摘要gydF4y2Ba
SWI/SNF家族的染色质重塑复合物在核小体缺失、转录活性启动子区域(ndr)的形成中起作用gydF4y2Ba1gydF4y2Ba，gydF4y2Ba2gydF4y2Ba。在酵母中gydF4y2Ba酿酒酵母gydF4y2Ba，基本的SWI/SNF复合物RSCgydF4y2Ba3.gydF4y2Ba包含16个亚基，包括atp依赖的DNA转位酶Sth1gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba5gydF4y2Ba。RSC从启动子区域移除核小体gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba并定位ndr侧面的特化的+1和- 1核小体gydF4y2Ba8gydF4y2Ba，gydF4y2Ba9gydF4y2Ba。在这里，我们展示了与核小体配合物的RSC的低温电镜结构。该结构揭示了RSC形成五个蛋白质模块，并提出了重塑机制的关键特征。身体模块作为四个灵活模块的支架，我们称之为dna相互作用模块，atp酶模块，手臂模块和肌动蛋白相关蛋白模块。DNA相互作用模块结合核外体DNA并参与启动子DNA元件的识别gydF4y2Ba8gydF4y2Ba，gydF4y2Ba10gydF4y2Ba，gydF4y2Ba11gydF4y2Ba影响RSC功能的因素gydF4y2Ba12gydF4y2Ba。atp酶和臂模块分别夹在具有Snf2 atp偶联(SnAC)结构域和手指螺旋的核小体圆盘上。atp酶模块的转位马达在超螺旋位置+2与核小体边缘接合。移动ARP模块可能通过调节转位酶-核小体相互作用来调节RSC活性gydF4y2Ba5gydF4y2Ba。rsc -核小体结构为了解NDR的形成以及在癌症中经常发生突变的人类SWI/SNF复合物的结构和功能提供了基础gydF4y2Ba13gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
这是订阅内容的预览，gydF4y2Ba通过你的机构访问gydF4y2Ba
相关的文章gydF4y2Ba
引用这篇文章的开放获取文章。gydF4y2Ba
内聚蛋白装载器和染色质重塑器之间的功能串扰gydF4y2Ba
自然通讯gydF4y2Ba开放获取gydF4y2Ba12月13日gydF4y2Ba
核小体结合的人PBAF复合物的结构gydF4y2Ba
自然通讯gydF4y2Ba开放获取gydF4y2Ba2022年12月10日gydF4y2Ba
SMARCC2通过染色质重塑介导转录因子EGR1对DKK1的调控，从而降低胶质母细胞瘤的增殖能力gydF4y2Ba
细胞死亡与疾病gydF4y2Ba开放获取gydF4y2Ba2022年11月23日gydF4y2Ba
访问选项gydF4y2Ba
访问Nature和其他54种Nature组合期刊gydF4y2Ba
获取自然+，我们最具价值的在线订阅gydF4y2Ba
每月29.99美元gydF4y2Ba
随时取消gydF4y2Ba
订阅本刊gydF4y2Ba
接收51个印刷问题和在线访问gydF4y2Ba
每年$199.00gydF4y2Ba
每期只要3.90美元gydF4y2Ba
租用或购买这篇文章gydF4y2Ba
只要你需要，就可以得到这篇文章gydF4y2Ba
39.95美元gydF4y2Ba
价格可能会在结账时计算当地税收gydF4y2Ba
数据可用性gydF4y2Ba
rsc -核小体复合体结构的坐标文件保存在蛋白质数据库中，并附有登录码gydF4y2Ba6 tdagydF4y2Ba。用于模型构建的低温电镜图均存储在电子显微镜数据库中，并附有登录码gydF4y2Baemd - 10465gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
参考文献gydF4y2Ba
Lorch, Y. & Kornberg, R. D.转录的染色质重塑。gydF4y2Ba问:Rev. BiophysgydF4y2Ba。gydF4y2Ba50gydF4y2Ba， 5(2017)。gydF4y2Ba
Clapier, C. R, Iwasa, J, Cairns, B. R和Peterson, C. L. atp依赖性染色质重塑复合物的作用和调控机制。gydF4y2BaNat. Rev. Mol.细胞生物学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba18gydF4y2Ba中文信息学报，407-422(2017)。gydF4y2Ba
凯恩斯，b.r.等。RSC，一个重要的，丰富的染色质重塑复合体。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba87gydF4y2Ba， 1249-1260(1996)。gydF4y2Ba
Saha, A, Wittmeyer, J. & Cairns, B. R. RSC的染色质重塑涉及atp依赖性DNA易位。gydF4y2Ba基因开发gydF4y2Ba。gydF4y2Ba16gydF4y2Ba， 2120-2134(2002)。gydF4y2Ba
克拉皮尔，c.r.等。染色质重塑器RSC/Sth1内DNA易位效率的调控增强了核小体的滑动和射出。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba62gydF4y2Ba， 453-461(2016)。gydF4y2Ba
克里滕斯坦，N.等。用纯蛋白质重组基因组核小体组织。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba167gydF4y2Ba， 709-712(2016)。gydF4y2Ba
Klein-Brill, A.， Joseph-Strauss, D.， Appleboim, A.和Friedman, N.。RSC染色质重塑复合体瞬时耗损过程中染色质和转录的动力学。gydF4y2Ba细胞代表gydF4y2Ba。gydF4y2Ba26gydF4y2Ba中文信息学报，279-292(2019)。gydF4y2Ba
