选择性TnsC招募增强rna引导转位的保真度gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，示意图突出显示了用于ChIP-seq实验的每个蛋白质成分中的3×Flag-tag位置。分子质量用括号表示。gydF4y2BabgydF4y2Ba，用于量化rna引导的DNA整合的体内转位实验的简化示意图gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba．mini -转座子(Mini-Tn) DNA底物从pDonor被动员到基因组DNA，在与crRNA互补的目标位点下游，并通过连接PCR定量整合。gydF4y2BacgydF4y2Ba，对3×Flag-tagged结构体的rna引导转位分析表明保持了接近野生型的活性。TnsB活性位点(D223N)的单点突变完全消融DNA整合。在观察到目标位点的弱富集后，TnsA-Flag不再进行进一步的检测(见图)gydF4y2BadgydF4y2Ba)，因此只测试了一次。NT，非靶向crRNA对照。gydF4y2BadgydF4y2Ba，含crRNA-4的3×Flag-tagged TnsA的ChIP-seq数据，如图所示。gydF4y2Ba1 c, dgydF4y2Ba，揭示了基因组靶点的低效DNA富集(左)。然而，pDonor上两个转座子末端的显著峰值(右)表明该蛋白保留了体内功能，并可能在预整合转座体复合物中表现出与目标DNA的低效交联。读取覆盖率(RPKM)被扩展到最高峰值(gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2Ba基因组图谱读取)或TnsB ChIP-seq数据(pDonor mapping读取)。gydF4y2BaegydF4y2Ba， crRNA-287实验ChIP-seq代表性数据，如图所示。gydF4y2Ba1 c, dgydF4y2Ba，揭示了多个不同因子精确招募到相应的基因组靶位点。gydF4y2BafgydF4y2Ba， ChIP-seq数据揭示了跨多个crRNA数据集的CRISPR阵列的强大自靶向性。对于标记成分的两个不同crrna，显示了映射到pQCascade的Reads，并且归一化到峰值，除了输入样本，它们归一化到相应Cas8样本的峰值。pQCascade的矢量图如图所示(上)，CRISPR间隔体的位置用栗色三角形表示(下)。映射到的非唯一读取gydF4y2BalacIgydF4y2Ba未进行分析(虚线)。gydF4y2BaggydF4y2Ba在存在(浅蓝色)或不存在(ΔTniQ，深蓝色)TniQ的情况下，使用Cascade对基因组编码的mRFP进行基于CRISPR干扰(CRISPRi)的抑制。转录抑制通过相对于完全匹配(PM) crRNA的od归一化mRFP荧光来测量。元,新;1-4, crRNA错配位置1-4;25-28, crRNA在位置25-28错配。gydF4y2BahgydF4y2Ba，通过级联(crRNA-4)结合靶DNA与不含TniQ，通过荧光偏振测量。上色如图所示gydF4y2BaggydF4y2Ba．gydF4y2Ba我gydF4y2BaTnsC可能通过TnsAB的存在而稳定在整合前转座体复合体中。在实验中，3×Flag-tagged TnsC的ChIP-seq读取映射到以基因组目标位点为中心的3 kb窗口，仅在TnsA和TnsB存在或不存在时(上)存在差异，读取覆盖(RPKM)在两个图中缩放相同。请注意，图中显示了相同的数据。gydF4y2Ba1 fgydF4y2Ba．对相同的ChIP样本和非靶向对照进行定量PCR，确认省略TnsA-TnsB时靶DNA富集水平降低(下图)。相对富集计算为ΔΔgydF4y2BaCgydF4y2Ba_问gydF4y2Ba在目标位点和内参基因之间。gydF4y2BajgydF4y2Ba，在缺乏TnsA和供体DNA的情况下，TnsB可以被招募到rna引导的靶位点，尽管效率会降低。在实验中，3×Flag-tagged TnsB的ChIP-seq读取映射到以基因组目标位点为中心的3 kb窗口，仅在TnsA和pDonor存在或不存在时存在差异，读取覆盖(RPKM)在所有三个图中缩放相同。数据gydF4y2BacgydF4y2Ba，gydF4y2BaggydF4y2Ba，gydF4y2BahgydF4y2Ba而且gydF4y2Ba我gydF4y2Ba表示为平均值±标准差gydF4y2BangydF4y2Ba= 3个独立的生物重复，TnsA-Flag除外(gydF4y2BacgydF4y2Ba，gydF4y2BangydF4y2Ba= 1)和ΔTnsAB (gydF4y2Ba我gydF4y2Ba，gydF4y2BangydF4y2Ba= 1)。