摘要
大多数人类细胞都需要锚来生存。细胞与底物的粘附激活了不同的信号通路，没有这些信号通路，细胞就会经历细胞死亡(一种程序性细胞死亡)1．获得anoikis耐药是癌症疾病进展的关键步骤，因为转移细胞经常失去与周围组织的牢固附着2，3.．在这些不良附着状态下，细胞呈圆形形态，形成小的半球形质膜突起，称为泡4，5，6，7，8，9，10，11．在变形虫迁移的背景下，泡函数已经被彻底地研究了，但在其他情况下，它的研究却少得多12．在这里，我们通过三维成像和细胞形态状态的操作显示，起泡触发质膜-近端信号枢纽的形成，赋予anoikis抗性。具体来说，在黑色素瘤细胞中，起泡产生质膜轮廓，招募曲率敏感的隔素蛋白作为组成型活性突变NRAS和效应物的支架。这些信号中枢激活了促生存途径的ERK和pi3k -established启动子。抑制泡泡或间隔蛋白对良好粘附细胞的存活影响不大，但在分离细胞中，它会导致NRAS定位错误，MAPK和PI3K活性降低，最终导致死亡。这揭示了突变NRAS作为有效癌蛋白的形态学要求。此外，尽管一些BRAF突变的黑色素瘤细胞在基础状态下不依赖于这种生存途径，但抑制BRAF和MEK会使它们对泡和隔膜抑制强烈敏感。此外，即使没有致癌基因突变，被改造成纤维细胞也能维持起泡，获得与癌细胞相同的耐耐耐药。因此，气泡是一种有效的信号细胞器，能够将无数的细胞信息流整合到一致的细胞反应中，在这种情况下给予强大的抗anoikis抗性。
这是订阅内容的预览，通过你所在的机构访问
访问选项
访问《自然》和其他54种《自然》杂志
获取Nature+，我们最超值的在线订阅
每月29.99美元
随时取消
订阅这本杂志
收到51个印刷问题和在线访问
199.00美元一年
每期仅需3.90美元
租或购买这篇文章
只要这篇文章，只要你需要它
39.95美元
价格可能受当地税收的影响，在结账时计算
数据可用性
在这项研究中生成的蛋白质组学数据集可在海量存储库中获得https://doi.org/10.25345/C5HQ3S35T(对应于补充表1),https://doi.org/10.25345/C5NG4GW9J(对应于补充表2)．支持本研究结果的所有其他数据均可在Zenodo存储库(https://doi.org/10.5281/zenodo.7416301)．源数据提供了这篇论文。
代码的可用性
本研究结果的所有核心代码、算法和软件均可根据合理要求从通讯作者处获得。大部分可以在https://github.com/DanuserLab，其中针对本文的代码在https://github.com/DanuserLab/Weems-Septin-Paper．此代码也可在Zenodo存储库(https://doi.org/10.5281/zenodo.7435279)．
参考文献
弗里希，S. M. &弗朗西斯，H.上皮细胞-基质相互作用的破坏诱导凋亡。J.细胞生物学。124， 619-626(1994)。
Shin, S. I.， Freedman, V. H.， Risser, R. & Pollack, R.病毒转化细胞在裸鼠体内的致瘤性与体外锚定独立生长特异性相关。国家科学院学报美国72， 4435-4439(1975)。
Paoli, P. Giannoni, E. & Chiarugi, P. Anoikis分子通路及其在癌症进展中的作用。Biochim。Biophys。分子学报。1833， 3481-3498(2013)。
用相显微镜进行细胞学研究;在悬浮液中形成水泡的细胞，光细胞作用，观察细胞膜的性质。点。j .分册。24， 545-567(1948)。
Erickson, C. A. & Trinkaus, J. P.微绒毛和泡作为细胞扩散过程中储备表面膜的来源。细胞实验。。Res。99， 375-384(1976)。
扫描电子显微镜对置于悬浮培养中的人成纤维细胞中发生的形态顺序变化的研究。Cytobios27， 7-18(1980)。
罗文斯基，Y. A.瓦西里耶夫，J. M.悬浮组织细胞的表面形貌。Int。启Cytol。90， 273-307(1984)。
查拉斯，G. T.，考夫林，M.，米契森，T. J.和马哈德万，L.细胞泡的生命和时间。Biophys。J。94， 1836-1853(2008)。
