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基因调控元件氧化损伤修复机制研究gydF4y2Ba

摘要gydF4y2Ba

基因组氧化损伤是细胞代谢不可避免的结果。它通过转录激活期间的表观遗传去甲基化在基因调控元件上出现gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba2gydF4y2Ba.在这里,我们表明启动子通过核有丝分裂器官蛋白NuMA(也称为NUMA1)介导的过程免受氧化损伤。NuMA显示在转录起始位点附近约100 bp的基因组占用。它结合RNA聚合酶II的起始形式,暂停释放因子和单链断裂修复(SSBR)成分,如TDP1。氧化损伤后,与染色质的结合增加,NuMA促进受损染色质上TDP1的富集。NuMA的耗竭增加启动子的氧化损伤。NuMA通过限制RNA聚合酶II的多聚adp核糖化来促进转录,增加其可用性并从启动子处暂停释放。新生RNA的代谢标记可以识别依赖NuMA进行转录的基因,包括即早反应基因。numa缺陷细胞与介导与SSBR结合的突变体互补,或有丝分裂功能分离突变体,恢复SSBR缺陷。这些发现强调了DNA氧化损伤修复在基因调控元件中的重要性,并描述了一个实现这一功能的过程。gydF4y2Ba

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图1:NuMA缺失干扰SSBR和转录恢复。gydF4y2Ba
图2:NuMA与SSBR组分和Pol2的起始形式相互作用。gydF4y2Ba
图3:NuMA调节Pol2暂停,减少Pol2 PARylation。gydF4y2Ba
图4:NuMA耗竭增加启动子和增强子的氧化损伤。gydF4y2Ba
图5:启动子上NuMA占用率增加。gydF4y2Ba
图6:NuMA在分化的SH-SY5Y成神经细胞瘤细胞中促进SSBR和基因转录。gydF4y2Ba

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所有凝胶和免疫印迹的原始图像可在补充图中获得gydF4y2Ba1gydF4y2Ba.质谱数据已通过PRIDE合作伙伴存储库存入ProteomeXchange联盟gydF4y2Ba75gydF4y2Ba标识符号码gydF4y2BaPXD018002gydF4y2Ba.NGS数据已保存在基因表达综合数据库下的SuperSeries登录代码gydF4y2BaGSE147015gydF4y2Ba.子系列为:rp -1 4sU-seq (gydF4y2BaGSE147012gydF4y2Ba), rp -1 OGAP-seq (gydF4y2BaGSE147013gydF4y2Ba), MRC5 NuMA ChIP-seq (gydF4y2BaGSE147014gydF4y2Ba), SH-SY5Y OGAP-seq (gydF4y2BaGSE201981gydF4y2Ba), rp -1 Pol2 ChIP-seq (gydF4y2BaGSE201982gydF4y2Ba), SH-SY5Y NuMA CUT&RUN (gydF4y2BaGSE201983gydF4y2Ba)、rp -1 NuMA及TDP1 CUT&RUN (gydF4y2BaGSE201984gydF4y2Ba).与原始数据(凝胶或印迹图像)、质谱分析和生物信息学分析相关的图包括:gydF4y2Ba1 b、f-h j-lgydF4y2Ba,gydF4y2Ba2模拟,做减法,我,kmgydF4y2Ba,gydF4y2Ba3 ggydF4y2Ba,gydF4y2Ba4 b-ggydF4y2Ba,gydF4y2Ba5 a -gydF4y2Ba而且gydF4y2Ba6 a, d, f igydF4y2Ba和扩展数据图。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3, c-jgydF4y2Ba,gydF4y2Ba4模拟gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5中,我gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6 b, c, h,我gydF4y2Ba,gydF4y2Ba7 a, dgydF4y2Ba,gydF4y2Ba8 bgydF4y2Ba,gydF4y2Ba9 b, c, egydF4y2Ba而且gydF4y2Ba10 hgydF4y2Ba.gydF4y2Ba

代码的可用性gydF4y2Ba

暂停比率计算器的代码可在gydF4y2Bahttps://github.com/jdparker101/Pausing_Ratio_NotebookgydF4y2Ba.gydF4y2Ba

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    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

