介绍gydF4y2Ba

考拉逆转录病毒(KoRV)是一个gammaretrovirus,长臂猿猿白血病病毒密切相关(GALV)和猫白血病病毒,在野生和圈养考拉礼物gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。它无处不在在昆士兰北部各州的考拉(昆士兰)和新南威尔士(NSW),然而,一个较低的发病率是观察在南部地区(维多利亚州和南澳大利亚州)的澳大利亚gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba2gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba,gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,gydF4y2Ba8gydF4y2Ba,gydF4y2Ba9gydF4y2Ba,gydF4y2Ba10gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba。独特,KoRV是唯一病毒呈现外生和内生的形式,与endogenization(永久整合到宿主基因组)估计不到50000年前发生了gydF4y2Ba12gydF4y2Ba,gydF4y2Ba13gydF4y2Ba。作为一项永久性的考拉基因组,这些逆转录病毒元素帮助形状考拉进化。外源性和内源性的形式KoRV推定地一直与考拉疾病的发病有关,包括肿瘤、白血病、淋巴瘤、脊髓发育不良,和一系列的感染包括所,细菌病原体导致考拉发病率,不孕和死亡率gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,gydF4y2Ba14gydF4y2Ba,gydF4y2Ba15gydF4y2Ba,gydF4y2Ba16gydF4y2Ba,gydF4y2Ba17gydF4y2Ba,gydF4y2Ba18gydF4y2Ba。尽管如此,几乎没有调查全民KoRV剖析俘虏考拉殖民地识别威胁最大的国家和最大的传播潜力。gydF4y2Ba

目前有12个描述KoRV亚型(KoRV-A我,km),每个拥有一群密切相关的序列内的受体结合域(RBD)的包膜糖蛋白gydF4y2Ba1gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba19gydF4y2Ba,gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba21gydF4y2Ba,gydF4y2Ba22gydF4y2Ba。KoRV-A是第一个亚型识别和后来发现endogenized考拉基因组,它已经永久注册多个网站,但这些网站,不同个体间的位置gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。这个endogenized序列,因此,垂直传播到后代的大坝和/或陛下。功能,内生KoRV-A序列(AF151794)被发现在所有分析野生考拉居住在北部地区东澳大利亚(昆士兰和新南威尔士)每基因组复制的数量约70gydF4y2Ba23gydF4y2Ba。然而,考拉的基因组发现在澳大利亚的南部地区,似乎只拥有部分变异这KoRV序列拷贝数低得多gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba8gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba24gydF4y2Ba。体内传播功能KoRV-A出现在北部和南部考拉种群,然而,这似乎是目前在南部考拉患病率较低gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba8gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba24gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

其余11 KoRV亚型(我,km)只有被发现在过去的十年里通过分析野生考拉,被世界各地殖民地gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba19gydF4y2Ba,gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba21gydF4y2Ba,gydF4y2Ba22gydF4y2Ba。KoRV-A相比,这些子类型被发现在考拉的发病率要低得多,丰富,与他们的检测仅在动物的比例分析gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba10gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba25gydF4y2Ba,gydF4y2Ba26gydF4y2Ba。亚型变异是两种动物和人群之间,然而,这些9亚型,KoRV-B之前(也称为J)和D是一贯发现最普遍gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba。与KoRV-A亚型b m目前只被认为外部传输,并且没有报道endogenization迄今的证据。传播这些外生亚型被发现主要发生在大坝和乔伊,在开发的早期阶段gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。这一发现已被观察到在一些世界各地的圈养大熊猫gydF4y2Ba19gydF4y2Ba,gydF4y2Ba21gydF4y2Ba,gydF4y2Ba24gydF4y2Ba,gydF4y2Ba27gydF4y2Ba,gydF4y2Ba28gydF4y2Ba然而,这是有记录的唯一统计测试在两个俘虏的数量由东南昆士兰gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

