摘要gydF4y2Ba
癌症基因的体细胞突变已在健康人体组织的克隆扩增中被检测到，包括克隆造血。然而，由于突变型和野生型细胞混合在一起，我们将基因型与表型联系起来的能力有限。为了克服这一限制，我们利用多模态单细胞测序，捕获基因型，转录组和甲基组从个体的祖细胞gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882突变克隆造血。gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba突变导致髓系过度淋巴系偏向，未成熟的髓系祖细胞扩张导致巨核细胞-红系命运，伴随谱系和白血病干细胞标记物表达失调。突变gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba导致多梳抑制复合体2目标的优先低甲基化和一个特定的CpG侧基序。值得注意的是，低甲基化基序在关键造血转录因子的结合基序中富集，作为一种潜在的机制链接gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba突变和异常的转录表型。因此，单细胞多组学为定义驱动克隆嵌合的突变的下游后果铺平了道路。gydF4y2Ba
这是订阅内容的预览，gydF4y2Ba通过你所在的机构访问gydF4y2Ba
访问选项gydF4y2Ba
订阅《自然》+gydF4y2Ba
立即在线访问《自然》和其他55种《自然》杂志gydF4y2Ba
29.99美元gydF4y2Ba
每月gydF4y2Ba
订阅期刊gydF4y2Ba
获得1年的完整期刊访问权限gydF4y2Ba
99.00美元gydF4y2Ba
每期只要8.25美元gydF4y2Ba
所有价格均为净价格。gydF4y2Ba
增值税稍后将在结帐时添加。gydF4y2Ba
税务计算将在结账时完成。gydF4y2Ba
买条gydF4y2Ba
在ReadCube上获得时间限制或全文访问。gydF4y2Ba
32.00美元gydF4y2Ba
所有价格均为净价格。gydF4y2Ba
数据可用性gydF4y2Ba
所有处理过的计数矩阵数据和小鼠实验原始fastq文件均可通过基因表达Omnibus (GEO)获得，注册号为登录号gydF4y2BaGSE158067gydF4y2Ba．人类样本的原始fastq文件可通过欧洲基因组-表型组档案以登录号获得gydF4y2BaEGAS00001006364gydF4y2Ba．gydF4y2Ba
代码的可用性gydF4y2Ba
IronThrone .2.2管道可在gydF4y2Bahttps://github.com/landau-lab/IronThrone-GoTgydF4y2Ba
参考文献gydF4y2Ba
马丁科瑞娜等人。体细胞突变无性系随年龄在人食道上定居。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba362gydF4y2Ba， 911-917(2018)。gydF4y2Ba
Yizhak, K.等。RNA序列分析显示在正常组织中存在宏观的体细胞克隆扩增。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba364gydF4y2Ba， eaaw0726(2019)。gydF4y2Ba
横山等人。由突变癌症驱动的食道上皮细胞的年龄相关重塑。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba565gydF4y2Ba， 312-317(2019)。gydF4y2Ba
吉田等人。吸烟与人支气管上皮细胞的体细胞突变。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba578gydF4y2Ba， 266-272(2020)。gydF4y2Ba
马丁科瑞娜等人。正常人类皮肤的高负荷和普遍的阳性选择体细胞突变。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba348gydF4y2Ba， 880-886(2015)。gydF4y2Ba
“良性”疾病中的体细胞突变。gydF4y2Ba心血管病。j .地中海。gydF4y2Ba384gydF4y2Ba， 2039-2052(2021)。gydF4y2Ba
Shlush, l.i.等人。急性白血病中白血病前造血干细胞的鉴定。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba506gydF4y2Ba， 328-333(2014)。gydF4y2Ba
Jaiswal, S.等人。与年龄相关的克隆造血与不良结局相关。gydF4y2Ba心血管病。j .地中海。gydF4y2Ba371gydF4y2Ba， 2488-2498(2014)。gydF4y2Ba
吉诺维斯，G.等人。克隆造血与血液DNA序列推断的血癌风险。gydF4y2Ba心血管病。j .地中海。gydF4y2Ba371gydF4y2Ba， 2477-2487(2014)。gydF4y2Ba
谢敏，等。与克隆性造血扩张和恶性肿瘤相关的年龄相关突变。gydF4y2BaNat,地中海。gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba， 1472-1478(2014)。gydF4y2Ba
Steensma, D. P.等。潜能不确定的克隆造血及其与骨髓增生异常综合征的区别。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba126gydF4y2Ba， 9-16(2015)。gydF4y2Ba
Young, A. L.， Challen, G. A.， Birmann, B. M. & Druley, T. E.带有aml相关突变的克隆造血在健康成人中普遍存在。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba， 12484(2016)。gydF4y2Ba
Zink, F.等人。克隆性造血，有或没有候选驱动突变，是常见的老年人。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba130gydF4y2Ba， 742-752(2017)。gydF4y2Ba
Champion, K. M.， Gilbert, J. G. R.， Asimakopoulos, F. A.， Hinshelwood, S. & Green, A. R.正常老年妇女的克隆造血:对骨髓增生性疾病和骨髓增生异常综合征的意义。gydF4y2BaBr。j . Haematol。gydF4y2Ba97gydF4y2Ba， 920-926(1997)。gydF4y2Ba
SanMiguel, J. M.等人。来自老化骨髓(BM)微环境的细胞外源性应激刺激促进了dnmt3a突变体克隆造血。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba134gydF4y2Ba(5)gydF4y2Ba， 5(2019)。gydF4y2Ba
Terao, C.等人。日本与年龄相关的造血克隆的染色体改变。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba584gydF4y2Ba， 130-135(2020)。gydF4y2Ba
沃森，C. J.等。克隆造血的进化动态与适应度景观。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba367gydF4y2Ba， 1449-1454(2020)。gydF4y2Ba
特谢拉，V. H.等。破解侵袭性肺癌病变前的基因组、表观基因组和转录组景观。gydF4y2BaNat,地中海。gydF4y2Ba25gydF4y2Ba， 517-525(2019)。gydF4y2Ba
Steensma, D. P. & Ebert, B. L.克隆造血作为衰老过程中癌前变化的模型。gydF4y2BaExp。内科杂志。gydF4y2Ba83gydF4y2Ba， 48-56(2020)。gydF4y2Ba
德赛，P.等人。在确诊前数年，急性髓系白血病就已发生体细胞突变。gydF4y2BaNat,地中海。gydF4y2Ba24gydF4y2Ba， 1015-1023(2018)。gydF4y2Ba