库比克等人。酵母中所有蛋白质编码基因的核小体稳定性区分了两种不同的启动子类型。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba60gydF4y2Ba， 422-434(2015)。gydF4y2Ba
Ramachandran, S, Zentner, G. & Henikoff, S.出芽酵母基因组中的不对称核小体侧面启动子。gydF4y2Ba基因组ResgydF4y2Ba。gydF4y2Ba25gydF4y2Ba， 381-390(2015)。gydF4y2Ba
巴迪斯，G.等。酵母转录因子基序文库揭示了Rsc3在靶向核小体排斥启动子中的广泛功能。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba32gydF4y2Ba; 878-887(2008)。gydF4y2Ba
Lorch, Y.， Maier-Davis, B. & Kornberg, R. D. DNA序列在染色质重塑和核小体无区形成中的作用。gydF4y2Ba基因开发gydF4y2Ba。gydF4y2Ba28gydF4y2Ba中文信息学报，2492-2497(2014)。gydF4y2Ba
库比克等人。RSC重塑器和一般调节因子的序列定向作用调节+1核小体的位置以促进转录。gydF4y2Ba摩尔细胞gydF4y2Ba71gydF4y2Ba， 89-102(2018)。gydF4y2Ba
动物SWI/SNF染色质重塑复合物在人类疾病中的组成和功能。gydF4y2Ba冷泉港。计算机协会。量子医学杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba81gydF4y2Ba， 53-60(2016)。gydF4y2Ba
Chambers, a.l.， Pearl, l.h.， Oliver, a.w.和Downs, j.a.。Rsc2的BAH结构域是组蛋白H3结合结构域。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba41gydF4y2Ba中文信息学报，9168-9182(2013)。gydF4y2Ba
Kasten等人。染色质重塑器RSC中的串联溴结构域识别乙酰化组蛋白h3lys14。gydF4y2BaEMBO JgydF4y2Ba。gydF4y2Ba23gydF4y2Ba， 1348-1359(2004)。gydF4y2Ba
VanDemark, a.p.等人。Gcn5乙酰化对Rsc4串联溴结构域的自动调控。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba27gydF4y2Ba中文信息学报，817-828 (2007)gydF4y2Ba
李，M.等。Snf2介导的染色质重塑的DNA易位机制。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba567gydF4y2Ba， 409-413(2019)。gydF4y2Ba
Saha, A, Wittmeyer, J. & Cairns, B. R.通过核小体内部位点的定向DNA易位进行染色质重塑。gydF4y2BaNat。结构。摩尔。杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba12gydF4y2Ba， 747-755(2005)。gydF4y2Ba
舒伯特，H. L.等。SWI/SNF染色质重塑器的肌动蛋白相关亚复合物的结构。gydF4y2Ba自然科学进展。美国gydF4y2Ba110gydF4y2Ba中文信息学报，3345-3350(2013)。gydF4y2Ba
Szerlong, H.等人。HSA结构域结合核肌动蛋白相关蛋白调节染色质重塑三磷酸腺苷酶。gydF4y2BaNat。结构。摩尔。杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba15gydF4y2Ba， 469-476(2008)。gydF4y2Ba
Sen, P.等人。SWI/SNF的SnAC结构域是重塑所需的组蛋白锚点。gydF4y2Ba摩尔。细胞。医学杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba33gydF4y2Ba， 360-370(2013)。gydF4y2Ba
Lorch, Y.， Maier-Davis, B. & Kornberg, R. D.组蛋白乙酰化抑制RSC并稳定+1核小体。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba。gydF4y2Ba72gydF4y2Ba， 594-600(2018)。gydF4y2Ba
Cakiroglu, A.等。染色质交易的全基因组重构表明，RSC优先破坏含h2az的核小体。gydF4y2Ba基因组ResgydF4y2Ba。gydF4y2Ba29gydF4y2Ba， 988-998(2019)。gydF4y2Ba
Suto, r.k.， Clarkson, m.j.， Tremethick, d.j.和Luger, K.含有变异组蛋白h2a的核小体核心颗粒的晶体结构。gydF4y2BaNat。结构。医学杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba， 1121-1124(2000)。gydF4y2Ba
Materne, P.等。组蛋白H2B泛素化通过在ste11主调控位点反对rsc依赖性染色质重塑来抑制配子发生。gydF4y2BaeLifegydF4y2Ba5gydF4y2Ba， e13500(2016)。gydF4y2Ba
rsc相关亚核小体定义酵母中mnase敏感启动子。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba73gydF4y2Ba中文信息学报，238-249(2019)。gydF4y2Ba
gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba486gydF4y2Ba中文信息学报，496-501(2012)。gydF4y2Ba
M. L.等人。SWI/SNF具有内在的核小体分解活性，依赖于邻近的核小体。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba38gydF4y2Ba， 590-602(2010)。gydF4y2Ba
帕特尔，a.b.等。染色质重塑者RSC的结构及其核小体参与的见解。gydF4y2BaeLifegydF4y2Ba8gydF4y2Ba， e54449(2019)。gydF4y2Ba
是的，Y.等。与核小体结合的RSC复合物的结构。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba366gydF4y2Ba， 838-843(2019)。gydF4y2Ba
Han, Y.， Reyes, A. A.， Malik, S.和He, Y.核小体结合的SWI/SNF染色质重塑复合体的低温电镜结构。预印本请登录https://www.bioRxiv.org/content/10.1101/805184v1(2019)。gydF4y2Ba
凯恩斯，b.r.等。两种功能不同的RSC核小体重塑复合体，包含必需的AT钩，BAH和溴结构域。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba4gydF4y2Ba， 715-723 (1999)gydF4y2Ba
Rigaut, G.等。一种用于蛋白质复合物表征和蛋白质组学探索的通用蛋白质纯化方法。gydF4y2BaNat。gydF4y2Ba。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba， 1030-1032(1999)。gydF4y2Ba
Lorch, Y. & Kornberg, R. D.从gydF4y2Ba酿酒酵母gydF4y2Ba。gydF4y2Ba方法EnzymolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba377gydF4y2Ba， 316-322(2003)。gydF4y2Ba
Luger, K.， Rechsteiner, T. J.和Richmond, T. J.重组组蛋白的表达和纯化及核小体的重建。gydF4y2Ba方法Mol. BiolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba119gydF4y2Ba， 1-16(1999)。gydF4y2Ba
戴尔，P. N.等。重组组蛋白和DNA重组核小体核心颗粒。gydF4y2Ba方法EnzymolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba375gydF4y2Ba， 23-44(2003)。gydF4y2Ba
Maskell, d.p.等人。逆转录病毒整合入核小体的结构基础。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba523gydF4y2Ba， 366-369(2015)。gydF4y2Ba
Lowary, p.t. & Widom, J.新的DNA序列规则与组蛋白八聚体的高亲和力结合和序列定向核小体定位。gydF4y2BaJ.摩尔生物学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba276gydF4y2Ba， 19-42(1998)。gydF4y2Ba
卡斯特纳，B.等。GraFix:用于单粒子电子低温显微镜的样品制备。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba， 53-55(2008)。gydF4y2Ba
脆弱大分子复合物在单粒子低温电镜下的稳定性。gydF4y2Ba方法EnzymolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba481gydF4y2Ba， 109-126(2010)。gydF4y2Ba
Tegunov, D. & Cramer, P.实时低温电镜数据预处理与Warp。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba16gydF4y2Ba中文信息学报，1146-1152(2019)。gydF4y2Ba
Zivanov等人。用于RELION-3高分辨率低温电镜结构自动测定的新工具。gydF4y2BaeLifegydF4y2Ba7gydF4y2Ba， e42166(2018)。gydF4y2Ba
彼得森，e.f.等人。UCSF chimera -用于探索性研究和分析的可视化系统。gydF4y2Baj .第一版。化学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba25gydF4y2Ba， 1605-1612(2004)。gydF4y2Ba
张丽娟，张丽娟，张丽娟，张丽娟。RSC染色质重塑复合体的结构分析。gydF4y2Ba自然科学进展。美国gydF4y2Ba99gydF4y2Ba[j]， 2002。gydF4y2Ba
Chaban, Y.等。rsc -核小体复合物的结构及其对染色质重塑的见解。gydF4y2BaNat。结构。摩尔。杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba15gydF4y2Ba， 1272-1277(2008)。gydF4y2Ba
Leschziner, a.e.等。用电镜和正交倾斜重建法观察染色质重塑剂RSC的构象柔韧性。gydF4y2Ba自然科学进展。美国gydF4y2Ba104gydF4y2Ba中文信息学报，2007)。gydF4y2Ba