下载参考gydF4y2Ba

确认gydF4y2Ba

我们感谢L. Ferraiuolo对iPS细胞衍生神经元的建议,感谢S. Dumont提供包含稳定集成spCas9 (Tet-On启动子)和NuMA sgRNA的hTERT (RPE-1)细胞,感谢Sheffield Wolfson光学显微镜设备用于成像实验,感谢Sheffield biOMICS设备用于蛋白质质谱实验。这项工作由惠康信托基金研究员奖(103844)和李斯特预防医学研究所奖学金(137661)资助给s.f.e.k。gydF4y2Ba

作者信息gydF4y2Ba

作者及隶属关系gydF4y2Ba

作者gydF4y2Ba

贡献gydF4y2Ba

S.R.进行了蛋白质相互作用和体外转录实验。a.a.a进行了parylylation实验。S.R.和A.A.A.进行了成像、DNA链断裂修复、全基因组占用和氧化损伤实验。J.P.在I.S. k.l.、N.M.P.和C.L.的建议和支持下进行了所有的生物信息学分析,进行了彗星实验、体外结合和泛素化。A.E.A.-M。进行并分析了蛋白质质谱实验。C.D.S.S.生成iPS细胞来源的神经元。M.J.协助彗星实验并进行细胞周期分析。S.F.E.-K。,S.R. and A.A.A wrote the manuscript. All authors edited the manuscript. S.F.E.-K. conceived the study, and led and managed the project.

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2BaSherif F. El-KhamisygydF4y2Ba.gydF4y2Ba

道德声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者声明没有利益竞争。gydF4y2Ba

同行评审gydF4y2Ba

同行评审信息gydF4y2Ba

自然gydF4y2Ba感谢Rami Aqeilan、Zhao-Qi Wang和其他匿名审稿人对本工作的同行评议所作的贡献。gydF4y2Ba

额外的信息gydF4y2Ba

出版商的注意gydF4y2Ba施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。gydF4y2Ba

扩展的数据图形和表格gydF4y2Ba

图1 SSBR基因在不同脑区表达情况。gydF4y2Ba

的表达gydF4y2BaTDP1gydF4y2Ba,gydF4y2BaXRCC1gydF4y2Ba而且gydF4y2BaPARP1gydF4y2Ba在GTEx v8数据集中的不同大脑区域。gydF4y2Ba

扩展数据图2 DRB治疗可消除SSBR中numa依赖性缺陷。gydF4y2Ba

转染siSCR和sinuma的MRC5细胞分别用DMSO或DRB预处理2 h后再进行hgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba治疗后恢复30、60分钟。代表性的小提琴图显示了来自150个核的彗星尾矩的传播,n = 3个生物重复(双面,未配对t检验)。gydF4y2Ba

扩展数据图3 NuMA促进氧化损伤后的转录gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)对rp -1细胞裂解物进行4sU-Seq免疫印迹。, n = 2个生物重复。(gydF4y2BabgydF4y2Ba) 4sU-Seq的原理图。(gydF4y2BacgydF4y2Ba) 4sU-Seq显示-loggydF4y2Ba10gydF4y2Ba调整p值与Log的关系gydF4y2Ba2gydF4y2BaWT (+HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)与(−H .gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)细胞。(DEseq2,双侧Wald检验,Benjamini-Hochberg程序调整p值≤0.05)。日志gydF4y2Ba2gydF4y2Ba折量随WT (+H)的变化gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)细胞。(gydF4y2BadgydF4y2Ba暂停基因与上调基因重叠(gydF4y2Ba左gydF4y2Ba)及调低(gydF4y2Ba正确的gydF4y2Ba)在WT (+HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)与(−H .gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)细胞。(gydF4y2BaegydF4y2Ba) 4sU-Seq显示-loggydF4y2Ba10gydF4y2Ba根据Log调整p值gydF4y2Ba2gydF4y2BaKD与WT (+HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)细胞。(DEseq2,双侧Wald检验,Benjamini-Hochberg调整p值≤0.05)。日志gydF4y2Ba2gydF4y2BaKD细胞的折叠变化。(gydF4y2BafgydF4y2Ba暂停基因与上调基因重叠(gydF4y2Ba左gydF4y2Ba)及调低(gydF4y2Ba正确的gydF4y2Ba)在KD与WT (+HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)细胞。(gydF4y2BaggydF4y2Ba)含有脆弱启动子(FPG)的基因与NRGs重叠。背景集是差异表达基因的总集。(gydF4y2BahgydF4y2Ba) Log中平均转录水平的分布gydF4y2Ba2gydF4y2BaNRGs的百万分转录本(TPM)和基因在WT(+HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba),并在重复间取平均值。只有WT(+HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)重复被纳入分析。在箱形图中,中心线为中值,上下铰链表示上下四分位数,上下须表示最大和最小值分别不超过上下铰链的1.5倍四分位数范围;双面Wilcoxon秩和检验。(gydF4y2Ba我gydF4y2BaLog的散点图gydF4y2Ba2gydF4y2BaWT与KD(+HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba)细胞相对于基因长度(KB)的对数gydF4y2Ba10gydF4y2Ba规模。相关系数(R)由斯皮尔曼秩和显著性使用渐近t近似(双边)。(gydF4y2BajgydF4y2Ba)gydF4y2Ba左gydF4y2Ba;所示SSBR基因新生RNA转录本的折叠变化。gydF4y2Ba正确的gydF4y2Ba;SSBR和DSBR基因4sU-Seq谱的一个代表性轨迹的IGV快照。gydF4y2Ba

