报告标准和数据、材料、代码和协议的可用性

发表的一个内在原则是，其他人应该能够复制和建立在作者发表的声明之上。在《自然作品集》杂志上发表的一个条件是作者必须使材料、数据、代码和相关协议及时提供给读者，不受不必要的限制。任何对材料或信息可用性的限制必须在提交时向编辑披露。任何限制也必须在提交的稿件中披露。

出版后，读者如果遇到作者拒绝遵守这些政策，应与杂志主编联系。在编辑无法解决投诉的情况下，杂志可以将问题提交给作者的资助机构和/或发布一份正式的更正声明，并在出版物的网上附上，声明读者无法获得必要的材料来复制研究结果。

在这一页上

报告要求

Nature Portfolio期刊旨在提高所有科学领域的报告透明度和已发表结果的可重复性。在同行评议之前，通讯作者必须完成一份编辑政策清单确保遵守《自然作品集》的编辑政策;在相关情况下，送审手稿必须包括完整的报告摘要文件

生命科学、行为与社会科学、生态学、进化与环境科学研究的报告要求

生命科学、行为与社会科学、生态学、进化与环境科学的研究文章的作者被要求提供实验和分析设计元素的细节，这些元素经常在科学研究中被报道得很少报告总结这将提供给编辑和审稿人在稿件评估期间。报告摘要将连同所有已接受的手稿一并出版。

物理科学研究报告要求

对于物理科学，我们要求某些特定领域的研究文章的作者在报告摘要中提供特征描述或实验和分析设计的细节，这些报告摘要将在稿件评估时提供给编辑和审稿人，并与被接受的稿件一起发表:

参考副本

请注意:由于在这些表单中使用了高级功能，所以您必须使用Adobe Reader打开文件并填写。如果您想快速浏览表格或在填写模板时引用指导文本，请访问平面参考副本:

我们支持社区努力提高方法报告的透明度和质量。因此，我们使这些模板可重用和适配，属性在CC-BY许可证．

有与使用和报告统计数据有关的指导和资源在这里．

报告和材料的可用性要求地质，考古，和古生物研究

地质样品、考古材料和古生物标本的详细资料应包括明确的物源信息，以确保研究方法的充分透明。应始终以负责任的态度，按照相关许可证和当地法律采集和出口样品。任何详细介绍来自受保护地点的新材料的提交都应包括有关获得的必要许可的信息。古生物学和模式标本应存放在认可的博物馆或收藏中，以允许其他研究人员永久自由取用。在适用的情况下，应为博物馆保存提供加入代码，我们鼓励在永久性、可访问的存储库中保存化石标本的3d扫描，以方便科学界的研究。

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可用性的数据

数据可用性:所有在《自然作品集》期刊上发表的报告原创研究的稿件必须包含数据可用性声明．数据可用性声明必须使“最小数据集”的访问条件对读者透明，这是解释、验证和扩展文章中的研究所必需的。这个最小数据集可以通过存储在公共社区/特定学科的存储库、特定类型数据集的定制专有存储库，或者像Figshare、Zenodo和Dryad这样的通用存储库来提供。强烈反对在补充信息中提供大型数据集，首选的方法是在存储库中提供数据。科学数据《自然作品集》(Nature Portfolio)杂志保存了一份清单已批准和推荐的数据存储库支持研究人员为其数据寻找合适的存储库。详情请参阅我们的作者的政策有关作者在出版时保存和提供数据、代码和材料的责任的信息。作者负责获得所有必要的权限，并确保符合数据共享的本地法规要求。

某些数据类型需要强制存储数据;参见下表中推荐的存储库。支持数据必须提供给编辑和同行审稿人在提交时的要求，以评估稿件的目的。任何分享限制必须在提交时与编辑讨论，如果这些条件被发现是不适当的禁止，编辑保留拒绝研究的权利。

Nature Portfolio期刊的数据可用性政策与标准兼容研究数据的政策由施普林格Nature报道。需要了解我们的数据共享政策、寻找合适的数据存储库或组织和共享研究数据的作者可以访问我们的作者支持门户额外的指导。

