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原核viperins产生不同的抗病毒分子gydF4y2Ba

自然gydF4y2Ba体积gydF4y2Ba589年gydF4y2Ba,gydF4y2Ba页面gydF4y2Ba120 - 124 (gydF4y2Ba2021年gydF4y2Ba)gydF4y2Ba引用这篇文章gydF4y2Ba

主题gydF4y2Ba

文摘gydF4y2Ba

Viperin是一种干扰素诱导细胞的蛋白质,它在动物身上是守恒的gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。以往的经验显示抑制多种病毒的复制生产核苷酸的3′-deoxy-3′, 4′-didehydro (ddh)胞嘧啶核苷三磷酸(ddhCTP),充当病毒RNA聚合酶连锁终结者gydF4y2Ba2gydF4y2Ba。在这里,我们表明,真核viperin起源于细菌和古细菌蛋白质的进化枝预防噬菌体感染。原核viperins产生一组修改核苷酸,包括ddhCTP ddh-guanosine三磷酸腺苷三磷酸(ddhGTP)和ddh-uridine (ddhUTP)。我们进一步证明原核viperins防止T7噬菌体感染通过抑制病毒polymerase-dependent转录,这表明它有抗病毒的作用机制类似于动物viperin。我们的结果显示一个类的潜在天然抗病毒化合物产生的细菌的免疫系统。gydF4y2Ba

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图1:pVips和人类viperin展览在细菌抗病毒活性。gydF4y2Ba
图2:系统发育树viperin大家庭的一员。gydF4y2Ba
图3:pVips核苷酸生产各种修改。gydF4y2Ba
图4:pVips抑制T7 polymerase-dependent转录。gydF4y2Ba

数据可用性gydF4y2Ba

数据支持本研究的发现可用的文章及其扩展数据和补充表。IMG登记入册,蛋白质序列和核苷酸序列当pVips出现在方法和相关补充表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba。质谱数据可以在Metabolights研究数字gydF4y2BaMTBLS1750gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

引用gydF4y2Ba

  1. Rivera-Serrano, e . e . et al . Viperin揭示其真正的作用。gydF4y2Ba为基础。启性研究gydF4y2Ba。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba1-26 (2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  2. Gizzi, A . s . et al。天然抗病毒由人类基因组核苷酸编码。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba558年gydF4y2Ba,610 - 614 (2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  3. Helbig, k . j . &胡子,m . r . viperin在天生的抗病毒反应的作用。gydF4y2Baj·摩尔医学杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba426年gydF4y2Ba,1210 - 1219 (2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  4. 芬威克,m K。李,Y。,Cresswell, P., Modis, Y. & Ealick, S. E. Structural studies of viperin, an antiviral radical SAM enzyme.Proc。《科学。美国gydF4y2Ba114年gydF4y2Ba,6806 - 6811 (2017)。gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  5. 芬威克,m K。苏,D。,Dong, M., Lin, H. & Ealick, S. E. Structural basis of the substrate selectivity of viperin.生物化学gydF4y2Ba59gydF4y2Ba,652 - 662 (2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  6. Honarmand Ebrahimi, K。Rowbotham, j·S。,McCullagh, J. & James, W. S. Mechanism of diol dehydration by a promiscuous radical-SAM enzyme homologue of the antiviral enzyme viperin (RSAD2).ChemBioChemgydF4y2Ba21gydF4y2Ba,1605 - 1612 (2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  7. Makarova, k . S。我,狼,y。,Snir, S. & Koonin, E. V. Defense islands in bacterial and archaeal genomes and prediction of novel defense systems.j . BacteriolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba193年gydF4y2Ba,6039 - 6056 (2011)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  8. Doron, s . et al。系统发现的微生物pangenome antiphage防御系统。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba359年gydF4y2Baeaar4120 (2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  9. 科恩,d . et al .循环GMP-AMP信号保护细菌免受病毒感染。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba574年gydF4y2Ba,691 - 695 (2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  10. Kambara, h . et al -干扰素诱导干扰素应答的调节长非编码RNA。gydF4y2Ba核酸ResgydF4y2Ba。gydF4y2Ba42gydF4y2Ba,10668 - 10680 (2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  11. 提姆,p . j . & Stangier Preparative-enzymatic形成胞嘧啶核苷5′-monophosphosialate通过集成胞嘧啶核苷5′三磷酸再生。gydF4y2Ba李比希安。化学gydF4y2Ba.1101 - 1105 (1990)。gydF4y2Ba