埃姆斯利，P.，洛坎普，B.，斯科特，W. G.和考坦，K.。gydF4y2BaActa Crystallogr。DgydF4y2Ba66gydF4y2Ba中文信息学报，486-501(2010)。gydF4y2Ba
Kidmose, r.t.等。gydF4y2BaNamdinatorgydF4y2Ba-自动分子动力学柔性拟合结构模型到低温电镜和晶体学实验图。gydF4y2BaIUCrJgydF4y2Ba6gydF4y2Ba， 526-531(2019)。gydF4y2Ba
亚当斯博士等人。PHENIX:基于python的综合性大分子结构解决方案系统。gydF4y2BaActa Crystallogr。DgydF4y2Ba66gydF4y2Ba科学通报，213-221(2010)。gydF4y2Ba
Song, Y.等。利用RosettaCM进行高分辨率比较建模。gydF4y2Ba结构gydF4y2Ba21gydF4y2Ba科学通报，1735-1742(2013)。gydF4y2Ba
拉曼，S.等。利用Rosetta进行CASP8全原子精化的结构预测。gydF4y2Ba蛋白质gydF4y2Ba77gydF4y2Ba(增刊9)，89-99(2009)。gydF4y2Ba
van Dijk, M. & Bonvin, a . M. 3D-DART: DNA结构建模服务器。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba37gydF4y2Ba， w235-w239(2009)。gydF4y2Ba
沃特豪斯，A.等。SWISS-MODEL:蛋白质结构和复合物的同源性建模。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba46gydF4y2Ba， w296-w303(2018)。gydF4y2Ba
Bienert, S.等。SWISS-MODEL存储库-新特性和功能。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba45gydF4y2Ba， d313-d319(2017)。gydF4y2Ba
Charlop-Powers, Z.， Zeng, L.， Zhang, Q.和Zhou, M. M. .人类Polybromo bromodomain 2选择性组蛋白H3识别的结构分析。gydF4y2Ba细胞ResgydF4y2Ba。gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba， 529-538(2010)。gydF4y2Ba
Da, G.等。在染色质调控复合体中发现的一个保守的蛋白质模块——swarm结构域的结构和功能。gydF4y2Ba自然科学进展。美国gydF4y2Ba103gydF4y2Ba， 2057-2062(2006)。gydF4y2Ba
Legge, g.b.等。CBP的ZZ结构域:蛋白质相互作用模块中不寻常的锌指折叠。gydF4y2BaJ.摩尔生物学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba343gydF4y2Ba[j]， 2004。gydF4y2Ba
Reichen, C.等。所设计的犰狳重复序列蛋白结构表现出重复序列间界面效应的传播。gydF4y2BaActa Crystallogr。DgydF4y2Ba72gydF4y2Ba， 168-175(2016)。gydF4y2Ba
Grimm, M.， Zimniak, T.， Kahraman, a .和Herzog, F. xVis:一个用于示意图可视化和解释交联衍生空间约束的web服务器。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba43gydF4y2Ba， w362-w369(2015)。gydF4y2Ba
齐默尔曼等人。一个完全重新实现的mpi生物信息学工具包，其核心是一个新的HHpred服务器。gydF4y2BaJ.摩尔生物学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba430gydF4y2Ba， 2237-2243(2018)。gydF4y2Ba
巴肯，D. W. A. &琼斯，D. T. PSIPRED蛋白分析工作台:20年的发展历程。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba47gydF4y2Ba， w402-w407(2019)。gydF4y2Ba
基于位置特异性评分矩阵的蛋白质二级结构预测。gydF4y2BaJ.摩尔生物学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba292gydF4y2Ba， 195-202(1999)。gydF4y2Ba
威廉姆斯，c.j.等人。MolProbity:为改进全原子结构验证提供更多更好的参考数据。gydF4y2Ba蛋白质科学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba27gydF4y2Ba中文信息学报，293-315(2018)。gydF4y2Ba
薛定谔,LLC。gydF4y2BaPyMOL分子图形系统gydF4y2Ba版本1.8(2015)。gydF4y2Ba
戈达德，t.d.等人。UCSF ChimeraX:迎接可视化和分析的现代挑战。gydF4y2Ba蛋白质科学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba27gydF4y2Ba， 14-25(2018)。gydF4y2Ba
Treich, I.， Ho, L.和Carlson, M. Rsc6和Rsc8/Swh3之间的直接相互作用，这两个蛋白在SWI/ snf相关复合物中是保守的。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba26gydF4y2Ba[j]， 1998。gydF4y2Ba