数据可用性报表应包括以下方面的相关信息:

  • 必须提供有关访问主要数据集(在研究期间生成)和引用数据集(在研究中分析的数据集)的信息。如果数据是公开的，则必须提供登录码或其他唯一标识符(如果相关的话)。
  • 临床试验数据:临床试验数据报告手稿的数据可用性声明应遵循ICMJE建议中所规定的标准临床试验数据共享并提供以下信息:
    • 是否会共享个别去识别的参与者数据(包括数据字典)(“未确定”不是一个可接受的答案);
    • 特别是哪些数据将被共享;
    • 是否提供额外的相关文件(如研究方案、统计分析计划等);
    • 何时可获得数据以及可使用多长时间;
    • 根据什么访问标准共享数据(包括与谁共享，用于什么类型的分析，通过什么机制)。
  • 数据可用性受制于受控访问:资料可用性声明应包括以下资料:受管制查阅的理由(例如:，privacy, ethical/legal issues), conditions of access must be described precisely including contact details for access requests, timeframe for response to requests, restrictions imposed on data use via data use agreements. A copy or link to the data use agreement should be provided if requested by editors. Restrictions on controlled access datasets including restrictions on downstream data reuse or authorship requirements must be clearly described in manuscript and to editors at the time of submission. Editors may decline further consideration of the manuscript after evaluation if restrictions are found to be unduly prohibitive.
  • 第三方数据:当无法提供从第三方获得的数据时，应在数据可用性声明中明确说明限制。如果审稿人提出要求，作者必须在数据使用协议的条款内并在符合伦理和法律要求的情况下，将数据提供给同行评审。

·专有数据:作者有责任确保研究中使用的数据集将在数据可用性声明中指定的条件下可用(包括数据集是否需要付费)，并与第三方数据提供商达成协议，以确保发表后可用于复制和验证目的。为此目的的可用性必须在数据可用性声明中明确说明。

·行政数据(包括政府、地方当局和国际组织持有的数据):使用行政数据的社会科学和其他研究必须确保数据的使用符合管理数据使用的当地法规和法律框架。

·第三方供应商的身份:编辑在提交资料及进行同行评审时，必须知悉第三者资料提供者的身分。我们期望数据可用性声明将声明第三方数据源的身份;如果数据提供者的身份与研究无关，并且/或公开发布会给数据提供者带来声誉或商业风险，则可以例外。看到发表的例子在这里而且在这里．

研究者应该在稿件中提供他们的数据收集方法的信息，足以支持同行评审。如果数据处理步骤是由第三方执行的，超出了作者的控制，这应该在方法中明确说明。如果稿件未能提供关于数据收集方法的充分信息，编辑保留拒绝考虑的权利。

数据引用:已存入存储库的数据集应作为正式引用包含在文章引用列表中。这包括研究期间生成的数据集以及研究期间分析的现有数据集。数据集的引用应包含DataCite推荐的最少信息，并遵循Nature Portfolio风格，包括:作者、标题、发布者(存储库名称)和标识符。

包括doi在内的数据集标识符应该表示为完整的url。例如:Hao, Z.， AghaKouchak, A.， Nakhjiri, N. & Farahmand, A.全球干旱综合监测和预测系统(GIDMaPS)数据集。figsharehttp://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.853801 (2014)

关于编写数据可用性声明和数据引用的更多信息可通过施普林格自然研究数据策略页面．

对特定数据集的要求

对于以下类型的数据集，必须提交到社区支持的公共存储库。登记号码必须在文件中提供。下面列出了适当的公共存储库的示例和在这里．

强制性的沉积 合适的存储库
蛋白质序列 Uniprot
DNA和RNA序列 基因库
日本DNA数据库(DDBJ)
EMBL核苷酸序列数据库(ENA)
DNA和RNA测序数据 NCBI跟踪存档
序列读取档案(SRA)
遗传多态性 dbSNP
dbVar
欧洲变异档案(EVA)
关联基因型和表型数据 dbGAP
欧洲基因组-phenome档案(EGA)
大分子结构 全球蛋白质数据库(wwPDB)
生物磁共振数据库(BMRB)
电子显微镜数据库(EMDB)
基因表达数据(必须符合MIAME标准) 基因表达综合(GEO)
ArrayExpress
小分子的晶体学数据 剑桥结构数据库
蛋白质组学数据 骄傲
*地球、空间和环境科学 推荐的存储库

