文摘
大多数长非编码rna的功能(lncRNAs)是未知的。与蛋白质相比,具有相似功能的lncRNAs往往缺乏线性序列同源性;因此,识别功能在一个lncRNA很少告诉别人的识别功能。我们开发了一个序列比较法来解构线性序列关系lncRNAs和评估基于大量的短序列相似性称为k-mers。我们发现lncRNAs相关函数通常有类似k-mer资料尽管缺乏线性同源,这k-mer概要文件与蛋白结合lncRNAs和亚细胞定位。使用新颖的分析量化Xist-like监管潜力,我们直接证明进化无关lncRNAs可以编码类似的功能通过不同的空间安排相关序列的图案。K-mer-based分类是一种强大的方法来检测复发lncRNAs序列和功能之间的关系。
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确认
我们感谢UNC的同事讨论,j . Cheng帮助俄罗斯方块克隆。这项工作是由美国国立卫生研究院(NIH)拨款UL1TR002489 GM121806, GM105785,罗勒奥康纳奖。5100683从3月角基金会和资金Eshelman创新研究所Lineberger综合癌症中心和北卡罗来纳大学药理学系(J.M.C.),詹姆斯·s·麦克唐纳基金会21世纪科学Initiative-Complex系统格兰特没有学者奖。220020315 (P.J.M.), NIH米拉奖R35 GM122532 (K.M.W.)。J.M.K.是一个NSF研究生研究员(格兰特dge - 1650116)和支持部分由国家卫生研究院培训格兰特在生物信息学和计算生物学(T32 GM067553)。D.M.L.支持部分由国家卫生研究院培训格兰特在遗传学和分子生物学(T32 GM007092)。时是一个NSF研究生研究员(格兰特dge - 1144081)和支持部分由国家卫生研究院培训格兰特在分子和细胞生物物理学(批准T32 GM08570)。
作者信息
作者和联系
贡献
J.M.K.,P.J.M., and J.M.C. conceived the study. J.M.K., D.S., and J.M.C. performed the computational analysis. S.O.K., K.I., D.M.L., M.D.S., J.S.W., A.R.B., K.M.W., and J.M.C. designed and performed the TETRIS assays. D.W.C., C.R.H., S.W., Q.C., and J.M.K. built the website. J.M.K. and J.M.C. wrote the paper.
相应的作者
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相互竞争的利益
作者宣称没有利益冲突。
额外的信息
出版商的注意:施普林格自然保持中立在发表关于司法主权地图和所属机构。
补充信息
补充文本和数字
补充图1 - 11和补充表2 - 6,9、10、13 - 17和21
补充表1
策划在人类和小鼠基因工程lncRNAs列表
补充表7
人类lncRNA社区作业和描述
补充表8
鼠标lncRNA社区作业和描述
补充表11
人类社会k-mer概要文件
补充表12
鼠标社区k-mer概要文件
补充表18
k-mer丰富核和胞质lncRNAs
补充表19
蛋白质对数似结果比较空的预测能力和逻辑回归模型
补充表20
蛋白质逻辑回归(LR)精度和召回的结果
补充表22
TETRIS-lncRNA片段信息
补充表23
俄罗斯方块测定寡核苷酸引物
辅助软件
图书馆小k-mer计数频率的核苷酸序列
权利和权限
关于这篇文章
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柯克,,Kim, S.O., Inoue, K.et al。长非编码rna的功能分类k- m内容。Nat麝猫50,1474 - 1482 (2018)。https://doi.org/10.1038/s41588 - 018 - 0207 - 8
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