跳到主要内容gydF4y2Ba

感谢您访问nature.com。您使用的是对CSS支持有限的浏览器版本。为了获得最好的体验,我们建议您使用最新的浏览器(或关闭Internet Explorer的兼容性模式)。同时,为了确保持续的支持,我们将在没有样式和JavaScript的情况下显示站点。gydF4y2Ba

PD-1联合IL-2治疗改变CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞衰竭程序gydF4y2Ba

摘要gydF4y2Ba

PD-1阻断剂和IL-2联合治疗对慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染非常有效gydF4y2Ba1gydF4y2Ba.在这里,我们将研究这种协同作用的潜在基础。我们发现,与PD-1单一治疗相比,PD-1 + IL-2联合治疗从根本上改变了PD-1的分化程序gydF4y2Ba+gydF4y2BaTCF1gydF4y2Ba+gydF4y2Ba茎状的CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞和结果在转录和表观遗传不同的效应子CD8的产生gydF4y2Ba+gydF4y2Ba类似于高功能效应因子CD8的T细胞gydF4y2Ba+gydF4y2Ba急性病毒感染后的T细胞。这些CD8的生成品质优越gydF4y2Ba+gydF4y2Ba介导病毒控制的T细胞是PD-1和IL-2之间协同作用的基础。我们的结果表明PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2BaTCF1gydF4y2Ba+gydF4y2Ba茎状的CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞,也被称为耗尽CD8的前体gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞并不是命中注定的衰竭程序,它们的分化轨迹可以被IL-2信号改变。这些病毒特异性效应器CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞从类似干细胞的CD8中产生gydF4y2Ba+gydF4y2Ba联合治疗后的T细胞表达高亲和力IL-2三聚体(CD25-CD122-CD132)受体水平升高。这在PD-1单独封锁后是看不到的。最后,我们发现CD25与IL-2的接合在IL-2细胞因子和PD-1阻断之间的协同作用中具有重要作用。无论是用抗体阻断CD25,还是使用不与CD25结合但仍与CD122和CD132结合的IL-2突变版本,几乎完全消除了PD-1 + IL-2联合治疗后观察到的协同效应。PD-1 + IL-2联合治疗癌症患者引起了相当大的兴趣gydF4y2Ba2gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba我们的基础研究定义了IL-2如何与PD-1阻断协同作用的潜在机制,应该为这些人类转化研究提供信息。gydF4y2Ba

这是订阅内容的预览,gydF4y2Ba通过你所在的机构访问gydF4y2Ba

访问选项gydF4y2Ba

买条gydF4y2Ba

在ReadCube上获得时间限制或全文访问。gydF4y2Ba

32.00美元gydF4y2Ba

所有价格均为净价格。gydF4y2Ba

图1:PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2BaTCF1gydF4y2Ba+gydF4y2Ba茎状的CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在慢性LCMV感染中,T细胞在PD-1阻断、IL-2治疗和PD-1 + IL-2联合治疗后提供增殖爆发。gydF4y2Ba
图2:病毒特异性CD8的明显转录特征gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在慢性LCMV感染中,PD-1 + IL-2联合治疗与PD-1单药治疗比较。gydF4y2Ba
图3:lcmv特异性CD8的表型和功能特征gydF4y2Ba+gydF4y2BaPD-1和IL-2单药及联合治疗慢性感染时产生的T细胞。gydF4y2Ba
图4:lcmv特异性CD8的表观遗传特征gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在慢性感染过程中,IL-2或PD-1 + IL-2联合治疗产生的T细胞与PD-1单一治疗产生的T细胞不同。gydF4y2Ba
图5:CD25阻断阻断了IL-2和PD-1阻断之间的协同作用。gydF4y2Ba
图6:治疗性IL-2参与CD25对PD-1 + IL-2联合治疗的疗效至关重要。gydF4y2Ba

数据可用性gydF4y2Ba

支持本研究结果的所有经过处理的RNA-seq、scRNA-seq和ATAC-seq数据已按登录代码存入GEOgydF4y2BaGSE206739gydF4y2Ba.之前发布的Affymetrix微阵列(GEO:gydF4y2BaGSE9650gydF4y2Ba)gydF4y2Ba16gydF4y2Ba, RNA-seq (NCBI生物项目:gydF4y2BaPRJNA412602gydF4y2Ba)gydF4y2Ba17gydF4y2Ba和ATAC-seq数据(NCBI生物项目:gydF4y2BaPRJNA546023gydF4y2Ba)gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba包括在本研究中进行分析。gydF4y2Ba源数据gydF4y2Ba提供了这篇论文。gydF4y2Ba

代码的可用性gydF4y2Ba

RNA-seq, scRNA-seq和ATAC-seq数据分析的自定义代码可从通信作者合理的要求。gydF4y2Ba

参考文献gydF4y2Ba

  1. West, E. E.等。PD-L1阻断剂与IL-2疗法协同激活衰竭的T细胞。gydF4y2Baj .中国。投资。gydF4y2Ba123gydF4y2Ba, 2604-2615(2013)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  2. 李志刚,李志刚,李志刚,李志刚。白细胞介素-2在免疫抑制和免疫刺激中的作用。gydF4y2Ba实验,医学。gydF4y2Ba217gydF4y2Ba, e20191247(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  3. Overwijk, W. W., Tagliaferri, M. A. & Zalevsky, J.工程IL-2赋予T细胞免疫治疗新的生命。gydF4y2Ba为基础。启地中海。gydF4y2Ba72gydF4y2Ba, 281-311(2021)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  4. 桥本等人。慢性感染和癌症中的CD8 T细胞衰竭:干预的机会。gydF4y2Ba为基础。启地中海。gydF4y2Ba69gydF4y2Ba, 301-318(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  5. McLane, L. M., Abdel-Hakeem, M. S. & whry, E. J.慢性病毒感染和癌症期间CD8 T细胞衰竭。gydF4y2Ba为基础。启Immunol。gydF4y2Ba37gydF4y2Ba, 457-495(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  6. 伦纳德,W. J.,林,J. X. & O'Shea, J. J. γgydF4y2BacgydF4y2Ba细胞因子家族:治疗分支的基础生物学。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba50gydF4y2Ba, 832-850(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  7. Gillis, S., Ferm, M. M., Ou, W. & Smith, K. a . T细胞生长因子:生产参数和活性的定量微量测定。gydF4y2Baj . Immunol。gydF4y2Ba120gydF4y2Ba, 2027-2032(1978)。gydF4y2Ba