*从2019年1月起，在社区知识库可用的地方，我们将要求通过此类知识库共享发表在《自然》、《自然地球科学》和《通信地球与环境》上的地球、空间和环境科学论文的数据。如果没有这样的存储库，数据集可以托管在通用的数据存储库中，如Figshare、Dryad或Zenodo。看到我们的编辑为更多的细节。

特殊注意事项

DNA和蛋白质序列:在发布参考基因组时，除了序列读取外，还必须提供该集合。即使是表位、功能域、遗传标记或单倍型等短段的新序列信息，也必须保存序列。短篇小说序列必须包括周围的序列信息，以提供上下文。必须提供对论文结论至关重要的所有小RNA探针的序列。

人类受试者的相关表型和基因型数据:应该提交到具有适当访问控制的公共存储库(见上面)。对敏感数据(例如电子病历、法医数据和来自弱势群体的个人数据)的数据访问的任何限制都需要解释限制的性质和原因，并详细说明访问或重用数据的条件。(见相关自然遗传学编辑讨论隐私问题)。

大分子结构:官方验证报告wwPDB需要进行同行评审。原子坐标和相关的实验数据(晶体结构的结构因子振幅/强度，或核磁共振结构的约束)必须根据要求提供。电子显微镜得到的密度图和坐标数据必须保存在EMDB中。存储库中的可访问性必须指定为“在发布时立即发布”。

小分子的晶体学数据:通过晶体学分析报告小分子新三维结构的稿件应包括一个。cif文件和一个带有概率椭球的结构图，作为补充信息发表。还应提交每个结构的结构因素。结构因素和结构输出都必须使用IUCR CheckCIF例程进行检查，提交时必须包括输出的PDF副本，以及报告的任何警报的理由。

对其他数据集的建议

除了这些要求之外，共享数据集的首选方式是通过公共存储库。《科学数据》是《自然作品集》期刊的姊妹刊物批准和推荐的数据存储库列表组织纪律。请参考此列表为您的数据集确定合适的存储库。

当不存在针对特定数据类型的存储库时，作者可以通过figshare或德律阿得斯，两个通用科学资料库。

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可用性的材料

在《自然作品集》杂志上发表文章的一个条件是，作者被要求立即将独特的材料提供给他人，而没有不正当的资格。可以要求合理支付分配费用，试剂可以通过商业或非商业第三方提供者提供。任何对材料可用性的限制，包括材料是否由盈利性公司分发，必须在文件中明确说明。按我们关于作者责任的政策，除非另有说明，通讯作者(或相关指定作者)应负责材料的可用性。

Nature Portfolio支持资源标识项目，旨在促进对包括抗体、细胞系、模式生物和工具在内的关键生物资源的独特、持久的识别和跟踪。我们鼓励作者包含由。提供的唯一标识符资源标识门户(RRIDs;例如,抗体:RRID: AB_2140114;生物:RRID: MGI_MGI: 3840442)，在手稿中。关于如何包括列出的rrid或生成新的rrid的更多信息，可以在资源标识门户．

报告与论文结论相结合的新化合物的作者必须提供化合物的化学结构、合成和表征，并提供足够的实验细节，以便其他研究人员重现合成和表征过程。

对于突变株和细胞系等生物材料，《自然作品集》杂志建议作者使用现有的公共存储库(例如，杰克逊实验室,欧洲小鼠突变体档案(艾玛),欧洲小鼠条件诱变计划(EUCOMM)基因敲除鼠项目(可)Addgene，理化学生物资源中心,突变鼠区域资源中心，美式文化收藏，并在稿件中提供登录编号。