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，散点图显示3×Flag-tagged Cas8和crRNA-4的ChIP-seq实验的两个生物重复之间的相关性。绘制ChIP-seq富集值gydF4y2BangydF4y2Ba= 424个MACS3调用的峰值出现在两个数据集中，由重叠的峰值起始和结束坐标标识。线性回归拟合与Pearson线性相关系数(gydF4y2BargydF4y2Ba)显示;指示目标站点。gydF4y2BabgydF4y2Ba，显示Cas8和TnsC ChIP-seq实验中crRNA-287脱靶峰之间相关性的散点图。绘制ChIP-seq富集值gydF4y2BangydF4y2Ba= 60个MACS3调用的峰值出现在两个数据集中，由重叠的峰值起始和结束坐标标识。线性回归拟合与Pearson线性相关系数(gydF4y2BargydF4y2Ba)显示;对于TnsC来说，目标站点是超出规模的，因此没有被包括在内。gydF4y2BacgydF4y2Ba，中重叠峰Cas8与TnsC峰峰基因组坐标距离的直方图gydF4y2BabgydF4y2Ba．大多数山峰之间的距离都在20 bp以内。gydF4y2BadgydF4y2Ba使用热图对脱靶位点使用crRNA-291的ChIP-seq峰值进行全局可视化，并排绘制Cascade(左)、TnsC(中)和TnsB(右);数据如图所示。gydF4y2Ba2 b, cgydF4y2Ba．487个基因组位点的2 kb窗口(gydF4y2BaygydF4y2Ba轴)按照Cascade数据集称为ChIP-seq峰值富集程度递减的顺序绘制，显示RPKM比例条。TnsB的插图强调了对目标位点的强烈富集(第1行)和对其他Cascade脱靶位点的立即下降(第2-5行)。gydF4y2BaegydF4y2Ba， ChIP-seq峰值与crRNA-295的全球可视化，如图所示gydF4y2BadgydF4y2Ba．gydF4y2BafgydF4y2Ba，显示偏离目标峰重叠的维恩图称为Cascade, TnsC和TnsB。使用MACS3分别为每个ChIP-seq数据集调用峰值，并根据每个峰值的坐标分析重叠。数据显示为相同的两个crrnagydF4y2BadgydF4y2Ba而且gydF4y2BaegydF4y2Ba．gydF4y2BaggydF4y2Ba通过MEME分析，来自不同crrna实验的多个级联ChIP-seq数据集显示出共享一个共同主题的共同脱靶峰。每个数据集(从上到下)显示的是伪crrna间隔5 '端对应核苷酸上方的motif(左)，以及显示在输入序列中给定位置出现motif匹配的概率的motif概率图(右)。PAM和种子区域显示在顶部，位置6(红色星号/箭头)显示的是缺乏区分。gydF4y2BangydF4y2Ba，构成母题的峰数(以及它们占总峰的百分比);gydF4y2BaEgydF4y2Ba,gydF4y2BaEgydF4y2Ba模因分析得出的模因的-value意义。gydF4y2BahgydF4y2Ba，常见脱靶母题在gydF4y2BaggydF4y2Ba可以归因于伪crrna，它们使用CRISPR阵列中末端重复序列下游的间隔状序列。该原理图显示了pQCascade编码的CRISPR阵列的结构和crRNA生物发生的假定机制。伪crrna依赖于来自第二次重复的5 ' -句柄和来自下游序列的伪间隔，这是本研究中使用的所有pQCascade载体所共有的。值得注意的是，伪crrna将缺乏重复衍生的3 ' -柄(由Cas6结合的茎环)，不太可能具有单一的定义长度，并且预计将形成一个同时缺乏Cas6和TniQ的最小级联复合体。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，双质粒系统用于crRNA文库的体内转位分析。我们将CRISPR阵列从pEffector重新定位到pDonor自身的迷你转座子内部(底部)，相对于我们之前描述的pEffector和pDonor质粒gydF4y2Ba^17gydF4y2Ba(上)，从而生成pEffector(-CRISPR)和pDonor(+CRISPR)。gydF4y2BabgydF4y2Ba，中所示的两组质粒构建的rna引导转座分析gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba，通过qPCR检测。转座子编码的crrna直接导致难以区分的整合效率。gydF4y2BacgydF4y2Ba，与相应靶位点相关的crRNA文库成员的富集分数，如图所示。gydF4y2Ba3 dgydF4y2Ba．