Taneda, T. & Kikuchi, a . RSC58的遗传分析，该基因编码酵母染色质重塑复合体的一个组成部分，并与转录因子Swi6相互作用。gydF4y2Ba摩尔,麝猫。基因组学gydF4y2Ba271gydF4y2Ba， 479-489(2004)。gydF4y2Ba
安格斯-希尔，m.l.等。Rsc3/Rsc30锌簇二聚体揭示了染色质重塑剂RSC在基因表达和细胞周期控制中的新作用。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba7gydF4y2Ba， 741-751(2001)。gydF4y2Ba
陶瓷，等。cBio癌症基因组门户:一个探索多维癌症基因组数据的开放平台。gydF4y2Ba癌症越是加大gydF4y2Ba。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba， 401-404(2012)。gydF4y2Ba
Gao, J.等。综合分析复杂的癌症基因组学和临床档案使用cbiopportal。gydF4y2Ba科学。信号gydF4y2Ba。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba， pl1(2013)。gydF4y2Ba
刘毅，Schmidt, B.和Maskell, D. L. MSAProbs:基于对隐马尔可夫模型和配分函数后验概率的多序列比对。gydF4y2Ba生物信息学gydF4y2Ba26gydF4y2Ba， 1958-1964(2010)。gydF4y2Ba
Bond, c.s.和sch
Yang, B.等。复杂样品中交联肽的鉴定。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba9gydF4y2Ba， 904-906(2012)。gydF4y2Ba
Combe, c.w.， Fischer, L. & Rappsilber, J. xiNET:基于残差分辨率的交联网络地图。gydF4y2Ba摩尔。细胞。蛋白质组学gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 1137-1147(2015)。gydF4y2Ba
Yan, Z.等。PBAF染色质重塑复合体需要一个新的特异性亚基BAF200来调节选择性干扰素应答基因的表达。gydF4y2Ba基因开发gydF4y2Ba。gydF4y2Ba19gydF4y2Ba， 1662-1667(2005)。gydF4y2Ba
薛宇，等。人类SWI/SNF-B染色质重塑复合体与酵母rsc有关，定位于有丝分裂染色体的着丝点。gydF4y2Ba自然科学进展。美国gydF4y2Ba97gydF4y2Ba， 13015-13020(2000)。gydF4y2Ba
Nicolas, R. H. & Goodwin, G. H. polybromo的分子克隆，polybromo是一种含有多个结构域的核蛋白，包括五个溴结构域、一个截断的HMG-box和一个新结构域的两个重复。gydF4y2Ba基因gydF4y2Ba175gydF4y2Ba， 233-240(1996)。gydF4y2Ba
Wang, W.等。哺乳动物SWI/ snf相关复合物中高迁移基团/运动蛋白样亚基的结构DNA结合。gydF4y2Ba自然科学进展。美国gydF4y2Ba95gydF4y2Ba， 492-498(1998)。gydF4y2Ba
萨特怀特，E.等。BCL11基因家族:BCL11A在淋巴恶性肿瘤中的参与gydF4y2Ba血gydF4y2Ba98gydF4y2Ba， 3413-3420(2001)。gydF4y2Ba
Sandhya, S.， Maulik, A.， Giri, M.和Singh, M. BAF250a结构域结构揭示了与BAF重塑复合体功能和组装相关的ARID和arm重复结构域。gydF4y2Ba《公共科学图书馆•综合》gydF4y2Ba13gydF4y2Ba， e0205267(2018)。gydF4y2Ba
Worden, E. J, Hoffmann, N. A.， Hicks, C. W.和Wolberger, C. . H2B泛素化和H3甲基化的相互作用机制。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba176gydF4y2Ba， 1490-1501(2019)。gydF4y2Ba
Eustermann, S.等。INO80复合体重塑atp依赖性染色质的结构基础。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba556gydF4y2Ba， 386-390(2018)。gydF4y2Ba
Farnung, L.， Vos, s.m, Wigge, C. & Cramer, P.核小体chd1结构及其对染色质重塑的影响。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba550gydF4y2Ba， 539-542(2017)。gydF4y2Ba
等人。酵母swr1 -核小体复合体的结构和动力学。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba362gydF4y2Ba， eaat7716(2018)。gydF4y2Ba
阿亚拉，R.等。人ino80核小体复合物的结构与调控。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba556gydF4y2Ba中文信息学报，391-395(2018)。gydF4y2Ba
Sundaramoorthy, R.等。与泛素化核小体结合的染色质重塑酶Chd1的结构。gydF4y2BaeLifegydF4y2Ba7gydF4y2Ba， e35720(2018)。gydF4y2Ba
