摘要gydF4y2Ba
陆生植物的地上部分，统称为叶层，在大气二氧化碳和氧气的全球平衡中起着关键作用。叶层是微生物群定植的最丰富的栖息地之一。植物是否以及如何控制叶层微生物群以确保植物健康还不清楚。这里我们展示了gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba四突变体(gydF4y2BaMin7 fls2 efr cerk1gydF4y2Ba；从今以后,gydF4y2BamfecgydF4y2Ba）gydF4y2Ba1gydF4y2Ba，模式触发免疫和MIN7囊泡转运通路同时存在缺陷，或agydF4y2Ba组成性激活细胞死亡1gydF4y2Ba（gydF4y2Bacad 1gydF4y2Ba)突变体，在膜攻击复合体/穿孔素(MACPF)结构域蛋白中携带S205F突变，具有改变的内生叶层微生物群和显示与生态失调相关的叶组织损伤。厚壁菌门(Firmicutes)的Shannon多样性指数和相对丰度显著降低，而变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度显著增加gydF4y2BamfecgydF4y2Ba而且gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba突变体，具有跨王国的相似性，某些方面的生态失调发生在人类炎症性肠病。细菌群落移植实验表明，适当组装的叶片细菌群落在叶层健康中起着因果作用。模式触发免疫信号，MIN7和CAD1在主要的陆地植物谱系中被发现，它们可能是遗传网络的关键组成部分，通过该网络，陆地植物控制内生phylphylsphere微生物群的水平并培育其多样性，以在富含微生物的环境中生存和健康。gydF4y2Ba
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用于微生物区系分析的脚本可在gydF4y2Bahttps://github.com/godlovexiaolin/A-genetic-network-for-host-control-of-phyllosphere-microbiota-for-plant-healthgydF4y2Ba．文中引用了本研究中使用的所有其他软件。gydF4y2Ba
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确认gydF4y2Ba
我们感谢He实验室成员，包括B. Hsueh，提供的技术帮助和富有见地的讨论;龚T.帮助检测生长在MS琼脂板上的植物叶片坏死表型;H. Tanaka和J. FrimlgydF4y2Baben3 / cad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba种子。该项目由美国国立卫生研究院(GM109928)、能源部(化学科学、地球科学和生物科学部、基础能源科学办公室、科学办公室;de - fg02 - 91 er20021gydF4y2Baben3 / cad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba由中国科学院分子植物科学卓越中心和中国科学院植物生理生态研究所(X.-F.X.)资助，由密歇根州立大学植物弹性研究所支持GnotoPot系统的优化(S.Y.H.)。gydF4y2Ba
作者信息gydF4y2Ba
作者及隶属关系gydF4y2Ba
贡献gydF4y2Ba
x.f.x.和S.Y.H.构想、设计实验并共同监督该项目。大部分实验由T.C.和K.N.完成;x - f.x.在密歇根州立大学进行了最初的16S测序设置和样本收集;R.S.进行GnotoPot实验;x.w进行16S生物信息学分析;J.X.进行细菌基因组分析;L.Y.进行了col0和gydF4y2BamfecgydF4y2Ba突变体;B.C.P.进行16S生物信息学分析。L.M.参与了gydF4y2Bacad 1gydF4y2Ba相关实验;J.K.参与了最初的16S RNA基因测序设计;y。c。参与绘制gydF4y2Bacad 1gydF4y2Ba突变;L.Z.进行了系统发育分析gydF4y2Bacad 1gydF4y2Ba而且gydF4y2BaMIN7gydF4y2Ba基因和统计分析方面的建议;N.W.和E.W.为生物信息学和统计分析提供咨询。t.c.， x.f.x.和S.Y.H.根据所有合著者的意见撰写了手稿。X.W.和R.S.作为共同第二作者贡献相同。gydF4y2Ba
相应的作者gydF4y2Ba
道德声明gydF4y2Ba
相互竞争的利益gydF4y2Ba
作者声明没有利益竞争。gydF4y2Ba
额外的信息gydF4y2Ba
同行评审信息gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba感谢Steven Lindow和其他匿名审稿人对这项工作的同行评审所做的贡献。gydF4y2Ba
出版商的注意gydF4y2Ba施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。gydF4y2Ba
扩展的数据图形和表格gydF4y2Ba
图1土壤中Col-0和Col-0的叶片和根系外观gydF4y2BamfecgydF4y2Ba植物。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba、叶片外观Col-0和gydF4y2BamfecgydF4y2Ba生长在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba混合土壤(土壤A)和密歇根州立大学(MSU)社区农业土壤(土壤B;等量MSU社区土壤，中等蛭石和珍珠岩)或有机种子启动剂优质盆栽混合物(Espoma)(土壤C) 6.5周。在植物转移到高湿度(~95%)后5天(土壤A)或11天(土壤B和土壤C)拍摄图像。有代表性的叶子图像显示。gydF4y2BabgydF4y2Ba， Col-0和根系外观gydF4y2BamfecgydF4y2Ba生长在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba混合土壤5周，然后转移到高湿度(~95%)5天。代表性的根图像显示。实验gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba，gydF4y2BabgydF4y2Ba，重复了三次，得到了相似的结果。gydF4y2Ba