Charras, G. & Paluch, E.水泡引领道路:如何迁移没有板ellipodia。细胞生物学。9， 730-736(2008)。
查拉斯，g.t.水泡的短暂历史。j . Microsc。231， 466-478(2008)。
诺曼，L. L.，布鲁日，J.，森古普塔，K.，森斯，P.和阿兰达-埃斯皮诺萨，H.细胞泡泡和膜区域内稳态在扩散和收缩细胞。Biophys。J。99， 1726-1733(2010)。
Paluch, E. K. & Raz, E.泡在细胞迁移中的作用和调节。咕咕叫。当今。细胞生物。25， 582-590(2013)。
Kanchanawong, P.等。基于整合素的细胞粘附的纳米级结构。自然468， 580-584(2010)。
弗里希，S. M.， Vuori, K.， Ruoslahti, E.和Chan-Hui . P. Y.黏附依赖性细胞存活的控制黏附激酶。J.细胞生物学。134， 793-799(1996)。
霍夫曼，C.等。细胞与细胞的接触可以防止原代人结肠上皮细胞的anoikis。胃肠病学132， 587-600(2007)。
德里斯科尔，m.k.等人。无蛋白水解细胞迁移通过拥挤的环境通过机械担忧。预印在bioRxivhttps://doi.org/10.1101/2020.11.09.372912(2022)。
Guzman, A.， Avard, R. C.， Devanny, A. J.， Kweon, O. S. & Kaufman, L. J.描述膜泡在三维环境中癌细胞侵袭的混合模式中的作用。细胞科学。133， jcs236778(2020)。
Cantelli, G.等人。TGF-β诱导的转录维持了变形虫黑素瘤的迁移和扩散。咕咕叫。医学杂志。25， 2899-2914(2015)。
Tozluoǧlu, M.等。基质几何形状决定最佳的癌细胞迁移策略，并调节对干预的反应。细胞生物学。15， 751-762(2013)。
Orgaz, J. L.等。肌球蛋白II再激活和细胞骨架重塑是黑色素瘤治疗耐药性的标志和脆弱性。癌症细胞37， 85-103(2020)。
Khan, Z. S.， Santos, J. M.， Vaz, N. G. & Hussain, F.增强的气泡作为转移性前列腺癌的标志。Biomicrofluidics13， 034110(2019)。
德里斯科尔，m.k.等人。3D显微镜图像中亚细胞形态图案的稳健和自动检测。Nat方法。16， 1037-1044(2019)。
莫斯，M. J. A. Bijvelt, J. J. & Boonstra . HeLa细胞附着在早期G1期。Histochem。细胞生物。136， 399-411(2011)。
坎农，K. S.，伍兹，B. L.，克拉奇利，J. M.和格拉菲尔特，A. S.两类螺旋使隔蛋白能够感知微米级的膜曲率。J.细胞生物学。218， 1128-1137(2019)。
Bridges, a.a.， Jentzsch, m.s.， Oakes, p.w.， Occhipinti, P. & Gladfelter, a.s.微米尺度的质膜曲率是由septin细胞骨架识别的。J.细胞生物学。213， 23-32(2016)。
吉尔登，派克，S，陈，Y. C. M. &克鲁梅尔，M. F.在运动和起泡时，septin细胞骨架促进膜收缩。J.细胞生物学。196， 103-114(2012)。
Østevold, K.等。在分离的肿瘤细胞中，隔膜重塑是形成细胞膜突起(微触手)的必要条件。Oncotarget8， 76686-76698(2017)。
哦，Y. & Bi, E.酵母中的Septin结构和功能。细胞生物学趋势。21， 141-148(2011)。
杜丽丽，胡庆和，Spiliotis, e.t. Septin在器官系统生理学和病理学中的作用。医学杂志。化学。395， 123-141(2014)。
纽鲍尔，K. & Zieger, B.哺乳动物间隔蛋白相互作用组。前面。细胞发育生物学。5， 3(2017)。