扩展数据图4 GFP下拉中质谱鉴定的聚集蛋白。gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)转染GFP-empty或GFP-NuMA的HEK-293细胞用HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba细胞裂解物进行GFP-trap免疫沉淀,珠上胰蛋白酶消化,随后进行质谱分析。火山图显示NuMA相互作用蛋白的定量富集,通过使用Student 's t检验对数据集进行统计分析确定。实线表示经过过滤后,误发现率为0.05,组内人为方差S0 = 1,相互作用蛋白显著富集。Pol2和SSBR机械的组件被突出显示为红色方块。(gydF4y2BabgydF4y2Ba) GFP下拉图中质谱鉴定的聚集蛋白热图。根据样本条件,LFQ蛋白强度的层次聚类显示出两个优势样本聚类,GFP和GFP- numa - l (LTR)。(gydF4y2BacgydF4y2BaHEK293细胞分别用DMSO或PARG (PDD00017273)、PARP3 (ME0328)或PARP1 (Olaparib)抑制剂处理。Western免疫印迹法显示聚adp核糖基化(PAR)水平,n = 3个生物重复。(gydF4y2BadgydF4y2Ba) GFP下拉图中质谱鉴定的聚集蛋白热图。根据样本条件,LFQ蛋白强度的层次聚类显示出GFP、GFP- numa - s (STR)和GFP- numa - l (LTR)三个优势样本聚类。右边是NuMA-S (STR)和NuMA-L (LTR)强度分布的放大热图。gydF4y2Ba

图5 NuMA-L促进SSBR和转录恢复功能。gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba人类NuMA异构体的示意图。(gydF4y2BabgydF4y2Ba) GFP-免疫沉淀来自GFP- numa - l和numa - s转染的HEK-293细胞,HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba并进行质谱分析。NuMA-L的注释串联质谱(gydF4y2Ba前gydF4y2Ba)及NuMA-S (gydF4y2Ba底gydF4y2Ba)在免疫沉淀物中鉴定出特异性肽。前体质量偏差LTAQVEQLEVFQR肽段为2.07 ppm, LTAQVEELSK肽段为0.66 ppm。(gydF4y2BacgydF4y2Ba从(b)中定量富集NuMA-L和NuMA-S之间的相互作用蛋白。使用Student t检验进行统计分析,确定numa相互作用蛋白。实线表示筛选FDR为0.05和人工组内方差(S0 = 1)后富集的相互作用蛋白。注释的蓝色和红色点表示NuMA-S (STR), NuMA-L (LTR)和其他感兴趣的蛋白质。未标注的淡红点表示与GFP对照相比,在每个NuMA下拉中显著富集的蛋白质。绿点是NuMA-S和NuMA-L下拉中都富集的蛋白质,红点是只在NuMA-L下拉中富集的蛋白质。(gydF4y2BadgydF4y2Ba)转染GFP-empty、GFP- numa - l和GFP- numa - s的HEK-293细胞中GFP-免疫沉淀的免疫印迹gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba, n = 3个生物重复。(gydF4y2BaegydF4y2Ba)转染的MRC5细胞免疫印迹。, n = 5个生物重复。(gydF4y2BafgydF4y2Ba) MRC5细胞如(e)所示转染,HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba并在媒体中恢复。来自250个原子核的彗尾矩分布的代表性图(双面,未配对,t检验)。(gydF4y2BaggydF4y2Ba)条形表示剩余DNA链断裂的百分比。误差条(±s.e.m,), n = 5个生物重复(双面,未配对t检验)。(gydF4y2BahgydF4y2Ba)如(e)所示转染的MRC5细胞的克隆性存活,以半对数尺度表示,n = 3个生物重复(双面,未配对t检验)。(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba)转染的MRC5细胞免疫印迹。(gydF4y2BajgydF4y2Ba) MRC5细胞按(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba)和新出现的带有EU标签的成绩单。散点图显示平均荧光的折叠变化。误差柱(±s.e.m.), n = 3个生物重复(双面,未配对t检验)。gydF4y2Ba