Papaemmanuil, E.等。骨髓增生异常综合征驱动突变的临床和生物学意义。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba122gydF4y2Ba， 3616-3627(2013)。gydF4y2Ba
Abelson, S.等人。健康个体急性髓系白血病风险的预测。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba559gydF4y2Ba， 400-404(2018)。gydF4y2Ba
Buscarlet, M.等。DNMT3A和TET2主导克隆造血，表现出良性表型和不同的遗传倾向。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba130gydF4y2Ba， 753-762(2017)。gydF4y2Ba
Young, A. L, Spencer Tong, R.， Birmann, B. M. & Druley, T. E.克隆造血与急性髓系白血病风险。gydF4y2BaHaematologicagydF4y2Ba104gydF4y2Ba， 2410-2417(2019)。gydF4y2Ba
Jeong, M.等。Dnmt3a缺失可使体内造血干细胞永生化。gydF4y2Ba细胞的代表。gydF4y2Ba23gydF4y2Ba， 1-10(2018)。gydF4y2Ba
Ostrander, E. L.等。Dnmt3a和Tet2突变对造血祖细胞适应度的发散效应。gydF4y2Ba干细胞代表gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 551-560(2020)。gydF4y2Ba
高亚，J.等。DNMT3A R882突变体与多梳蛋白相互作用，阻断造血干细胞和白血病细胞分化。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba， 10924(2016)。gydF4y2Ba
金，S. J.等。AML中常见的DNMT3A突变在小鼠ES细胞中显示显性负性作用。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba122gydF4y2Ba， 4086-4089(2013)。gydF4y2Ba
Russler-Germain, d.a.等人。与AML相关的R882H DNMT3A突变主要通过阻断其形成活性四聚体的能力来抑制野生型DNMT3A。gydF4y2Ba癌症细胞gydF4y2Ba25gydF4y2Ba， 442-454(2014)。gydF4y2Ba
南，A. S.等。通过转录组基因分型联系的体细胞突变和细胞身份。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba571gydF4y2Ba， 355-360(2019)。gydF4y2Ba
Gaiti, F.等人。慢性淋巴细胞白血病的表观遗传进化和谱系史。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba569gydF4y2Ba， 576-580(2019)。gydF4y2Ba
Mouhieddine, t.h.等。克隆性造血与多发性骨髓瘤移植患者不良结局相关。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba11gydF4y2Ba， 2996(2020)。gydF4y2Ba
Smith, T.， Heger, A. & Sudbery, I. umi -工具:在唯一分子标识符中建模测序误差以提高量化精度。gydF4y2Ba基因组Res。gydF4y2Ba27gydF4y2Ba， 491-499(2017)。gydF4y2Ba
蒂克尔，T.，蒂罗什，I.，乔治斯库，C.，布朗，M. &哈斯，B.。gydF4y2Ba三位一体CTAT项目的推断cnvgydF4y2Ba(麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所，2019年)。gydF4y2Ba
斯图尔特，T.等人。单细胞数据的全面集成。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba177gydF4y2Ba， 1888-1902 e21(2019)。gydF4y2Ba
佩林，D.等人。人类造血祖细胞的全面单细胞转录景观。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba， 2395(2019)。gydF4y2Ba
Challen, G. A.等。Dnmt3a和Dnmt3b在造血干细胞中具有重叠和不同的功能。gydF4y2Ba细胞干细胞gydF4y2Ba15gydF4y2Ba， 350-364(2014)。gydF4y2Ba
Challen, G. A.等。Dnmt3a是造血干细胞分化所必需的。gydF4y2BaNat,麝猫。gydF4y2Ba44gydF4y2Ba， 23-31(2011)。gydF4y2Ba
曹，J.等。哺乳动物器官发生的单细胞转录景观。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba566gydF4y2Ba， 496-502(2019)。gydF4y2Ba
特拉普内尔，C.等。通过单细胞的伪时间排序揭示了细胞命运决策的动力学和调控因子。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba32gydF4y2Ba， 381-386(2014)。gydF4y2Ba
Guryanova, O. A.等。DNMT3A突变通过受损核小体重塑促进急性髓系白血病对蒽环类药物的耐药性。gydF4y2BaNat,地中海。gydF4y2Ba22gydF4y2Ba， 1488-1495(2016)。gydF4y2Ba
Velten, L.等。人类造血干细胞谱系的承诺是一个连续的过程。gydF4y2Ba细胞生物学。gydF4y2Ba19gydF4y2Ba， 271-281(2017)。gydF4y2Ba
泰鲁什，我，等人。通过单细胞RNA-seq分析转移性黑色素瘤的多细胞生态系统。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba352gydF4y2Ba， 189-196(2016)。gydF4y2Ba
拉曼诺，G.等。单细胞的RNA速度。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba560gydF4y2Ba， 494-498(2018)。gydF4y2Ba
李志刚，李志刚，李志刚，李志刚。利用动态建模方法将RNA速度推广到瞬时细胞状态。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba38gydF4y2Ba， 1408-1414(2020)。gydF4y2Ba
克雷，D.等人。CD9和巨核细胞分化。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba97gydF4y2Ba， 1982-1989(2001)。gydF4y2Ba
Noetzli, L. J.， French, S. L. & Machlus, K. r .巨核细胞从造血祖细胞分化的新见解。gydF4y2BaArterioscler。Thromb。Vasc。医学杂志。gydF4y2Ba39gydF4y2Ba， 1288-1300(2019)。gydF4y2Ba
Slupsky, J. R.等人。血小板抗原CD9, CD42和整合素α iibbetaiiia可以在地形上相关，并转导功能相似的信号。gydF4y2Ba欧元。学生物化学j。gydF4y2Ba244gydF4y2Ba， 168-175(1997)。gydF4y2Ba
戴永杰等。Dnmt3a R878H的条件敲入引发mTOR通路参与的急性髓系白血病。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba114gydF4y2Ba， 5237-5242(2017)。gydF4y2Ba
托尔，F.等。DNMT3A突变在急性髓系白血病中的发生率和预后影响gydF4y2Baj .中国。肿瘤防治杂志。gydF4y2Ba29gydF4y2Ba， 2889-2896(2011)。gydF4y2Ba
