图4:视网膜层实验的Light-Seq测序指标和灵敏度。

(一)序列处理管道。(b)太阳爆发图描述了在每个处理步骤中过滤的读取片段。(c)Light-Seq重复的PCA图(每层n = 4个技术重复)。(d)Light-Seq和Drop-Seq数据中ONL富集基因与BCL富集基因的相关矩阵⁴⁶(p_邻接的< 0.05，为双侧Wald检验，多重假设检验采用Benjamini-Hochberg调整)。(e)基于减法富集ONL和BCL之间每个细胞Light-Seq转录本的近似差异，以模拟ONL和BCL之间每个细胞Drop-Seq转录本的差异。在两种测定中，ONL或BCL中显著富集的基因被绘制出来(p_邻接的< 0.05，为双侧Wald检验，多重假设检验采用Benjamini-Hochberg调整)。放大右边所示的图。(f)在Drop-Seq(模拟BCL)和Light-Seq BCL数据(条形码2)中，估计每个细胞在BCL中富集的基因的读数(p_邻接的< 0.05)。(g)平均Drop-Seq的箱线图(n= 6个样本重复)vs Light-Seq (n= 4个片段重复)不同转录本长度的每个基因计数。Pearson R和中位数比率所示。中位数线和四分位数结合在盒子上，用胡须标记1.5×四分位数间距。(h)基于已发表的单细胞smFISH数据的16个BCL标记基因的Light-Seq相对于smFISH的敏感性⁵⁰．基于BCL中的细胞数量，灵敏度计算为[# smFISH预期转录本]/[#观察到的Light-Seq reads]。点表示单个复制的灵敏度(n= 4个重复)。误差条表示以平均值为中心的标准偏差。(我)Drop-Seq相对于smFISH的敏感性。基于Shekhar等人，2016年混合双极簇中的细胞数量⁴⁶，灵敏度计算为[smFISH预期转录本的数量]/[观察到的Drop-Seq读数](见方法)．点反映单个复制/基因的敏感性(n= 6个样本重复)。误差条反映了以平均值为中心的标准偏差。(j)每个基因的平均Light-Seq和Drop-Seq灵敏度之间的差异(h)而且(我)．误差条表示平均数之差的标准误差。为面板h-j，基因按基因长度递增排列和着色。