研究非编码RNA的方法

对非编码rna及其在各种细胞环境中的生物学意义的研究兴趣一直在增长。在这一期中，我们提出了一系列的文章，讨论了最近的方法进展和未来的方向，以解码非编码rna的调控作用。

我们在《自然》研究期刊的文章集合中强调了非编码RNA生物学不断扩大的世界，这些文章讨论了推动这一快速发展领域的最新技术进步、方法和新兴模型。

专注于非编码rna的研究团体不断壮大。对该领域的怀疑由来已久。

研究人员为非编码RNA领域的未来工作撸起袖子。

近年来的研究揭示了长链非编码rna (lncRNA)在基因调控中的多方面作用，并加深了对lncRNA加工、定位、相互作用大分子和结构模块的理解。本文重点介绍了在理解lncRNA生物成因、作用模式和细胞表型方面的进展和最近发展的技术进展，并讨论了该领域在高分辨率和体内研究方面的挑战和机遇。

近年来，注释非编码rna (ncRNAs)和rna结合蛋白(rbp)的数量急剧增加。从转录调控到代谢控制，广泛的rbp的发现凸显了RNA在细胞生物学的几乎所有方面的巨大潜力。然而，在可能性和已被证明具有功能重要性之间的差距越来越大。在这里，我们重点介绍了rna -蛋白质相互作用研究的最新方法学进展，讨论了探索其功能作用的挑战和机遇，并就如何填补这一快速发展领域的空白提供了我们的观点。

纳米孔直接RNA测序(DRS)读取连续的原生RNA链。早期的采用者使用这种技术记录了核苷酸修饰和RNA链上的3 '多腺苷尾，而不需要添加额外的化学步骤。单个链的长度从70到26,000个核苷酸已经被测序。在我们看来，更高的基本呼叫精度和更低的RNA输入要求将加速分子生物学家和细胞生物学家对纳米孔DRS的更广泛接受。

这篇综述总结了研究RNA结构的实验和计算工具的最新方法进展，为实验和计算专家之间的交流提供了桥梁。

piwi -相互作用rna (piRNAs)是一种小的非编码rna，通过沉默转座元件在生殖系发育和调节蛋白质编码基因中发挥重要作用。最近的研究加深了我们对piRNAs的生物起源和功能及其在人类不孕症、癌症和神经系统疾病中的作用的理解。

Le等人回顾了固定细胞和活细胞中rna成像的各种技术，以及从这些技术中获得的生物学见解。

本观点着重于为环状rna研究开发的实验技术，并为进行环状rna研究提供了实用的指导方针。

Unfried和Ulitsky讨论了最近在理解非编码rna在比其目标或辅助因子低得多的水平上表达多长时间克服化学计量缺点并发挥其细胞功能方面的进展。

Shi等人讨论了发现小非编码RNA (sncRNA)的最新方法，sncRNA表达分析的局限性，以及直接和同时检测多个RNA修饰的新方法。

哺乳动物RNA聚合酶II转录蛋白质编码基因和非编码转录单位，包括长链非编码RNA (lncrna)。应用最新发展的转录组学技术的研究揭示了lncrna和蛋白质编码基因之间的转录起始和终止差异，这与基因组应激和DNA损伤有关。

转移rna (transnas, tRNAs)在转录后被大量修饰，并且修饰的数量和类型在不断扩大。最近的研究表明，tRNA修饰可以根据细胞和环境的压力而改变，而tRNA修饰的缺陷会导致线粒体疾病、神经障碍和癌症。

几乎所有的研究都依赖于注释，即编目基因位点的基因组地图及其转录本序列。这篇综述讨论了目前可用的长非编码RNA注释的现状以及诸如长读测序等新兴技术的影响。

编码长链非编码rna (lncrna)的基因座可能很复杂，并通过多种模式发挥作用。作者提供了一个框架来阐明通过基因工程小鼠模型lncrna的生理作用，包括全基因缺失，转录终止，报告和转基因拯救策略。

这项工作提出了一种pina介导的干扰，用于多路基因沉默秀丽隐杆线虫．

来自300个组织和细胞系的人类转录组揭示了新的非编码rna。

Xue和同事开发了LACE-seq，在低输入细胞甚至单个卵母细胞中以单核苷酸分辨率对RNA结合蛋白的RNA靶点进行全局分析。

AQRNA-seq可以精确量化小rna。

Shi等人通过PANDORA-seq分析了小非编码RNA (sncrna)，该方法识别了组织特异性转移RNA和核糖体RNA衍生的小RNA，以及在诱导多能干细胞重编程过程中动态变化的sncrna。

Gao等人开发了一种基于crispr - cas9的系统，该系统通过内源性启动子控制sgRNA的产生，以监测哺乳动物细胞中弱表达基因和长非编码rna的表达。

SEEKR是一种方法，它可以解构lncrna之间的线性序列关系，并根据称为k-mers的短基序的丰度来评估相似性。尽管缺乏线性同源性，但相关功能的lncrna往往具有相似的k-mer谱。

本文描述了一种CRISPR-Cas13系统，该系统可有效靶向circRNA，并对其在体内外功能进行筛选，从而使circRNA在人细胞增殖和小鼠胚胎发生中的相关表型研究成为可能。

飞秒XFEL晶体学被用来识别腺嘌呤核糖开关适体结构域的动态变化，至少可以实时识别四种状态，其中两种是载波结合前的状态，两种是配体结合后的状态。

ARM-seq可以增强修饰的tRNA和tRNA片段的测序。在逆转录之前用去甲基化酶AlkB处理RNA去除三个“硬停止”修饰，允许通过RNA测序发现修饰的tRNA片段及其前体。

在准备tRNA文库的高通量测序过程中，工程脱甲基化酶和高过程性逆转录酶的结合可以对小rna进行全面的分析。

人类长非编码RNA基因的目录及其在主要人类原代细胞类型、组织和细胞系样本中的表达谱。

一种叫做ciRS-7的天然环状RNA被证明是microRNA的负调控因子;ciRS-7作为microRNA miR-7的有效海绵，并抵抗通常的microRNA介导的外核溶解RNA衰变降解途径。

结合生物化学、功能和计算分析表明，环状rna是一大类具有调节效力的动物rna。

ENCODE努力提供了在特定亚细胞区室或整个细胞中发现的初级和加工rna的完整目录，揭示了四分之三的人类基因组可以转录，并提供了关于已知和以前未注释的rna的表达范围和水平、定位、处理命运和修饰的丰富信息。

这项研究使用四种小鼠细胞类型的染色质标记来识别约1600个大型多外显子转录单元，这些转录单元不重叠已知的蛋白质编码位点，高度保守。假定的功能被分配到这些大的介入非编码rna，范围从ES多能性到细胞增殖。