    中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  8. 他,r等人。滤泡cxcr5表达CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞抑制慢性病毒感染。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba537gydF4y2Ba, 412-428(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  9. 哈德森,W. H.等。具有效应子样转录特征的增殖过渡性T细胞从PD-1+干样CD8中出现gydF4y2Ba+gydF4y2Ba慢性感染中的T细胞。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba51gydF4y2Ba, 1043-1058(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  10. Im, S. J.等人。定义CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在PD-1治疗后提供增殖爆发的T细胞。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba537gydF4y2Ba, 417-421(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  11. Im, S. J., Konieczny, b.t., Hudson, W. H., Masopust, D. & Ahmed, R. PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在LCMV持续感染期间,干细胞样CD8 T细胞驻留在淋巴组织中。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba117gydF4y2Ba, 4292-4299(2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  12. 梁,Y. a。CXCR5gydF4y2Ba+gydF4y2Ba滤泡细胞毒性T细胞控制B细胞滤泡中的病毒感染。gydF4y2BaImmunol Nat。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba, 1187-1196(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  13. Utzschneider, d.t.等人。表达记忆样CD8的T细胞因子1gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞维持对慢性病毒感染的免疫反应。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba45gydF4y2Ba, 415-427(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  14. 詹德,R.等人。CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞的帮助是形成细胞溶解性CD8所必需的gydF4y2Ba+gydF4y2Ba预防慢性感染和癌症的T细胞亚群。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba51gydF4y2Ba, 1028-1042(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  15. Seo, H.等。TOX和TOX2转录因子与NR4A转录因子共同作用于CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞衰竭。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba116gydF4y2Ba, 12410-12415(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  16. 惠利,E. J.等。CD8分子特征gydF4y2Ba+gydF4y2Ba慢性病毒感染时T细胞衰竭。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba27gydF4y2Ba, 670-684(2007)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  17. 哈德森,W. H.等。新型长链非编码rna的表达定义了病毒特异性效应子和记忆CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba, 196(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  18. 乔希,n.s.等人。炎症指导记忆前体和短寿命效应体CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞命运通过T-bet转录因子的分级表达。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba27gydF4y2Ba, 281-295(2007)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  19. Kaech, s.m.等。白细胞介素7受体的选择性表达识别效应CD8 T细胞,产生长寿命记忆细胞。gydF4y2BaImmunol Nat。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba, 1191-1198(2003)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  20. Sarkar, S.等人。具有不同记忆命运的效应CD8 T细胞亚群的功能和基因组分析。gydF4y2Ba实验,医学。gydF4y2Ba205gydF4y2Ba, 625-640(2008)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  21. Chow, m.t.等。肿瘤内CXCR3趋化因子系统的活性是抗pd -1治疗的有效性所必需的。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba50gydF4y2Ba, 1498-1512(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  22. 希克曼,h.d.等人。CXCR3趋化因子受体使局部CD8生效gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞迁移破坏病毒感染细胞。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba42gydF4y2Ba, 524-537(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  23. 波肯,K. E.等。耗尽的T细胞的表观遗传稳定性限制了PD-1阻断再活力的持久性。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba354gydF4y2Ba, 1160-1165(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  24. 森,D. R.等人。T细胞衰竭的表观遗传学景观。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba354gydF4y2Ba, 1165-1169(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  25. Buenrostro, J. D., Giresi, P. G., Zaba, L. C., Chang, H. Y. & Greenleaf, W. J.天然染色质转座用于开放染色质,dna结合蛋白和核小体位置的快速和敏感表观基因组分析。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba, 1213-1218(2013)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  26. 麦克林,C. Y.等。GREAT提高了功能解释gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba监管区域。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba28gydF4y2Ba, 495-501(2010)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  27. 阿尔菲,F.等。TOX增强了慢性病毒感染中耗尽的T细胞的表型和寿命。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba571gydF4y2Ba, 265-269(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  28. 可汗,O.等。TOX在转录和表观遗传学上编程CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞衰竭。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba571gydF4y2Ba, 211-218(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  29. 斯科特,a.c.等人。TOX是肿瘤特异性T细胞分化的关键调节因子。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba571gydF4y2Ba, 270-274(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  30. Jadhav, R. R.等。PD-1的表观遗传特征gydF4y2Ba+gydF4y2BaTCF1gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8 T细胞在慢性病毒感染期间充当资源细胞,并对PD-1阻断反应。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba116gydF4y2Ba, 14113-14118(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  31. 米勒,S. N.等。在小鼠慢性感染过程中,PD-L1在造血细胞和非造血细胞中具有不同的调节T细胞反应的功能。gydF4y2Baj .中国。投资。gydF4y2Ba120gydF4y2Ba, 2508-2515(2010)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  32. 朱内贾,V. R.等人。肿瘤细胞上的PD-L1足以对免疫原性肿瘤的免疫逃避和抑制CD8 T细胞的细胞毒性。gydF4y2Ba实验,医学。gydF4y2Ba214gydF4y2Ba, 895-904(2017)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  33. 刘,J.等。肿瘤和宿主细胞PD-L1是介导小鼠抗肿瘤免疫抑制所必需的。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba, 14572(2017)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  34. Plitas, G. & Rudensky, A. Y.调节性T细胞在癌症中的作用。gydF4y2Ba为基础。癌症生物学。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba, 459-477(2020)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  35. 马雷克,T. R.和卡斯特罗,I.白介素2受体信号:在耐受和免疫之间的界面。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba33gydF4y2Ba, 153-165(2010)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  36. 胡斯,D. J.等。抗cd25单克隆抗体Fc变体差异影响调节性T细胞和免疫稳态。gydF4y2Ba免疫学gydF4y2Ba148gydF4y2Ba, 276-286(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  37. 克莱因,C.等。Cergutuzumab amunaleukin (CEA-IL2v),一种cea靶向IL-2变体的免疫细胞因子用于联合癌症免疫治疗:克服了aldesleukin和常规IL-2免疫细胞因子的局限性。gydF4y2BaOncoimmunologygydF4y2Ba6gydF4y2Ba, e1277306(2017)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  38. 苏,E. W.等。IL-2Rα介导IL-2信号转导的时间调节并增强免疫治疗。gydF4y2Ba科学。Transl。地中海。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba, 311ra170(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  39. Codarri Deak, L.等人。PD-1 -gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba-IL-2R激动能从干细胞样CD8 T细胞中产生更好的效应。gydF4y2Ba自然gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1038/s41586-022-05192-0gydF4y2Ba(2022)。gydF4y2Ba