绝大KoRV增加多样性发现在过去的十年里已经很大程度上归因于下一代测序方法的实现。这种深度测序的方法捕获所有KoRV RBD的多样性gydF4y2BaenvgydF4y2Ba基因而不是孤立个体KoRV亚型通过基于PCR的方法,以前用于这一领域gydF4y2Ba10gydF4y2Ba,gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba21gydF4y2Ba,gydF4y2Ba24gydF4y2Ba。第一个实现该方法的Chappell et al。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba导致四个小说KoRV亚型的识别(f i)在18个野生考拉,扩大我们已知KoRV多样性通过双重的。自六年前首次应用,深度测序进行了几个澳大利亚考拉种群在确定完整的KoRV考拉的动物和整个种群个体的知名度。然而,这些主要集中在野生考拉数量很少有调查俘虏考拉殖民地gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba28gydF4y2Ba。俘虏树袋熊受到高水平的肿瘤,包括白血病和淋巴瘤,这降低了他们的寿命,使其为人工管理的一个关键问题gydF4y2Ba29日gydF4y2Ba。了解圈养动物的KoRV概要及其传播路线将会因此而帮助通知适当的育种和住房策略。gydF4y2Ba

在这项研究中,我们试图确定KoRV遗传的俘虏无尾熊住在澳大利亚三个机构(gydF4y2BangydF4y2Ba= 64)。这些殖民地之间的关键基因差异突出,提供洞察特定人口的多样性。此外,KoRV序列dam-joey之间共享,sire-joey和交配考拉对直接推断相比外源病毒传播途径在这些人群。从这个研究结果拓宽我们的理解KoRV考拉的圈养种群多样性和变异性,并提供进一步支持dam-joey外生KoRV亚型的传播。gydF4y2Ba

材料和方法gydF4y2Ba

血液样本收集和处理gydF4y2Ba

64(42岁女性,22岁男性)临床健康,澳大利亚俘虏考拉被包括在这项研究中,从一个昆士兰东南部人口抽样:殖民地C (gydF4y2BangydF4y2Ba= 33),和两个种群在新南威尔士殖民地D (gydF4y2BangydF4y2Ba= 14)和E(殖民地gydF4y2BangydF4y2Ba= 17)。动物园,考拉是饲养的环境中,仿佛考拉自然栖息地,并提供了一个随意的供应各种合适的桉树叶。从每一个有意识的考拉,~ 2毫升的血液是由一名兽医年度健康检查在一年期间(2019年3月- 2020年2月)在运输和存储在冰实验室。血样离心机在11200×2分钟gydF4y2BaggydF4y2Ba后,血浆和淡黄色的外套(~ 100μL)分数分离。前病毒的基因组DNA随后从巴菲外套使用FavorPrep血液中提取基因组DNA的迷你包(Favorgen生物技术公司),按照制造商的说明。gydF4y2Ba

抽样程序批准的昆士兰大学动物伦理委员会(动物伦理SCMB / 094/18 /幻想世界),悉尼塔瑞噶野生动物伦理委员会(动物伦理数字4 c / 04/17 / 02/13)和部长的动物保健和伦理委员会(动物伦理CSB 19/2473)。所有方法进行按照有关指导方针和规定。本研究报告按照到达的指导方针。gydF4y2Ba

组织样本收集和处理gydF4y2Ba

两个考拉新生儿和一个伺机脾脏样本收集从殖民地d .新生儿样本平分和存储与乙醇−80°C到样品处理。脾脏样本期间收集的尸体剖检和存储在处理之前−80°C。前病毒的基因组DNA提取的新生儿和脾脏组织样本使用FavorPrep血液基因组DNA迷你包(Favorgen生物技术公司),按照制造商的说明。gydF4y2Ba