Amir S.， Wang R.， Simons, J. W. & Mabjeesh, N. J. SEPT9_v1通过阻止rack1介导的降解上调缺氧诱导因子1。生物。化学。284， 11142-11151(2009)。
Diesenberg, K.， Beerbaum, M.， Fink, U.， Schmieder, P. & Krauss, M. SEPT9负向调控泛素依赖的EGFR下调。细胞科学。128， 397-407(2015)。
Mostowy, S.等人。Septin 11限制inlb介导的入侵李斯特菌．生物。化学。284， 11613-11621(2009)。
Gonzalez, m.e.， Makarova, O, Peterson, e.a.， Privette, L. M. & Petty, e.m. SEPT9_v1的上调稳定了c- jun - n-末端激酶，并有助于其在乳腺上皮细胞中的促增殖活性。细胞。信号。21， 477-487(2009)。
马库斯，E. A.等人。Septin寡聚调控胃癌细胞中ErbB2/HER2的持续表达。物化学。J473， 1703-1718(2016)。
Sirianni, A.等人。线粒体介导隔膜笼组装促进细胞自噬志贺氏杆菌．EMBO代表。17， 1029-1043(2016)。
Beber, A.等人。微曲率敏感隔膜丝的膜重塑。Commun Nat。10， 420(2019)。
Lobato-Márquez, D.等。隔膜笼重建细菌夹闭的机理研究。Commun Nat。12， 4511(2021)。
布里奇斯，a.a.等。Septin组件由膜上扩散驱动退火形成。国家科学院学报美国111， 2146-2151(2014)。
Sirajuddin, M.， Farkasovsky, M.， Zent, E. & Wittinghofer, A. gtp诱导的间隔蛋白构象变化及其功能意义。国家科学院学报美国106， 16592-16597(2009)。
席尔瓦马丁斯，C.等。人隔素组织为基于八聚体的纤维，并介导细胞中的肌动蛋白膜锚定。J.细胞生物学。3.， 222, e202203016(2022)。
Hu, Q, Nelson, W. J. & Spiliotis, E. T.氯吡脲改变哺乳动物隔蛋白的组装、组织和动态。生物。化学。283， 29563-29571(2008)。
米什拉，S.， Ande, S. R. & Nyomba, B. L. G.禁止素在细胞信号中的作用。2月J。277， 3937-3946(2010)。
Freeman, a.k. & Morrison, d.k. 14-3-3蛋白:在细胞增殖和癌症进展中的不同功能。Semin。细胞发育生物学。22， 681-687(2011)。
Farin, K.等人。ErbB1、核仁素和突变ras之间的致癌协同作用。癌症Res。71， 2140-2151(2011)。
Meurette, O.等人。Notch激活通过自分泌环诱导Akt信号通路防止乳腺上皮细胞凋亡。癌症Res。69， 5015-5022(2009)。
Teramoto, H.等人。骨桥蛋白- cd44 - rac通路的自分泌激活增强了H-RasV12的侵袭和转化。致癌基因24， 489-501(2005)。
De Belly, H.等人。膜张力门erk介导的多能性细胞命运的调控。细胞干细胞28， 273-284(2020)。
伯格特，M.等人。细胞表面力学门胚胎干细胞分化。细胞干细胞28， 209-216(2020)。
奥托，A.，柯林斯-胡珀，H.，帕特尔，A.，达什，P. R. &帕特尔，K.成人骨骼肌干细胞迁移是由水泡/变形虫机制介导的。复兴Res。14， 249-260(2011)。
Sedzinski, J.等人。极肌动球蛋白收缩性使细胞动力学沟的位置不稳定。自然476， 462-468(2011)。
周勇和汉考克，J. F. Ras纳米团簇:多功能脂基信号平台。Biochim。Biophys。分子学报。1853， 841-849(2015)。