  40. 百时美施贵宝和Nektar宣布3期PIVOT IO-001试验的最新进展,评估BEMPEG (BEMPEG)联合Opdivo (nivolumab)治疗先前未经治疗的不可切除或转移性黑色素瘤(Businesswire, 2022);gydF4y2Bahttps://www.businesswire.com/news/home/20220313005021/en/Bristol-Myers-Squibb-and-Nektar-Announce-Update-on-Phase-3-PIVOT-IO-001-Trial-Evaluating-Bempegaldesleukin-BEMPEG-in-Combination-with-Opdivo-nivolumab-in-Previously-Untreated-Unresectable-or-Metastatic-MelanomagydF4y2Ba

  41. whry, E. J., Blattman, J. N., Murali-Krishna, K., van der Most, R. & Ahmed, R.病毒持久性改变CD8 t细胞免疫优势和组织分布,并导致不同阶段的功能损害。gydF4y2Baj .性研究。gydF4y2Ba77gydF4y2Ba, 4911-4927(2003)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  42. 班克海德,P.等。QuPath:数字病理图像分析的开源软件。gydF4y2Ba科学。代表。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba, 16878(2017)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  43. 泽比诺,D. R.等。运用2018年。gydF4y2Ba核酸测定。gydF4y2Ba46gydF4y2Ba, d754-d761(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  44. Kim, D., Langmead, B. & Salzberg, S. L. HISAT:低内存需求的快速拼接对齐器。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba12gydF4y2Ba, 357-360(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  45. Liao, Y., Smyth, G. K. & Shi, W. featuremets:一种高效的通用程序,用于分配序列读取基因组特征。gydF4y2Ba生物信息学gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba, 923-930(2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  46. Love, m.i, Huber, W. & Anders, S.使用DESeq2对RNA-seq数据的折叠变化和离散度进行调节估计。gydF4y2Ba基因组医学杂志。gydF4y2Ba15gydF4y2Ba, 550(2014)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  47. 萨勃拉曼尼亚,A.等。基因集富集分析:解释全基因组表达谱的一种基于知识的方法。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba102gydF4y2Ba, 15545-15550(2005)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  48. 哈德利,W。gydF4y2Baggplot2:数据分析的优雅图形gydF4y2Ba(施普林格,2016)。gydF4y2Ba

  49. Satija, R., Farrell, J. A., Gennert, D., Schier, A. F. & Regev .单细胞基因表达数据的空间重建。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba33gydF4y2Ba, 495-502(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  50. DeTomaso, D. & Yosef, N. FastProject:用于单细胞RNA-Seq数据低维分析的工具。gydF4y2BaBMC Bioinform。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba, 315(2016)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  51. McInnes, L., Healy, J., Saul, N. & Großberger, L. UMAP:均匀流形近似和投影。gydF4y2BaJ.开源软件。gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba, 861(2018)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  52. Van Gassen, S.等。FlowSOM:使用自组织地图进行细胞术数据的可视化和解释。gydF4y2Ba血细胞计数一次gydF4y2Ba87gydF4y2Ba, 636-645(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  53. 张海燕,吴斌,张海燕,张文杰。ATAC-seq:一种检测染色质可达性的方法。gydF4y2Ba咕咕叫。Protoc。摩尔。杂志。gydF4y2Ba109gydF4y2Ba, 21.29.1-21.29.9(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  54. Amemiya, H. M., Kundaje, A. & Boyle, A. P. ENCODE黑名单:基因组有问题区域的识别。gydF4y2Ba科学。代表。gydF4y2Ba9gydF4y2Ba, 9354(2019)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba广告gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  55. Hansen, K. D., Irizarry, R. A. & Wu, Z.使用条件分位数归一化去除RNA-seq数据中的技术变异性。gydF4y2Ba生物统计学gydF4y2Ba13gydF4y2Ba, 204-216(2012)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba数学gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  56. 刘,R.等。为什么重量?模拟样本和观测水平的变异性提高了RNA-seq分析的能力。gydF4y2Ba核酸测定。gydF4y2Ba43gydF4y2Ba, e97(2015)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

  57. 海因茨,S.等。血统决定转录因子的简单组合gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba-巨噬细胞和B细胞鉴定所需的调控元件。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba38gydF4y2Ba, 576-589(2010)。gydF4y2Ba

    文章gydF4y2Ba中科院gydF4y2BaPubMedgydF4y2Ba公共医学中心gydF4y2Ba谷歌学者gydF4y2Ba

下载参考gydF4y2Ba

确认gydF4y2Ba

这项工作得到了美国国立卫生研究院(NIH)资助R01AI030048(给R.A.), P01AI056299(给R.A., G.J.F.和A.H.S.), P50CA101942(给G.J.F.和A.H.S.), P01CA236749(给G.J.F.和A.H.S.), R01AI129191(给J.J.G.), P50CA217691(给S.S.R.和R.A.),以及罗氏pRED ROADS项目(由罗氏资助,ID ROADS-034;R.A.)。我们感谢埃默里大学医学院流式细胞仪核心(K. Fife和R. Karaffa)的工作人员,Yerkes非人类灵长类基因组学核心(K. Pellegrini和S. Bosinger;埃默里大学温希普癌症研究所和NIH/NCI共享资源(L. Griffiths;2P30CA138292-04),埃默里大学温希普癌症研究所和NIH/NCI的癌症组织和病理共享资源设施(P30CA138292),以及西北大学罗伯特·h·Lurie综合癌症中心和NIH/NCI的小鼠组织学和表型实验室(P30CA060553)。世卫组织由美国国立卫生研究院K99AI153736拨款和癌症研究所欧文顿博士后奖学金支持。S.J.I.由韩国国家研究基金会(NRF)资助,由韩国政府(MSIT)资助,资助2020R1F1A1075668。内容仅为作者的责任,并不一定代表美国国立卫生研究院的官方观点。gydF4y2Ba

