通过整合单细胞rna测序和人类遗传学来识别疾病关键细胞类型和细胞过程 sc-linker是一个分析框架,结合了全基因组关联研究总结统计、表观基因组学和单细胞转录组,以识别跨组织和状态的疾病关键细胞类型和细胞过程。 Karthik A. Jagadeesh 库沙尔·k·戴伊 特拉维夫Regev 文章 2022年9月29日
增强子表达的种群水平差异确定了人类大脑中的疾病机制 人类大脑中基因和增强子表达的群体水平变异的分析,描述了神经精神疾病中基因增强子调控组和转录增强子的调控机制。 Pengfei董 加布里埃尔·霍夫曼 帕诺斯·鲁索斯 文章 2022年9月26日
动态、组织特异性和等位基因特异性调控元件的长期分期 纳米孔测序用于分析超过100 kb的DNA分子上的染色质可达性和DNA甲基化。相位分析段H19 / IGF2该基因座识别了在特定细胞环境中驱动双等位基因IGF2表达的灵长类动物特异性增强子。 巴塔利亚索菲亚 凯文董 布拉德利·伯恩斯坦 文章 2022年10月04日
人类癌症中染色体外DNA的进化动力学 染色体外DNA的随机分离有助于瘤内异质性,并促进人类肿瘤细胞对抗癌药物的快速适应。 约书亚·t·兰格 约翰·c·罗斯 保罗·s·米歇尔 文章 开放获取 2022年9月19日
成人肾脏类器官起源于CD24+细胞和代表成人多囊肾疾病的先进模型 成人肾类器官,或小管,起源于CD24+上皮细胞。小管状结构代表有功能的肾小管,可用于常染色体显性多囊肾疾病模型和药物反应研究。 Yaoxian徐 Christoph Kuppe 拉斐尔Kramann 文章 10月27日
结合21,293个罕见和22个常见变异的多基因评分,可以提高基于血红蛋白A1C水平的糖尿病诊断 这项研究提出了一种从罕见变异体构建复杂性状多基因评分的方法,并表明结合常见和罕见变异体的多基因评分可以提高基于血红蛋白A1C水平的2型糖尿病诊断的准确性。 彼得Dornbos 瑞安·凯斯特 杰森Flannick 信 2022年10月24日
自闭症常见和罕见遗传影响在染色体16p上的统计和功能收敛 在16p染色体上常见的多基因变异和影响自闭症风险的罕见的16p11.2重复缺失与整个16p区域的基因表达减少有关,这表明罕见和常见变异效应的功能收敛。 丹尼尔·j·韦纳 Emi凌 伊莉斯·b·罗宾逊 文章 开放获取 2022年10月24日
非酒精性脂肪肝的多组学研究 全基因组分析确定了与非酒精性脂肪性肝病相关的基因座,包括罕见的保护性功能丧失变异MTARC1而且GPAM.血浆蛋白质组学分析可深入了解疾病发病机制中涉及的蛋白质。 Gardar Sveinbjornsson Magnus O. Ulfarsson Kari Stefansson 文章 开放获取 2022年10月24日
发现42个与阅读障碍相关的全基因组显著位点 对自我报告阅读障碍的全基因组分析确定了42个相关位点,其中包括27个以前与认知特征无关的位点。阅读障碍表现出与双灵巧性的遗传相关性,但与语言相关回路的神经解剖学测量无关。 凯瑟琳Doust 皮埃尔Fontanillas 米歇尔•卢西亚诺 文章 开放获取 10月20日
基因组测序揭示了该属适应性变异的证据玉蜀黍属 来自744个基因组的高密度基因组变异图,包括玉米和该属的所有野生分类群玉蜀黍属揭示了自适应变异的证据,并提供了一个属范围的遗传多样性资源玉蜀黍属. 陆沉 精云罗 Jianbing严 文章 10月20日