Muñoz-Couselo, E.， Adelantado, E. Z.， Ortiz, C, García, J. S. & Perez-Garcia, J. nras突变黑色素瘤:当前的挑战和未来的前景。OncoTargets其他。10， 3941-3947(2017)。
布鲁姆，W.等人。氯吡脲类植物激素在体外和体内均能降低恶性间皮瘤细胞的活力和增殖。Oncotarget10， 6944-6956(2019)。
农药。氯吡脲的说明书(美国环保局，2004年)。
利托，P.等。RAF抑制剂对有丝分裂信号的深度反馈抑制的缓解减弱了它们在BRAFV600E黑素瘤中的活性。癌症细胞22， 668-682(2012)。
莫汉，A. S.等。在扩展的薄片足中增强的树突肌动蛋白网络形成驱动生长受限的Rac1P29S黑素瘤细胞增殖。Dev细胞。49， 444-460(2019)。
Park, J. S.等。糖酵解通过细胞骨架结构的机械调节。自然578， 621-626(2020)。
舒勒，C. R.等。糖萼调节膜形状的物理原理。细胞177， 1757-1770(2019)。
van Muijen, g.n.p.等。在裸鼠中高度转移的人黑素瘤细胞系(MV3)的建立和特性。Int。j .癌症48， 85-91(2007)。
贾尔德，D. J.等。人类肿瘤的体外培养:一系列实体肿瘤衍生细胞系的建立。美国国立肿瘤研究所。51， 1417-1423(1973)。
昆塔纳，E.等人。NSG小鼠的人黑色素瘤转移与患者的临床结果相关。科学。Transl。地中海。4， 159ra149(2012)。
Zaritsky, A.等人。可解释的深度学习揭示了无标记活细胞图像中的细胞属性，可以预测高度转移性黑色素瘤。细胞系统。12， 733-747(2021)。
黄俊杰。三维细胞VitroGel培养技术。j . Cytol。组织杂志。https://doi.org/10.24966/CTB-9107/S1001(2019)。
Damke, H.， Baba, T.， Warnock, D. E. & Schmid, S. L.诱导突变动力蛋白特异性阻断内吞包被囊泡的形成。J.细胞生物学。127， 915-934(1994)。
Altschuler, Y.等人。dynamin-1和dynamin-2异构体的冗余和不同功能。J.细胞生物学。143， 1871-1881(1998)。
哈代，S.， Kitamura, M.， Harris-Stansil, T.， Dai Y. & Phipps, M. L.通过Cre-lox重组构建腺病毒载体。j .性研究。71， 1842-1849(1997)。
宋，B. D.， Yarar, D. & Schmid, S. L.在体内网格蛋白介导的内吞作用中，组装无能突变体建立了动力蛋白自组装的要求。摩尔。杂志。细胞15， 2243-2252(2004)。
金，d。i。等人。一种用于BioID接近标记的改进小生物素连接酶。摩尔。杂志。细胞27， 1188-1196(2016)。
de la Cova, C.， Townley, R.， Regot, S. & Greenwald, I. ERK活性的实时生物传感器揭示了过程中的信号动态秀丽隐杆线虫细胞命运规格。Dev细胞。42， 542-553(2017)。
Nassar, N.， Singh, K. & Garcia-Diaz, M. Ras显性负S17N突变体的结构。生物化学49， 1970-1974(2010)。
Dean, K. M.， Roudot, P.， Welf, E. S.， Danuser, G. & Fiolka, R.轴向扫描光片显微镜无反卷积亚细胞成像。Biophys。J。108， 2807-2815(2015)。
Dean, K. M.等。对角扫描光片显微镜用于贴壁细胞的快速体积成像。Biophys。J。110， 1456-1465(2016)。
从灰度直方图中选择阈值的方法。IEEE反式。系统。男人Cybern。SMC-9， 62-66(1979)。
埃利奥特，H.等人。肌球蛋白II通过最小化细胞表面曲率来控制细胞的分支形态发生和三维迁移。细胞生物学。17， 137-147(2015)。
成本，S. V.等。活细胞中蛋白质-蛋白质共定位的自动定量测量。Biophys。J。86， 3993-4003(2004)。