图2观察不同基因型植物叶片总菌群和内生菌群的OTUs及菌群对出现生态失调症状的需求gydF4y2BamfecgydF4y2Ba叶子。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，gydF4y2BabgydF4y2Ba，观察到的OTUs总数(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)和内生叶菌(gydF4y2BabgydF4y2Ba)在col0和gydF4y2BamfecgydF4y2Ba植物，它们生长在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba混合土壤，转移到高湿度5天。gydF4y2BacgydF4y2Ba，观察Col-0叶片内生菌群OTUs，gydF4y2Ba选举委员会gydF4y2Ba，gydF4y2Bamin7gydF4y2Ba而且gydF4y2BamfecgydF4y2Ba植物补充SynComgydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba．在盒状图中，中心线代表中位数，盒边表示75和25百分位，胡须延伸到1.5×四分位范围。双尾Mann-WhitneygydF4y2BaUgydF4y2Ba以及。gydF4y2BangydF4y2Ba= 15 (Col-0)和gydF4y2BangydF4y2Ba= 15 (gydF4y2BamfecgydF4y2Ba)通过质量控制的生物复制，在3个独立实验中分析总叶片细菌菌群;gydF4y2BangydF4y2Ba= 18 (Col-0)和gydF4y2BangydF4y2Ba= 20 (gydF4y2BamfecgydF4y2Ba)在4个独立实验中，通过质量控制对叶片内生细菌菌群进行分析的生物复制。gydF4y2BangydF4y2Ba= 20 (Col-0)，gydF4y2BangydF4y2Ba= 19 (gydF4y2Ba选举委员会gydF4y2Ba)，gydF4y2BangydF4y2Ba= 19 (gydF4y2Bamin7gydF4y2Ba),gydF4y2BangydF4y2Ba= 19 (gydF4y2BamfecgydF4y2Ba)通过质量控制的生物复制，用SynCom软件分析叶片内生细菌菌群gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba4个独立的实验。gydF4y2BadgydF4y2Ba、叶片外观Col-0和gydF4y2BamfecgydF4y2Ba在无菌MS琼脂板中生长的植物。照片拍摄于移板至高湿度(~95%)后5天。gydF4y2BaegydF4y2Ba、叶片外观Col-0和gydF4y2BamfecgydF4y2Ba在没有(无生)或存在SynCom的GnotoPots中生长的植物gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba持续6.5周。然后将植物转移到高湿度(~95%)10天，然后拍摄图像。莲座叶图像至少代表了四个重复的实验。gydF4y2Ba
扩展数据图3 SynCom中基因组测序细菌分离株的最大似然系统进化树gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba．gydF4y2Ba
一个gydF4y2BaTree是在全长16S rRNA基因的基础上使用MEGA7构建的。总共进行了100次自举复制，并在分支点指示了自举值。颜色代表来自不同植物基因型的细菌分离物:gydF4y2BamfecgydF4y2Ba突变体(紫色);Col-0(绿色)。其中48株来自健康Col-0内生植物叶片，52株来自健康Col-0内生植物叶片gydF4y2BamfecgydF4y2Ba内生叶表现出生态失调症状。gydF4y2BabgydF4y2Ba， Col-0叶片用SynCom注射器浸润gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba1 × 10gydF4y2Ba7gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba；浸渍植物在环境湿度下保持1小时，使水分蒸发。然后在植物叶片恢复到浸润前的外观后测定细菌数量。菌落形成单位归一化为组织鲜重(左)和叶盘面积(右)。统计学意义由双尾Mann-Whitney检验gydF4y2BaUgydF4y2Ba以及。gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个生物重复，数据为均值±s.e.m。实验重复3次，结果相似。gydF4y2BacgydF4y2Ba， Col-0植株用SynCom注射器浸润gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba,同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba或同步通信卫星gydF4y2BaCol-0-38gydF4y2Ba(从SynCom移除10个厚壁菌门gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba) 1 × 10gydF4y2Ba7gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba．将接种后的植株置于高湿度(~ 95%)条件下，浸渍7 d后拍摄叶片图像。实验重复了三次，得到了相似的结果。图片代表了四种植物的叶子。gydF4y2Ba