Yan, L.， Wu, H.， Li, X.， Gao, N.和Chen, Z.: iswi -核小体复合体的结构揭示了染色质重塑的保守机制。gydF4y2BaNat。结构。摩尔。杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba26gydF4y2Ba中文信息学报，258-266(2019)。gydF4y2Ba
Robert, X. & Gouet, P.用新的ENDscript服务器解密蛋白质结构的关键特征。gydF4y2Ba核酸类gydF4y2Ba。gydF4y2Ba42gydF4y2Ba， w320-w324(2014)。gydF4y2Ba
致谢gydF4y2Ba
我们感谢克莱默实验室的现任和前任成员，包括S. Osman、G. Kokic、P. Seweryn、S. Schilbach、S. Neyer和H. Hillen。F.R.W.得到了勃林格殷格翰基金会博士奖学金的支持。H.U.得到了德国研究小组(SFB860)的支持。P.C.得到了德国研究委员会(SFB860, SPP1935, EXC 2067/1-390729940)，欧洲研究委员会高级研究员资助TRANSREGULON(资助协议号:693023)和大众汽车基金会。gydF4y2Ba
作者信息gydF4y2Ba
作者及单位gydF4y2Ba
贡献gydF4y2Ba
除非另有说明，否则F.R.W.进行了所有实验和数据分析。C.D.协助收集数据和建立模型。A.S.和H.U.进行了交联和质谱分析。H.W.帮助研究核小体生物化学。D.T.帮助处理低温电镜数据。P.C.设计并监督了这个项目。F.W.和P.C.根据所有作者的意见撰写了手稿。gydF4y2Ba
相应的作者gydF4y2Ba
道德声明gydF4y2Ba
相互竞争的利益gydF4y2Ba
作者声明没有利益冲突。gydF4y2Ba
额外的信息gydF4y2Ba
同行评议信息gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba感谢Blaine Bartholomew和其他匿名审稿人对这项工作的同行评审做出的贡献。gydF4y2Ba
出版商的注意gydF4y2Bab施普林格《自然》杂志对已出版的地图和机构的管辖权要求保持中立。gydF4y2Ba
扩展数据图和表gydF4y2Ba
图1 rsc -核小体复合物的制备和表征。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba制备内源性含rsc2的RSC复合物gydF4y2Ba酿酒酵母gydF4y2Ba。通过排色层析和SDS-PAGE分析，纯化的RSC纯度高，均匀性好，化学计量亚基可通过考马斯氏染色进行评价。亚基鉴定用质谱法确定。下表显示了RSC亚基的期望分子量。凝胶源数据见补充图。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。gydF4y2BabgydF4y2Barsc -核小体复合物的组装。10-25%蔗糖梯度超离心7-20组分的SDS-PAGE分析。通过组蛋白与RSC复合物的迁移，复合物的形成是成功的。未结合的过化学计量核小体仅迁移到分数7和8(黑色箭头)。在交联剂存在的情况下，分数16用于低温电镜网格制备(虚线框)。gydF4y2BacgydF4y2Ba，交联位点映射到结构上的位置。至少在三个副本中出现的BS3交联被定位到rsc -核小体结构上。参与交联网络的赖氨酸残基用蓝色球体表示，交联残基用表示允许(蓝色)和不允许(红色)交联距离的线连接。在映射的交联中，87.5%在允许的交联距离内，设置为30 Å。其余12.5%的非允许交联可能反映了由于结构中存在两个相同的Rsc8亚基以及缓冲物中复合物的灵活性而引起的模糊性，或者是由于技术错误引起的。gydF4y2BadgydF4y2Barsc -核小体复合物亚基之间的交联网络。亚单位的颜色如图所示。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。显示分数在2.5以上的交联。交联的综合清单载于gydF4y2Ba补充数据1gydF4y2Ba。交联质谱实验重复进行，结果相似。gydF4y2Ba
图2 rsc -核小体复合物的冷冻电镜分析。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Barsc -核小体复合体的代表性低温电镜照片显示单个颗粒均匀分布。gydF4y2BabgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BadgydF4y2Ba， rsc -核小体复合体的二维分类平均值(gydF4y2BabgydF4y2Ba)、atp -核小体亚复合物(gydF4y2BacgydF4y2Ba)和核小体亚复合物(gydF4y2BadgydF4y2Ba)。gydF4y2BaegydF4y2Ba， FSC图显示了冷冻电镜重建的整体分辨率。gydF4y2BafgydF4y2Barsc -核小体复合物、atp -核小体亚复合物和核小体亚复合物重建的Cryo-EM处理流程。3D分类后的粒子分布在相应的地图下方。最终的地图是彩色的。用于重点分类和细化的掩模是与它们用于的最终地图对应的颜色编码。视图通常相对于图旋转180°。gydF4y2Ba1 cgydF4y2Ba,离开了。gydF4y2BaggydF4y2Ba，在RELION中实现的联合atp -核小体图谱的局部分辨率估计gydF4y2Ba42gydF4y2Ba。我们注意到，外围区域的分辨率与ATPase模块被高估。gydF4y2BahgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BajgydF4y2Ba，参与rsc -核小体复合体最终重建的所有粒子的角分布图(gydF4y2BahgydF4y2Ba)、atp -核小体亚复合物(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba)和核小体亚复合物(gydF4y2BajgydF4y2Ba)。gydF4y2Ba