徐杰，等。DNMT3A Arg882突变通过干扰造血细胞中的基因表达/DNA甲基化来驱动慢性髓单核细胞白血病。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba111gydF4y2Ba， 2620-2625(2014)。gydF4y2Ba
齐藤，Y.等。静止的、耐化疗的人类白血病干细胞治疗靶点的鉴定。gydF4y2Ba科学。Transl。地中海。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba， 17ra9(2010)。gydF4y2Ba
Tsuboi, N, Asano, K, Lauterbach, M. & Mayadas, T. N.人中性粒细胞Fcgamma受体在抗体介导的炎症疾病中启动并发挥专门的非冗余作用。gydF4y2Ba免疫力gydF4y2Ba28gydF4y2Ba， 833-846(2008)。gydF4y2Ba
Lanier, L. L.， Corliss, B. C.， Wu, J.， Leong, C. & Phillips, J. H.免疫受体DAP12具有酪氨酸为基础的激活基序，参与激活NK细胞。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba391gydF4y2Ba， 703-707(1998)。gydF4y2Ba
Bouchon, A, Hernández-Munain, C.， Cella, M. & Colonna, M. dap12介导的通路调节CC趋化因子受体7的表达和人树突状细胞的成熟。gydF4y2Ba实验，医学。gydF4y2Ba194gydF4y2Ba， 1111-1122(2001)。gydF4y2Ba
Karulf, M.， Kelly, A.， Weinberg, a.d.， Gold, J. A. OX40配体在脓毒症的先天免疫反应中调节炎症和死亡率。gydF4y2Baj . Immunol。gydF4y2Ba185gydF4y2Ba， 4856-4862(2010)。gydF4y2Ba
莱昂尼，C.等人。Dnmt3a抑制肥大细胞炎症反应。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba114gydF4y2Ba， e1490-e1499(2017)。gydF4y2Ba
福斯特，J. J.等。与TET2缺乏相关的克隆造血加速了小鼠动脉粥样硬化的发展。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba355gydF4y2Ba， 842-847(2017)。gydF4y2Ba
jiswal, S. & Libby, P.克隆造血:在心血管疾病中连接衰老和炎症。gydF4y2BaNat. Rev. Cardiol。gydF4y2Ba17gydF4y2Ba， 137-144(2019)。gydF4y2Ba
Jaiswal, S.等人。克隆造血与动脉粥样硬化性心血管疾病的风险。gydF4y2Ba心血管病。j .地中海。gydF4y2Ba377gydF4y2Ba， 111-121(2017)。gydF4y2Ba
韦斯特，S. K.等。核仁素作为C1QTNF4的受体，支持C1QTNF4介导的先天免疫调节。gydF4y2Ba生物。化学。gydF4y2Ba296gydF4y2Ba， 100513(2021)。gydF4y2Ba
李，Q.等。c1qtnf相关蛋白4作为一种刺激STAT3和NF-κB通路并促进人类癌细胞存活的潜在细胞因子的鉴定。gydF4y2Ba癌症。gydF4y2Ba308gydF4y2Ba， 203-214(2011)。gydF4y2Ba
Ramalingam等人。内皮细胞MAPK的慢性激活通过依赖于NFKB的炎症应激(可由SCGF逆转)破坏造血。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba11gydF4y2Ba， 666(2020)。gydF4y2Ba
沈，B.等。整合素α 11是一种骨凝集素受体，是维持成人骨骼质量所必需的。gydF4y2BaeLifegydF4y2Ba8gydF4y2Ba， e42274(2019)。gydF4y2Ba
伊藤等人。监测干细胞移植后造血恢复的血清干细胞生长因子。gydF4y2Ba骨髓移植。gydF4y2Ba32gydF4y2Ba， 391-398(2003)。gydF4y2Ba
Wingender, E.， Dietze, P.， Karas, H. & Knüppel, R. TRANSFAC:转录因子及其DNA结合位点的数据库。gydF4y2Ba核酸测定。gydF4y2Ba24gydF4y2Ba， 238-241(1996)。gydF4y2Ba
本-波拉斯等人。低分化侵袭性人类肿瘤中的胚胎干细胞样基因表达特征。gydF4y2BaNat,麝猫。gydF4y2Ba40gydF4y2Ba， 499-507(2008)。gydF4y2Ba
科勒，H. A.等。寡核苷酸微阵列表达分析显示MYC调控与生长、细胞周期、信号通路和粘附有关的基因。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba97gydF4y2Ba， 3260-3265(2000)。gydF4y2Ba
Delgado, m.d. & León, J. Myc在造血和白血病中的作用。gydF4y2Ba癌症的基因gydF4y2Ba1gydF4y2Ba， 605-616(2010)。gydF4y2Ba
Guo, Y.等。巨核红细胞祖细胞中c- myc介导的细胞命运控制。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba114gydF4y2Ba， 2097-2106(2009)。gydF4y2Ba
Mayers, S.等人。用诱导型c-Myc载体建立能够去核的红系祖细胞系。gydF4y2BaBMC生物技术。gydF4y2Ba19gydF4y2Ba， 21(2019)。gydF4y2Ba
维斯维拉，R.等。酶促甲基测序以单碱基分辨率从DNA皮克图中检测DNA甲基化。gydF4y2Ba基因组Res。gydF4y2Ba31gydF4y2Ba， 1280-1289(2021)。gydF4y2Ba
皮切利等人。使用Smart-seq2从单细胞获得全长RNA-seq。gydF4y2BaProtoc Nat。gydF4y2Ba9gydF4y2Ba， 171-181(2014)。gydF4y2Ba
斯宾塞，D. H.等人。DNMT3A介导的CpG岛高甲基化是AML进展的结果。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba168gydF4y2Ba， 801-816 e13(2017)。gydF4y2Ba
格拉斯，J. L.等。AML的表观遗传同一性依赖于非启动子调控元件的破坏，并受到表观遗传修饰子突变的拮抗作用的影响。gydF4y2Ba癌症。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba， 868-883(2017)。gydF4y2Ba
维斯维拉，R.等。酶促甲基测序以单碱基分辨率从DNA皮克图中检测DNA甲基化。gydF4y2Ba基因组Res。gydF4y2Ba31gydF4y2Ba， 1280-1289(2021)。gydF4y2Ba
王，J.等。双限制性内切酶酶切通过还原亚硫酸氢盐测序提高了全基因组CpG甲基化分析的覆盖率和准确性。gydF4y2BaBMC基因组学gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 11(2013)。gydF4y2Ba
安德森，R.等人。横跨人类细胞类型和组织的活性增强子图谱。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba507gydF4y2Ba， 455-461(2014)。gydF4y2Ba
戴维斯，C. A.等人。DNA元素百科全书(ENCODE):数据门户更新。gydF4y2Ba核酸测定。gydF4y2Ba46gydF4y2Ba， d794-d801(2018)。gydF4y2Ba