Illumina公司测序和生物处理gydF4y2Ba

Illumina公司进行测序所有gDNA样品如前所述gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。短暂,PCR用于放大~ 500 bp的片段包括hyper-variable KoRV信封基因的受体结合域使用含有Illumina公司适配器的引物序列gydF4y2Ba4gydF4y2Ba。净化和指数化,这些扩增子被测序(paired-end V3 300 bp化学)通过MiSeq测序系统中心(美国Illumina公司)在澳大利亚生态基因(昆士兰大学,布里斯班,澳大利亚)。正向和反向读取被合并和过滤大小(450 - 600个基点)和质量(90%的序列与截止值> 20)使用星系公共服务器上的网络平台gydF4y2Bahttps://usegalaxy.orggydF4y2Ba30.gydF4y2Ba。质量控制读取被集群新创QIIME 2gydF4y2Ba31日gydF4y2Ba与97%的相似性。代表序列的每个QIIME集群被抨击与NCBI数据库“nt”来识别non-KoRV序列。这些集群只包含一个读也省略了。假定的KoRV序列对齐的gydF4y2BaenvgydF4y2Ba加入KoRV-A核苷酸序列(基因库AF151794)使用CLC工作台8 (CLCBio、丹麦),和那些含有错义突变,缺失或缺乏gydF4y2BaenvgydF4y2Ba基因同源性KoRV-A被移除。KoRV亚型当时表示每个序列基于蛋白质序列同源性在hyper-variable地区,与先前的研究一致gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba19gydF4y2Ba,gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba32gydF4y2Ba,gydF4y2Ba33gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

序列共享分析gydF4y2Ba

KoRV序列之间共享考拉的数量被确定和使用不同的关系,结合已知的考拉谱系,来推断KoRV传播,详细gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。为此,样品由QIIME序列读计数表生成转化为一个样本序列的存在/没有矩阵。序列之间共享考拉的数量为每个亚型对当时计算中使用自定义代码RStudio 3.5.1gydF4y2Ba34gydF4y2Ba。使用提供的考拉谱系圈养大熊猫,每一对考拉列为;不相关(gydF4y2BangydF4y2Ba= 426),dam-joey (gydF4y2BangydF4y2Ba= 40)、sire-joey (gydF4y2BangydF4y2Ba= 16),交配伙伴(gydF4y2BangydF4y2Ba= 17),maternally-related(第二个表兄弟,gydF4y2BangydF4y2Ba= 100)或paternally-related(第二个表兄弟,gydF4y2BangydF4y2Ba= 156)。母亲的亲戚女性血统有关的通过一个严格的定义。所有亚型分析(外生A, B, D,我和K)结合了这一分析的程度之间共享这些亚型独立无关的考拉是不足以允许模型拟合。由于KoRV-E发病率低,G和H,这些亚型被排除在外。gydF4y2Ba

广义线性混合模型遵循泊松分布被安装使用MCMCglmm 2.29的包在RgydF4y2Ba35gydF4y2Ba如前所述gydF4y2Ba3gydF4y2Ba来确定KoRV序列之间共享不同程度的考拉对与不同的家族关系。模型参数如下:指定的迭代次数(nitt) = 2003000;数量的初始迭代删除(燃烧)= 3000;稀疏的间隔(薄)= 200。内生KoRV-A序列(加入基因库AF151794)是省略了从这个分析所有考拉之间共享。gydF4y2Ba

数据分析gydF4y2Ba

预期的组合数为每一对类型共享在每个亚型从拟合广义线性混合模型参数计算使用以下公式:gydF4y2Ba\ ({e} ^{\文本{职位}\;文本\{意味着}+ \文本{职位}\;{意味着}\ \文本;文本的{}\ \;\文本{拦截}}\)gydF4y2Ba可信区间也决定使用:gydF4y2Ba\ ({e} ^{{可信}\ \文本;{间隔}\ \文本;文本\ {value} + \文本{职位}\;{意味着}\ \文本;文本的{}\ \;{拦截}}\文本。\)gydF4y2Ba

结果gydF4y2Ba

KoRV遗传多样性gydF4y2Ba

Illumina公司gydF4y2BaenvgydF4y2Ba进行扩增子深测序基因组DNA分离外周血单核细胞(PBMCs) 64考拉安置在三个俘虏考拉在澳大利亚殖民地,一个昆士兰东南部(SE昆士兰;殖民地C,gydF4y2BangydF4y2Ba= 33)和两个在悉尼新南威尔士(NSW);殖民地,gydF4y2BangydF4y2Ba= 14;殖民地E,gydF4y2BangydF4y2Ba= 17)。hyper-variable受体结合域内gydF4y2BaenvgydF4y2Ba基因是放大,质量控制和集群在97%的身份后,导致检测93个不同的KoRV序列(沉积基因库;表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。前病毒的基因组DNA分离PBMCs作为这提供了外生亚型感染的检出率最高考拉比其他样本类型gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

