——癌症动力学实验室做博士后培训|自然事业

这个角色的工资:

从£38300,技能和经验

报告:

谋求Turajlic©

职位描述:

这是一个全职,固定期限合同(4年)

总结

一个令人兴奋的机会开拓生物医学研究所的一部分,致力于创新和科学,在实验室的谋求Turajlic(癌症动力学,https://www.crick.ac.uk/research/labs/samra-turajlic)。我们正在寻求一个高度合作和自我激励的博士后bioinformatician工作在我们综合肿瘤进化规划,与网络组织的弗朗西斯·克里克合作研究所伦敦大学学院癌症研究所,癌症研究所的研究,以及在国际上,包括国家卫生研究院(美国)和制药公司。这个职位将涉及从大规模数据分析如TRACERx和肿瘤的进化试验和平临床试验研究以及介入,比如适配器和A -预测和英格兰100公斤基因组数据集。我们研究了大量成功的贡献肿瘤领域的进化和取得一个优秀的高影响输出的记录。这个项目位于界面的基本和转化研究,将利用丰富的multi-omic数据集(散装和单细胞)产生大规模试验运行在本地和国际以及临床前模型。肾细胞癌、黑色素瘤是我们关注的焦点,然而,一些生物信息学的项目也pan-cancer进行设置,而另一些则专注于生物标志物的临床应用。一个创造性的个人的角色是适合癌症基因组学有很强的兴趣,癌症进化,进化生物学,生物信息学在领先的学术背景。

成功的申请人将在癌症生物信息学都有良好的记录,与先前的经验总会在数据分析,精通至少一种编程语言:Python或R,预计将有很强的技能在基因组学和癌症生物学和/或进化。基于集成经验与数据分析大型数据集是特别满意。位置将在一个多学科团队的癌症进化生物学家,湿实验室科学家和转化研究临床医生关心基本进化原理和临床应用进化规则。我们与同事密切合作专门从事机器学习和数学模型。此外,实验室也有强烈关注了解抗肿瘤免疫反应和解决这个通过湿实验室和干燥的实验室工作。申请人将有机会开发国内、国外合作,会有一个机会与我们行业和学术合作伙伴。候选人将与其他计算弗朗西斯·克里克研究所科学家密切合作和有足够的机会来开发他们的技能。全面的计算基础设施可用,访问多个HPC集群。

项目范围

该项目利用四个项目:TRACERx肾(http://tracerx.co.uk/studies/renal/),国家卫生研究院(https://grantome.com/grant/国家卫生研究院/ U01-CA247439-01)霍尔斯特- f (https://www.annalsofoncology.org/article/s0923 - 7534(19) 60107 - 9 /全文),和平(https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT03004755、肾癌和黑色素瘤)。这项研究是在与皇家马斯登密切合作,进行人的圣托马斯和皇家自由国民健康保险制度基金会信托和几个国际合作者,包括在国家卫生研究所。候选人将专注于破译癌症进化遗传背景的VHL突变——一个难得的机会来测试应急体内进化的原则;以及零星的肾癌的背景下,作为我们的临时报告的跟进TRACERx肾研究细胞(Turajlic et al . 2018方式)。分析将包括正常和癌组织异形在单细胞和散装水平,两者兼而有之DNA&核糖核酸;将会有进一步的空间组织转录组的开发方法。

Turajlic谋求博士是临床医师科学家在肾细胞癌临床实践和黑色素瘤和计划反映了新兴通过尖端的组合方法解决临床问题。实验室的整体目标是收益率基础生物的见解,破译的影响选择和肿瘤微环境的影响,免疫系统和癌症治疗克隆进化;和应用这些知识来改善患者的结果。成功的申请人将受雇于弗朗西斯·克里克研究所和基础在Turajlic博士的小组,由英国癌症研究中心,国家卫生研究院黑色素瘤研究联盟,Rosetrees信任,NIHR生物医学研究中心,在别人。弗朗西斯·克里克研究所提供了一个令人印象深刻的和额外的资源可以通过计算基础设施CRUK伦敦中心和eMedLab,有充足的个人发展的机会。

实验室的工作信息可以通过下面的链接找到:

https://www.crick.ac.uk/research/labs/samra-turajlic

https://scholar.google.co.uk/citations?view_op=new_articles&hl=en&imq=samra + turajlic #

https://orcid.org/0000 - 0001 - 8846 - 136 x

详情请不要犹豫地联系samra.turajlic@crick.ac.uk

主要职责

职位人员的主要职责是进行生物信息学分析,发现到的进化驱动力转移和肿瘤进展,免疫逃逸和治疗抵抗。该项目将利用被认为是世界上最大的基因组数据集/转录组数据从几个癌症进化试验。测序数据被大量的称赞支持数据类型,包括组织学成像数据,临床和radiomics数据。

生物信息学Turajlic实验室的团队内工作,弗朗西斯·克里克研究所和合作团体,包括学术和行业合作伙伴。
基因组和转录组数据进行分析,利用建立的管道。
分析多区测序数据,识别体细胞突变,拷贝数畸变和重建系统发育树。
采用新颖的信息学方法适用于颗粒以及单细胞数据包括原位转录组。
之间的联系和协调项目的合作者包括临床医生、癌症生物学家,机器学习专家和数学模型。
文档中的所有分析准确、及时、清晰的呈现方式,并使用这个数据总结和报告,要求做好准备。
理解肿瘤进化和相关文献(癌症生物学,基因组学)充分提出新颖的想法。
通过使生物见解推动项目前进,将它们与临床前模型和临床研究和产生新的假设
参加,并报告研究结果定期小组会议。
为科学成果的传播通过写论文发表和展示口头和海报的形式在国家和国际会议。
为更广泛的研究项目Turajlic实验室智力和实践
支持下级同事
其他职责适当的范围和等级。职位描述可能受审查和修改与邮局协商持有人工作职责变化/发展

关键的经验和能力

生物信息学博士学位或相关学科
在癌症基因组学相关经验者优先
流利的shell脚本,至少下面的编程语言之一:R或Python
优秀的通用计算能力
理解数学和统计数据
独立的和原创的贡献研究的证据
能力管理项目设置时间,分析,和写作的结论
优秀的表达能力,包括在国际会议
在会议和会议上代表了π的能力
优秀的人际技能和团队合作的承诺
在无人监督的情况下工作能力使用主动组织和优先考虑的工作
定义和解决研究问题的能力
积极创新和解决问题
进化生物学领域的经验/癌症进化是可取的
单细胞测序和成像分析的经验是可取的
经验与Nextflow或类似的管道管理框架是可取的
机器学习的经验是可取的
多学科工作的经验是可取的

平等、多样性和包容

我们欢迎所有背景的应用程序。我们致力于提供平等就业机会,无论其种族、国籍、性别、性取向、性别认同、宗教、怀孕、年龄、残疾、或民事伴侣关系、婚姻或家庭地位。我们特别欢迎应用程序从少数民族的人,因为他们目前弱势克里克在这个级别。

多样性卓越科学的努力至关重要。它增加宽度和角度来看,导致更多的创新和创造力。我们希望克里克自己的价值,每个人都是一个地方庆祝多样性和视为我们研究所的成功的基础的一部分。

克里克致力于创造机会平等和促进多样性和包容性。我们共同的责任,积极推进尊严、尊重、包容性、平等相待,是我们的目标,以确保这些原则反映和实现策略,政策和实践。

——癌症动力学实验室做博士后训练

弗朗西斯·克里克研究所

英国伦敦