  12. Dukhovny,。,Shlomai, A. & Sklan, E. H. The antiviral protein Viperin suppresses T7 promoter dependent RNA synthesis—possible implications for its antiviral activity.科学。代表gydF4y2Ba。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba8100 (2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  13. Makarova, k . s . et al .更新进化CRISPR-cas分类系统。gydF4y2BaNat。启MicrobiolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba13gydF4y2Ba,722 - 736 (2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  14. 候,m . r . &德莱顿·d·t·f·生物学的限制和anti-restriction。gydF4y2Ba咕咕叫。当今。MicrobiolgydF4y2Ba。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba,466 - 472 (2005)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  15. 日历,r & Abedon s T。gydF4y2Ba的噬菌体gydF4y2Ba(牛津大学出版社,2005)。gydF4y2Ba

  16. Ebrahimi, k h . et al . Viperin通过其radical-SAM活动,耗尽细胞核苷酸池和干扰线粒体代谢抑制病毒复制。gydF4y2Ba2月列托人gydF4y2Ba。gydF4y2Ba594年gydF4y2Ba,1624 - 1630 (2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  17. 克龙海姆、s等。化学防御噬菌体感染。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba564年gydF4y2Ba,283 - 286 (2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  18. De Clercq e . & Neyts J。gydF4y2Ba抗病毒策略gydF4y2Ba(eds h - g。Krausslich & r . Bartenschlager) 53 - 84 (2009)。gydF4y2Ba

  19. 菲尔德,j . j . et al . Sofosbuvir velpatasvir HCV基因型1,2,4,5,6感染。gydF4y2Ba心血管病。j .地中海gydF4y2Ba。gydF4y2Ba373年gydF4y2Ba,2599 - 2607 (2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  20. 陈,中情局et al . IMG / M v.5.0:一个完整的数据管理和微生物基因组比较分析系统和微生物。gydF4y2Ba核酸ResgydF4y2Ba。gydF4y2Ba47gydF4y2BaD666-D677 (2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  21. 阮,l . T。,Schmidt, H. A., von Haeseler, A. & Minh, B. Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies.摩尔。杂志。另一个星球gydF4y2Ba。gydF4y2Ba32gydF4y2Ba,268 - 274 (2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  22. Steinegger, m & sod, j . MMseqs2使敏感蛋白质序列寻找大规模数据集的分析。gydF4y2BaNat。gydF4y2Ba。gydF4y2Ba35gydF4y2Ba,1026 - 1028 (2017)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  23. Katoh, K。,Misawa, K., Kuma, K. & Miyata, T. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform.核酸ResgydF4y2Ba。gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba,3059 - 3066 (2002)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  24. Letunic, i &博克,p .互动生命之树(iTOL) v3:一个在线工具,系统发育和其它树的显示和注释。gydF4y2Ba核酸ResgydF4y2Ba。gydF4y2Ba44gydF4y2Ba(W1) W242-W245 (2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  25. 艾迪,s . r .加速概要嗯搜索。gydF4y2Ba公共科学图书馆第一版。医学杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba7gydF4y2Bae1002195 (2011)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2BaMathSciNetgydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  26. 齐默尔曼,l . et al。一个完全重新实现MPI生物信息学工具和一个新的HHpred服务器的核心。gydF4y2Baj·摩尔医学杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba430年gydF4y2Ba,2237 - 2243 (2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  27. 爸爸,t . et al .建设gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Bak - 12在坐标系,单基因敲除突变体:庆应义塾集合。gydF4y2Ba摩尔。系统。医学杂志gydF4y2Ba。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba2006.0008 (2006)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  28. 罗氏,b . et al .转载:铁/硫蛋白在原核生物生物起源:形成、监管和多样性。gydF4y2BaBiochim。Biophys。学报gydF4y2Ba1827年gydF4y2Ba,923 - 937 (2013)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  29. 施瓦兹,c . j . et al . IscR Fe-S包含转录因子,压制的表达gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba基因编码Fe-S集群组装蛋白质。gydF4y2BaProc。《科学。美国gydF4y2Ba98年gydF4y2Ba,14895 - 14900 (2001)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  30. 江,d . et al .识别三个interferon-inducible细胞酶抑制丙型肝炎病毒的复制。gydF4y2Baj .性研究gydF4y2Ba。gydF4y2Ba82年gydF4y2Ba,1665 - 1678 (2008)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  31. 福捷,L.-C。& Moineau sgydF4y2Ba噬菌体:方法和协议卷1:隔离、表征和交互gydF4y2Ba(eds Clokie m . r . j . & Kropinski a) 203 - 219 (Springer, 2009)。gydF4y2Ba