gydF4y2BadgydF4y2Ba，位置特定富集分数绘制为日志的变化gydF4y2Ba_2gydF4y2Ba(折叠变化)相对于完全匹配的crRNA，对于在所有10个目标位点上包含四倍错配的crRNA。数据沿crRNA显示为单bp分辨率的箱线图;方框表示中位数和四分位范围，胡须表示在出现异常值(点)时，从第25和第75百分位扩展1.5×四分位范围。数据揭示了pam -近端种子序列和pam -远端区域(在顶部显示)的脱靶识别。gydF4y2BaegydF4y2Ba，错配crRNA文库成员的示意图集中在pam远端区域的22-32位。成员被设计来测试非相邻不匹配对转位的影响。gydF4y2BafgydF4y2Ba，对所有10个目标位点的位置特定富集得分进行平均，并绘制出每种错配类型(SM、DM、QM)的变化对数gydF4y2Ba_2gydF4y2Ba(折叠变化)，与图相似。gydF4y2Ba3 egydF4y2Ba．位置22-32内聚焦错配的数据gydF4y2BaegydF4y2Ba)显示在顶部，显示在位置24和30(红色箭头)缺乏区分，在那里crRNA核苷酸被翻转。gydF4y2BaggydF4y2Ba，基因组编码的crrna定位示意图gydF4y2BamRFPgydF4y2Ba而且gydF4y2BasfGFPgydF4y2Ba基因。导子被设计成既针对模板链又针对非模板链，分别位于基因起始密码子下游约35 bp和65 bp处。gydF4y2BahgydF4y2Ba，与非靶向对照(NT)一起测量每个靶向crrna的转录抑制;针对模板链的crRNA表现出最强的抑制作用。位置1-4和25-28不匹配gydF4y2BasfGFPgydF4y2Ba-靶向crRNA显示类似的效果gydF4y2BamRFPgydF4y2Ba数据如图。gydF4y2Ba3 ggydF4y2Ba．数据gydF4y2BabgydF4y2Ba而且gydF4y2BahgydF4y2Ba表示为平均值±标准差gydF4y2BangydF4y2Ba= 3个独立的生物重复。所示的绝对样本数gydF4y2BadgydF4y2Ba是gydF4y2BangydF4y2Ba= 10,20,30,40,30,20和10，分别对应错配位置1,2,3,4 - 29,30,31和32。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba， TnsC•ATP七聚体在不同离焦处的代表性冷冻显微照片;相应的CTF如图所示(右上)。gydF4y2BabgydF4y2Ba代表性的无参考2D类平均，确定了四种类型的视图:顶部和底部视图，横向视图和中间视图。分类运行期间使用的圆形掩码的大小在每种类型的一级平均值中表示。gydF4y2BacgydF4y2Ba，用于TnsC•ATP七聚体的同质类粒子的识别和高分辨率细化的图像处理工作流程。7个TnsC•ATP单体中的一个表现出较弱的密度(橙色星号/箭头)。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，傅里叶壳层相关(FSC)曲线计算两个独立细化的半图的最终子类粒子掩码前(蓝色)，掩码后(黑色)，和相位随机化后(红色)。曲线显示了施加C7对称条件的细化(上)和在没有施加任何对称约束的情况下对四种最佳TnsC单体进行屏蔽细化(下)。通过FSC-0.143标准，对称重建的最终分辨率为3.5 Å，没有对称强制的屏蔽细化的最终分辨率为3.6 Å。gydF4y2BabgydF4y2Ba，根据局部分辨率计算着色的未锐化地图，显示正交方向的对称地图(上)和没有对称强制的蒙面地图(下)。如图所示(右下)为C1中细化的蒙面图的欧拉角分布，根据密度分布着色。gydF4y2BacgydF4y2Ba、模型-地图FSC曲线(黑线)和模型过拟合试验，将最终模型的原子坐标随机置换0.5 Å，并将置换后的坐标相对半地图1重新精化。蓝色曲线(FSC对半地图1)与红色曲线(FSC对半地图2，未包含在细化中)的重合保证了原始模型中没有过拟合。gydF4y2BadgydF4y2Ba，来自后处理对称图的代表性最终低温电磁密度，以细棒表示。一个Mg的假定密度gydF4y2Ba^{2 +gydF4y2Ba}Ion由黑色箭头表示(右)。gydF4y2BaegydF4y2Ba的二级结构图gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC来源于结构数据。α-螺旋被描绘为蓝色圆柱，β-链被描绘为绿色箭头，环路被描绘为灰色痕迹。ATP结合区、面向孔区和AAA+ ATP酶家族的标志序列被指出。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba、TnsC atp酶突变体纯化及七聚体组装实验。所示突变体的SDS-PAGE分析(左)和SEC色谱图(右)，显示TnsC单体峰和七聚体峰。