阿德尔曼，e.r.等。老化的人类造血干细胞显示了可能易患白血病的增强子的深刻的表观遗传重编程。gydF4y2Ba癌症。gydF4y2Ba9gydF4y2Ba， 1080-1101(2019)。gydF4y2Ba
Jeong, M.等。由Dnmt3a维持的低DNA甲基化的大型保守结构域。gydF4y2BaNat,麝猫。gydF4y2Ba46gydF4y2Ba， 17-23(2014)。gydF4y2Ba
张欣，等。大的DNA甲基化最低点锚定染色质环维持造血干细胞的身份。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba78gydF4y2Ba， 506-521 e6(2020)。gydF4y2Ba
霍金斯，R. D.等。多能性和谱系承诺的人类细胞的独特表观基因组景观。gydF4y2Ba细胞干细胞gydF4y2Ba6gydF4y2Ba， 479-491(2010)。gydF4y2Ba
玛格丽特，R. &莱因伯格，D. Polycomb复合体PRC2及其生命中的印记。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba469gydF4y2Ba， 343-349(2011)。gydF4y2Ba
Mohn, F.等人。谱系特异性多梳靶点和从头DNA甲基化定义了神经元祖细胞的限制和潜力。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba， 755-766(2008)。gydF4y2Ba
谢，H.等。Polycomb抑制性复合物2以发育阶段特异性的方式调节正常造血干细胞功能。gydF4y2Ba细胞干细胞gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 68-80(2014)。gydF4y2Ba
癌症基因组图谱研究网络。成人新生急性髓系白血病的基因组和表观基因组图谱。gydF4y2Ba心血管病。j .地中海。gydF4y2Ba368gydF4y2Ba， 2059-2074(2013)。gydF4y2Ba
Emperle, M.等人。R882的突变改变了DNA甲基转移酶DNMT3A的侧翼序列偏好和细胞甲基化模式。gydF4y2Ba核酸测定。gydF4y2Ba47gydF4y2Ba， 11355-11367(2019)。gydF4y2Ba
杨晓燕，方娟，宋娟。DNMT3A R882H突变对DNA甲基化损伤的结构基础。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba11gydF4y2Ba， 2294(2020)。gydF4y2Ba
Yin, Y.等。胞嘧啶甲基化对人类转录因子DNA结合特异性的影响。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba356gydF4y2Ba， eaaj2239(2017)。gydF4y2Ba
普伦德加斯特，G. C. & Ziff, E. B.甲基化敏感的序列特异性DNA结合的c-Myc碱基区。gydF4y2Ba科学gydF4y2Ba251gydF4y2Ba， 186-189(1991)。gydF4y2Ba
泰特，P. H. & Bird . P. DNA甲基化对DNA结合蛋白和基因表达的影响。gydF4y2Ba咕咕叫。当今。麝猫开发。gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba， 226-231(1993)。gydF4y2Ba
Grau, J.， Schmidt, F. & Schulz, M.H.通过新的转录因子结合模型揭示DNA甲基化和内基序依赖性的广泛影响。预印在gydF4y2BabioRxivgydF4y2Bahttps://doi.org/10.1101/2020.10.21.348193gydF4y2Ba(2020)。gydF4y2Ba
Takubo等人。HIF-1alpha水平的调控对造血干细胞至关重要。gydF4y2Ba细胞干细胞gydF4y2Ba7gydF4y2Ba， 391-402(2010)。gydF4y2Ba
克罗克，B. L.等。芳基烃受体核转位器是小鼠造血干细胞活力的重要调节因子。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba125gydF4y2Ba， 3263-3272(2015)。gydF4y2Ba
Mariani, C. J.等。tet1介导的羟甲基化促进成神经细胞瘤缺氧基因诱导。gydF4y2Ba细胞的代表。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba， 1343-1352(2014)。gydF4y2Ba
李，Y.等。Setd1a和NURF在红系形成和分化过程中介导染色质动态和基因调控。gydF4y2Ba核酸测定。gydF4y2Ba44gydF4y2Ba， 7173-7188(2016)。gydF4y2Ba
黄，S.，李，X.， Yusufzai, t.m.，邱，Y. & Felsenfeld, G. USF1招募组蛋白修饰复合物，并对维持染色质屏障至关重要。gydF4y2Ba摩尔。细胞。医学杂志。gydF4y2Ba27gydF4y2Ba， 7991-8002(2007)。gydF4y2Ba
阿尔诺，L.等人。编码红系转录因子KLF1的基因的显性突变导致先天性造血障碍性贫血。gydF4y2Ba点。j .的嗡嗡声。麝猫。gydF4y2Ba87gydF4y2Ba， 721-727(2010)。gydF4y2Ba
Grosselin, K.等人。高通量单细胞ChIP-seq检测乳腺癌中染色质状态的异质性gydF4y2BaNat,麝猫。gydF4y2Ba51gydF4y2Ba， 1060-1066(2019)。gydF4y2Ba
Rotem, A.等。单细胞ChIP-seq揭示了由染色质状态定义的细胞亚群。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba33gydF4y2Ba， 1165-1172(2015)。gydF4y2Ba
王，Q.等。CoBATCH用于高通量单细胞表观基因组分析。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba76gydF4y2Ba， 206-216 e7(2019)。gydF4y2Ba
傅，L.等。通过深度学习预测单细胞的转录因子结合。gydF4y2Ba科学。睡觉。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba， eaba9031(2020)。gydF4y2Ba
Ugarte, F.等人。渐进性染色质凝结和H3K9甲基化调节胚胎和造血干细胞的分化。gydF4y2Ba干细胞代表gydF4y2Ba5gydF4y2Ba， 728-740(2015)。gydF4y2Ba
马丁，e.w.等人。染色质可及性图提供了造血干细胞中多谱系基因启动的证据。gydF4y2Ba表观遗传学染色质gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 2(2021)。gydF4y2Ba
Granja, J. M.等。单细胞多组分析鉴定混合表型急性白血病的调控程序。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba37gydF4y2Ba， 1458-1465(2019)。gydF4y2Ba
塞蒂，M.等。用Palantir描述单细胞数据中的细胞命运概率。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba37gydF4y2Ba， 451-460(2019)。gydF4y2Ba
斯托克修斯等人。单细胞中同时测定表位和转录组。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 865-868(2017)。gydF4y2Ba
Zavidij, O.等。单细胞RNA测序揭示多发性骨髓瘤前体期免疫微环境受损。gydF4y2BaNat。癌症gydF4y2Ba1gydF4y2Ba， 493-506(2020)。gydF4y2Ba
伊佐，F.等人。DNA甲基化破坏重塑造血分化格局。gydF4y2BaNat,麝猫。gydF4y2Ba52gydF4y2Ba， 378-387(2020)。gydF4y2Ba