细胞系:我们强烈鼓励在存储库中沉积新的细胞系，这些存储库将用认证证书分发它们。另外，我们建议作者建立新细胞系的配置文件，以便将来进行身份验证。用于研究的人类细胞系的分布不应受到来自捐赠者的限制的阻碍。开发细胞系的研究人员必须调查并披露与他们使用的组织相关的任何限制(参见《自然》杂志)编辑为进一步解释。)细胞系错误识别和交叉污染是一个常见的问题，其后果严重。作者被要求报告其细胞系的来源和认证(相关资源列在进一步阅读下)”。

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计算机代码和算法的可用性和同行评审

作者必须根据要求向编辑和审稿人提供任何以前未报告的用于生成结果的自定义计算机代码或算法，这些代码或算法被报告在论文中并成为其主要主张的核心。任何排除代码或算法共享需要的原因将由编辑评估，如果重要代码不可用，编辑保留拒绝论文的权利。

对于所有使用自定义代码或数学算法的研究，它们被认为是结论的核心，必须在“代码可用性”标题下包含一项声明，说明是否以及如何访问代码或算法，包括访问的任何限制。代码可用性语句应该在数据可用性语句之后、引用之前作为单独的部分提供。

在发表之后，《自然作品集》杂志认为最好的做法是发布定制的计算机代码，让读者能够重复发表的结果。代码应该存放在do生成库中，例如Zenodo，Gigantum或代码的海洋并引用在参考列表以下的指导方针描述在这里．鼓励作者管理后续的代码版本，并使用许可证由开源计划批准。关于如何访问代码以及任何限制的详细信息必须在code Availability语句中描述。

代码/算法/软件的同行评审:《自然》杂志的一个子集(如下所列)在自定义代码或数学算法和软件是稿件的核心时，对其进行同行评审。对于代码/算法同行评审，我们要求在同行评审过程中发布代码/算法，由同行评审人员进行验证，并在发布时发布代码/算法。作者必须填写一份代码和软件提交清单．在提交和接受稿件时，可以找到进一步详细的指导和所需的文件在这里．

  • 自然
  • 自然生物医学工程
  • 自然生物技术
  • 自然癌症
  • 催化性质
  • 化学生物学性质
  • 化学性质
  • 自然通讯,生命科学
  • 自然计算科学
  • 电子性质
  • 自然能源
  • 自然的人类行为
  • 自然免疫学
  • 自然机器智能
  • 自然医学
  • 自然方法
  • 自然神经科学
  • 自然的协议
  • 自然的合成
  • 沟通心理学

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试验协议

《自然作品集》杂志鼓励作者在他们选择的协议共享平台上分享他们循序渐进的实验协议。如果有这样的协议，请在论文中提供DOI或其他引用细节。自然组合的协议交换是一个免费使用的开放协议资源;协议存入协议交换可引用，并可从已发表的文章链接。详情请浏览www.scienovate.com/protocolexchange/about．

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预注册

Nature Portfolio期刊支持研究预注册(包括临床试验)和分析计划在公共资源库的预注册;提交时应提供预注册的详细资料。

注册报告，一种研究文章的格式，旨在减少出版偏倚和增加方法的严谨性，可在自然的人类行为的部分学科自然通讯，自然的方法,而且科学报告．注册报告涉及两个阶段的同行评议方法，方法和分析在进行预期的研究之前进行预先注册和同行评议。

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复制的研究

《自然作品集》欣赏复制先前发现的价值。我们欢迎对以前发表的研究结果提供新见解的复制研究的提交，并将以我们适用于其他提交的编辑标准来评估这些提交。

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临床试验

报告II期和III期随机对照试验的作者必须参考CONSORT声明为促进试验结果的完整和透明报告提出建议。不符合CONSORT准则的报告可能需要在正式审查之前进行修订。

鼓励报告肿瘤标记物预后研究的作者遵循评论指南完整和透明的报告。

前瞻性临床试验必须在患者注册前进行注册www.clinicaltrials.gov或与ICMJE建立的标准相匹配的类似公共存储库。适合公开获取的注册是那些列在ICMJE网站上的注册，以及参与世界卫生组织国际临床试验注册平台的任何主要注册，包括由BMC管理和发布的ISRCTN注册(BMC是施普林格Nature的一部分)。试验注册编号必须在论文中报告。以确定药代动力学为主要目标的试验可以豁免。

对于描述人类生物标本，我们建议参考BRISQ报告指南(生物标本报告以提高研究质量)，并确保至少提供了第1层特征(doi: 10.1002 / cncy.20147）.