图3游离RSC配合物的Cryo-EM分析。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba具有代表性的游离RSC配合物的低温电镜图显示单个颗粒均匀分布。gydF4y2BabgydF4y2Ba，自由RSC配合物的二维类平均。gydF4y2BacgydF4y2Ba，游离RSC复合物重建的Cryo-EM处理流程。3D分类后的粒子分布在相应的地图下方。经过集中的3D细化和蒙版后的最终地图以彩色描绘。视图通常相对于图旋转180°。gydF4y2Ba1 cgydF4y2Ba,对吧。gydF4y2BadgydF4y2Ba，所有参与自由RSC复合物最终重建的粒子的角分布图。gydF4y2BaegydF4y2Ba根据RELION中实现的局部分辨率对合并后的RSC核心地图进行着色的两个视图gydF4y2Ba42gydF4y2Ba。gydF4y2BafgydF4y2Ba，用于RSC核心综合体模型构建的地图的FSC图。gydF4y2Ba
图4选定RSC区域的Cryo-EM密度。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BacgydF4y2Ba地图质量的例子。gydF4y2Ba一个gydF4y2BaRsc4 β-薄片的特写显示了单个链的清晰分离。gydF4y2BabgydF4y2BaRsc8的ZZ锌指的高质量地图允许主链追踪和侧链的放置以及锌离子。gydF4y2BacgydF4y2Ba，两个Rsc8亚基的线圈螺旋，密度为一个螺旋。gydF4y2BadgydF4y2Ba，沿核小体方向观察出口DNA，显示ATPase, ARP, DIM，臂和体以及核小体模块的低通滤过图。在靠近Sfh1的H2A c端尾部从核小体伸出的位置，存在连接臂模块和核小体的低分辨率密度。可以观察到从ARP模块到靠近H3组蛋白尾部的出口DNA的密度桥接。gydF4y2BaegydF4y2Ba核小体酸性斑块处的指状螺旋(绿色)密度(黄色表示H2A)。对于保守的精氨酸残基，侧链密度是可见的。gydF4y2BafgydF4y2BaRSC与核小体的相互作用在空间上受到H2B赖氨酸123(人类K120)上灵活结合的泛素片段的损害。Sfh1指状螺旋和泛素部分(泛素化核小体PDB代码6NOG)gydF4y2Ba81gydF4y2Ba核小体重叠后的重叠。gydF4y2Ba
图5 RSC身体和手臂模块、癌症突变和重塑者家族的结构。gydF4y2Ba
一个gydF4y2BaRSC核心的卡通表示如图所示。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。重要的结构元素被标记。gydF4y2BabgydF4y2BaSWI/SNF复合物RSC(酵母)和PBAF(人)的保守性。人类PBAF中相同(蓝色)或保守(浅蓝色)的残基在RSC结构中突出显示(灰色)。紫色球体描绘了在各种癌症中显示错义突变的相同残基。gydF4y2BacgydF4y2BaRSC与INO80配合物(酵母INO80)的整体结构比较gydF4y2Ba82gydF4y2BaCHD(酵母CHD1)gydF4y2Ba83gydF4y2Ba家庭。atp酶运动域用橙色表示，DNA用蓝色表示。对于INO80家族，SWR1复合体的atp酶也结合SHL +2(参考文献)。gydF4y2Ba84gydF4y2Ba)，而INO80复合物的atp酶结合SHL−6(参考文献)。gydF4y2Ba82gydF4y2Ba，gydF4y2Ba85gydF4y2Ba)。INO80的ARP模块与出口DNA接触，而在RSC中不是这样。INO80复合体也接触组蛋白八聚体的两面gydF4y2Ba82gydF4y2Ba，类似于RSC在拓扑层面上的夹心相互作用。对于CHD家族，酵母Chd1的atp酶马达也结合SHL +2，但其DNA结合区与核小体附近的出口DNA结合，导致DNA轨迹不同gydF4y2Ba83gydF4y2Ba，gydF4y2Ba86gydF4y2Ba。对于ISWI家族，atp酶马达结合SHL +2(参考文献)。gydF4y2Ba87gydF4y2Ba)，但其他相互作用尚未在结构上得到解决(未显示)。gydF4y2Ba
图6结构亚基Sth1、Rsc8和Rsc58多肽链与atp -核小体相互作用的过程。gydF4y2Ba
一个gydF4y2BaRSC的后视图。RSC的Sth1亚基从其在机体模块中的N端开始，沿其轨迹旋转，形成接触螺旋和环。形成中心螺旋I、钩和中心螺旋II，前后折叠紧密地交织在主体模块上，然后通过ARP模块与其HSA区域退出，构建ATPase模块。gydF4y2BabgydF4y2Ba两个Rsc8亚基的结构域以蓝色突出显示。两种Rsc8的n端都以arm模块中的shm结构域开始，它们以类似的方式支持Sfh1的两个重复结构域。然后，它们沿着不同的路径通过手臂到达身体模块，在那里它们贡献了SANT和ZZ锌指结构域。在这里，每个亚基的两个结构域与不同的相互作用伙伴形成不同的接触，而一个ZZ锌指结构域在机体和dna相互作用模块界面紧密包裹，另一个似乎从机体延伸出来，可能是额外的相互作用表面。两个Rsc8亚基再次与它们的c端长螺旋结合在身体模块的另一侧的线圈折叠中。gydF4y2BacgydF4y2Ba， Rsc58 n端溴域附着在主体模块的顶部。然后，Rsc58通过中心和连接器环路通过身体模块遵循缠绕路径。它转过身来，用一个三螺旋束与身体对接，用它的c端稳定模块。gydF4y2BadgydF4y2Ba， Sth1 atp酶马达(橙色)与核小体的接触。如图3所示。gydF4y2Ba1 cgydF4y2Ba左边，但绕水平轴旋转了45度。箭头表示DNA易位的方向性。gydF4y2Ba
图7 DNA识别和NDR形成。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，具有DIM(绿色)和SnAC(橙色)密度的空间填充rsc -核小体结构。顶部的视图，如图5所示。gydF4y2Ba1 cgydF4y2Ba左边，但绕着垂直和水平轴旋转了90°。箭头表示DNA易位的方向性。提供了相对于SHL−7的上游DNA碱基对的数目。gydF4y2BabgydF4y2BaRSC重塑之前(上)和之后(下)的启动子示意图显示，通过将侧翼的-1和+1核小体滑离NDR中心形成NDR。箭头表示转录起始位点。gydF4y2Ba