Cordelieres, F. P. & Bolte, S.共定位研究的实验指南:在实践中通过指标和量词找到一种方法。细胞的方法。医学杂志。123， 978(2014)。
雅各布森，A. gptoolbox:几何处理工具箱(2021)。
蒙格，G. Mémoire sur la théorie des déblais et des remblais。Mem。数学。理论物理。皇家科学学院666 - 704(1781)。
所罗门，J.， Rustamov, R.， gu, L. & Butscher, A.离散表面上的地球移动距离。ACM反式。图形33， 1-12(2014)。
Vercauteren, T.， Pennec, X.， Perchant, A. & Ayache, N.非参数异胚图像配准的恶魔算法。在第十届医学图像计算与计算机辅助干预国际会议(编Ayache, N.， Ourselin, S. & Maeder, A.) 319-326(施普林格，2007)。
Panozzo, D.， Puppo, E. & Rocca, L.有效的多尺度曲率和折痕估计。在第二届计算机图形学、计算机视觉与数学国际研讨会9-16 (GraVisMa, 2010)。
戈达德，t.d.等人。UCSF ChimeraX:迎接可视化和分析的现代挑战。蛋白质科学。https://doi.org/10.1002/pro.3235(2018)。
Ho, J.， Tumkaya, T.， Aryal, S.， Choi, H. & clarridge - chang, A.超越P值:用估计图形进行数据分析。Nat方法。16， 565-566(2019)。
Waskom, M. seaborn:统计数据可视化。J.开源软件。6， 3021(2021)。
亨特，J. D. Matplotlib:一个2D图形环境。第一版。科学。Eng。9， 90-95(2007)。
Reback, J. et al. panda -dev/pandas: pandas 1.2.4。https://doi.org/10.5281/ZENODO.4681666(2021)。
Python中用于统计计算的数据结构。在第九届Python科学大会(ed van der Walt, S. & Millman, J.) 56-61 (SciPy, 2010)。
确认
我们感谢TheWell Bioscience的J. Huang提供了关于VitroGel物理特性的信息，D. Segal讨论了septin抑制，X. Jiang讨论了最佳传输，P. Roudot讨论了3D图像分析，T. Isogai就接近蛋白质组学提供了建议，B. Nanes在数据盲法方面提供了帮助，M. McMurray对手稿提供了反馈。我们感谢德州大学西南生物高性能计算团队提供必要的计算基础设施。Danuser实验室通过拨款R35 GM136428 (NIH)和I-1840-20200401 (Welch基金会)为这项工作提供资金，Fiolka实验室通过拨款R33 CA235254 (NIH)和R35 GM133522 (NIH)为这项工作提供资金。医学博士由K99 GM123221 (NIH)奖学金资助。A.D.W.s是简·科芬·查尔兹纪念基金的成员。
作者信息
作者及隶属关系
贡献
实验设计由A.D.W.、e.s.w.、M.K.D.、g.m.g.、V.S.M.和G.D.进行。实验执行由A.D.W.、e.s.w.、b.g.w.、g.m.g.、V.S.M.和D.R.进行。数据分析由A.D.W.、M.K.D.、h.m.f。统计分析由A.D.W.、M.K.D.和F.Z.进行。数据可视化和图形制作由A.D.W.和G.D.进行。图形布局由M.K.D.设计(u-shape3D)， h.m.f。(EMD分析)和F.Z.(时间序列分析)。b.j.c.， K.M.D.和R.F.设计、制造和维护3D光片显微镜。这篇论文是由A.D.W.和G.D.撰写的，所有作者都对其进行了编辑和批准。图的实验。1由A.D.W.和E.S.W.进行，并由A.D.W.进行分析。1通过图中的A.D.W.实验进行分析。