罕见和常见的自闭症风险变异在16p中收敛 自闭症的遗传风险因素包括罕见和常见的变异。一项研究表明,导致自闭症风险的16p罕见拷贝数变异和常见变异在功能上汇聚在一起,下调了16p次端粒区域大量神经元表达基因的表达。 Hyejung赢得 Guillaume Huguet Sebastien Jacquemont 新闻及观点 10月27日
探讨在癌症中抑制apobec3依赖性突变的益处 通过强调我们在癌症和健康组织中对APOBEC3生物学的理解以及解决这些问题的策略方面的差距,本观点阐述了下一步的研究预测,即抑制APOBEC3介导的突变可能限制广泛癌症类型中的肿瘤异质性、转移和耐药性。 米娅Petljak 艾比·m·格林 马修·d·韦茨曼 的角度来看 2022年10月24日
破译跨物种的单细胞转录程序 在单细胞分辨率下预测基因表达格局的能力一直是基因组学领域的一个挑战。我们绘制了斑马鱼的全身单细胞转录组图谱,果蝇,和蚯蚓使用Microwell-seq。我们提出了第一个基于序列的模型Nvwa,它可以直接从基因组序列预测单细胞分辨率的基因表达。 研究简报 10月20日
对TASK-1的基因组研究揭示了睡眠呼吸暂停的功能作用 KCNK3在睡眠呼吸暂停先证物中发现的突变会影响TASK-1的x门功能。这些变化导致钾电流和开放概率的增加,以及对g蛋白偶联受体抑制剂的敏感性受损。 塔图姆·s·西蒙森 埃斯特班·a·莫亚 Atul Malhotra 新闻及观点 2022年10月04日
在克隆造血中,体细胞镶嵌重新连接转录和表观遗传状态 多模态单细胞测序能够在同一个人内绘制突变型和野生型人类造血干细胞和祖细胞,以定义与克隆造血相关的细胞表型和表观遗传扰动。 研究简报 2022年9月26日
dynseq浏览器跟踪以核苷酸分辨率显示特定于上下文的特征 高通量实验平台彻底改变了生物序列(如DNA、RNA和蛋白质)生化和功能特性的分析能力。通过对几种数据模式进行整理,使用直观的可视化呈现可定制的轨迹,基因组浏览器可以对不同类型的基因组分析实验和派生注释进行交互式和可解释的探索。然而,现有的基因组浏览器轨迹并不适合于直观地可视化高分辨率DNA序列特征,如转录因子基序。通常,调控DNA序列中的基序实例被可视化为基于bed的注释轨迹,它突出显示基序实例的基因组坐标,但不暴露其特定序列。相反,基因组序列轨迹需要与BED轨迹交叉引用,以确定母题命中的序列。即便如此,关于基序实例的定量信息,如亲和性或保守性,以及与共识基序的碱基分辨率的差异,并不是立即明显的。这使得解释变得缓慢且具有挑战性。当同时分析几个细胞状态和/或分子读数(如ATAC-seq和ChIP-seq)时,这个问题变得复杂,因为富集区域(峰)的坐标和活性转录因子基元的集合在细胞状态不同。 Surag Nair Arjun巴雷特 Anshul Kundaje 评论 10月14日
在临床基因组学研究结束时支持未确诊的参与者 许多大型研究计划已经累计招募了数千名患有一系列复杂医疗问题但没有明确遗传病因的患者。然而,目前尚不清楚研究人员、机构和资助者应该如何管理这些数据,以及在这些研究结束时与那些尚未确诊的参与者的关系。在这篇评论中,我们概述了目前临床基因组学研究中与研究后义务相关的文献,并讨论了当前指南在未诊断参与者研究中的应用。 梅根·c·哈雷 尤安·a·阿什利 霍莉·k·塔博尔 评论 2022年7月28日
孟德尔,记忆和意义 在本期的自然遗传学在美国,我们庆祝200年前出生的格雷戈尔·孟德尔所留下的遗产。我们也注意到,今年是中国启动30周年自然遗传学.这两个里程碑的交汇有助于我们回顾遗传学领域的发展,也有助于我们展望未来,看看我们将走向何方。 编辑 2022年7月11日