扩展数据图6 NuMA c端尾或有丝分裂功能分离突变体促进SSBR。gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba由NuMA-FL生成的截断突变体的示意图,其c端尾部(aa 1700-2115)被指定为球状结构域(GD),微管结合结构域(aa 1866-1936)被指定为MD (gydF4y2BabgydF4y2BaHEK293细胞与全长或不同截断的NuMA共转染,如(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba),以及myc-TDP1。采用免疫印迹法分析gfp免疫沉淀,n = 3个生物重复。(gydF4y2BacgydF4y2Ba)对转染siSCR或siNuMA的MRC5细胞进行免疫印迹,然后与靶向耐药gfp标记的NuMA-FL、NuMA-GD或EV互补。(gydF4y2BadgydF4y2Ba)代表性的小提琴图显示了从3个生物重复中转染的150个MRC5细胞的彗星尾矩分布,如图(gydF4y2BacgydF4y2Ba),通过gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba治疗和恢复在指定时间点(双侧,未配对t检验)。(gydF4y2BaegydF4y2Ba)柱状图表示去掉H后剩余的断裂百分比gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba误差柱(±s.e.m), n = 3个生物重复,(双侧,未配对t检验)。(gydF4y2BafgydF4y2Ba) HEK293细胞转染NuMA-FL或NuMA-MD后,在收获前进行诺可达唑处理。代表图像显示NuMA(绿色),α-微管蛋白(红色),细胞核(DAPI/蓝色),n = 6个生物重复,比例尺,10 μm。(gydF4y2BaggydF4y2Ba)在有丝分裂极处,NuMA细胞的百分比被量化。误差条(±s.e.m), n = 100个细胞,来自6个生物重复(双面,未配对t检验)。(gydF4y2BahgydF4y2Ba)对转染GFP-empty、NuMA-FL或NuMA-MD的HEK-293细胞的gfp免疫沉淀进行免疫印迹,同时对myc-TDP1进行处理gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba, n = 3个生物重复。(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba)对转染了siSCR或siNuMA的MRC5细胞的裂解物进行免疫印迹,并补充靶向抗gfp标记的NuMA-FL, NuMA-MD或EV。(gydF4y2BajgydF4y2Ba) MRC5细胞如(i)所示转染,HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba并在指定时间点在介质中恢复。代表性小提琴图显示来自3个生物重复的150个细胞的彗星尾矩分布(双面,未配对t检验)。(gydF4y2BakgydF4y2Ba)条形表示去除H后剩余的股断裂百分比gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba在完全介质中恢复。误差柱(±s.e.m.), n = 3个生物重复(双面,未配对t检验)。gydF4y2Ba