Walker A (K55A)、Walker B (E135A)和精氨酸指(R187A)基序的突变阻止稳定七聚体的形成。gydF4y2BabgydF4y2Ba相邻的TnsC单体通过两个近端环相互作用，其中一个单体的275-280残基与相邻单体的188-191残基相互作用(右侧所示)。gydF4y2BacgydF4y2Ba、TnsC界面和孔环突变体的纯化和七聚体组装实验，如图gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba．在ATP存在的情况下，单体-单体界面的突变不能形成稳定的七聚体。凝胶源数据参见补充图1。gydF4y2BadgydF4y2Ba， CRISPR rna引导转座检测所指示的环突变体，通过qPCR检测。数据相对于WT进行归一化gydF4y2BadgydF4y2Ba表示为平均值±标准差gydF4y2BangydF4y2Ba= 3个独立的生物重复。gydF4y2Ba

一个gydF4y2BaNTD内的多个柔性环从七聚体TnsC盘的顶部突出(左上)，这是与TniQ-Cascade复合体接合的潜在位点。顶端环E69-D75和A106-A113用红色框突出显示，假定的dna相互作用残基包括R143, S144和R146(右上)。基于与TnsAB的功能相似性，CTD上的一个长而灵活的尾巴向孔隙中心折叠，并可能与TnsAB接合gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC。A106-A113的放大视图和假定的DNA结合区域以带状表示(中右)。gydF4y2BabgydF4y2Ba， CRISPR rna引导转座分析，用于指示TnsC环突变体、CTD缺失和孔面残基(左;TniQ ZnF突变(右;用qPCR法测定。数据相对于WT进行归一化。R143和R146的突变一起取消了转位。数据以平均值±标准差表示gydF4y2BangydF4y2Ba= 3个独立的生物学重复，除R146A (gydF4y2BangydF4y2Ba= 2)及K89A、Y108A及S144A (gydF4y2BangydF4y2Ba= 1)。gydF4y2BacgydF4y2BaTnsC A106-A113环缺失突变体的纯化和七聚体组装实验。SDS-PAGE分析图(左)和SEC色谱图(右)显示TnsC单体和TnsC•ATP七聚体峰。尽管取消了转位，该环缺失突变体仍然能够形成依赖于atp的七聚体。对于TnsC(ΔA106-A113)，为了清晰起见，在5 ml保留量标记处将基线设置为0。凝胶源数据参见补充图1。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，荧光极化测定TnsC对DNA的结合，用ssDNA和dsDNA底物+/ - ATP检测。数据以平均值±标准差表示gydF4y2BangydF4y2Ba= 2个实验重复。gydF4y2BabgydF4y2Ba， ssDNA和dsDNA存在或不存在时TnsC的atp酶活性;ND，未检测到。数据以平均值±标准差表示gydF4y2BangydF4y2Ba= 2个技术重复。gydF4y2BacgydF4y2Ba与ATP和dsDNA孵育后的TnsC样品的iSCAMS分析显示了三种不同的高分子量物种，与冷冻电镜观察到的dna结合的单双和三重七聚环很好地一致。gydF4y2BadgydF4y2Ba，不同离焦处dna结合TnsC样本的代表性冷冻显微照片;每个面板的右上方显示了相应的CTF。gydF4y2BaegydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BahgydF4y2Ba， dna结合的单七聚体复合体。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba- - - - - -gydF4y2BalgydF4y2Ba， dna结合双七聚体复合物。gydF4y2BaegydF4y2Ba，gydF4y2Ba我gydF4y2Ba，傅里叶壳层相关(FSC)曲线(上)计算的最终独立细化半映射在掩蔽前(蓝色)，掩蔽后(黑色)，和相位随机化后(红色)。FSC-0.143标准的最终分辨率为3.46 Å(单七聚体)和3.9 Å(双七聚体)。下图为模型-地图FSC曲线(黑线)和模型过拟合试验，将最终模型的原子坐标随机置换0.5 Å，并对半地图1重新精化置换后的坐标。蓝色曲线(FSC对半地图1)与红色曲线(FSC对半地图2，未包含在细化中)的重合保证了原始模型中没有过拟合。gydF4y2BafgydF4y2Ba，gydF4y2BajgydF4y2Ba，根据正交方向显示的局部分辨率计算着色的未锐化地图。