Bmi-1决定正常和白血病干细胞的增殖能力。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba423gydF4y2Ba， 255-260(2003)。gydF4y2Ba
刘，Y.等。在单细胞和单基因水平上的癌基因合作的收敛驱动白血病转化。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba12gydF4y2Ba， 6323(2021)。gydF4y2Ba
Lu, R.等。一个研究DNMT3A热点突变(DNMT3A(R882))的模型系统证明了其显性-阴性效应与白血病发生之间的因果关系。gydF4y2Ba癌症Res。gydF4y2Ba79gydF4y2Ba， 3583-3594(2019)。gydF4y2Ba
范盖伦等人。在应激状态下，未折叠蛋白反应控制着造血干细胞池的完整性。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba510gydF4y2Ba， 268-272(2014)。gydF4y2Ba
Rodriguez-Meira, A.等人。通过高灵敏度单细胞突变分析和并行RNA测序揭示肿瘤内异质性。gydF4y2Ba摩尔。细胞gydF4y2Ba73gydF4y2Ba， 1292-1305 e8(2019)。gydF4y2Ba
Petti, a.a.等人。使用单细胞rna测序检测AML细胞中表达突变的一般方法。gydF4y2BaCommun Nat。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba， 3660(2019)。gydF4y2Ba
路德维希，L. S.等人。通过线粒体突变和单细胞基因组学实现人类血统追踪。gydF4y2Ba细胞gydF4y2Ba176gydF4y2Ba， 1325-1339 e22(2019)。gydF4y2Ba
Nam, a.s.， Chaligne, R. & Landau, d.a.通过单细胞多组学整合癌症进化的遗传和非遗传决定因素。gydF4y2BaNat. Rev. Genet。gydF4y2Ba22gydF4y2Ba， 3-18(2021)。gydF4y2Ba
ENCODE项目联盟。人类基因组中DNA元素的综合百科全书。gydF4y2Ba自然gydF4y2Ba489gydF4y2Ba， 57-74(2012)。gydF4y2Ba
Saxonov, S.， Berg, P. & Brutlag, D. L.人类基因组中CpG二核苷酸的全基因组分析区分了两类不同的启动子。gydF4y2Ba国家科学院学报美国gydF4y2Ba103gydF4y2Ba， 1412-1417(2006)。gydF4y2Ba
Aibar, S.等。SCENIC:单细胞调控网络推断和聚类。gydF4y2BaNat方法。gydF4y2Ba14gydF4y2Ba， 1083-1086(2017)。gydF4y2Ba
Gothert, J. R.等人。使用Scl干细胞增强剂的体内命运追踪研究:胚胎造血干细胞显著促进成人造血。gydF4y2Ba血gydF4y2Ba105gydF4y2Ba， 2724-2732(2005)。gydF4y2Ba
Butler, A, Hoffman, P, Smibert, P, Papalexi, E. & Satija, R.整合不同条件、技术和物种的单细胞转录组数据。gydF4y2Ba生物科技Nat。》。gydF4y2Ba36gydF4y2Ba， 411-420(2018)。gydF4y2Ba
Tange, O. GNU并行20200622。计算机程序。gydF4y2BaZenodogydF4y2Bahttps://doi.org/10.5281/zenodo.3956817gydF4y2Ba(2020)。gydF4y2Ba
于刚，王丽刚。，Han, Y. & He, Q.-Y. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters.组学gydF4y2Ba16gydF4y2Ba， 284-287(2012)。gydF4y2Ba
Granja, J. M.等。ArchR是一个可扩展的软件包，用于整合单细胞染色质可达性分析。gydF4y2BaNat,麝猫。gydF4y2Ba53gydF4y2Ba， 403-411(2021)。gydF4y2Ba
确认gydF4y2Ba
这项工作是由威尔康奈尔表观基因组学核心和流式细胞术核心实现的。我们感谢a . Melnick (Weill Cornell Medicine)对手稿的批判性审查。A.S.N.得到了巴勒斯惠康基金医学家职业奖、美国国立卫生研究院院长早期独立奖(DP5 OD029619)和斯塔尔癌症协会的支持。N.D.由美国国立卫生研究院国家心脏、肺和血液研究所(NHLBI)的F30博士预科奖学金(F30HL156496)支持。N.D.和R.M.M.由美国国立卫生研究院国家普通医学科学研究所的医学家培训计划资助，授予编号为T32GM007739的威尔康奈尔/洛克菲勒/斯隆凯特琳三机构医学博士计划。国际血液学协会由美国血液学协会奖学金资助。R.C.由淋巴瘤研究基金会和Marie skodorska - curie奖学金支持。I.G.得到了Miriam博士和Sheldon G. Adelson医学研究基金会的资助，以及Stand Up To Cancer梦之队研究基金(SU2C-AACR-DT-28-18)的支持。D.A.L.获得了巴勒斯惠康基金医学家职业奖、瓦莱学者奖、美国国立卫生研究院主任新创新者奖(ddp2 - ca239065)、陈·扎克伯格倡议奖、白血病淋巴瘤协会职业发展计划奖和马克基金会新兴领袖奖的支持。这项工作也得到了NHLBI (R01HL145283)和国家人类基因组研究所基因组科学卓越中心(RM1HG011014)的支持。gydF4y2Ba
作者信息gydF4y2Ba
作者及隶属关系gydF4y2Ba
贡献gydF4y2Ba
a.s.n.， n.d.， f.i.， r.m.， r.c.， t.h.m.， I.G.和D.A.L.构思了这个项目，设计了研究并解释了结果。I.G.和L.A.G.提供了临床样本。r.c.， r.m.m.， j.s.， S.B.和M.W.进行了实验。A.S.N, N.D, F.I.和R.M.进行了分析。A.S.N北达科他州。,F.I R.M, R.M.M,阻容,I.G.和D.A.L.写的手稿。A.S.N北达科他州。,F.I R.M, T.H.M,刘昌明,mit获得,F.G,酸处理,L.A.G,阻容,O.A.-W R.L。， I.G.和D.A.L.帮助解释结果。所有作者审阅并批准了最终的手稿。gydF4y2Ba
相应的作者gydF4y2Ba
道德声明gydF4y2Ba
相互竞争的利益gydF4y2Ba
O.A.-W。曾担任H3B Biomedicine、Foundation Medicine Inc.、Merck Pfizer和Janssen的顾问，也是Envisagenics Inc.和AIChemy的科学顾问委员会成员;O.A.-W。此前已获得H3B Biomedicine和LOXO Oncology的研究资助，与目前的手稿无关。I.G.是Bristol Myers Squibb, Takeda, Janssen, Sanofi和GlaxoSmithKline的顾问委员会成员。D.A.L.曾担任Abbvie, AstraZeneca和Illumina的顾问，也是Mission Bio, Alethiomics, Pangea和C2i Genomics的科学顾问委员会成员;D.A.L.此前已获得BMS, 10x Genomics, Ultima Genomics, Abbvie和Illumina的研究资金，与目前的手稿无关。gydF4y2Ba
同行评审gydF4y2Ba
同行评审信息gydF4y2Ba
自然遗传学gydF4y2Ba感谢Michael Rehli、Vijay Sankaran和其他匿名审稿人对这项工作的同行评审所做的贡献。gydF4y2Ba
额外的信息gydF4y2Ba
出版商的注意gydF4y2Ba施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。gydF4y2Ba
扩展数据gydF4y2Ba