图7 NuMA促进TDP1在受损染色质上的富集。gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)gydF4y2Ba最高;gydF4y2Ba采用抗NuMA抗体免疫印迹法分析NuMA的敲除效率。gydF4y2Ba底;gydF4y2Ba在光漂白实验的细胞中测量GFP-TDP1在时间0(秒)时的表达水平。误差条(±s.e.m.), n = 3个生物重复。(gydF4y2BabgydF4y2BaMRC5细胞被镀在玻璃底皿上,并与GFP-TDP1和siSCR或siNuMA共转染。细胞用DMSO或奥拉帕尼预培养。用紫外A激光(405 nm)局部照射表达类似总GFP信号的细胞,并在指定的时间点量化GFP - tdp1在损伤部位的积累。比例尺bar-5µm。(gydF4y2BacgydF4y2Ba)数据绘制为微辐照轨迹中平均百分比荧光(任意单位)±s.e.mgydF4y2Ba∼gydF4y2Ba测量30个细胞,n = 3个生物重复(双侧,未配对t检验)。(gydF4y2BadgydF4y2Ba用免疫印迹法分别或联合转染siSCR、siNuMA和siTDP1的MRC5细胞的裂解物进行分析,n = 3个生物重复。(gydF4y2BaegydF4y2Ba)转染MRC5细胞,如(gydF4y2BadgydF4y2Ba),用HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba并在指定的时间点恢复。代表性小提琴图显示150个细胞的彗星尾矩分布,n = 3个生物重复。(gydF4y2BafgydF4y2Ba)柱状图表示去掉H后剩余的断裂百分比gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba在完全介质中恢复。误差柱(±s.e.m.), n = 3个生物重复(双面,未配对t检验)。(gydF4y2BaggydF4y2Ba)转染MRC5细胞的存活情况如下(gydF4y2BadgydF4y2Ba)与HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba.结果以半对数尺度表示,代表三个生物重复的平均值±s.e.m。Ns -不显著(双侧未配对t检验)。gydF4y2Ba

扩展数据图8 NuMA与PAF1的交互gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba用GFP或GFP- numa - l质粒转染HEK-293细胞,用HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba用质谱分析细胞裂解物。火山图显示NuMA相互作用蛋白的定量富集,通过使用Student 's t检验对数据集进行统计分析确定。实线表示经过过滤后,误发现率为0.05,组内人为方差S0 = 1,相互作用蛋白显著富集。PAF1复合体的组成部分突出显示为蓝色方块。(gydF4y2BabgydF4y2BaHEK-293细胞用HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba并将其分为不溶性染色质结合部分和可溶性核质部分。采用Pol2 pS5抗体免疫沉淀内源性RNA Pol2。采用抗Pol2 pS5、NuMA和PAF1抗体免疫印迹法分析免疫沉淀复合物,n = 3个生物重复。gydF4y2Ba

图9 NuMA缺失增加8-oxoG水平,降低启动子上TDP1的占用,而氧化应激增加启动子上NuMA和TDP1的可用性。gydF4y2Ba

(a) rp -1细胞未处理,HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba或凯擘gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba.提取基因组DNA,用高效液相色谱- qqq质谱法定量8-oxoG / 1,000,000脱氧鸟苷(dG)水平。误差柱(±s.e.m), n = 3个生物重复,(双面,未配对t检验)(b和c) RPE-1细胞中(b) NuMA和(c) TDP1 CUT&RUN相对于IgG的TSS中每百万次计数变化的meta剖面。(d)用Flag-TDP1转染rp -1细胞,在启动子处进行ChIP-qPCRgydF4y2Ba”丛书gydF4y2Ba,gydF4y2BaCCN2gydF4y2Ba而且gydF4y2BaSRFgydF4y2Ba.误差柱(±s.e.m.), n = 3个生物重复(双面,未配对t检验)。(e)在未受干扰的条件下,RPE-1细胞中NuMA CUT&RUN相对于IgG的增强子区每百万次计数变化的meta分析。增强子两侧的区域为2500 bp。gydF4y2Ba

