的格言“一张图片胜过一千个字”是一个老生常谈的化学家。在许多领域,足够精确的术语来描述特定的概念或实体;然而,在化学、精细化学命名法通常不是一个有效的方式交流复杂的分子。因此,化学家们已经开发出速记符号来表示分子信息,如化学结构的二维骨架线图纸和具体的箭头符号来说明化学反应。这些化学效果图仍然是最常见的“语言”,科学家说化学的黑板,在科学文献。化学生物学在很大程度上依赖于这些结构公式描述了化学和生物系统之间的关系,但该领域面临的挑战是,将这些化学符号的含义在传统学科界限。培养科学家的信息交换在化学和生物学的接口工作化学生物学性质团队开发了新的方法来提高化合物信息的可访问性和效用在期刊上刊登的文章。

大部分化学成分通常是包含在发布计划,科学论文的图和表。作者还使用缩写,缩写或编号方案来识别特定分子。虽然这些速记符号简化化学信息的展示,他们往往使一般读者的化学论文更容易一些。这是关心化学生物学文章,旨在吸引一个跨学科的观众。此外,由于互联网的出现,科学家获取科学信息的方式已经改变了。尽管有些科学家继续阅读印刷期刊文章,大多数转向在线出版手稿的HTML和PDF版本。这扩大了电子资源的使用提供了一个绝佳的机会让化学信息更容易和用户友好的科学论文的读者。

利用这些机会,我们已经开发出一些网络特性,扩大化合物信息的有用性化学生物学性质读者(见例如//www.scienovate.com/nchembio/journal/v3/n6/化合物/ nchembio883_ci.html)。在所有的原始研究论文,化合物相关的背景或结果纸被分配一个粗体,阿拉伯数字作为唯一标识符的化合物。中的每个数值缩写HTML和PDF版本的文章链接到一个复合数据页面,显示了结构和IUPAC或常见化合物的名称。从这里,读者可以下载ChemDraw文件的化合物,视图的三维渲染分子(见下文),或者链接到更多的信息化合物在PubChem (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/;看到Nat,化学。医学杂志。1、63、2005的更多信息)。为读者提供快速访问所有的化合物的一篇文章中所讨论的,我们功能复合数据索引页,从复合数据访问页,论文的目录条目,在右边的导航工具化学生物学性质的网站。综上所述,这些特性突出化学信息的格式,不可用更传统的化学成分报告。

尽管线图纸提供一个有用的方式来表示分子结构,化合物作为三维物体与不同的构象存在偏好。突出这些属性,化学生物学性质推出了新的在线功能,允许每篇文章编号的化合物的三维可视化。每个化合物的3 d页面可以通过复合数据页和提供了一个分子的三维渲染energy-minimized(平方毫米)的构象异构体。用户可以旋转、缩放和操纵的复合三维在《华尔街日报》的网页。尽管这项技术正处于起步阶段,我们希望它能鼓励读者考虑三维分子结构生物学的重要性。

通过采用一个标准的化学杂志风格,我们希望提高我们如何沟通的清晰化学信息在我们的页面。我们认为这一过程是作者和编辑之间的伙伴关系。作者确保化合物信息在他们的论文完成,科学准确、适当格式化。编辑团队最近创建了两个资源来帮助它们的化学结构和加快出版作者格式:化学结构风格指南(//www.scienovate.com/nchembio/authors/submit/chemicalstyle.pdf),包含一个总结的化学结构图像提出了《华尔街日报》和ChemDraw设置文件(//www.scienovate.com/nchembio/authors/submit/NatChemBio.cds),作者可以申请让他们在我们的首选格式结构。支持在线化学内容,作者还提供两个文件最后的手稿编辑团队使用到PubChem矿床研究的化学信息,生成化合物信息页面和创建三维效果图的化合物在每篇论文的在线版本:(i)一个格式化的ChemDraw文件,其中包含每个编号分组的化合物的结构与其对应的数字,和(2)一个一样的文本文件(或电子表格),每个复合数与IUPAC或系统名称相关联。尽管作者需要花额外的时间在创建这些文件,他们的努力大大增强其发表论文的内容。

我们认为,化学的内容化学生物学性质论文展示了如何使用网络资源提高可访问性和效用的化学科学论文中的内容。我们希望你对我们所做的评价。我们也想听到你的“愿望清单”新的化学或生物功能,可以促进沟通和界面化学和生物学的研究人员之间的协作。