二维由E.S.W.进行，并由M.K.D.实验进行分析。2 j采用A.D.W.和E.S.W.进行分析。2 l所有其他实验和分析见图。2由A.D.W.实验在图。3 b由A.D.W.和E.S.W.进行，并由A.D.W.进行分析。3.由图中的A.D.W.分析进行。4 b由h.m.f执行。所有其他实验和分析如图。4所有实验和分析如图所示。5由A.D.W.实验在扩展数据图中进行。1由E.S.W.进行，并由M.K.D.在扩展数据图中的实验进行分析。1罪犯由A.D.W.和E.S.W.进行所有其他分析在扩展数据图中。1由A.D.W.实验和扩展数据图中的分析进行。2由A.D.W.实验在扩展数据图中进行。3.采用v.s.m.、D.R.和A.D.W.进行，并通过A.D.W.实验和扩展数据图中的分析进行分析。4由A.D.W.实验在扩展数据图中进行。5由A.D.W.进行，并由F.Z.进行分析。6由A.D.W.实验在扩展数据图中进行。7由G.M.G.进行，并通过G.M.G.和A.D.W.实验和扩展数据图中的分析进行分析。8- - - - - -10在扩展数据表中进行A.D.W.实验2由B.G.W进行，并通过a.d.w实验和补充视频中的分析进行分析1- - - - - -4由A.D.W.执行
相应的作者
道德声明
相互竞争的利益
德克萨斯大学系统董事会已经申请了一项专利(美国专利63/334,029,2022年4月22日申请)，涉及靶向治疗间隔蛋白和起泡，部分基于本文的数据。a.d.w.， g.d.， E.S.W.和M.K.D.被命名为发明家。作者声明没有其他竞争利益。
同行评审
同行评审信息
自然感谢Philippe Bastiaens、Erez Raz、Elias Spiliotis和其他匿名审稿人对这项工作的同行评审所作的贡献。同行评审报告是可用的。
额外的信息
出版商的注意施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。
扩展的数据图形和表格
扩展数据图1气泡抑制活性实验的复制。
(一)不同浓度WGA处理MV3细胞后，细胞表面含泡的部分。虚线分隔四分位数。圆点代表单个细胞。(B)单个气泡抑制活性实验，如图所示。1．每次配对的粘附/分离细胞实验都在同一天进行，并使用来自相同稀释细胞悬液的细胞进行播种。(C)细胞在“粘附”条件下的形态，与图相关。1．细胞在贴壁腔载玻片上无扰动生长24小时。代表688 (MV3)， 405 (M498)，或576 (A375)观察细胞。(D)对照和实验条件之间的配对平均差异显示在图中所示数据的Gardner-Altman估计图中。1 d，3 b，4 d，4 e,4 f．灰色分布代表5000个自举样本，黑条代表95%置信区间，黑点代表平均差值。
图2 SEPT6-GFP定位和septin抑制作用。
(一)小鼠SEPT6-GFP探针在软质牛胶原蛋白中MV3细胞中的定位。两列代表细胞的最大强度投影(左)和0.16微米厚度的单个z切片(右)。(B)小鼠SEPT6-GFP探针在MV3细胞中定位的最大强度投影，有或没有FCF或SEPT2表达抑制(33-306)。细胞嵌在柔软的牛胶原蛋白中。(下图)MV3细胞表面由泡组成的部分，包括SEPT6-GFP表达、FCF处理和SEPT2(33-306)表达。虚线分隔四分位数。圆点代表单个细胞。(C)小鼠SEPT6-GFP探针在软质牛胶原蛋白中MV3细胞中的定位。两列代表性细胞的最大强度投影和0.16微米厚度的单个z切片。(上图)表达SEPT2(33-306)突变体的细胞。(下图)表达胞质mCherry的细胞(未显示)使用与SEPT2(33-306)构建相同的pLVX-IRES-Hyg载体。作为阴性对照，证明SEPT2(33-306)表达细胞中的septin错定位不是由于蛋白质表达结构引起的影响。
图3免疫荧光内源性septin定位。
