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破译单细胞转录程序跨物种

预测在单细胞基因表达景观解决长期以来一直在基因组学领域的一个挑战。我们映射全身单细胞转录组斑马鱼的风景,果蝇使用Microwell-seq,蚯蚓。Nvwa我们建议第一序列模型,可以预测在单细胞基因表达决议直接从基因组序列。

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图1:破译单细胞监管项目潜在的风景。

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  1. Eraslan G。、Avsec Z。,Gagneur, J. & Theis, F. J. Deep learning: new computational modelling techniques for genomics.Nat,启麝猫。20.,389 - 403 (2019)。这篇评论文章描述了计算和建模方法用于基因组学。

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  2. 周,j . et al。深度学习序列从头开始对表达和疾病风险预测变量的影响。Nat .Genet。50,1171 - 1179 (2018)。本文报道的ExPecto模型预测变异对基因表达的影响。

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  4. 阿伦特,d . et al。细胞类型的起源和演化。Nat,启麝猫。17,744 - 757 (2016)。本文提出一种新的进化的细胞类型的定义和其监管机制。

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  5. 王,j . et al .跟踪程控跨物种的进化的比较细胞地图册。细胞的代表。34108803 (2021)。本文报道了使用单细胞转录组景观保护和分化的细胞类型。

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这是一个总结:李,j . et al .深度学习的跨物种单细胞景观标识守恒的监管程序底层细胞类型。Nat麝猫。https://doi.org/10.1038/s41588 - 022 - 01197 - 7(2022)。

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破译单细胞转录程序跨物种。Nat麝猫54,1595 - 1596 (2022)。https://doi.org/10.1038/s41588 - 022 - 01198 - 6

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