图8 Sth1 ATPase结构域和HSA区域的序列比对。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，序列比对gydF4y2Ba酿酒酵母gydF4y2BaSth1 ATPase结构域与同一生物体的同源Snf2 ATPase结构域。根据Snf2 atp酶的低温电镜结构(PDB条目5Z3U)，二级结构元素用橙色表示。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba。在Snf2结构中建模的残基顶部是一条黑线，螺旋区域表示为圆柱体，片状区域表示为箭头。本文建模的Sth1残差用黑色虚线表示。atp酶基序下划线。不变残数用深蓝色表示，保守残数用浅蓝色表示。用MSAProbs生成比对gydF4y2Ba71gydF4y2Ba在MPI生物信息学工具包内gydF4y2Ba60gydF4y2Ba并使用ESPript进行可视化gydF4y2Ba88gydF4y2Ba。gydF4y2BabgydF4y2Ba， HSA区序列比对gydF4y2Ba酿酒酵母gydF4y2Ba同源物Sth1和Snf2。对齐的说明和生成，如gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba。gydF4y2Ba
补充信息gydF4y2Ba
补充图gydF4y2Ba
补充图1 |带尺寸标记的未裁剪凝胶图像。图1a和1b未裁剪的凝胶图像。gydF4y2Ba*gydF4y2Ba样品来自另一个不相关的实验，不能从粒径排除色谱运行。gydF4y2Ba
补充表gydF4y2Ba
补充表1 | RSC亚单元建模。RSC综合体的建模细节。不能分配给亚基的密度用x链上的聚丙氨酸主链来模拟。两个Rsc8亚基的结构域不能连接。因此，它们通过邻近聚集并组合在一条以443个氨基酸数偏移为间隔的链(L)中。gydF4y2Ba
补充表gydF4y2Ba
补充表2 | Cryo-EM数据收集、细化和验证统计。gydF4y2Ba*gydF4y2Ba来自两个集合的数据集被合并。来自三个集合的数据集被合并，gydF4y2Ba__gydF4y2Ba不倾斜,gydF4y2Ba‡gydF4y2Ba25°倾斜。gydF4y2Ba#gydF4y2Ba报告的值是基于目测的，因为软件生成的值被高估了。gydF4y2Ba§gydF4y2BaMap7:链A、B、C、D、E、F、G、H、I(2-124)、J(24-146)、K(390-408)和S (393-1006);Map8:链K(151-389)、L、M、N、O、P、Q、R、S(48-297)和X。gydF4y2Ba
补充数据gydF4y2Ba
1 | rsc -核小体BS3交联。通过LC-MS分析和随后使用pLink 2进行数据库检索确定的亚基内和亚基间赖氨酸-赖氨酸交联列表。列出了各自的交联鉴定分数以及交联光谱匹配的数量。组蛋白H3的编号发生了移位，因为纯化时省略了n端PEP序列(而不是MPEPAKSAP…它是MAKSAP…)。Rsc2蛋白的编号包括TEV切割后c端tap标签的残余。gydF4y2Ba
视频1gydF4y2Ba
RSC结构概述。视频显示了绕垂直轴旋转的RSC结构。它首先描绘了低通滤过的低温电镜图，显示了RSC的五个裂片和核小体的出口DNA从它延伸出来。然后，它显示了RSC模块的高分辨率低温电镜图，最后是结构模型作为带表示，具有不同颜色的子单元(颜色代码如图1所示)。gydF4y2Ba
权利和权限gydF4y2Ba
关于本文gydF4y2Ba
引用本文gydF4y2Ba
Wagner, f.r.， dienemmann, C, Wang, H。gydF4y2Baet al。gydF4y2Ba与核小体结合的SWI/SNF染色质重塑剂RSC的结构。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba579gydF4y2Ba中文信息学报，448-451(2020)。https://doi.org/10.1038/s41586-020-2088-0gydF4y2Ba
收到了gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
接受gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
发表gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
发行日期gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
DOIgydF4y2Ba：gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1038/s41586-020-2088-0gydF4y2Ba
这篇文章是由gydF4y2Ba
核小体结合的人PBAF复合物的结构gydF4y2Ba
自然通讯gydF4y2Ba(2022)gydF4y2Ba
SMARCC2通过染色质重塑介导转录因子EGR1对DKK1的调控，从而降低胶质母细胞瘤的增殖能力gydF4y2Ba
细胞死亡与疾病gydF4y2Ba(2022)gydF4y2Ba
SMARCE1缺陷在透明细胞脑膜瘤中产生可靶向的mSWI/SNF依赖性gydF4y2Ba
自然遗传学gydF4y2Ba(2022)gydF4y2Ba
与核小体结合的人染色质重塑PBAF复合物的结构gydF4y2Ba
自然gydF4y2Ba(2022)gydF4y2Ba
三类拟南芥SWI/SNF染色质重塑复合物的综合表征gydF4y2Ba
自然植物gydF4y2Ba(2022)gydF4y2Ba
评论gydF4y2Ba
通过提交评论，您同意遵守我们的gydF4y2Ba条款gydF4y2Ba和gydF4y2Ba社区指导原则gydF4y2Ba。如果你发现一些滥用或不符合我们的条款或指导方针，请标记为不适当。gydF4y2Ba