扩展数据图1 GoT捕获了数千个CD34的基因分型信息gydF4y2Ba+gydF4y2BascRNA-seq中的细胞。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba克隆造血(CH)患者样本转录组(GoT)数据的基因分型摘要gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882突变。gydF4y2BabgydF4y2Ba，每个细胞的基因数量(左)和每个细胞的唯一分子标识符(UMIs)的数量(右)来自CD34gydF4y2Ba+gydF4y2Ba经质量控制(QC)过滤后的患者样本对造血祖细胞进行分类(CH01 n = 6133, CH02 n = 5372, CH03 n = 7379, CH04 n = 8440)。gydF4y2BacgydF4y2Ba，gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba用GoT法测定单细胞R882突变部分gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba匹配的未排序干细胞产物批量测序中R882突变变异等位基因频率(VAF)gydF4y2Ba31gydF4y2Ba．gydF4y2BadgydF4y2Ba，细胞数的分数gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaUMIs在标准的10x基因组数据中，没有基因分型信息(左)，gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba标准10x数据中R882位点覆盖的UMIs(中)gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba在GoT扩增子库中覆盖R882位点的UMIs(右)。gydF4y2BaegydF4y2Ba，小鼠细胞(Ba/F3)与人突变体的物种混合实验数据gydF4y2BaCALRgydF4y2Ba转基因与人细胞(UT-7)和人野生型混合gydF4y2BaCALRgydF4y2Ba转基因gydF4y2Ba29gydF4y2Ba．基于Levenshtein距离的UMI共识组装实施前(上)和后(下)的GoT基因分型数据与小鼠和人类基因组10倍数据的比对(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．gydF4y2BafgydF4y2Ba，在10x基因表达(GEX)文库中被识别为a的GoT文库中支持细胞条形码- umi对的重复读取数gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba基因(左)，无基因(中)，或无基因gydF4y2Ba−gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba基因(右)。双侧Wilcoxon秩和检验的p值。gydF4y2BaggydF4y2Ba，使用InferCNV包进行拷贝数变异分析后，按染色体/染色体位置排序的基因相对表达的热图gydF4y2Ba33gydF4y2Ba．细胞(y轴)按患者和患者分层gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882基因型状况。gydF4y2BahgydF4y2Ba，经拷贝数变异分析和细胞分层后的y染色体基因相对表达热图，如图gydF4y2BaggydF4y2Ba．WT，野生型，MUT，突变型。gydF4y2Ba
扩展数据图2gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba克隆造血患者样本中R882突变和祖细胞亚群的分配。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba， CD34的均匀流形近似和投影(UMAP)gydF4y2Ba+gydF4y2Ba样品CH01-CH04经Seurat包整合后的祖细胞(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．gydF4y2BabgydF4y2Ba，前10个祖细胞亚群差异表达基因的热图。gydF4y2BacgydF4y2Ba，谱系特异性基因(左)和Velten等人的模块。gydF4y2Ba41gydF4y2Ba(右，补充表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)被评分并投射到CD34的UMAP表示上gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞。gydF4y2BadgydF4y2Ba， CD34的UMAPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞被簇分布覆盖，按患者样本分割。造血干祖细胞;IMP，未成熟骨髓祖细胞;巨核红细胞偏倚IMP- me;IMP- gm，颗粒单核细胞偏倚IMP;LMPP，淋巴-髓样引物祖细胞;CLP，普通淋巴祖细胞;MEP，巨核红细胞祖细胞;E/B/M、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞、肥大细胞祖细胞;EP，红系祖细胞; MkP, megakaryocytic progenitor; NP, neutrophil progenitor.
扩展数据图3显示突变型和野生型细胞间谱系偏差和伪时间分析的imp分类。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba， CD34的UMAPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba单元，覆盖IMP子集的集群分配。gydF4y2BabgydF4y2Ba中性粒细胞和巨核细胞-红系谱系特异性基因模块评分来自Velten等人。gydF4y2Ba41gydF4y2Ba在三个IMP集群之间进行比较。p值由双侧Wilcoxon秩和检验计算。gydF4y2BacgydF4y2Ba， CD34的UMAPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba覆盖野生型突变状态的细胞，gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882突变体(MUT)，或未分配(NA)，按基因型对所有样本(上)和患者样本(下)进行拆分。gydF4y2BadgydF4y2Ba，带有伪时间投影值的UMAP(左上)。由Monocle估计的所有样本(右上)和单个样本(下)的WT和MUT细胞的伪时间比较gydF4y2Ba39gydF4y2Ba．p值由有/无突变状态的线性混合模型(LMM)似然比检验计算，用于聚合分析(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba(上)和个体样本的双侧Wilcoxon秩和检验(下)。gydF4y2Ba
图4突变型祖细胞与野生型祖细胞的细胞周期模块表达与RNA速度衍生的转移概率的比较。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，细胞周期模块评分表示s期和g2m期基因模块表达的联合(补充表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba）gydF4y2Ba42gydF4y2Ba．p值由有/无突变状态的线性混合模型似然比检验计算(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．对所有患者样本中至少200个基因型细胞的聚类进行分析。gydF4y2BabgydF4y2Ba，单细胞是指IMP→IMP- me和gydF4y2BacgydF4y2Ba， IMP→IMP- gm转换概率，通过RNA速度测量gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，在wildtype或gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba每个样本R882个突变imp。双侧Wilcoxon秩和检验的p值。gydF4y2Ba
