这个角色的工资:
从£38300,技能和经验
职位描述:
合同
固定期限4年可能延长到5年。
我们正在寻找一个计算生物学家/ bioinformatician开发机器学习方法来解释PerturbSequencing和scRNAseq宿主-病原体相互作用实验。
我们正在努力解决的问题如何在地球上最成功的寄生虫,刚地弓形虫,颠覆了宿主细胞建立有利的免疫反应。弓形虫是特别的,因为它是一个真正的多面手,感染几乎所有有核细胞在任何温血动物,包括人类。改变宿主的免疫反应,它分泌~ 200效应蛋白进入宿主细胞,其中一些直接改变宿主细胞的转录改变宿主细胞行为。哪一个200 +效应器功能细胞类型和种类,以及这如何导致整个免疫反应的变化不过是只对少数效应器,理解其中的一些相互对抗。情况变得更加复杂,寄生虫菌株不同毒力的存在以及它们之间微分效应物的表达和snp导致不同疾病的结果。综合效应函数的说明,宽机制需要一个集成的系统监测和机器学习的方法。
我们已经开发出一种方法相结合弓形虫CRISPR屏幕(PMID:31481656)与主机单细胞核糖核酸测序方法识别转录监管机构弓形虫和他们的影响宿主细胞(未出版)。我们将这种方法应用到识别转录监管机构和宿主细胞转录组在寄生虫不同菌株各主机和细胞毒性。
你的角色:你将发挥核心作用在这个项目中应用和发展计算方法,co-supervised曼弗雷德Claassen教授的实验室分析PerturbSequencing和scRNAseq数据在复杂的实验设置。目的是识别所有转录监管机构弓形虫跨物种这个函数,分析各细胞转录反应,主机和测量效应蛋白之间的相互依赖关系。这个项目的第二个目标是了解细胞内的效应器功能,及其在控制免疫反应中的作用。对于这个你会分析在感染过程中免疫细胞的数量在活的有机体内使用scRNAseq和核糖核酸基于速度轨迹的推理自然感染的细胞免疫反应和个体效应蛋白的作用。你会一起工作3 wetlab方面的研究人员,将这项工作,并有机会参与实验室的其他成员。
坚实的生物信息学背景/统计和热情解决高度复杂的生物学问题是至关重要的。单细胞测序数据的分析经验者优先。主要作用是制定多模型分析方法单细胞测序在宿主-病原体相互作用小说背景下,但也会有机会参与湿实验室数据生成。
博士后培训人员将带领自己的项目,导致其他项目在合作的基础上(在实验室和与外部合作者)和指导博士生的研究。
关于我们
在实验室项目正在进行补充研究识别效应蛋白的寄生虫感染细胞内生存至关重要。在实验室里,我们培养多样化的组科学家来自各种科学背景和使用一系列技术来回答我们的问题,包括定量蛋白质组学CRISPR屏幕,单细胞核糖核酸seq、免疫学、细胞生物学和生物化学方法。看到www.treecklab.org对实验室和项目的概述。
大学的实验室教授曼弗雷德Claassen Tuebingen发展和机器学习方法适用于复杂的单细胞分析(https://claassenlab.github.io/)。
因此,我们有一个不同的志趣相投的科学家团队,可以互相学习和解决问题在一个协作和有趣的方式,同时提供大量在团队中建立一个独立的小房间。
的克里克有一个广泛的研究。因为没有部门或部门,我们的研究小组的自由建立在广泛领域的研究项目。我们合作和开放,反映出我们的身份六组织伙伴关系旨在池知识,想法和资源。
我们最高质量的研究在生物医学研究的前沿。我们把这严谨与开放和互动的文化,汇集不同的研究兴趣和专业知识,包括临床医生、科学家和应用物理科学家从我们制药合作伙伴。
我们的目标是吸引最优秀的研究人员和支持他们应对创新的研究问题,在实验室资源共享。我们的一系列科学技术平台提供研究人员提供最先进的技术和专业知识。我们提供一个很好的学习环境,有专门的教育项目在科学宣传,教育和个人发展和一个博士后培训计划,准备在学术界和产业界科学家领导的角色。
- 如果你有兴趣申请这个职位,请通过我们的申请网站。
- 求职信与你的研究技能和兴趣结合这个项目的目的是绝对必要的。
- 没有截止日期:位置时将合适的人选已经确定。
- 鼓励感兴趣的候选人询问感兴趣的职位是否仍然可用。
- 所有提供的就业受到成功的安全检查和连续的资格在英国工作。
- 非正式的请求可以moritz.treeck@crick.ac.uk
必要的资格、经验和能力
- 相关领域博士学位或博士学位的最后阶段提交与转录组数据的经验分析,理想情况下scRNAseq。
- 在编码技术专长(R !Python)
- 的记录写论文就是明证出版物或者提交的手稿被期刊上。据悉,COVID在手稿提交导致中断。
- 能够独立工作,也在一组交互的能力
平等、多样性和包容
我们欢迎所有背景的应用程序。我们致力于提供平等就业机会,无论其种族、国籍、性别、性取向、性别认同、宗教、怀孕、年龄、残疾、或民事伴侣关系、婚姻或家庭地位。我们特别欢迎应用程序从少数民族的人,因为他们目前弱势克里克在这个级别。
多样性卓越科学的努力至关重要。它增加宽度和角度来看,导致更多的创新和创造力。我们希望克里克自己的价值,每个人都是一个地方庆祝多样性和视为我们研究所的成功的基础的一部分。
克里克致力于创造机会平等和促进多样性和包容性。我们共同的责任,积极推进尊严、尊重、包容性、平等相待,是我们的目标,以确保这些原则反映和实现策略,政策和实践。
在我们的网站上阅读更多:https://www.crick.ac.uk/careers-and-study/life-at-the-crick/equality-diversity-and-inclusion