作者信息gydF4y2Ba

作者及隶属关系gydF4y2Ba

作者gydF4y2Ba

贡献gydF4y2Ba

m.h., K.A.和R.A.设计了实验。M.H K.A。,R.C.O A.W。Judong Lee D.T.M, cd S.S.R, W.J.G, J.J.G W.J.L.和R.A.分析实验。M.H R.C.O。,A.W Judong Lee D.T.M, J.L.R, cd, S.J.I, Junghwa Lee J.-X.L林丙辉和E.E.W.进行实验。m.h., p.l., H.T.K.和W.H.H.分析了RNA-seq数据。M.A.C, H.T.K.和D.J.M.分析了scRNA-seq数据。R.R.J, W.J.G.和j.j.g分析了ATAC-seq数据。G.J.F a.h.。美国专利,变压器,C.K、动力装置和K.A.S.贡献资料。M.H.和R.A.写了手稿。所有的作者都参与了手稿的撰写并提供了反馈。gydF4y2Ba

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2BaRafi艾哈迈德gydF4y2Ba.gydF4y2Ba

道德声明gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

罗氏拥有与PD-1途径相关的专利(8,652,465和9,457,080)。A.H.S拥有来自罗氏和诺华的PD-1途径知识产权专利和未决专利费(专利7,432,059项,专利费来自罗氏、默克、百时美施贵宝、emd -雪兰诺、勃林格-殷格翰、阿斯利康、徕卡、梅奥诊所、Dako和诺华;专利7,722,868项,由罗氏、默克、百时美施贵宝、emd -雪兰诺、勃林格-殷格翰、阿斯利康、徕卡、梅奥诊所、达科和诺华支付专利费;专利8,652,465项和9,457,080项授权给罗氏;专利9,683,048,9,815,898,9,845,356,10,202,454和10,457,733授权给诺华;9,580,684, 9,988,452和10,370,446项专利都没有颁发)。G.J.F.拥有罗氏、默克、百时美施贵宝、默克、勃林格-殷格翰、阿斯利康、Dako、徕卡、梅奥诊所和诺华的PD-1-PD-L1通路专利和未决专利费(见补充数据)gydF4y2Ba4gydF4y2Ba).G.J.F.曾担任Roche、Bristol Myers Squibb、Xios、origomed、Triursus、itos、NextPoint、IgM、Jubilant、Trillium、GV20和Geode的顾问委员会成员。G.J.F.持有Nextpoint、Triursus、Xios、itos、IgM、GV20和Geode的股权。v.t., C.K.和P.U.受雇于罗氏,并享有股票期权。C.K.和P.U已向罗氏申请专利:WO2012107417。其他作者宣称没有利益竞争。gydF4y2Ba

同行评审gydF4y2Ba

同行评审信息gydF4y2Ba

自然gydF4y2Ba感谢Stephen Jameson和其他匿名审稿人对本工作的同行评审所作的贡献。gydF4y2Ba

额外的信息gydF4y2Ba

出版商的注意gydF4y2Ba施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。gydF4y2Ba

扩展的数据图形和表格gydF4y2Ba

图1 PD-1 + IL-2联合治疗可协同扩展功能性lcmv特异性CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在慢性感染期间介导病毒控制的T细胞。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,面板的实验设置gydF4y2Ba抵扣gydF4y2Ba.慢性感染LCMV的小鼠要么不治疗,要么单独使用抗pd - l1抗体(200 μg i.p,每3天),单独使用IL-2治疗(15,000 IU i.p,每天两次),或联合治疗2周。gydF4y2BabgydF4y2Ba, D的数字gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在指定组织和血液(每1 x 10gydF4y2Ba6gydF4y2BaPBMCs)。gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BadgydF4y2Ba,用lcmv特异性肽池刺激脾脏细胞5小时,并通过细胞内细胞因子染色分析(gydF4y2BacgydF4y2Ba)和脱颗粒(gydF4y2BadgydF4y2Ba).gydF4y2BaegydF4y2Ba,指示组织中的病毒滴度。gydF4y2BafgydF4y2Ba,面板的实验设置gydF4y2Ba胃肠道gydF4y2Ba.对慢性LCMV感染小鼠不加治疗,或联合治疗,或联合治疗加抗cd8消耗抗体(200 μg i.p,每3天),持续2周。gydF4y2BaggydF4y2Ba,三组小鼠指示组织中的病毒滴度。gydF4y2BahgydF4y2Ba,gydF4y2Ba我gydF4y2Ba,各组织中病毒滴度与CD8数量的相关性gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞(gydF4y2BahgydF4y2Ba),或lcmv特异性(DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和DgydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba).3-13个实验的结果汇总(gydF4y2Ba抵扣gydF4y2Ba)与n = 25-32(脾),n = 14 - 18(肝脏),n = 7 - 8(肺),n =特尔(血液)(gydF4y2BabgydF4y2Ba), n = 28-38 (IFNγgydF4y2Ba+gydF4y2Ba), n = 28-38 (IFNγgydF4y2Ba+gydF4y2Ba肿瘤坏死因子αgydF4y2Ba+gydF4y2Ba), n = 16-23 (IFNγgydF4y2Ba+gydF4y2Ba- 2gydF4y2Ba+gydF4y2Ba), n = 18-25 (CD107a .gydF4y2Ba+gydF4y2Ba) (gydF4y2BacgydF4y2Ba),并与n = 16 - 19(脾),n = 12 - 15(肝脏),n = 13 - 14日(肺)(gydF4y2BaegydF4y2Ba)或从2-3个实验中汇集,每个实验中每组2-4只小鼠(gydF4y2Ba胃肠道gydF4y2Ba).数据以几何平均值和95% CI (gydF4y2Ba罪犯gydF4y2Ba)、平均值及标准差(gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2BaggydF4y2Ba),或线性回归线和Pearson相关系数(双尾)(gydF4y2BahgydF4y2Ba,gydF4y2Ba我gydF4y2Ba),其中p个值。统计学比较采用Kruskal-Wallis检验与Dunn多重比较检验(gydF4y2Ba罪犯gydF4y2Ba)或Tukey多重比较检验的单因素方差分析(gydF4y2BaegydF4y2Ba).Untx,未经处理的gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图2 PD-1阻断、IL-2治疗和PD-1 + IL-2联合治疗后的增殖反应来自同一PD-1人群gydF4y2Ba+gydF4y2BaTCF1gydF4y2Ba+gydF4y2Ba茎状的CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,茎样排序的门控策略(PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2BaCXCR5gydF4y2Ba+gydF4y2BaTIM3gydF4y2Ba−gydF4y2Ba)和精疲力竭(PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2BaCXCR5gydF4y2Ba−gydF4y2BaTIM3gydF4y2Ba+gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba从CD45.2脾脏分离的t细胞亚群gydF4y2Ba+gydF4y2BaLCMV慢性感染小鼠。gydF4y2Ba罪犯gydF4y2Ba,供体CD45.2号汇总数据gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba2周的PD-1治疗、IL-2治疗和肝脏联合治疗后的T细胞(gydF4y2BabgydF4y2Ba)、肺(gydF4y2BacgydF4y2Ba),以及血液(每1x10gydF4y2Ba6gydF4y2BaPBMCs) (gydF4y2BadgydF4y2Ba)。结果汇集于3-4个实验,每组n = 7-9 (PD-1治疗),n = 5-13 (IL-2治疗),n = 5-11 (PD-1 + IL-2联合治疗)。数据以几何平均值和95% CI (gydF4y2Ba罪犯gydF4y2Ba),其中p个值。虚线表示检测极限。采用双尾未配对Mann-Whitney检验进行统计学比较。AF, Alexa Fluor;英孚,eFluor;Tx,治疗;Untx,未经处理的gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图3 lcmv特异性CD8转录谱分析gydF4y2Ba+gydF4y2Ba慢性感染时PD-1单药治疗、IL-2治疗、PD-1 + IL-2联合治疗产生的T细胞。gydF4y2Ba