表1 KoRV亚型考拉的圈养种群的多样性。gydF4y2Ba
全尺寸表gydF4y2Ba

阅读数与19136年发现变化巨大的个人之间KoRV读取目前的平均,从2280年到64243年,在筛选和质量控制。蛋白93在网上翻译序列对齐的已知KoRV亚型导致他们分类的八个亚型(A, B, D, E, G, H,我和K)。与其他的研究一致,KoRV-A被发现是最流行亚型检测,发现在100%的考拉从所有三个种群(表分析gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。这是紧随其后的是KoRV-D中检测出64个(82.8%)检查考拉。毫不奇怪,这两个子类型也有最大数量的独特序列检测25 KoRV-A 30 KoRV-D序列确定在所有三个机构。KoRV-G和H亚型被发现是最普遍,分别在1和2中发现考拉。KoRV-E, G和K有最少的遗传多样性,只有两个序列为每个所有KoRV-E检测(gydF4y2BangydF4y2Ba= 4),G (gydF4y2BangydF4y2Ba= 1)和K (gydF4y2BangydF4y2Ba= 15)积极的考拉(表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。KoRV-C、F、L和M没有确定在这些人群。gydF4y2Ba

虽然只有一小部分序列确定在一个考拉,突显出持续这种病毒在宿主进化,绝大多数(84.9%)的序列是在两个或两个以上的考拉(表中发现gydF4y2Ba1gydF4y2Ba;补充表gydF4y2BaS2gydF4y2Ba)。与先前的研究一致,完整的内源性KoRV-A序列(加入基因库AF151794)被确认在所有分析考拉,它占了98.2%的平均个人的读取,在80.4%至100%之间不等。考拉内下一个最丰富的序列是一个KoRV-B序列(加入基因库ON839123) 16(25%)中发现个人在所有三个人口。考拉这个序列占0.27%的总平均KoRV读取,介于0%和7.4%,和23.5%的考拉的平均总KoRV-B读取范围在0%和99.8%之间(补充表gydF4y2BaS2gydF4y2Ba)。KoRV亚型我和K都发现主要序列中发现81%的KoRV-I (ON839175)和100%的KoRV-K (ON839182)积极的考拉,会计平均为41%和97%的总读KoRV-I和K,分别。没有占主导地位的序列被确定在KoRV-D积极考拉最普遍的序列(ON839157)检测在不到50%的积极的考拉。gydF4y2Ba

KoRV-A是最丰富的亚型分析考拉,代表KoRV读取平均的98.3%,从82.3%到100%不等。其他亚型相对减少,总共占不到20%的读取(无花果。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。读取每个KoRV亚型的数量为每个考拉图所示。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba和补充表gydF4y2BaS1gydF4y2Ba。KoRV A, B和D是唯一亚型在所有三个人口,发现KoRV-A和D确定在所有三个类似的患病率和丰富。同时KoRV-B被发现更普遍在殖民地E(考拉的64.7%),它在殖民地D的最丰富的动物占4%的总平均KoRV读取(图。gydF4y2Ba1gydF4y2BaB)。KoRV-I被发现在殖民地E(考拉的64.7%)相比,殖民地C(考拉的30.3%),然而,尽管一个明显的例外,它被发现在一个类似的跨两种群丰度。其他外生亚型检测不定地的人群(无花果。gydF4y2Ba1gydF4y2BaB)。总的来说,殖民地C发现至少有遗传多样性与KoRV-A占总额的99% KoRV平均读取(无花果。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba一个)。gydF4y2Ba

图1gydF4y2Ba
图1gydF4y2Ba

的百分比KoRV读取按亚型分组。KoRV亚型患病率在基因组DNA考拉居住在殖民地C (gydF4y2BangydF4y2Ba= 33),殖民地D (gydF4y2BangydF4y2Ba= 14)和E(殖民地gydF4y2BangydF4y2Ba= 17)。(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba)亚型所有种群显示了每个动物丰度。颜色显示不同的亚型检测。(gydF4y2BaBgydF4y2Ba每个亚型)百分比相对丰度是总结这三个群体。每个点代表一个单独的考拉的平均±标准差。gydF4y2Ba的留言gydF4y2Ba没有检测到。gydF4y2Ba