gydF4y2BaggydF4y2Ba，gydF4y2BakgydF4y2Ba，来自后处理图的代表性最终cryoEM密度，以细化模型表示为棒。gydF4y2BahgydF4y2Ba，gydF4y2BalgydF4y2Ba，显示最终细化地图的欧拉角分布的Mollweide图，根据密度分布着色。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，单个DNA结合的TnsC七聚体的最终冷冻电镜密度，显示未切片(左)和切片(右)侧面视图，以突出穿过中央孔的DNA。单独的子单元被标记。gydF4y2BabgydF4y2Ba中所示的视图的Ribbon表示gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba．gydF4y2BacgydF4y2Ba， dna结合的TnsC双七聚体具有代表性的2D类平均值。gydF4y2BadgydF4y2Ba， dna结合的TnsC双七聚体的最终冷冻电镜图的两个正交视图。七个原聚体中的每一个都被标记，DNA密度以灰色显示。这两个七聚环以相同的方向结合DNA。gydF4y2BaegydF4y2Ba， dna结合的TnsC双七聚体的色带表示，如图所示gydF4y2BabgydF4y2Ba，所有原聚体中的ATP分子均显示为球体。gydF4y2BafgydF4y2Ba， dna结合的TnsC三七聚体的三个具有代表性的2D类平均。单个七聚体的动态由虚线箭头突出显示，位于结合DNA末端的TnsC七聚体相对于相邻的七聚体表现出灵活性(见补充视频)gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba载脂蛋白与dna结合态之间的TnsC结构高度相似。apo-TnsC和dna结合的TnsC单七聚体结构的单体结构叠加产生的全局RMSD为0.53 Å(左);与双七聚体叠加产生的全局RMSD为0.64 Å(右)。ATP分子显示为棒状，NTD和CTD被标记。gydF4y2BabgydF4y2Ba，多序列比对gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsCgydF4y2Ba^22gydF4y2Ba从TngydF4y2Ba7gydF4y2Ba(non-CRISPR相关),gydF4y2BaVchgydF4y2Ba来自本研究的TnsC (I-F型crispr相关)，以及gydF4y2Ba商店gydF4y2Ba来自ShCAST的TnsCgydF4y2Ba^{3 gydF4y2Ba，gydF4y2Ba23gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba}(V-K型crispr相关)。指出了atp酶活性的关键残基。序列恒等式如下:gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC和gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC, 18.84%;gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC和gydF4y2Ba商店gydF4y2BaTnsC, 22.18%;gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC和gydF4y2Ba商店gydF4y2BaTnsC, 20.83%。gydF4y2BacgydF4y2Ba，三种TnsC同源物的结构域组织比较gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC区域与TnsA, TnsB和TnsD相互作用gydF4y2Ba^4gydF4y2Ba．注意N端和c端明显较短gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC和gydF4y2Ba商店gydF4y2BaTnsC。gydF4y2BadgydF4y2Ba三种tniq家族蛋白同源物的结构域组织比较;注意gydF4y2Ba大肠杆菌gydF4y2BaTngydF4y2Ba7gydF4y2Ba蛋白质被称为TnsD锌指(ZnF)图案被突出。gydF4y2BaegydF4y2Ba，整体寡聚物结构(上)与APBS静电势的比较gydF4y2Ba^70gydF4y2Ba(下)用于dna结合gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC•ATP(左;这项研究)，dna结合gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC (A225V)•AMPPNP(中心;PDB id: 7mcs)gydF4y2Ba^22gydF4y2Ba和DNA-boundgydF4y2Ba商店gydF4y2BaTnsC•ATPɣ年代(右;PDB id: 7m99)gydF4y2Ba^23gydF4y2Ba，孔的c端面在每个寡聚物中向上。