图4 Col-0叶片中菌株的增殖症状和失调症状表型。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，种群大小(对数gydF4y2Ba10gydF4y2BaCFU /厘米gydF4y2Ba2gydF4y2Ba每个菌株在叶片浸润后第0天(1 h)和第5天(1 × 10)对Col-0叶片中各菌株的叶面积进行测定gydF4y2Ba6gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba．实验在~95%的湿度下进行。DC3000,gydF4y2Ba太平洋标准时间gydF4y2BaDC3000(对Col-0植物致病);gydF4y2Ba人权组织gydF4y2BaCgydF4y2Ba−gydF4y2BaDC3000的非致病性突变体III型分泌缺陷;Col-0-33、mfec-20和mfec-1是不诱发生态失调症状的对照菌株(补充表)gydF4y2Ba1gydF4y2Ba);其他mfec菌株，诱发生态失调症状(补充表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)．采用双因素方差分析及Tukey检验进行统计学分析。gydF4y2BangydF4y2Ba= 3个生物重复，数据为均值±s.e.m。实验重复2次，结果相似。gydF4y2BabgydF4y2Ba，含mfec株系或SynCom株系的4.5周龄Col-0植株叶片浸润7天后出现叶片生态失调症状gydF4y2Ba混合5gydF4y2Ba1 × 10gydF4y2Ba7gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba．实验在~95%的湿度下进行。同步通信卫星gydF4y2Ba混合5gydF4y2Ba是mfec-10, mfec-23, mfec-41, mfec-48或mfec-51的混合物，具有相同的ODgydF4y2Ba600gydF4y2Ba值。实验重复了三次，得到了相似的结果。gydF4y2Ba
图5二元细菌间抑制。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba抑制性晕的例子被标记为强，弱或无抑制。gydF4y2BabgydF4y2Ba，在代表SynCom中鉴定的所有细菌物种的46株R2A板上进行二元抑制试验(2,116个组合)gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba．目标菌株沿水平轴显示，而攻击菌株则垂直列出。一个大的或清晰的晕，表明强烈的二元抑制，是由一个充满红色的细胞;一个小的或不太透明的晕，表明较弱的二元抑制，由粉红色填充细胞表示;光晕的缺失用白色表示。在扩展数据图中，用星号标记的菌株用于植物中二元抑制试验。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba．实验重复了三次，得到了相似的结果。gydF4y2Ba
扩展数据图6植物二元抑制。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba在植物中，Proteobacteria菌株对厚壁菌门的抑制作用在R2A琼脂平板试验中表现出很强的抑制作用。对col0植株叶片进行注射渗透gydF4y2BaPaenibacillus chondroitinusgydF4y2Ba(C3;厚壁菌门)，gydF4y2BaComamonas testosteronigydF4y2Ba(C13，变形菌门)单独或C3和C13一起1 × 10gydF4y2Ba4gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba，约等于1 × 10gydF4y2Ba2gydF4y2BaCFU厘米gydF4y2Ba−2gydF4y2Ba叶面积;或1 × 10gydF4y2Ba6gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba，约等于1 × 10gydF4y2Ba4gydF4y2BaCFU厘米gydF4y2Ba−2gydF4y2Ba叶面积。入渗后，植物在高湿度(~95%)下维持5天，然后细菌数量(loggydF4y2Ba10gydF4y2BaCFU /厘米gydF4y2Ba2gydF4y2Ba叶面积)。gydF4y2BabgydF4y2Ba，类似于gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba，但在C3和之间存在非抑制性二元相互作用gydF4y2BaVariovoraxgydF4y2Basp. C52(变形菌门)。gydF4y2BacgydF4y2Ba，对Col-0植株叶片进行注射渗透gydF4y2Bap . chondroitinusgydF4y2Ba(C3;厚壁菌门)，gydF4y2BaStenotrophomonas maltophiliagydF4y2Ba(C45，变形菌门)单独或C3和C45一起按1 × 10gydF4y2Ba4gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba或1 × 10gydF4y2Ba6gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba．gydF4y2BadgydF4y2Ba，对Col-0植株叶片进行注射渗透gydF4y2Bap . chondroitinusgydF4y2Ba(C41;厚壁菌门)，gydF4y2Bac . testosteronigydF4y2Ba(C13，变形菌门)单独或C41和C13一起按1 × 10gydF4y2Ba4gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba或1 × 10gydF4y2Ba6gydF4y2BaCFU毫升gydF4y2Ba−1gydF4y2Ba．入渗后，植物在高湿度(~95%)下保存5天，然后测定细菌数量。Tukey检验的单向方差分析。gydF4y2BangydF4y2Ba= 4个生物重复，数据为均值±s.e.m。实验重复3次，结果相似。gydF4y2Ba