图5排列试验与线性混合模型差异表达分析与MYC基因表达的比较gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，来自排列检验和线性混合模型的p值(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)为每个基因绘制。相关系数R采用皮尔逊相关法计算。由双向学生t分布得到的p值。阴影表示95%置信区间。gydF4y2BabgydF4y2Ba,归一化gydF4y2BaMYCgydF4y2BaMEP和EP中突变型和野生型细胞之间的基因表达。p值由有/无突变状态的线性混合模型似然比检验计算(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．gydF4y2Ba
图6多组学单细胞甲基化组、转录组和体细胞基因分型显示PRC2靶点低甲基化gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882 CH。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，基于scRNA-seq数据(Smart-seq2)的UMAP降维(n = 528 cells)，经6个板(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．gydF4y2BabgydF4y2Ba， UMAP降维显示转录组数据的聚类基因标记。gydF4y2BacgydF4y2Ba，质量过滤后每个cell捕获的CpG位点数(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．根据Msp1 (Single)或Msp1加HaeIII (Double)酶解，每个样品的指标显示出来。gydF4y2BadgydF4y2Ba，所有区域(全局，双摘要)，启动子，内含子或外显子的平均单细胞甲基化。有/无突变状态LMM似然比检验p值(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．gydF4y2BaegydF4y2BaCpH(即CpA、CpC或CpT)位点的平均单细胞甲基化。有/无突变状态LMM似然比检验p值(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．gydF4y2BafgydF4y2Ba，差异甲基化区(DMR)分析鉴定的269个低甲基化启动子的平均单细胞甲基化(如图所示)。gydF4y2Ba4 egydF4y2Ba在CH02和CH04中发现p值< 0.05且甲基化改变至少为−5%的启动子)。双侧Wilcoxon秩和检验的p值。gydF4y2BaggydF4y2Ba编码染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)峰与CD34中H3K27me3、h3k4me3双价标记区域相交gydF4y2Ba+gydF4y2BaCH02和CH04细胞。有/无突变状态LMM的似然比检验p值。gydF4y2BahgydF4y2Ba，具有优先低甲基化转录起始位点(TSS)的PRC2靶基因的归一化表达(见图)。gydF4y2Ba4 egydF4y2Ba)在WT与MUT细胞的GoT数据中按祖细胞亚型划分。有/无突变状态LMM的似然比检验p值。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba，正常hspc中TSS±1 kb区域平均甲基化值的比较gydF4y2Ba79gydF4y2Ba而且gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaWT (n = 6)与gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882,gydF4y2BaNPM1gydF4y2Ba突变型急性髓系白血病(AML;n = 7)没有(左)或有(右)PRC2 ChIP-seq峰区域的样品，控制CpG含量。双侧Wilcoxon秩和检验的p值。gydF4y2BajgydF4y2Ba， WT (n = 122)启动子区平均甲基化值与gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882突变的AML (n = 9)样本来自TCGA，在没有(左)或有(右)PRC2 ChIP-seq峰的区域，控制CpG含量。双侧Wilcoxon秩和检验的p值。gydF4y2Ba
图7低甲基化CpGs的Motif富集和差异表达基因周围区域的低甲基化Motif富集。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，低甲基化和高甲基化CpG侧翼序列在N-2、N-1、N + 1和N + 2位置的基频比值比。优势比来源于突变型与野生型细胞中CpG位点低甲基化或高甲基化的侧翼位置的基本频率，高于x轴所示的最小CpG甲基化绝对差异阈值(Pearson相关，来自双面f检验的p值，阴影表示95%置信区间)。gydF4y2BabgydF4y2Ba，报告母题logo源自Emperle等人。gydF4y2Ba87gydF4y2Ba与野生型相比，DNMT3A R882的低甲基化(不受欢迎)或高甲基化(受欢迎)位点(左)。gydF4y2BacgydF4y2Ba，报告和我们从头开始的相似度得分gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882低甲基化和高甲基化基序，由各自基序的位置权重矩阵的相关系数测量，不包括CpG二核苷酸。gydF4y2BadgydF4y2Ba，结合基序相似度的转录因子表达热图>与低甲基化基序的表达相似度为0.5gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882(不满足总体表达阈值，图;gydF4y2Ba5 a、bgydF4y2Ba)．gydF4y2BaegydF4y2Ba，频率gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2Ba在祖细胞亚群中，MUT和WT细胞差异表达基因的TSS 30kb内，R882低甲基化基序。p值采用双侧Wilcoxon秩和检验计算。gydF4y2BafgydF4y2Ba，频率gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaHSPCs和EPs中MUT和WT细胞差异表达基因TSS中10 kb、30 kb或50 kb内的R882低甲基化基序。p值采用双侧Wilcoxon秩和检验计算。gydF4y2BaggydF4y2Ba的频率之比gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882低甲基化基序与对照组的CpG洗牌基序相比(图2)。gydF4y2Ba5 egydF4y2Ba)在HSPCs和EPs中MUT和WT细胞差异表达基因的TSS 10 kb范围内。p值采用双侧Wilcoxon秩和检验计算。gydF4y2BahgydF4y2Ba的平均每基因发生率gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaHSPCs(上)和EPs(下)中MUT和WT细胞差异表达基因的R882低甲基化motif在距离TSS 50 kb内。gydF4y2Ba
扩展数据图8单核atac序列gydF4y2BaDnmt3agydF4y2BaR878H Lin-， c-Kit +祖细胞显示R882低甲基化基序和TF基序可达性增强，与低甲基化基序相似度高。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，利用测序(snATAC-seq)数据进行转座酶可及染色质单核检测的片段大小分布gydF4y2BaDnmt3agydF4y2BaR878H和野生型Lin-， c-Kit+祖细胞(每个队列n = 3)。gydF4y2BabgydF4y2Ba，可访问片段的TSS富集作为每个单元唯一片段的函数。gydF4y2BacgydF4y2Ba，集成数据集的UMAPgydF4y2BaDnmt3agydF4y2BaR878H和野生型Lin-， c-Kit+祖细胞，每个样本显示(每个队列n = 3)。gydF4y2BadgydF4y2Ba，祖先亚群差异可达祖先身份标记基因可达性得分的热图。gydF4y2BaegydF4y2Ba，小鼠转录因子(TF)基序与人类TF基序与r882低甲基化基序相似度的散点图(Pearson相关性，来自双面f检验的p值)。gydF4y2BafgydF4y2Ba，小鼠和人类tf的结合基序与r882低甲基化基序相似度高，并在HSPCs中表达(图2)。gydF4y2Ba5 bgydF4y2Ba， HOCOMOCO v11)。gydF4y2BaggydF4y2Ba，采用双侧Wilcoxon秩和检验计算野型与野型之间可达性变化的全族错误率(FWER)调整p值gydF4y2BaDnmt3agydF4y2Ba通过低甲基化基序和洗牌基序对照(有和没有CpG)的祖细胞鉴定R878H细胞，以及经鉴定的tf的基序可及性偏差图。gydF4y2Ba5 bgydF4y2Ba(与图。gydF4y2Ba5 fgydF4y2Ba)．gydF4y2BahgydF4y2Ba， PRC2目标在wildtype和gydF4y2BaDnmt3agydF4y2BaR878H和野生型Lin-， c-Kit+祖细胞亚群。有/无突变状态LMM的似然比检验p值。gydF4y2Ba