为了清晰起见，所有的静电计算都省略了DNA。七聚体的形成gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC和gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC可能有利于更有效的原聚体-原聚体堆积，这在六聚体中表现得不那么明显gydF4y2Ba商店gydF4y2BaTnsC复杂。gydF4y2BafgydF4y2Ba， dna结合的结构叠加gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC•ATP(本研究)和gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC (PDB ID: 7MCS)gydF4y2Ba^22gydF4y2Ba通过对NTD残基16-196 (gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC)和残基70-90和128-295 (gydF4y2Ba生态gydF4y2BaTnsC)， RMSD为2.42 Å。α1(标记)的构象可以创造一个更开放的原聚体结构，从而有效地包装相邻亚基，从而形成七聚体。ATP和AMPPNP以棒状表示。gydF4y2BaggydF4y2Ba， dna结合的结构叠加gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC•ATP(本研究)和gydF4y2Ba商店gydF4y2BaTnsC (PDB ID: 7M99)gydF4y2Ba^23gydF4y2Ba通过对NTD残基16-196 (gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC)及34-198 (gydF4y2Ba商店gydF4y2BaTnsC)， RMSD为1.27 Å。在gydF4y2Ba商店gydF4y2Ba在TnsC中，α1构象可能导致更封闭的原聚体结构，阻碍相邻亚基的有效包装，促进六聚体的形成。ATP和ATPɣS以棒状表示。gydF4y2BahgydF4y2Ba的结构叠加gydF4y2BaVchgydF4y2BaTniQ (PDB ID: 6V9P)gydF4y2Ba^46gydF4y2Ba而且gydF4y2Ba商店gydF4y2BaTniQ单体(PDB ID: 7N6I)gydF4y2Ba^23gydF4y2Ba，与全球RMSD 1.01 Å一致。ZnF基序被指示。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba，型号gydF4y2BaVchgydF4y2BaTniQ•TnsC相互作用及其相对于dsDNA的定位，基于与TniQ结合的TnsC复合物的结构叠加gydF4y2Ba美国hofmanniigydF4y2Ba(pdb id: 7n6i;gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba）gydF4y2Ba^23gydF4y2Ba，如图所示。gydF4y2Ba5 fgydF4y2Ba．原质点3和4gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC分别以黄色和橙色表示。的n端面突出的环gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC，我们发现它对于rna引导的转位至关重要(扩展数据图。gydF4y2Ba7 bgydF4y2Ba)，都接近假定gydF4y2BaVchgydF4y2BaTniQ接触点。E69-D75和A106-A113分别为深橙色和粉红色。gydF4y2BajgydF4y2Ba的静电渲染gydF4y2BaVchgydF4y2Ba中所示模型中的TniQ-2gydF4y2Ba我gydF4y2Ba表明离开r -环的DNA(深灰色)很好地定位于与带正电荷的表面(蓝色)相互作用(左);TniQ-1以色带表示。DNA链的再退火可能发生在富含赖氨酸和精氨酸残基的TniQ表面(右)，引导DNA从Cascade进入中央孔gydF4y2BaVchgydF4y2BaTnsC七聚物。5 ' -CC-3 ' PAM核苷酸用黄色圆点表示。gydF4y2Ba