扩展数据图7 Col-0和gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba植物在转换到95%湿度之前和之后。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba5周龄Col-0和叶片外观gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba在没有(无生)或存在SynCom的情况下生长的植物gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba在FlowPot gnotobiosystem(见gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．图像在植物转移到高湿度(~95%)前(第0天)和5天后拍摄。gydF4y2BabgydF4y2Ba，内生细菌群落水平(loggydF4y2Ba10gydF4y2BaCFU /厘米gydF4y2Ba2gydF4y2Ba叶面积)的存在同步comgydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba在FlowPot灵知生物系统中。Tukey检验的单向方差分析。数据为均值±s.e.m，gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个生物重复。实验重复了三次，得到了相似的结果。gydF4y2BacgydF4y2Ba、叶片外观Col-0和gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba在封闭的无菌LS琼脂板中培养4周。gydF4y2BadgydF4y2Ba， 5周龄Col-0叶片外观，gydF4y2BadepsgydF4y2Ba而且gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba生长在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba在植物转移到相对湿度约95%的环境5天后进行混合。gydF4y2BaegydF4y2Ba，叶片内生菌群水平(loggydF4y2Ba10gydF4y2BaCFU /厘米gydF4y2Ba2gydF4y2Ba5周龄Col-0的叶片面积)gydF4y2BadepsgydF4y2Ba而且gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba植物暴露在高湿度(~95%)5天后。Tukey检验的单向方差分析。数据为均值±s.e.m，gydF4y2BangydF4y2Ba= 4个生物重复。实验重复了三次，得到了相似的结果。gydF4y2Ba
扩展数据图8 a的识别gydF4y2Bacad 1gydF4y2Ba突变导致了gydF4y2Bacad 1gydF4y2Ba突变体。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba， 4.5周龄Col-0叶片外观，gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba而且gydF4y2Babig2gydF4y2Ba种植在重土盆栽土壤中的植物。图像是在植物转移到95%湿度后第5天拍摄的。gydF4y2BabgydF4y2Ba，细菌种群(对数gydF4y2Ba10gydF4y2BaCFU /厘米gydF4y2Ba2gydF4y2Ba叶面积)的内生细菌群落。Tukey检验的单向方差分析。数据为均值±s.e.m，gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个生物重复。实验重复了三次，得到了相似的结果。两条独立的T-DNA插入线gydF4y2BaBIG2gydF4y2Ba的分析结果相似(gydF4y2Babig2-1gydF4y2Ba， SALK_033446和gydF4y2Babig2-2gydF4y2BaSALK_016558)。gydF4y2Ba一部gydF4y2Ba、外观(gydF4y2BacgydF4y2Ba)和内生细菌种群(gydF4y2BadgydF4y2Ba；日志gydF4y2Ba10gydF4y2BaCFU /厘米gydF4y2Ba2gydF4y2Ba叶面积)在col0，gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba而且gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Bacad / 35 s:: 1gydF4y2Ba移栽至高湿度后第5天的植株。植物在重土盆栽土壤中生长了4.5周，然后转移到高湿度的土壤。Tukey检验的单向方差分析。数据为均值±s.e.m，gydF4y2BangydF4y2Ba= 6个生物重复。实验重复了三次，得到了相似的结果。gydF4y2BaegydF4y2Ba，两条独立的不同互补线(gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Bacad / 35 s:: 1gydF4y2Ba1号线和gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Bacad / 35 s:: 1gydF4y2Ba用CAD1抗体进行western blot检测其蛋白水平。未裁剪的凝胶图像如补充图所示。