慢性LCMV感染小鼠分别用PD-1单药治疗、IL-2单独治疗或联合治疗2周。LCMV-specific DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba对各治疗组脾脏T细胞进行RNA-seq排序(gydF4y2Ba模拟gydF4y2Ba)和scRNA-seq (gydF4y2Bae-jgydF4y2Ba).作为对照组,naive (CD44 .gydF4y2Ba罗gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞也进行了scRNA-seq (gydF4y2Bae-jgydF4y2Ba).gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba, D基因表达的MA图gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞后的指示处理。gydF4y2Ba罪犯gydF4y2Ba, D的GSEAgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞产生的指示治疗效应信号(急性感染)(gydF4y2BabgydF4y2Ba)、记忆标记(急性感染)(gydF4y2BacgydF4y2Ba),以及衰竭特征(慢性感染)(gydF4y2BadgydF4y2Ba).gydF4y2BaegydF4y2Ba,幼稚CD44的t-SNE投影gydF4y2Ba罗gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞和DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba4个治疗组慢性感染时T细胞的变化。Naive和4个处理样本被分布并覆盖在4个簇上。gydF4y2BafgydF4y2Ba,簇1、2、3的单元格数。gydF4y2BaggydF4y2Ba,集群1的单元数。总D数gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba每个脾脏的T细胞由扩展数据图的几何平均值估计。gydF4y2Ba1 bgydF4y2Ba(gydF4y2BafgydF4y2Ba,gydF4y2BaggydF4y2Ba).gydF4y2BahgydF4y2Ba, 4个聚类中有几个代表性基因的归一化表达gydF4y2Ba我gydF4y2Ba的共表达模式gydF4y2BaTcf7gydF4y2Ba而且gydF4y2BaGzmbgydF4y2Ba在每个集群的细胞中显示。gydF4y2BajgydF4y2Ba, D的GSEAgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞产生的不同处理效应特征(急性感染)和衰竭特征(慢性感染)。四个处理样本的特征富集分数用小提琴图表示,图中均值为水平条。结果汇集自2 (gydF4y2Ba模拟gydF4y2Ba)及1-2 (gydF4y2Bae-jgydF4y2Ba)实验,每组n = 2-18只小鼠。ES,浓缩分数;Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图4 lcmv特异性CD8表型和功能分析gydF4y2Ba+gydF4y2Ba慢性感染期间PD-1、IL-2和联合治疗产生的T细胞。gydF4y2Ba

LCMV慢性感染小鼠要么不治疗,要么单独抗pd - l1抗体治疗,单独IL-2治疗,或联合治疗2周。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba, D上TIM3与各种表型标记共表达的代表性FACS图gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba脾脏中的T细胞。gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BacgydF4y2Ba用重组小鼠IL-12和IL-18 (20 ng mlgydF4y2Ba−1gydF4y2Ba分别)培养5 h,然后加入GolgiPlug,培养1 h。注意培养物中没有添加病毒肽。细胞表面标记包括DgydF4y2BabgydF4y2Bagp33特异性四聚体,固定,然后进行细胞内IFNγ染色。gydF4y2BabgydF4y2Ba, CD218a和IFNγ在D上共染的代表性FACS图gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞后的指示处理。gydF4y2BacgydF4y2Ba, IFNγ频率的总结图gydF4y2Ba+gydF4y2BaD细胞gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。所示结果为2-7次实验的代表性流程图(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba,gydF4y2BabgydF4y2Ba)或从7个实验(gydF4y2BacgydF4y2Ba),每组n = 2-5。数据以均值和标准差表示,p值为(gydF4y2BacgydF4y2Ba).统计学比较采用单因素方差分析及Tukey多重比较检验(gydF4y2BacgydF4y2Ba).AF, Alexa Fluor;英孚,eFluor;Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图5 lcmv特异性CD8的鉴定gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在PD-1、IL-2和肽刺激后产生细胞因子的联合治疗后产生的T细胞。gydF4y2Ba