图9 CH05与对照骨髓CD34的整合gydF4y2Ba+gydF4y2BascRNA-seq数据，祖细胞亚群的分配和CH细胞的分化倾斜。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba， CD34的UMAPgydF4y2Ba+gydF4y2Ba样本CH05和对照骨髓样本BM01-05经Seurat包整合后的祖细胞(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)．gydF4y2BabgydF4y2Ba，每个细胞的基因数量(上)和每个细胞的UMIs数量(下)来自CD34gydF4y2Ba+gydF4y2Ba通过QC筛选和降采样到每个患者UMIs的等效几何均值(BM1 n = 6,683, BM2 n = 7,254, BM3 n = 16,759, BM4 n = 2,200, BM5 n = 5,690, CH05 n = 5,952)。gydF4y2BacgydF4y2Ba，前10个祖细胞亚群差异表达基因的热图。gydF4y2BadgydF4y2Ba， CD34的UMAP表示gydF4y2Ba+gydF4y2Ba显示细胞标记基因表达的细胞。gydF4y2BaegydF4y2Ba， Velten等人的模块。gydF4y2Ba41gydF4y2Ba(补充表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)被评分并投射到CD34的UMAP表示上gydF4y2Ba+gydF4y2Ba细胞。gydF4y2BafgydF4y2Ba，对照骨髓中巨核细胞-红系模块评分与CH05 imp的每个患者比较(补充表)gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)．细胞数量减少到相同的数量(n =每个样本132个细胞)。p值由有/无CH状态LMM的似然比检验计算。gydF4y2BaggydF4y2Ba，对照组与CH组单核细胞模块评分的每个患者比较(补充表)gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)．细胞数量减少到相同的数量(n =每个样本132个细胞)。p值由有/无CH状态LMM的似然比检验计算。gydF4y2BahgydF4y2Ba对照与CH群体中所有偏倚IMP (IMP- me + IMP- gm)细胞中IMP- me细胞的比例。p值由单样本t检验计算。条形代表平均值±SEM。gydF4y2Ba
扩展数据图10骨髓克隆造血患者样本证实了CH01-CH04和gydF4y2BaDnmt3agydF4y2BaR878H小鼠模型。gydF4y2Ba
一个gydF4y2Ba，突变体中差异下调或上调基因的每个患者模块评分比较gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaHSPCs(在GoT数据中识别，图;gydF4y2Ba3 a, cgydF4y2Ba)与CH型hspc对照。p值由有/无CH状态LMM的似然比检验计算。gydF4y2BabgydF4y2Ba，突变体中差异下调或上调基因的每个患者模块评分比较gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaEPs(在GoT数据中识别，图;gydF4y2Ba3 a, cgydF4y2Ba)控制与CH EPs。p值由有/无CH状态LMM的似然比检验计算。gydF4y2BacgydF4y2Ba，在至少2种细胞类型中基因上调的模块评分(在GoT数据中识别，图。gydF4y2Ba3 bgydF4y2Ba)与主要细胞类型的CH细胞相比。CH状态下LMM似然比检验的p值。gydF4y2BadgydF4y2Ba， EP1与EP2细胞群中对照BM或CH05细胞的比例。gydF4y2BaegydF4y2BaCH05细胞的UMAP(独立于对照BM样本聚成簇)与祖细胞分配。gydF4y2BafgydF4y2BaWT基因分型数据(n = 397个细胞)和CH05细胞的UMAPgydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882突变体(MUT;N = 290个细胞)。gydF4y2BaggydF4y2Ba，差异上调基因在至少2种细胞类型中的归一化表达，如图所示。gydF4y2Ba3 bgydF4y2BaCH05中野生型和突变细胞的差异。双侧Wilcoxon秩和检验的p值。gydF4y2BahgydF4y2Ba蛋白表达(CITE-seq)和CD38、CD9基因表达的CH05细胞UMAP。gydF4y2Ba我gydF4y2Ba， CH05细胞的UMAP突出HSPCs, IMP-ME和MkPs(左)，包括在野生型和突变细胞中CD9表达的比较(右)。突变状态下LMM的似然比检验p值，细胞类型为随机效应。gydF4y2BajgydF4y2Ba， CH05患者的snATAC-seq数据中片段大小的分布gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882 CH。gydF4y2BakgydF4y2Ba，可访问片段的TSS富集作为每个单元唯一片段的函数。gydF4y2BalgydF4y2Ba，聚类标记基因的基因可及性评分(错误发现率(FDR) < 0.01和LoggydF4y2Ba2gydF4y2Ba(叠化)(日志gydF4y2Ba2gydF4y2BaFC) > 1)按细胞簇排列。gydF4y2Ba米gydF4y2Ba，红系(左，n = 1843个细胞)或淋巴(右，n = 1740个细胞)分化的伪时间轨迹。gydF4y2BangydF4y2Ba，红系(n = 1843个细胞)或淋巴系(n = 1740个细胞)伪时间轨迹四分位数上低甲基化和洗牌基序可达性z分数的差异。p值采用双侧Wilcoxon秩和检验计算。gydF4y2Ba
补充信息gydF4y2Ba
权利和权限gydF4y2Ba
根据与作者或其他权利持有人签订的出版协议，《自然》杂志或其许可方对本文拥有独家权利;作者对这篇文章接受的手稿版本的自我存档仅受此类出版协议的条款和适用法律的约束。gydF4y2Ba
关于本文gydF4y2Ba
引用本文gydF4y2Ba
Nam, a.s.， Dusaj, N.， Izzo, F.。gydF4y2Baet al。gydF4y2Ba人类克隆造血的单细胞多组学研究揭示了这一点gydF4y2BaDNMT3AgydF4y2BaR882突变通过选择性低甲基化干扰早期祖细胞状态。gydF4y2BaNat麝猫gydF4y2Ba54gydF4y2Ba， 1514-1526(2022)。https://doi.org/10.1038/s41588-022-01179-9gydF4y2Ba
收到了gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
接受gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
发表gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
发行日期gydF4y2Ba：gydF4y2Ba
DOIgydF4y2Ba：gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1038/s41588-022-01179-9gydF4y2Ba