全尺寸图像gydF4y2Ba

至少两个亚型检测55例(85.9%)64年的考拉,分析了最大的四个亚型中确定23考拉。值得注意的是,剩下的九个考拉只有KoRV-A(无花果。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba一个;补充表gydF4y2BaS1gydF4y2Ba;这里,C2,碳、D8 D10 D13 D14 E10, E14灯头)。而这些人被安置在这三个机构,50%以上居住在殖民地D在新南威尔士州。有趣的是,这个殖民地被发现有最少的亚型检测的所有三个人口和丰富(图相对较低。gydF4y2Ba1gydF4y2BaB)。gydF4y2Ba

两个新生儿组织样本从殖民地D KoRV基因组DNA成分也进行了分析。自然主义式的两个样本收集新生儿死后出生后未能进入袋。内生KoRV-A序列(AF151794)被发现在新生儿1 (D15)和2 (D16),其占总KoRV读取的99.98%和100%,分别。剩下的0.02%的新生儿1 KoRV读取归因于KoRV-D序列。这个序列也被发现在低水平的大坝(D1),陛下(D17)和祖父母(D9和D12)的新生儿(补充图。gydF4y2BaS1gydF4y2Ba),然而,并不是在外祖母(D13)样本。值得注意的是,这些动物进行了分析通过血液(D1、D9 D12-13)和脾脏组织(D17)。两个新生儿共享相同的大坝,然而外祖父和新生儿2陛下并不包括在这项研究。gydF4y2Ba

KoRV外生传输gydF4y2Ba

KoRV序列的数量之间共享无关(gydF4y2BangydF4y2Ba= 426),母亲般地相关(m-related;gydF4y2BangydF4y2Ba= 100),父亲一般地相关(p-related;gydF4y2BangydF4y2Ba= 156),dam-joey (gydF4y2BangydF4y2Ba= 40)、sire-joey (gydF4y2BangydF4y2Ba= 16)和交配伙伴(gydF4y2BangydF4y2Ba= 17)考拉对两类型之间的比较通过拟合广义线性混合模型使用MCMCglmm 2.29包RgydF4y2Ba35gydF4y2Ba。一个母系血统被定义为通过严格女行相关。由于整体较低的序列多样性(因此低数量的序列之间共享考拉对)在这些人群中,KoRV亚型都结合进行分析提供足够的数据进行模型拟合。这个分析不包括亚型E, G和H,太少的动物中发现了有意义的比较。内生KoRV-A序列也省略了,因为它是所有动物之间共享。gydF4y2Ba

总的来说,dam-joey对分享发现序列明显多于和sire-joey对无关,平均共享1.9序列(95%可信区间(CI) 1.5 - -2.4)比为1.3 (95% CI 0.9 - -1.9)(图无关。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba;gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.01)和1.2 (95% CI 0.7 - -1.8) sire-joey (gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.05)。类似的结果观察当比较m-related双(平均1.9序列共享;与无关的双95%可信区间1.6 - -2.3)(无花果。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba;gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.001)和p-related对(平均1.6序列共享;95%可信区间1.3 - -1.8;gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.05)。同时更多的序列被p-related共享考拉比考拉无关,这是明显不如dam-joey或m-related双(图。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba;gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.05)。没有观察到性传播的证据,与交配伙伴(平均0.8序列共享;95%可信区间0.5 - -1.3)发现分享大大减少平均序列相比,考拉对(图无关。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba;gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.05)。gydF4y2Ba

图2gydF4y2Ba
图2gydF4y2Ba

平均序列与95%可信区间从广义线性混合模型的亚型共享。共享KoRV-A的期望值,B, D,我为父亲一般地和K序列显示相关(P-related;gydF4y2BangydF4y2Ba= 156),母亲般地相关(M-related;gydF4y2BangydF4y2Ba= 100),sire-joey (gydF4y2BangydF4y2Ba= 16),dam-joey (gydF4y2BangydF4y2Ba= 40)和交配伙伴(gydF4y2BangydF4y2Ba= 17)考拉对。预期无关之间共享(gydF4y2BangydF4y2Ba= 426)考拉由虚线表示有95%的可信区间灰色突出显示。母亲的亲戚女性血统有关的通过一个严格的定义。原来,内源性KoRV-A序列从这一分析中被省略了。星号以上节点指示意义无关的参照群体。意义不同的两组显示在右边。*gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.05,* *gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.01,* * *gydF4y2BapgydF4y2Ba< 0.001。gydF4y2Ba