LCMV慢性感染小鼠要么不治疗,要么单独抗pd - l1抗体治疗,单独IL-2治疗,或联合治疗2周。用lcmv特异性肽池刺激脾脏细胞5小时,并通过细胞内染色分析细胞因子的产生。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba,代表UMAP与D的FlowSOM叠加gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba治疗后从脾脏分离的T细胞呈三簇分布。gydF4y2BabgydF4y2Ba, IFNγ数量的汇总数据gydF4y2Ba+gydF4y2BaLCMV-specific CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba不同治疗组中定义的3个簇中的T细胞显示。结果汇集自4个实验,每个实验每组2-3只小鼠。数据以均值和SEM (gydF4y2BabgydF4y2Ba),其中p个值。统计学比较采用Kruskal-Wallis检验和Dunn 's多重比较检验(d, e)。Untx,未经处理。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图6 lcmv特异性CD8的染色质可及性分析gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在急性和慢性感染和PD-1治疗后,IL-2或PD-1 + IL-2联合治疗。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba, D中差异可达远端调控区的基因注释gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba抗pd - l1和PD-1 + IL-2联合治疗小鼠的T细胞。D中功能重要基因的差异开放基因调控区域的数量gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba显示PD-1单药治疗vs. PD-1 + IL-2联合治疗后的T细胞。gydF4y2BabgydF4y2Ba, lcmv特异性D中代表性基因的可达性跟踪gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba慢性感染过程中各种治疗产生的T细胞。每个面板下方的浅蓝色线表示D中不同的可达区域gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaPD-1治疗与PD-1 + IL-2联合治疗产生的T细胞。红色虚线突出了由浅蓝色线表示的区域。gydF4y2BacgydF4y2Ba,生成10个簇的热图gydF4y2BakgydF4y2Ba-均值16,758 dar聚类DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba联合疗法产生的T细胞。然后是朴素CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞和各种lcmv特异性CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba急性和慢性感染期间的t细胞亚群被纳入热图。ATAC-seq的结果来自3个实验,未处理的小鼠n = 12-18,每个实验中每组处理样本n = 1-3。原发性、急性(记忆前体(MP)、终末效应物(TE)和记忆)和慢性(茎样和耗尽)的ATAC-seq数据来自我们之前的研究gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba.Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图7 PD-1/PD-L1阻断靶点在慢性LCMV感染中降低病毒载量的重要性gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,实验设计。慢性LCMV感染小鼠分为两组;一组仅使用IL-2治疗13天(IL-2组),第二组使用IL-2治疗10天,随后在第10天和第12天使用2剂抗pd - l1抗体(IL-2 +晚期抗pd - l1组)。然后在第14天对小鼠进行lcmv特异性CD8分析gydF4y2Ba+gydF4y2Bat细胞反应,病毒滴度,肝脏免疫病理。gydF4y2BabgydF4y2Ba, lcmv特异性的数量(DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和DgydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2BacgydF4y2Ba,指示组织中的病毒滴度。gydF4y2Bad-fgydF4y2Ba免疫病理评估。血清谷丙转氨酶(ALT)水平(gydF4y2BadgydF4y2Ba)、肝脏病理评分(gydF4y2BaegydF4y2Ba),以及TUNEL的编号gydF4y2Ba+gydF4y2Ba窦状细胞及肝细胞(gydF4y2BafgydF4y2Ba).汇集2-4个实验结果,每个实验每组n = 2-5 (gydF4y2Bab-fgydF4y2Ba).对于血清ALT水平,收集2-3只小鼠的血清样本。在其中一个代表性实验中进行TUNEL染色,每组n = 4。数据以几何平均值和95% CI (gydF4y2BabgydF4y2Ba)或mean及SD (gydF4y2Ba氟gydF4y2Ba),其中p个值。采用双尾未配对Mann-Whitney检验进行统计学比较(gydF4y2BabgydF4y2Ba),或双尾未配对t检验(gydF4y2Ba氟gydF4y2Ba).谷丙转氨酶。TUNEL,末端脱氧核苷酸转移酶dUTP缺口末端标记。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图8 PD-1 + IL-2联合治疗导致更有利的CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba效应/ CD4gydF4y2Ba+gydF4y2Ba与IL-2单药治疗相比。gydF4y2Ba

慢性感染的小鼠要么不治疗,要么单独使用抗pd - l1抗体,单独使用IL-2治疗,或联合治疗。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba, FOXP3数量gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD4gydF4y2Ba+gydF4y2Ba调节性T细胞(treg)。gydF4y2BabgydF4y2Ba, lcmv特异性的数量(DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和DgydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2BacgydF4y2Ba, lcmv特异性比例(DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和DgydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞vs. FOXP3gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞(CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba效应/ CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaTreg比率)。gydF4y2BadgydF4y2Ba,病毒滴度与CD8的相关性gydF4y2Ba+gydF4y2Ba效应/ CD4gydF4y2Ba+gydF4y2BaTreg在不同组织中的比例。将5-8个实验的结果汇总,每个实验每组n = 2-4。数据以几何平均值和95% CI (gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba,gydF4y2BabgydF4y2Ba)、平均值和SEM (gydF4y2BacgydF4y2Ba),或线性回归线和Pearson相关系数(双尾)(gydF4y2BadgydF4y2Ba),其中p个值。统计学比较采用Kruskal-Wallis检验与Dunn多重比较检验(gydF4y2Ba得了gydF4y2Ba).Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

