跳到主要内容

感谢您访问nature.com。您使用的是对CSS支持有限的浏览器版本。为了获得最好的体验,我们建议您使用最新的浏览器(或关闭Internet Explorer的兼容性模式)。同时,为了确保持续的支持,我们将在没有样式和JavaScript的情况下显示站点。

STAARpipeline:用于生物库规模全基因组测序数据的全合一稀有变体工具

在非编码基因组中检测罕见变异关联具有挑战性。我们为生物库规模的全基因组测序数据提供了一个可扩展、灵活和精简的稀有变异关联分析框架,包括基因中心和非基因中心分析,通过使用各种编码和非编码单元、条件分析、结果总结和可视化,结合多种变体功能注释。

这是订阅内容的预览,通过你所在的机构访问

访问选项

租或购买这篇文章

只要这篇文章,只要你需要它

39.95美元

价格可能受当地税收的影响,在结账时计算

图1:STAARpipeline工作流程。

参考文献

  1. Taliun, D.等。来自NHLBI TOPMed项目的53,831个不同基因组的测序。自然590, 290-299(2021)。本文报告了在NHLBI TOPMed计划的前53,831个样本中检测到的罕见变异的分析。

    文章中科院PubMed公共医学中心谷歌学者

  2. Wainschtein, P.等人。从全基因组序列数据评估罕见变异对复杂性状遗传力的贡献。Nat,麝猫。54, 263-273(2022)。本文报道罕见变异对身高和体重指数的遗传力有很大的贡献。

    文章中科院PubMed公共医学中心谷歌学者

  3. 王,Q.等。281,104个英国生物银行外显子组中罕见的变异对人类疾病的贡献。自然597, 527-532(2021)。本文分析了英国生物银行队列中与18780个性状相关的罕见蛋白质编码遗传变异。

    文章中科院PubMed公共医学中心谷歌学者

  4. 贝克曼,J. D.等。对454,787名英国生物银行参与者的外显子组测序和分析。自然599, 628-634(2021)。本文报道了利用英国生物银行全外显子组测序数据对454787个个体的蛋白质编码变体进行关联分析的结果。

  5. 李,X.等。在硅函数注释中动态合并多重,使大规模全基因组测序研究的罕见变异关联分析成为可能。Nat,麝猫。52, 969-983(2020)。本文描述了一个功能强大的稀有变体关联测试,它包含了多个功能注释。

    文章中科院PubMed公共医学中心谷歌学者

下载参考

额外的信息

出版商的注意施普林格自然对出版的地图和机构从属关系中的管辖权主张保持中立。

这是一个总结:李,Z.等。用于检测大规模全基因组测序研究的非编码罕见变异关联的框架。Nat方法。https://doi.org/10.1038/s41592-022-01640-x(2022)

权利和权限

转载及权限

关于本文

通过CrossMark验证货币和真实性

引用本文

STAARpipeline:用于生物库规模全基因组测序数据的全合一稀有变体工具。Nat方法19, 1532-1533(2022)。https://doi.org/10.1038/s41592-022-01641-w

下载引用

  • 发表

  • 发行日期

  • DOIhttps://doi.org/10.1038/s41592-022-01641-w

搜索

快速链接

自然简报

报名参加自然简报时事通讯-什么重要的科学,免费到您的收件箱每天。

获取当天最重要的科学故事,免费在您的收件箱。 注册《自然简报》
Baidu
map