图3:细胞分选和扰动过程中的差异基因表达。gydF4y2Ba

一个gydF4y2Ba，所选粘附蛋白在72 h时MESP2-low细胞与MESP2-high细胞之间，或在120 h时MESP2-high细胞与UNCX细胞之间的表达折叠变化图(每个时间点n = 3个独立实验，每个n中有96个Somitoids)。所绘基因为72 h时MESP2-low细胞与MESP2-high细胞之间差异表达的钙粘蛋白和原钙粘蛋白编码基因。虚线(暗红色)表示log2倍的变化值−0.58和0.58。误差条表示来自模型(DESeq2)的对数折叠变化的估计标准误差，表示为条的中心。折叠变化大于1.5(高于或低于虚线)和padj < 0.05(由Deseq2使用双侧Wald检验估计)的基因被认为是差异表达，并被染成黄色(在MESP2低细胞中上调)或品红(在MESP2高细胞中上调)。120 h时MESP2-high细胞和UNCX细胞对比显示的蓝色基因是非差异表达基因。各基因的确切P值见补充表gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba．gydF4y2BabgydF4y2Ba，在mesp2 -高和mesp2 -低细胞组分中编码粘附蛋白的所选基因在72 h时的归一化RNA计数(每个时间点n = 3个独立实验，每个n有96个Somitoids;DESeq2双侧Wald检验)。左边显示的是前10% mCherry荧光细胞(洋红色)，右边显示的是前10% YFP荧光细胞(黄色)。gydF4y2BacgydF4y2Ba， MESP2-low细胞与MESP2-high细胞之间72小时，或MESP2-high细胞与UNCX细胞之间120小时所选Ephrin蛋白编码基因的表达折叠变化图(每个时间点n = 3个独立实验，每个n中有96个Somitoids)。误差条表示模型(DESeq2)对数折叠变化的估计标准误差，表示为条的中心。折叠变化大于1.5(高于或低于虚线)和padj < 0.05(由Deseq2使用双侧Wald检验估计)的基因被认为是差异表达，并被染成黄色(在MESP2低细胞中上调)或品红(在MESP2高细胞中上调)。120 h时MESP2-high细胞和UNCX细胞对比显示的蓝色基因是非差异表达基因。各基因的确切P值见补充表gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba．gydF4y2BadgydF4y2Ba， 72 h时mesp2高和mesp2低细胞部分中编码Ephrin蛋白的基因归一化RNA计数(每个时间点n = 3个独立实验，每个n有96个Somitoids;DESeq2双侧Wald检验)。gydF4y2BaegydF4y2Ba， MESP2-low细胞与MESP2-high细胞之间72小时，或MESP2-high细胞与UNCX细胞之间120小时所选细胞骨架调节蛋白的表达折叠变化图(每个时间点n = 3个独立实验，每个n中有96个Somitoids)。误差条表示来自模型(DESeq2)的对数折叠变化的估计标准误差，表示为条的中心。折叠变化大于1.5(高于或低于虚线)和padj < 0.05(由Deseq2使用双侧Wald检验估计)的基因被认为是差异表达，并被染成黄色(在MESP2低细胞中上调)或品红(在MESP2高细胞中上调)。120 h时MESP2-high细胞和UNCX细胞对比显示的蓝色基因是非差异表达基因。各基因的确切P值见补充表gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba．使用Deseq2进行差异基因表达分析后，将mesp2高表达组和mesp2低表达组的差异表达基因(72 h)进行KEGG功能分析。绘制的42个基因代表了那些出现在KEGG通路“hsa04810”(调节肌动蛋白细胞骨架)中的基因。gydF4y2BafgydF4y2Ba， HES7和MESP2报告者的Kymograph来自于强力霉素添加48小时诱导的过表达Tiam1的Somitoid的中心线扫描。gydF4y2BaggydF4y2Ba， 120 h对照中流式细胞仪检测的uncx阳性细胞的百分比，48 h多西环素诱导的Somitoids过表达Tiam1。柱状表示中位数。未配对的双尾gydF4y2BatgydF4y2Ba-test n = 6个来自2个独立实验的副本，每个副本中有12-18个Somitoids。gydF4y2BahgydF4y2Ba(左)120 h时MESP2/ uncx报告的Somitoid的最大z投影共聚焦图像，48 h时多西环素诱导过表达Tiam1。右，MESP2和UNCX信号的空间自相关分析(每个条件n = 3个Somitoids)。所有比例尺代表500µm。gydF4y2Ba

源数据gydF4y2Ba