扩展数据图9 PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2BaTCF1gydF4y2Ba+gydF4y2Ba茎状的CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞增殖并分化为效应体CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaPD-1 + IL-2联合治疗后表达高亲和力三聚体(CD25, CD122, CD132) IL-2受体的T细胞。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,面板的实验设置gydF4y2Ba罪犯gydF4y2Ba.干细胞(PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2BaCXCR5gydF4y2Ba+gydF4y2BaTim-3gydF4y2Ba−gydF4y2Ba)和精疲力竭(PD-1gydF4y2Ba+gydF4y2BaCXCR5gydF4y2Ba−gydF4y2BaTIM3gydF4y2Ba+gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba从慢性LCMV感染CD45.2的小鼠脾脏中分离t细胞亚群gydF4y2Ba+gydF4y2Ba转入感染匹配CD45.1gydF4y2Ba+gydF4y2Ba收件人老鼠。然后这些小鼠组要么不治疗,给予抗pd - l1抗体,IL-2治疗,或联合治疗2周。CD25在供体CD45.2上的表达gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba治疗前后分别检查T细胞。gydF4y2BabgydF4y2Ba, CD25在慢性CD8上表达的代表性直方图gydF4y2Ba+gydF4y2Bat细胞亚群预转移。天真(CD44gydF4y2Ba罗gydF4y2Ba) CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞也显示为阴性对照。gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BadgydF4y2Ba, CD25表达的代表性FACS图和CD25频率的汇总数据gydF4y2Ba+gydF4y2Ba供体CD45.2中的细胞gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞起源于干细胞样或耗尽的CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞后的指示处理。gydF4y2BaegydF4y2Ba,面板的实验设置gydF4y2Ba岗gydF4y2Ba.用抗pd - l1抗体、IL-2单独或联合治疗LCMV慢性感染小鼠。在指定的日子处死小鼠,检测lcmv特异性CD8上CD25、CD122和CD132的表达gydF4y2Ba+gydF4y2Ba脾脏中的T细胞。gydF4y2BafgydF4y2Ba, CD25和Ki-67在D上共表达的代表性流图gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在治疗后第0天或第6天。gydF4y2BaggydF4y2Ba,gydF4y2BajgydF4y2Ba,gydF4y2Ba米gydF4y2Ba, CD25表达的代表性直方图(gydF4y2BaggydF4y2Ba), cd122 (gydF4y2BajgydF4y2Ba)和CD132 (gydF4y2Ba米gydF4y2Ba)在茎样和耗尽的lcmv特异性DbGP33上gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8子集gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在开始治疗慢性LCMV感染小鼠之前。原始细胞是CD44gydF4y2Ba罗gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞出现在同一个宿主中。gydF4y2BahgydF4y2Ba,gydF4y2BakgydF4y2Ba,gydF4y2BangydF4y2Ba, CD25表达的代表性直方图(gydF4y2BahgydF4y2Ba), cd122 (gydF4y2BakgydF4y2Ba)和CD132 (gydF4y2BangydF4y2Ba答案:DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在开始指定治疗后的0-6天。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba,gydF4y2BalgydF4y2Ba,gydF4y2BaogydF4y2Ba, CD25频率的汇总箱图gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba), CD122的MFI (gydF4y2BalgydF4y2Ba)和CD132的MFI (gydF4y2BaogydF4y2Ba答案:DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞后的指示处理。结果汇集自2-5个实验,每组至少4只小鼠(gydF4y2Ba光学gydF4y2Ba).数据以均值和标准差表示(gydF4y2BadgydF4y2Ba)或方框(第25至75百分位)、晶须(最小至最大)和直线(中位数)(gydF4y2Ba我gydF4y2Ba,gydF4y2BalgydF4y2Ba,gydF4y2BaogydF4y2Ba),其中p个值。统计学比较采用单因素方差分析和Tukey多重比较检验。Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图10慢性LCMV感染期间IL-2(V)不与PD-1阻断协同作用。gydF4y2Ba

LCMV慢性感染小鼠不治疗,或用抗pd - l1抗体、抗pd - l1 + IL-2野生型(IL-2(WT))或抗pd - l1 + IL-2(V)(修饰IL-2,取消CD25结合)治疗2周。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba, D的数字gydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在四组小鼠的指示组织中。gydF4y2BabgydF4y2Ba, D的数字gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和DgydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba血液中的T细胞(每1x 10gydF4y2Ba6gydF4y2BaPBMCs)。gydF4y2BacgydF4y2Ba, IFNγ的数量gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba不同组的T细胞。用lcmv特异性肽池刺激脾脏细胞5小时,并通过细胞内细胞因子染色分析。gydF4y2BadgydF4y2BaD .各种表型标记的表达数据汇总gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2Ba和DgydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba不同处理后的T细胞。结果来自2-3个实验,每个实验每组2-3只小鼠。数据以几何平均值和95% CI (gydF4y2Ba得了gydF4y2Ba)或mean及SD (gydF4y2BadgydF4y2Ba),其中p个值。统计学比较采用Kruskal-Wallis检验与Dunn多重比较检验(gydF4y2Ba得了gydF4y2Ba)或Tukey多重比较检验的单因素方差分析(gydF4y2BadgydF4y2Ba).Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图11 IL-2(V)在体内具有生物活性,但PD-1 + IL-2v联合治疗优先扩增非lcmv特异性PD-1阴性CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,实验设置gydF4y2BacgydF4y2Ba.慢性感染LCMV的小鼠不治疗,或用IL-2(WT)或IL-2(V)(修饰的IL-2,取消CD25结合)治疗2周。CD8的扩增gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在三组小鼠的脾脏和血液中检测T细胞。gydF4y2BabgydF4y2Ba, CD8的数目gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2BacgydF4y2Ba, CD44的数量gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。gydF4y2BadgydF4y2Ba,面板的实验设置gydF4y2BaeggydF4y2Ba.慢性感染小鼠不治疗,或用抗pd - l1抗体、抗pd - l1加IL-2(WT)或抗pd - l1加IL-2(V)治疗2周。PD-1阴性和PD-1阳性CD8扩增gydF4y2Ba+gydF4y2Ba在四组小鼠的脾脏和血液中检测了T细胞。gydF4y2BaegydF4y2Ba, CD44的代表性FACS图和CD8上PD-1的表达gydF4y2Ba+gydF4y2Ba脾脏和血液中的T细胞。gydF4y2BafgydF4y2Ba, CD44的数量gydF4y2Ba+gydF4y2BaPD-1阴性CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba脾脏和血液中的T细胞。gydF4y2BaggydF4y2Ba, CD44的数量gydF4y2Ba+gydF4y2BaPD-1阳性CD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba脾脏和血液中的T细胞(参见1×10gydF4y2Ba6gydF4y2BaPBMCs)。结果来自3个实验,每组至少6只小鼠。数据以几何平均值和95% CI (gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba,gydF4y2BaggydF4y2Ba),其中p个值。红框显示PD-1阴性CD8优先扩增gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞通过抗pd - l1和IL-2联合治疗(V),而抗pd - l1和IL-2联合治疗(WT)扩大PD-1阳性CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞。采用Kruskal-Wallis检验和Dunn’s多重比较检验进行统计学比较。Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图12 IL-2(WT)与IL-2(V)对lcmv特异性CD8的影响gydF4y2Ba+gydF4y2Ba慢性感染中的T细胞。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,面板数据的实验设计gydF4y2BabgydF4y2Ba而且gydF4y2BacgydF4y2Ba.慢性LCMV感染小鼠(>感染后40天)不治疗或用IL-2(WT)治疗5天,在PD-1阴性和PD-1上检测CD25表达gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba脾脏中的T细胞。gydF4y2BabgydF4y2Ba, CD25表达的代表性FACS图。gydF4y2BacgydF4y2Ba, IL-2(WT)和IL-2(V)处理后CD25表达的汇总图。gydF4y2BadgydF4y2Ba,面板数据的实验设计gydF4y2BaegydF4y2Ba而且gydF4y2BafgydF4y2Ba.慢性LCMV感染小鼠不治疗,用IL-2(WT)治疗或用IL-2(V)治疗6天。IL-2受体(CD25, CD122和CD132)在lcmv特异性CD8上的表达gydF4y2Ba+gydF4y2Ba检查脾脏中的T细胞。gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba,代表性直方图(gydF4y2BaegydF4y2Ba)和概要图(gydF4y2BafgydF4y2BaIL-2受体在DgydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2Ba治疗后的T细胞。结果汇集自2个实验,每个实验每组2-3只小鼠。数据以均值和标准差表示(gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba),其中p个值。统计学比较采用单因素方差分析和Tukey多重比较检验。Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

