y2BaNat MicrobiolgydF4y2Ba8gydF4y2Ba,135 - 149 (2023)。https://doi.org/10.1038/s41564 - 022 - 01289 - 4gydF4y2Ba
收到了gydF4y2Ba:gydF4y2Ba
接受gydF4y2Ba:gydF4y2Ba
发表gydF4y2Ba:gydF4y2Ba
发行日期gydF4y2Ba:gydF4y2Ba
DOIgydF4y2Ba:gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1038/s41564 - 022 - 01289 - 4gydF4y2Ba
本文引用的gydF4y2Ba
微生物群在disease-transmitting向量gydF4y2Ba
自然评论微生物学gydF4y2Ba(2023)gydF4y2Ba