  32. Kropinski, a . M。Mazzocco,。,Waddell, T. E., Lingohr, E. & Johnson, R. P. in噬菌体:方法和协议,卷1:隔离、表征和交互gydF4y2Ba(eds Clokie m . r . j . & Kropinski a) 69 - 76 (Springer, 2009)。gydF4y2Ba

  33. 萧,J·J。,Potter, O. G., Chu, T. W. & Yin, H. Improved LC/MS methods for the analysis of metal-sensitive analytes using medronic acid as a mobile phase additive.肛交。化学gydF4y2Ba。gydF4y2Ba90年gydF4y2Ba,9457 - 9464 (2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2Ba谷歌学术搜索gydF4y2Ba

  34. Dar, d . et al . Term-seq揭示丰富ribo-regulation抗生素耐药性的细菌。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba352年gydF4y2Baaad9822 (2016)。gydF4y2Ba

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下载参考gydF4y2Ba

确认gydF4y2Ba

我们感谢m . Danielsen和d . Malheiro MS-omics进行广泛的实验和女士帮助索瑞克实验室成员的数据分析和评价早期版本的手稿。学士的收件人是欧洲分子生物学组织长期奖学金EMBO ALTF (186 - 2018)。点是由阿丽亚娜de Rothschild女性博士的奖学金项目,在某种程度上,由以色列高等教育委员会通过魏茨曼科学数据研究中心。魏茨曼G.O.支持的可持续性和能源研究计划(SAERI)博士奖学金。R.S.支持部分由以色列科学基金会(个人格兰特1360/16),欧洲研究委员会(681203年格兰特ERC-CoG),欧内斯特和邦妮布鲁斯卓越基因组医学研究项目的密涅瓦基金会资金从联邦德国教育与研究,本b和乔伊斯·e·艾森伯格基金会和哀伤的家庭中心微生物学。gydF4y2Ba

作者信息gydF4y2Ba

作者和联系gydF4y2Ba

  1. 分子遗传学、以色列Rehovot魏茨曼科学研究所的gydF4y2Ba

    加的方法奥德Bernheim, Adi Millman Gilad Meitav,卡梅尔亚伯,吉尔·萨拉•梅拉梅德Amitai & Rotem索瑞克gydF4y2Ba

  2. 万神殿生物科学、Yavne以色列gydF4y2Ba

    海伦娜Shomar,玛莎·m·罗森博格和Nir塔尔gydF4y2Ba

作者gydF4y2Ba
  1. 这是BernheimgydF4y2Ba
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  2. Adi米尔曼gydF4y2Ba
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  3. 加的方法gydF4y2Ba
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  4. 吉拉德MeitavgydF4y2Ba
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  5. 迦密亚gydF4y2Ba
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  6. 海伦娜ShomargydF4y2Ba
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  7. 玛莎·m·罗森博格gydF4y2Ba
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  8. 近红外光谱塔尔gydF4y2Ba
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  9. 莎拉MelamedgydF4y2Ba
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  10. 吉尔AmitaigydF4y2Ba
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  11. Rotem索瑞克gydF4y2Ba
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贡献gydF4y2Ba

学士并领导了这项研究,他还是执行所有实验,除非另有指示。点和一个。B进行了计算分析,出现在无花果。1,2,扩展数据图9所示。H.S.,M.M.R. and N.T. designed and performed purification of pVips and in vitro enzymatic assays that appear in Fig. 3, Extended Data Fig 6. G.M., C.A. and S.M. assisted with the plaque assays that appear in Extended Data Fig. 1. C.A. assisted in the preparation of cell lysates that appear in Fig. 3, Extended Data Figs 3–5. G.O. and G.A. assisted in the design and analysis of GFP-reporter studies presented in Fig 4, Extended Data Fig 7. R.S. supervised the study. R.S and A.B. wrote the paper together with the team.

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2BaRotem索瑞克gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

道德声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

R.S. BiomX科学创始人和顾问,万神殿生物科学和Ecophage。他还是,A.M. and R.S. are inventors on patent application PCT/IL2020/050377 licensed to Pantheon Bioscience. H.S., M.R. and N.T. are employed by Pantheon Bioscience. The other authors have no competing interests.