图13在含有CD4细胞的LCMV慢性感染模型中,PD-1联合治疗IL-2(WT)细胞因子与IL-2(V)细胞因子的作用比较gydF4y2Ba+gydF4y2Bat细胞的帮助。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba,实验设计。感染LCMV克隆13(感染后第25天)的小鼠不治疗,或用抗pd - l1抗体、抗pd - l1加IL-2(WT)或抗pd - l1加IL-2(V)治疗。gydF4y2BabgydF4y2Ba, lcmv特异性D数gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在不同处理后的指示组织中。gydF4y2BacgydF4y2Ba,表型标记在D上表达的汇总数据gydF4y2BabgydF4y2BaGP33gydF4y2Ba+gydF4y2Ba或维gydF4y2BabgydF4y2BaGP276gydF4y2Ba+gydF4y2BaCD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在不同处理后的脾脏。gydF4y2BadgydF4y2Ba, IFNγ的数量gydF4y2Ba+gydF4y2Ba,和IFNγgydF4y2Ba+gydF4y2Ba肿瘤坏死因子αgydF4y2Ba+gydF4y2BaLCMV-specific CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞在四组中。用lcmv特异性肽池刺激脾脏细胞5小时,并通过细胞内细胞因子染色分析gydF4y2BaegydF4y2Ba、各组小鼠脾脏和血清病毒滴度。虚线表示检测极限。结果来自3-4个实验,每个实验每组2-5只小鼠。数据以几何平均值和95% CI (gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BadgydF4y2Ba)或mean及SD (gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba),其中p个值。统计学比较采用Kruskal-Wallis检验与Dunn多重比较检验(gydF4y2BabgydF4y2Ba,gydF4y2BadgydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba(lcmv特异性CD4的数量gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞))或Tukey多重比较检验的单因素方差分析(gydF4y2BacgydF4y2Ba,gydF4y2BaegydF4y2Ba,gydF4y2BafgydF4y2Ba(lcmv特异性CD4表型gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞))。Untx,未经处理的。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

补充图1-15,补充附注1-3和补充数据1-3。补充说明包括对补充数据1-3的说明,包括统计分析的信息。gydF4y2Ba

报告总结gydF4y2Ba

补充数据1gydF4y2Ba

补充数据2gydF4y2Ba

补充数据3gydF4y2Ba

补充数据4gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba

权利和权限gydF4y2Ba

根据与作者或其他权利持有人签订的出版协议,《自然》杂志或其许可方对本文拥有独家权利;作者对这篇文章接受的手稿版本的自我存档仅受此类出版协议的条款和适用法律的约束。gydF4y2Ba

转载及权限gydF4y2Ba

关于本文gydF4y2Ba

通过CrossMark验证货币和真实性gydF4y2Ba

引用本文gydF4y2Ba

桥本,男,荒木,K,卡德纳斯,硕士gydF4y2Baet al。gydF4y2BaPD-1联合IL-2治疗改变CD8gydF4y2Ba+gydF4y2BaT细胞衰竭程序。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba610gydF4y2Ba, 173-181(2022)。https://doi.org/10.1038/s41586-022-05257-0gydF4y2Ba

下载引用gydF4y2Ba

  • 收到了gydF4y2Ba:gydF4y2Ba

  • 接受gydF4y2Ba:gydF4y2Ba

  • 发表gydF4y2Ba:gydF4y2Ba

  • 发行日期gydF4y2Ba:gydF4y2Ba

  • DOIgydF4y2Ba:gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1038/s41586-022-05257-0gydF4y2Ba

评论gydF4y2Ba

通过提交评论,您同意遵守我们的gydF4y2Ba条款gydF4y2Ba而且gydF4y2Ba社区指导原则gydF4y2Ba.如果您发现一些滥用或不符合我们的条款或指导方针,请标记为不适当。gydF4y2Ba

搜索gydF4y2Ba

快速链接gydF4y2Ba

自然简报gydF4y2Ba

报名参加gydF4y2Ba自然简报gydF4y2Ba时事通讯-什么重要的科学,免费到您的收件箱每天。gydF4y2Ba

获取当天最重要的科学故事,免费在您的收件箱。gydF4y2Ba 注册《自然简报》gydF4y2Ba
Baidu
map