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba．gydF4y2BafgydF4y2Ba，gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba基因映射。绿色和棕色的点表示野生型和gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba-like等位基因频率(详见补充表)gydF4y2Ba6gydF4y2Ba)．gydF4y2BaggydF4y2Ba的突变示意图gydF4y2Babig2gydF4y2Ba而且gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba突变体。gydF4y2BahgydF4y2Ba，gydF4y2Ba我gydF4y2Ba的定量PCR分析gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaCol-0转录本(gydF4y2BahgydF4y2Ba),gydF4y2Bamin7gydF4y2Ba（gydF4y2Ba我gydF4y2Ba)生长在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba混合土壤。五周大的col0和gydF4y2Bamin7gydF4y2Ba用1 μM flg22浸渍叶片，在指定时间点采集叶片。转录水平归一化到gydF4y2BaPP2AA3gydF4y2Ba基因。Tukey检验的单向方差分析。数据为均值±s.e.m，gydF4y2BangydF4y2Ba= 3个生物重复。实验重复了三次，得到了相似的结果。gydF4y2Ba
扩展数据图9植物控制叶层内生菌群的模型。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba、Col-0和Col-0内生叶细菌16S rRNA基因序列谱gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba植物补充SynComgydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba．数据表示及统计分析如图所示。gydF4y2Ba1 dgydF4y2Ba．gydF4y2BangydF4y2Ba= 20 (Col-0)和gydF4y2BangydF4y2Ba= 20 (gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba)生物复制。gydF4y2BabgydF4y2Ba一种简化的图表，描述了模式触发的免疫信号，MIN7和CAD1作为控制内生细菌微生物群的假定遗传框架的三个组成部分，这些微生物群生活在植物细胞外。MIN7先前已被证明参与调控胼胝质沉积gydF4y2Ba51gydF4y2Ba，gydF4y2Ba52gydF4y2Ba叶外体(即细胞外间隙)中的水微环境gydF4y2Ba1gydF4y2Ba．gydF4y2BacgydF4y2Ba野生型Col-0与野生型Col-0相比，叶片内生菌群的水平和组成发生了较大变化gydF4y2BamfecgydF4y2Ba(或gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba)通过变形菌门和厚壁菌门之间的竞争。一些组件gydF4y2BabgydF4y2Ba而且gydF4y2BacgydF4y2Ba是用工具画的吗gydF4y2Babiorender.comgydF4y2Ba．gydF4y2Ba
图10不同植物MIN7和CAD1同源蛋白序列的系统发育树。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，gydF4y2BabgydF4y2Ba，蛋白质序列gydF4y2Ba答:芥gydF4y2BaAtMIN7(又称AtBIG5) (at3g433001) (gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)及AtCAD1(亦称AtNSL2) (AT1G29690.1) (gydF4y2BabgydF4y2Ba)用于Blast搜索与蛋白质组的比较gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba以及其他七种植物(gydF4y2Bahttps://phytozome.jgi.doe.gov/gydF4y2Ba)．同系化合物与gydF4y2BaEgydF4y2Ba小于E的值gydF4y2BaOne hundred.gydF4y2Ba被选择来生成跨类群的系统发育树，并且只有特定于AtMIN7或AtCAD1分支的同源物被选择的蛋白质来自gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba外围集团。使用MEGA7的最大似然算法从1000个重复中获得Bootstrap值。标尺表示每个氨基酸位点有0.2个取代。基因列于补充表gydF4y2Ba7gydF4y2Ba．AtMIN7和AtCAD1用红星突出显示。缩写:BIG, BREFELDIN a - inhibitory GUANINE NUCLEOTIDE-EXCHANGE PROTEIN;Nsl，坏死性斑点病变;在,gydF4y2Ba答:芥gydF4y2Ba；Mp,gydF4y2BaMarchantia polymorphagydF4y2Ba；操作系统,gydF4y2Ba栽培稻gydF4y2Ba；页,gydF4y2BaPhyscomitrella金属盘gydF4y2Ba；Pt,gydF4y2Ba杨树trichocarpagydF4y2Ba；Sm,gydF4y2Ba卷柏meollendorffiigydF4y2Ba；Sl,gydF4y2Ba茄属植物lycopersicumgydF4y2Ba；Zm评选,gydF4y2Ba目前gydF4y2Ba．gydF4y2Ba
补充信息gydF4y2Ba