额外的信息gydF4y2Ba

同行审查的信息gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba谢谢Pieter Dorrestein, Pei-Yong史和其他,匿名的,审稿人(s)为他们的贡献的同行评审工作。gydF4y2Ba

扩展数据数据和表gydF4y2Ba

扩展数据图1 pVips防止噬菌体感染。gydF4y2Ba

细菌表达pVips, GFP或MoaA(负控制),或人类viperin基因被种植在琼脂板和连续稀释10倍的噬菌体溶菌产物掉在了盘子。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BahgydF4y2Ba,电镀效率(bgi)数据,代表每毫升斑;每个条形图表示的平均三个复制,与单个数据点覆盖。gydF4y2Ba

扩展数据图2 T7感染在液体培养pVips的存在。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,对于每个pVip,增长曲线的液体文化感染噬菌体T7莫伊(0.001)所示。光明与黑暗的灰色是未感染和感染控制(应变表达GFP),分别。光明与黑暗的红色是未感染和感染菌株表达pVips,分别。提出了两个技术复制作为单独的曲线;代表三个生物复制。消极的控件(GFP未感染,GFP感染)是相同的pVips 6, 7, 8, 10, 15日,27日,37岁,39岁,42岁,50岁,54岁,MoaA, pVip12, 19日,32岁的44岁,46岁,47岁,48岁,57岁,今年58岁,60岁,61,62,63。gydF4y2BabgydF4y2Ba的催化活性pVips需要防御T7噬菌体。为每个pVip及其各自的突变(三个半胱氨酸突变活性部位),增长曲线的液体文化感染噬菌体T7 (MOI 0.001)。光明与黑暗的灰色是未感染和感染控制(应变表达MoaA),分别。光明与黑暗的红色是未感染和感染菌株表达viperins,分别。光明与黑暗的蓝色是未感染和感染菌株表达催化地不活跃的突变体。提出了两个技术复制作为单独的曲线;代表三个生物复制。gydF4y2Ba

扩展数据图3 ddhCTP和ddhCTP衍生品的检测细胞溶解产物从一个gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba人类viperin应变表达。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,提取离子色谱的ddhC标准。gydF4y2BabgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BadgydF4y2Ba单电荷质量,提取离子色谱,预计将对应ddhC (226.0822 m / z,保留时间(RT) 2.2分钟)(gydF4y2BabgydF4y2Ba),ddhCMP (9.7 306.0486 m / z, RT) (gydF4y2BacgydF4y2Ba)和ddhCTP (10.7 465.9812 m / z, RT) (gydF4y2BadgydF4y2Ba)从一个细胞溶解产物gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba人类viperin应变表达。代表三个复制。gydF4y2Ba

扩展数据图4检测的细胞溶解产物表达pVips ddh-ribonucleotides。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba、量化的ddh-cytidine (ddhC)细胞溶解产物表达pVips。进行检测和量化的ddhC用质合成化学标准(方法)。MoaA,测量被检测(LOD 0.0003 uM)的极限。条形图表示平均三个复制,与单个数据点覆盖。gydF4y2BabgydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BahgydF4y2Ba相对丰度单电荷质量,预计将对应ddhC (226.0822 m / z,保留时间(RT) 2.2分钟)(gydF4y2BabgydF4y2Ba),ddhCMP (9.7 306.0486 m / z, RT) (gydF4y2BacgydF4y2Ba),ddhCTP (10.7 465.9812 m / z, RT) (gydF4y2BadgydF4y2Ba),ddhUMP (8.7 307.0326 m / z, RT) (gydF4y2BaegydF4y2Ba),ddhUTP (9.9 466.9652 m / z, RT) (gydF4y2BafgydF4y2Ba),ddhGMP (9.8 346.0547 m / z, RT) (gydF4y2BaggydF4y2Ba),ddhGTP (10.7 505.9874 m / z, RT) (gydF4y2BahgydF4y2Ba)。平均相对丰度提出了条形图,与单个数据点从三个生物复制覆盖。检测极限(LOD)是由灰色虚线表示。一种化合物被定义为,在无花果。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba如果以上三个复制LOD。gydF4y2Ba

扩展数据图5 MS / MS分段预测化合物的光谱。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BacgydF4y2Ba,MS / MS数据都在积极的为合成化学电离模式标准ddhC (gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)以及人类viperin细胞溶解产物质量的预测对应ddhC (gydF4y2BabgydF4y2Ba)和ddhCMP (gydF4y2BacgydF4y2Ba)。gydF4y2BadgydF4y2Ba,gydF4y2BaegydF4y2Ba类似的数据得到群众pVip21细胞溶解产物预测对应ddhGMP (gydF4y2BadgydF4y2Ba)和ddhGTP (gydF4y2BaegydF4y2Ba)。gydF4y2BafgydF4y2Ba,gydF4y2BaggydF4y2BaMS / MS数据获得,负电离模式,pVip47细胞溶解产物的质量预测对应ddhUMP (gydF4y2BafgydF4y2Ba)和ddhUTP (gydF4y2BaggydF4y2Ba)。在所有面板,分配假设的结构表示的信息碎片离子。ddhC分子注释1级,和所有其他分子注释到2 b级,每项目命名的代谢组学标准。gydF4y2Ba