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Nature Portfolio期刊的社论

报告要求和可重复性

可用性的数据

  • 《自然》支持“启用公平数据”倡议，并要求作者将数据存放在社区存储库中。公告:地球科学的公平数据．
  • 随着研究界拥抱数据共享，学术期刊可以尽自己的一份力。从本月开始，所有接受发表在《自然》杂志上的研究论文，以及最初的12篇《自然作品集》的其他论文，都将被要求包含其他人是否以及如何访问基础数据的信息。自然声明:数据在哪里?2016年9月。
  • 在我们不断追求重现性的过程中，自然《自然作品集》期刊正在加强我们与该杂志的编辑联系科学数据加强我们的数据可用性实践。自然．数据访问实践加强, 2014年11月。
  • 数据集现在可以发布、共享和引用科学数据．自然物理．分享是件好事, 2014年7月。
  • 数据必须是可获取的，以支持科学出版物的结论，并使研究产生影响。自然遗传学．这与数据无关, 2012年2月。
  • 最近的一份报告强调了关于保存大型数据集的紧迫问题。自然神经科学．确保数据的完整性, 2009年10月。
  • 参考数据集应该以可引用的形式独立于科学论文，允许归因。自然细胞生物学．共享数据, 2009年11月。
  • 在研究出版物之前(或与之一起)发布到公共数据库的数据集应该被赋予数字对象标识符。自然遗传学．数据生产者应该得到引用信用, 2009年10月。
  • 科学界需要制定更好的激励措施来鼓励遵守和奖励那些分享的人。自然神经科学．有数据吗?2007年8月。
  • 期刊和数据库需要建立微归因的程序。自然遗传学．竞争,合作,强迫, 2007年8月。
  • 在线出版本应使“数据不显示”基本上成为过去。自然细胞生物学．没什么可隐瞒的(数据未显示), 2006年6月。

建立学科数据集

  • 来自全基因组关联研究的数据应该被报告和保存，即使这些数据没有达到全基因组的显著水平。自然遗传学．要求更多的, 2012年6月。
  • 理想情况下，人类外显子组测序数据应该在提交之前存档在适当的存储库中，作者必须在同行评审之前解释他们的数据管理计划。自然遗传学．捕获和释放, 2011年9月。
  • 参考数据集应该以可引用的形式独立于科学论文，允许归因。自然细胞生物学．共享数据, 2009年11月。
  • 提出了一个连接数据库和作者的通用标记系统。自然生物技术．信用过期的信用, 2009年7月。
  • 必须提供转基因小鼠品系。自然．共享原则, 2009年6月。
  • 沉积蛋白质组学数据。自然方法．你应该分享你的数据, 2008年3月。
  • 描述《自然作品集》期刊基因组序列的创作共用许可。自然．共享的基因组, 2007年12月。
  • 科学家们以惊人的速度创造新的术语或新词，但名字的选择可能会产生无法预料的结果。《自然结构与分子生物学》．名字基因!2007年8月。
  • 蛋白质组学和分子相互作用的原始数据应在提交时存入存储库民主化蛋白质组学数据(2007年3月)，研究人员应该接受最低信息报告指南。领导的时间(2007年8月)。自然生物技术．
  • 全基因组关联研究的工具现在已经可用。在这里，我们介绍了该杂志在这一研究领域的现行手稿标准。自然遗传学．全动力风险引擎的框架, 2005年11月。
  • 生物学研究必须提供复制所必需的数据。自然医学．结构完整性, 2005年2月。
  • 如何讨论祖先和种族。自然遗传学．未经检验的“白人”, 2004年6月。
  • 明确《自然作品集》杂志关于化学结构数据沉积的政策。自然．晶莹剔透, 2005年6月。
  • 涉及RNAi的研究需要对照。自然细胞生物学．RNAi向何处去?2003年6月。
  • 涉及微阵列的研究的对照。自然免疫学．微阵列的政策, 2003年2月。
  • 涉及微阵列的研究的数据要求。自然细胞生物学．微阵列数据标准, 2002年11月。
  • 微阵列社区已经发布了指导方针，将使他们的数据更加有用和可访问。自然．微阵列标准终于诞生了, 2002年9月。
  • 任何包含新的结构数据的论文，如果没有布鲁克海文蛋白质数据库的登录号，将不被接受。自然．结构数据的新策略, 1998年7月。
  • 一些国家和社会的主席发表的声明强调了对人类基因组数据公开和快速获取的关注。自然．基因组访问规则, 1990年3月。