补充信息gydF4y2Ba
补充讨论。讨论cad1突变表型和其他植物过程的参与，如植物防御激素，在微生物群组装和/或生态失调。gydF4y2Ba
41586 _2020_2185_moesm3_esm.xlsxgydF4y2Ba
补充表1gydF4y2Ba其他48同步通信卫星gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba来自健康的野生型Col-0叶片和52个成员的SynComgydF4y2BamfecgydF4y2Ba来自gydF4y2BamfecgydF4y2Ba叶子显示出生态失调症状gydF4y2Ba．该表描述了SynCom菌株、它们的分类名称以及它们诱导生态失调症状的能力或不能力。gydF4y2Ba
41586 _2020_2185_moesm4_esm.xlsxgydF4y2Ba
补充表2gydF4y2BaCol-0与叶圈内生菌群的asv差异gydF4y2BamfecgydF4y2Ba突变体植物gydF4y2Ba．该表描述了Col-0和Col-0中代表独特细菌16S rRNA基因序列的扩增子序列变体(ASVs)的相对丰度。gydF4y2BamfecgydF4y2Ba突变体植物。gydF4y2Ba
41586 _2020_2185_moesm5_esm.xlsxgydF4y2Ba
补充表3gydF4y2BaSynCom的原始测序数据和基因组组装gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba菌株gydF4y2Ba．该表描述了SynCom菌株基因组的原始序列数据和组装信息的摘要。gydF4y2Ba
41586 _2020_2185_moesm6_esm.xlsxgydF4y2Ba
补充表4gydF4y2BaSynCom的分类学信息gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba基于平均核苷酸同源性(ANI)的菌株，系统进化树使用120个标记基因，16S rRNA基因gydF4y2Ba．该表总结了导致SynCom分类分配的分子分析gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba细菌菌株。gydF4y2Ba
41586 _2020_2185_moesm7_esm.xlsxgydF4y2Ba
补充表5gydF4y2Ba同步菌属内各菌株间的ANI值gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba细菌基因组gydF4y2Ba．该表显示了SynCom之间的全基因组平均核苷酸同一性(ANI)gydF4y2BaCol-0gydF4y2Ba和同步通信卫星gydF4y2BamfecgydF4y2Ba同一属内的品系gydF4y2Ba
41586 _2020_2185_moesm8_esm.xlsxgydF4y2Ba
补充表6gydF4y2Ba1号染色体周围的突变gydF4y2Bacad 1gydF4y2Ba基因gydF4y2Baben3gydF4y2Ba（gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba）gydF4y2Ba突变体gydF4y2Ba．该表显示了Col-0和gydF4y2Bacad 1gydF4y2BaS205FgydF4y2Ba1号染色体突变。gydF4y2Ba
补充表7gydF4y2Ba
用于生成MIN7和CAD1系统发育树的蛋白质列表gydF4y2Ba．该表列出了用于生成MIN7和CAD1系统发育树的蛋白质。gydF4y2Ba
补充图1gydF4y2Ba
该图包含了图4d和4e的源数据。gydF4y2Ba
补充图2gydF4y2Ba
此图包含图8e的源数据。gydF4y2Ba
权利和权限gydF4y2Ba
关于本文gydF4y2Ba
引用本文gydF4y2Ba
陈涛，野村凯，王旭。gydF4y2Baet al。gydF4y2Ba防止叶层生态失调的植物遗传网络。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba580gydF4y2Ba， 653-657(2020)。https://doi.org/10.1038/s41586-020-2185-0gydF4y2Ba
收到了gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
接受gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
发表gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
发行日期gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
DOIgydF4y2Ba：gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1038/s41586-020-2185-0gydF4y2Ba
这篇文章被引用gydF4y2Ba
实验群落合并揭示了土壤中微生物的相互作用，并恢复了受损的功能gydF4y2Ba
微生物组gydF4y2Ba(2023)gydF4y2Ba
拟南芥全生物:了解植物-微生物相互作用的奇妙世界的一个(资源)来源gydF4y2Ba
环境微生物gydF4y2Ba(2023)gydF4y2Ba
多年生作物叶层微生物群的季节活动gydF4y2Ba
自然通讯gydF4y2Ba(2023)gydF4y2Ba
土壤微生物群落与同一健康gydF4y2Ba
自然微生物学评论gydF4y2Ba(2023)gydF4y2Ba
秘鲁中部野生番茄在生态失调上的独特叶层微生物群gydF4y2Ba
微生物生态学gydF4y2Ba(2023)gydF4y2Ba
评论gydF4y2Ba
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