(一)MV3细胞粘附在纤维连接蛋白涂布的玻片上，显示小鼠SEPT6-GFP探针或抗sept2免疫荧光定位。而已建立的septin定位到肌动蛋白应激纤维(https://doi.org/10.1016/s1534 - 5807 (02) 00366 - 0)，与SEPT6-GFP相比，反sept2信号不规则，点状，信噪比(SNR)较低。比例尺为10微米。(B)在软质牛胶原蛋白中嵌入的圆形起泡MV3细胞中的抗sept2信号，最大强度投影(上)和0.16微米厚度的单个z切片(下)。来自同一细胞的Phalloidin信号如图所示，以可视化细胞表面。抗sept2信号具有低信噪比，可见粘附细胞。尽管如此，信号在细胞表面的囊状区域富集，就像在表达SEPT6-GFP探针的细胞中看到的那样(见扩展数据图)。2)．(C)扩展数据图所示的细胞表面抗sept2信号分布。3 b．(D)局部抗sept2或SEPT6-GFP强度和细胞内平均曲率与泡边距离的函数。平均强度只包括细胞表面最亮的50%，以说明点状和不连续的免疫荧光信号。(E)在表达SEPT6-GFP和不表达SEPT6-GFP的MV3细胞中，抗sept2强度高于细胞质平均强度的皮质体素(距表面0.96 μ m内)比例。虚线分隔四分位数，圆点代表单个单元格。
扩展数据图6破坏寡聚体间聚合的突变阻断了间隔蛋白在细胞表面的定位。
上图是说明SEPT2(33-306)突变体功能改变机制的漫画。上图左下方，在表达SEPT2的细胞中，平均局部SEPT6-GFP强度和细胞内平均曲率与泡边距离的函数(33-306)，计算结果来自8个MV3细胞中的1293个泡。误差带表示95%置信区间。下图左下，表达SEPT2的细胞(33-306)和对照细胞的平均局部SEPT6-GFP强度与局部最大值的差异是距离泡边距离的函数(如图所示)。2 e)．右下，SEPT2在表达和不表达SEPT2(33-306)的MV3细胞中的Western blot结果。SEPT2的计算质量为41.5kD, SEPT2(33-306)为31.7 kD。注释显示所指示的阶梯带的位置。
图9 SEPT6表达对NRAS定位的影响
(一)观察到单个未受干扰和间隔素抑制的MV3细胞皮层(距表面0.96 μ m内的体素)NRAS-GFP %的富集。基础/FCF采用单侧Welch 's t检验(p = 4.27x10−5)，正态性检验采用Shapiro-Wilk检验(p = 0.219 & 0.219)，方差检验采用双尾F检验(p = 0.0054)。基础/SEPT2(33-306)采用双样本单侧t检验(p = 0.0101)，正态性采用Shapiro-Wilk检验(p = 0.219 & 0.724)，方差采用双尾F检验(p = 0.768)。虚线分隔四分位数。(B)使用与SEPT2(33-306)构建物相同的pLVX-IRES-Hyg载体，观察有和没有SEPT6-HALO表达的单个MV3细胞皮层(表面0.96 μ m内的体素)NRAS-GFP的富集百分比。作为阴性对照，表明NRAS在SEPT2(33-306)表达细胞中的错定位不是由于蛋白质表达结构引起的影响。采用双样本单侧t检验(p = 0.738)，正态性采用Shapiro-Wilk检验(p = 0.315 & 0.426)，方差采用双尾F检验(p = 0.181)。虚线分隔四分位数。(C)粘附和分离的MV3细胞表达显性阴性NRAS(S17N)后细胞死亡。细胞生长如图所示。124小时。数据归一化，从每个治疗组中减去配对阴性控制值。点代表单独的实验。所有复制的单元格计数，括号中为控制计数(参见扩展数据表)1个人计数):Adh. 1105(1039)， Det. 799(734)。
图10非恶性细胞对Anoikis的耐药性。
(一)SEPT6-GFP在最近分离的HEK细胞中的定位，嵌入柔软的牛胶原蛋白中。顶部为最大强度投影(MIP);底部，来自同一细胞的单个0.16 μ m z切片。(B)10µg/mL WGA处理4小时后，粘附和分离细胞的MV3细胞中显示caspase激活的额外部分(与匹配的当日阴性对照相比)。括号内对照的总细胞计数:复制1:Adh 143(220)， Det 310(544);复制2:Adh 182(152)， Det 256(215);重复3:Adh 134(157)， Det 89(267)。(C)相同的数据如图所示。5度，没有归一化。实线、虚线和虚线表示配对的同一天实验。复制1:Con 49(89)， DYN2(K44A) 38(55)， DYN2(K44A)+WGA 32(25)， DYN2(K44A)+FCF 27(33);复制2:Con 23(25)， DYN2(K44A) 28(39)， DYN2(K44A)+WGA 27(43)， DYN2(K44A)+FCF 28(34);复制3:Con 92(54)， DYN2(K44A) 121(84)， DYN2(K44A)+WGA 101(115)， DYN2(K44A)+FCF 141(70)。