扩展数据图6 MS / MS碎片光谱预测化合物的体外净化pVips反应。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,gydF4y2BabgydF4y2Ba,MS / MS数据都在积极的电离方式为产品反应样品中发现使用纯化pVip6或纯化pVip56 CTP和三磷酸鸟苷分别核苷酸基板;由此产生的产品预测对应ddhCTP (gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)和ddhGTP (gydF4y2BabgydF4y2Ba)。gydF4y2BacgydF4y2Ba,MS / MS数据获得负离子化方式对产品反应样品中发现使用纯化pVip8 UTP衬底;由此产生的产品是对应于ddhUTP预测。gydF4y2Ba

扩展数据图7 WT和突变pVips诱导过程中转录。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba的催化活性pVips需要防御T7噬菌体和病毒转录镇压。记者的应用试验(在无花果一样。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)菌株表达人类viperin pVips突变体及其同源催化地无所作为。压力首先与阿拉伯糖诱导pVip 45分钟来表达。在gydF4y2BatgydF4y2Ba= 0,IPTG添加到表达绿色荧光蛋白。荧光/ OD对每个应变随时间变化曲线提出了。黑暗与光明红色对应于诱导和non-induced野生型viperins,分别;黑暗与光明蓝色对应于诱导和non-induced突变viperins,分别。灰色曲线对应于负控制(WT viperin,没有添加IPTG)。提出了两个技术复制作为单独的曲线。两个生物复制的代表。gydF4y2BabgydF4y2Ba以RNA-seq, T7 RNAP表达式。表达式(RPKM) T7 RNAP细胞中表达viperins相比,细胞中表达MoaA消极的控制。酒吧图表代表平均两个复制,与单个数据点覆盖。gydF4y2Ba

扩展数据图8 pVips不是有毒的不同的表达gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

pVips的表达,人类viperin或消极的控件(GFP MoaA)被添加阿拉伯糖诱导在45分钟(最终浓度0.2%)。集落形成单位(CFU)测定稀释后一夜之间从文化(gydF4y2BatgydF4y2Ba= 0),诱导前(gydF4y2BatgydF4y2Ba= 45),45和90分钟后感应(gydF4y2BatgydF4y2Ba= 90,gydF4y2BatgydF4y2Ba= 135)。酒吧图表代表平均三个复制,与单个数据点覆盖。gydF4y2Ba

扩展数据图9所假定的多基因防御系统,包括pVips。gydF4y2Ba

代表pVips及其基因附近的实例。基因预测是pVip-containing防御系统突出显示的一部分。基因被认为与国防是黄色的。基因的移动遗传元素是深灰色。RM, restriction-modification;助教,toxin-antitoxin。菌种的名称,并加入相关基因支架在IMG数据库gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba左边表示。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BadgydF4y2Ba,四个常见的配置的假定的pVip-containing系统中发现的细菌和古细菌的基因组。gydF4y2Ba

扩展数据图10种系发生树的pVips和假定的真核viperins。gydF4y2Ba

MoaA序列作为外围集团(灰色)。真核viperins pVips描绘在红色和假定的选择中给出的系统树图。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba用蓝色表示。gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

报告总结gydF4y2Ba

补充表1gydF4y2Ba

集群的人类基因的同源搜索检索viperin原核基因组。基因用于计算国防在场分数足够大小的DNA支架上至少有十个基因viperin同系物的每一方。gydF4y2Ba

补充表2gydF4y2Ba

pVips的列表。基因和基因组IMG数据库中登记入册。gydF4y2Ba

补充表3gydF4y2Ba

MoaA和真核viperin序列。MoaA基因(群)和真核viperin序列用于系统发育树如图2所示。gydF4y2Ba

补充表4gydF4y2Ba

在这项研究中使用的引物列表。gydF4y2Ba

补充表5gydF4y2Ba

在这项研究中使用的噬菌体列表。gydF4y2Ba

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Bernheim, A。,Millman, A., Ofir, G.et al。gydF4y2Ba原核viperins产生不同的抗病毒分子。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba589年gydF4y2Ba,120 - 124 (2021)。https://doi.org/10.1038/s41586 - 020 - 2762 - 2gydF4y2Ba

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