全尺寸图像gydF4y2Ba

而不包括在统计模型由于样本量较低(gydF4y2BangydF4y2Ba= 4),大坝的证据乔伊传播KoRV-E殖民地d内还发现在这个人口,KoRV-E才确定在两个无关的后代(D5和D6), KoRV-E积极大坝(D3和D7,分别)。值得注意的是,然而,没有匹配的样本KoRV-E正雄在这些人群。gydF4y2Ba

讨论gydF4y2Ba

自2017年首次应用,深度测序技术已经被用于概要KoRV几个考拉种群内遗传多样性在澳大利亚gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba28gydF4y2Ba。然而,这些研究主要关注野生考拉种群以最小的调查被考拉殖民地。在这项研究中,我们分析了KoRV三澳大利亚考拉的圈养种群遗传多样性和传输(gydF4y2BangydF4y2Ba= 64),住在昆士兰和新南威尔士,提供洞察KoRV可变性和机构之间的传播模式。为此,进行深度测序KoRV的受体结合域gydF4y2BaenvgydF4y2Ba基因。利用已知的考拉谱系,考拉成对比较相关的序列之间共享来推断外生传输模式。这项研究代表了下一代测序的第一个应用程序概要文件在圈养动物安置在新南威尔士州KoRV遗传多样性。这些研究结果,结合与乔伊斯et al。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba,提供有价值的信息在外生KoRV患病率在俘虏殖民地和洞察可能的传播途径。gydF4y2Ba

总的来说,KoRV亚型患病率和富足是发现圈养种群之间相差很大。与之前的研究一致,KoRV-A被发现在所有三个殖民地最普遍和丰富的亚型,紧随其后的是KoRV-D和BgydF4y2Ba3gydF4y2Ba,gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba。只剩下鉴定亚型都检测到在一个人口,除了KoRV-I,发现在不同的流行在殖民地C(30.3%的动物)和E(64.7%的动物)。值得注意的是,KoRV-E中检测出殖民地D,这是第一个报道实例的亚型在澳大利亚人口,而此前仅被发现在美国动物园gydF4y2Ba21gydF4y2Ba。这些KoRV多样性的差异更加明显的两个分析相比,圈养大熊猫从SE昆士兰殖民地A和B在乔伊斯et al。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)。这些人群中有高水平的多样性,检测的KoRV亚型除了KoRV-E(1殖民地的2 KoRV-C)gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。平均而言,动物从殖民地A和B拥有四个KoRV亚型,这是明显高于平均的两个亚型殖民地汉英在这项研究中。此外,当检测到低水平的殖民地A和BgydF4y2Ba3gydF4y2Ba,KoRV-C和F并不确定的三个殖民地在这项研究调查。圈养种群之间差异也见过最流行亚型,特别是KoRV-B,发现在86.7%,76.6%,24.2%,29.4%和64.7%的动物居住在殖民地a e,分别gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

有趣的是,KoRV最低水平的遗传多样性三个人群分析在这项研究中被发现在殖民地C,尽管靠近高多样性的数量由乔伊斯,等。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba在SE昆士兰。这也是唯一人口KoRV-K, a和B亚型先前发现的殖民地在SE昆士兰gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。这一发现表明,目前这种亚型可能是这个地区本地化。尽管他们高患病率高达40%的然而,在A和B的殖民地没有检测KoRV亚型F, G和H在殖民地之间的大型KoRV多样性的变化观察圈养种群可能是由于历史采集来自不同网站的考拉在澳大利亚。历史采购到这些殖民地的考拉从地理区域最近被证明在亚型患病率有很大的不同gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,可能导致不同KoRV亚型的机会介绍到这些圈养大熊猫。gydF4y2Ba