图10缺乏numa的神经元细胞表现出SSBR和转录恢复缺陷。gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba在含有维甲酸(RA)的低血清培养基中,SH-SY5Y细胞分化为神经元形态(类似于长突起的原代神经元)的Brightfield图像。比例尺,100µm。(gydF4y2BabgydF4y2Ba)显示RA分化后神经突生长量化的Violin图,使用Fiji (ImageJ)软件和NeuronJ插件进行量化,n = 16/条件(双面,未配对t检验)。(gydF4y2BacgydF4y2Ba)未分化和分化SH-SY5Y细胞的MAP2免疫荧光图像,n = 2个生物重复,比例尺,10µm。(gydF4y2BadgydF4y2Ba)代表性的小提琴图显示,在从H恢复后或恢复期间,来自4个生物重复的200个分化SH-SY5Y细胞的彗星尾时刻的分布gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba(双侧未配对t检验)。(gydF4y2BaegydF4y2Ba)显示人类ipsc衍生运动神经元的Brightfield图像,n = 3个生物重复,比例尺,100µm。(gydF4y2BafgydF4y2Ba人类shSCR或shnuma转导的ipsc衍生运动神经元的代表性免疫荧光图像显示NuMA的相对水平(绿色),n = 2个生物重复,标度条,10µm。(gydF4y2BaggydF4y2Ba)小提琴图显示NuMA荧光强度n = 20个细胞/条件(双面,未配对t检验)。(gydF4y2BahgydF4y2Ba)对shSCR和shnuma转导神经元的裂解物进行免疫印迹,n = 2个生物重复。(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba)柱状图表示去掉H后剩余的断裂百分比gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba在完全介质中的回收率,由碱性彗星试验定量。误差条表示范围,n = 2个生物重复。(gydF4y2BajgydF4y2Ba)代表性的小提琴图,显示从H恢复后立即或期间从100个细胞传播的彗星尾矩gydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba(双尾未配对t检验)(gydF4y2BakgydF4y2Ba)用HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba新生的成绩单也被欧盟贴上了标签。散点图显示平均荧光的折叠变化。误差条(±s.e.m.), n = 4个独立的封面卡瓦(双面,未配对t检验)。(gydF4y2BalgydF4y2Ba)在模拟处理或HgydF4y2Ba2gydF4y2BaOgydF4y2Ba2gydF4y2Ba治疗。对于每个样本,都显示了一个有代表性的图像,它是红色和蓝色通道的合并。小提琴图显示Pol2 pS5-NuMA复合体/核的平均信号强度,n = 125个细胞,来自三个独立孔,(双面,未配对t检验),比例尺,10µm。gydF4y2Ba

扩展数据图11描述NuMA在氧化应激反应中的功能。gydF4y2Ba

(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba) GTEx v8数据集PARP1/NuMA在脑组织中的表达分布。(gydF4y2BabgydF4y2Ba)描述NuMA在氧化应激反应中的作用的示意图。NuMA在启动子处富集,并与RNA聚合酶2 (Pol2)和SSBR蛋白TDP1和PARP1相互作用。由于该复合物的富集,细胞能够有效地修复启动子的氧化损伤。NuMA作为PAR汇,确保发生在核质中的Pol2 PARylation的生理水平,从而增加Pol2启动子的可用性,并增强其暂停释放。这导致NuMA调控基因(NRGs)的转录增加(gydF4y2BacgydF4y2BaNuMA水平的降低会增加启动子的氧化损伤。此外,NuMA的缺失增加了核质中的Pol2 PARylation,从而降低了Pol2在启动子上的可用性,导致nrg的转录减少。gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

该文件包含用于8-oxoG质谱的siRNA和gRNA序列、抗体、引物、质粒、寡核苷酸以及过渡和保留时间的补充表1-6。它还包含未裁剪的图像凝胶和西方印迹,与红框显示裁剪带。gydF4y2Ba

报告总结gydF4y2Ba

补充数据1gydF4y2Ba

该文件包含火山图中GFP vs NuMA-L所表示的蛋白质的完整列表。gydF4y2Ba

补充数据2gydF4y2Ba

该文件包含火山图NuMA-S vs NuMA-L中表示的蛋白质的完整列表。gydF4y2Ba

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Ray, S., Abugable, a.a., Parker, J。gydF4y2Baet al。gydF4y2Ba基因调控元件氧化损伤修复机制研究。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba609gydF4y2Ba, 1038-1047(2022)。https://doi.org/10.1038/s41586-022-05217-8gydF4y2Ba

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