扩展数据图11图形摘要。
通过气泡信号的信息流以及构建前生存气泡信号中枢的机制的概要说明。
补充信息
补充图1
本研究显示了未裁剪的western blots图像。
补充表1
MV3裂解物和SEPT6下拉实验的质谱结果总结。仅用1 PSM鉴定的蛋白质用橙色突出显示，已鉴定但未定量的蛋白质用蓝色突出显示，来自实验者的潜在污染物用黄色突出显示。栏目标题的细节如下-蛋白质FDR置信度:高(1%错误发现率)，中(5%错误发现率)或低(>5%错误发现率);主蛋白:如果一组蛋白质中有一个以上的蛋白质具有相同的得分，且psm数量相等，多肽数量相等，则序列最长的蛋白质被指定为主蛋白;Accession:蛋白质接入号(from UniProtKB);Description:来自UniProt的描述;覆盖率(%):被该蛋白识别的多肽所覆盖的蛋白质序列的百分比;#PSMs:肽谱匹配的数量，或分配给有助于蛋白质推断的肽谱的数量;MW [kDa]:基于Uniprot序列的蛋白分子量;丰度:为该蛋白质识别的每个肽的峰值强度的总和(这些值可用于比较样品之间蛋白质的相对丰度)。
补充表2
SEPT6 BioID接近标记实验的质谱结果总结。仅用1 PSM鉴定的蛋白质用橙色突出显示，已鉴定但未定量的蛋白质用蓝色突出显示，来自实验者的潜在污染物用黄色突出显示。栏目标题详情如下-蛋白质FDR置信度:高(1%错误发现率)，中(5%错误发现率)或低(>5%错误发现率);主蛋白:如果一组蛋白质中有一个以上的蛋白质具有相同的得分，且psm数量相等，多肽数量相等，则序列最长的蛋白质被指定为主蛋白;Accession:蛋白质接入号(from UniProtKB);Description:来自UniProt的描述;覆盖率(%):被该蛋白识别的多肽所覆盖的蛋白质序列的百分比;#PSMs:肽谱匹配的数量，或分配给有助于蛋白质推断的肽谱的数量;MW [kDa]:基于Uniprot序列的蛋白分子量;丰度:为该蛋白质识别的每个肽的峰值强度的总和(这些值可用于比较样品之间蛋白质的相对丰度)。
补充视频1
哺乳动物细胞脱离后呈圆形和水泡状。上图:三种常见细胞系(MEF细胞、人上皮肾293细胞和人支气管上皮细胞)在塑料培养皿中标准贴壁条件下生长。下图:用胰蛋白酶和温和移液处理3分钟后，相同培养物的细胞脱落。所有时间间隔以≈15倍速度播放。
补充视频2
使用u-Shape3D将原始光片显微镜数据转换为3D表面。MV3细胞粘附不良，包埋在柔软的牛胶原蛋白中。用小鼠SEPT6-GFP探针可见septin。
补充视频3
鼻塞在水泡的弯曲底部“跳动”。MV3细胞粘附不良，包埋在柔软的牛胶原蛋白中。用小鼠SEPT6-GFP探针可见septin。以≈0.83 Hz采集的5分钟时间间隔播放了两次，第二次带有箭头和插图，突出了间隔脉冲。
补充视频4
反复起泡产生稳定的隔膜结构。MV3细胞粘附不良，包埋在柔软的牛胶原蛋白中。用小鼠SEPT6-GFP探针可见septin。在≈0.83 Hz下获得5分钟时间延迟。三个正交图显示了紧密间隔的迭代泡疱，产生间隔脉冲，结合形成明亮稳定的结构，保持信号强度独立于局部泡疱。
权利和权限
根据与作者或其他权利持有人签订的出版协议，自然或其许可方(例如，社会或其他合作伙伴)对本文拥有排他性权利;作者对这篇文章接受的手稿版本的自我存档仅受此类出版协议的条款和适用法律的约束。
关于本文
引用本文
威姆斯，a.d.，韦夫，e.s.，德里斯科尔，M.K.et al。气泡通过组装致癌信号中枢来促进细胞存活。自然(2023)。https://doi.org/10.1038/s41586-023-05758-6
收到了：
接受：
发表：
DOI：https://doi.org/10.1038/s41586-023-05758-6