协会与考拉KoRV疾病变得越来越明显,尤其是对外源性亚型gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,gydF4y2Ba14gydF4y2Ba,gydF4y2Ba15gydF4y2Ba,gydF4y2Ba16gydF4y2Ba,gydF4y2Ba18gydF4y2Ba。尽管KoRV多样性之间巨大差异圈养大熊猫在澳大利亚,这些机构没有任何明显的考拉的平均寿命和健康状况的差异。因为这意味着KoRV可能不是那样不利于圈养动物是野生的考拉,它很可能会暴露在添加生态压力。然而,有可能是独一无二的圈养环境的潜在压力。KoRV亚型的知识概要文件在考拉在不同机构和他们潜在的死亡率和发病率的链接在俘虏殖民地未来育种和疾病管理很重要的决定。gydF4y2Ba

这项研究提供了进一步的证据表明,外生KoRV亚型频繁传输从受感染的大坝到乔伊。这结果是重要的,尽管低多样性和共享这些人群中观察到的序列,表明这传播路线的力量。这些发现支持以前的结果暗示dam-joey传播作为主要传输路线中的外生KoRV SE昆士兰考拉gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。根据本研究的结果,我们知道这个传输路线并不是那些人的SE昆士兰殖民地和可能广泛适用于所有考拉种群。而不包括在我们的正式的分析,我们还发现证据dam-joey KoRV-E的传播。这是记录之前在美国动物园gydF4y2Ba21gydF4y2Ba然而,由于较低的样本大小,更全面的分析需要证实这一发现。从大坝传染给乔伊被认为很容易发生由于近距离和分享潜在的传染性体液包括牛奶和pap(半流体排泄物)。病毒通过牛奶和粪便传播已经记录了其他逆转录病毒密切相关gydF4y2Ba36gydF4y2Ba,gydF4y2Ba37gydF4y2Ba,gydF4y2Ba38gydF4y2Ba和KoRV蛋白质和RNA曾被发现在这些分泌物从考拉gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba39gydF4y2Ba通过这些路线,表明KoRV传输是可能的。gydF4y2Ba

KoRV-D序列的检测在一个新生儿组织样本突出的可能性在子宫内KoRV传播。这新生儿未能进入其母亲的育儿袋,吮吸由于预先设定的妥协,验尸报告显示高水平的胃内羊水胎粪。正如所料,没有检测到牛奶。虽然我们不能排除这种可能性,这KoRV-D序列是内生的,另一种解释是母亲乔伊的传播通过受感染的新生儿摄入这个序列羊水在子宫内或在分娩。这些传播路线之前已经观察到的电流的gydF4y2Ba40gydF4y2Ba。在一起,这一发现表明KoRV传播也可能发生在围产期或分娩。gydF4y2Ba

在这项研究中,9例(14.1%)考拉在所有三个机构只KoRV-A阳性。这是相对高于四KoRV-A积极只动物发现从109年(3.7%)SE昆士兰俘虏考拉在我们之前的研究分析gydF4y2Ba3gydF4y2Ba。这一发现表明,KoRV-A只考拉的存在比此前认为的更加普遍,提供繁殖的可能性,管理生产KoRV-A只动物圈养殖民地或未来的释放到野外。检测这些KoRV-A只动物也提供了一个机会来监视他们前瞻性研究与健康有关的问题,看看后续KoRV亚型对考拉表示有任何影响健康结果。鉴于外生的强有力的协会与疾病发病考拉KoRV亚型gydF4y2Ba18gydF4y2Ba,优先培育KoRV-A只雌性考拉在可能的情况下可能是有益的对殖民地的健康这些动物会产生也只有携带KoRV-A年轻。因此这一战略有可能减少人口中的外生亚型患病率。gydF4y2Ba

总的来说,本研究调查了KoRV遗传多样性和传输动力学在三澳大利亚考拉的圈养种群。独特的KoRV资料观察到在每个人口反映局部传输动力学。以前的研究结果支持,KoRV传输被发现主要大坝和乔伊之间发生,可能通过摄入牛奶、子宫颈或其他传染性体液消耗的乔伊在子宫内或在分娩过程中。这些发现有重大影响世界各地的机构与俘虏考拉种群,通知适当的动物管理和育种策略。gydF4y2Ba