可用性的材料

  • 必须不限制患者来源的细胞系或其他组织的再分配。自然．常见的同意，二零零九年八月二十日。
  • 化学生物学性质致力于加强跨学科交流，并以在线内容为特色，为我们的读者增加化学信息的可及性。化学生物学性质．化学信息的新面貌, 2007年6月。
  • 生物学家注意:提交给《自然作品集》的材料应包含使用的材料和试剂的完整描述。自然．照亮黑盒子，二零零六年七月十六日。
  • 务实地调整我们的共享材料政策。自然细胞生物学．分享科学, 2006年5月。
  • 在化学家和生物学家之间共享数据、材料和信息的社区标准是非常必要的。化学生物学性质．分子异花受精, 2006年2月。
  • 分享材料以促进可重复研究。自然细胞生物学．政策更新, 2005年3月。
  • 分享材料以促进可重复研究。自然遗传学．“好公民”还是好生意?, 2004年10月。

细胞系识别的资源

为了帮助抑制交叉污染或其他错误识别的细胞系的无意使用，作者被要求检查他们的试剂与已知的错误识别的细胞系列表由维护国际细胞系认证委员会(ICLAC)，也可通过NCBI访问BioSample数据库．如果使用列表上的细胞系，作者应该在方法部分提供科学的理由并说明身份问题。编辑保留权利，要求删除数据，如果理由被认为是不令人满意的。此外，作者必须识别细胞系的来源(如果从供应商或细胞库获得，则需要提供目录号)，并报告细胞系是否已被验证。它们应该包括使用的方法、结果以及最后一次为该细胞系执行身份验证测试的时间。认证测试结果必须根据要求提供。支原体污染检测状况也必须报告。截至2015年5月，这些要求在细胞系识别错误的癌症研究中被特别强调，但所有学科的作者都被强烈鼓励遵守这些报告标准。从信誉良好的细胞库中获取细胞株，定期验证细胞株并检测其支原体污染是一种很好的做法。下面是有关小区线身份验证的资源。

STR配置文件和错误识别的细胞系数据库:

背景和指导:

计算机代码的可用性

  • 《自然》杂志鼓励那些依靠定制软件提交论文的研究人员提供程序进行同行评审。自然您的代码经得起审查吗?2018年3月。
  • 共享数据是科学有效进步的关键。更多的开放代码也会有好处。自然地球科学．透明度, 2014年11月。
  • 《自然作品集》期刊上的论文应尽可能使计算机代码易于访问。自然．代码共享, 2014年10月。
  • 通过发布代码和设计支持可重复研究的软件，可以提高计算方法的有用性。自然方法．软件与影响, 2014年3月。(参见本评论）
  • 评审、复制、重用和识别都是提供代码的动机。自然遗传学．信用代码, 2014年1月。
  • 提高计算分析与生物学的整合将需要更好的文档、验证和与论文相关的软件的可访问性。自然生物技术．需要升级, 2013年10月。
  • 作为新方法的一部分而定制开发的软件必须在出版时提供给读者。自然方法．社交软件, 2007年3月。

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