进化

在这里,使用枸橼酸杆菌属rodentium以小鼠定植为模型，作者描述了病原体剂量对小鼠肠道中引发感染的细菌数量的影响，为量化消除病原体以保护免受感染的宿主瓶颈提供了框架。

基因组的重排对局部适应和物种形成很重要，但通常很难可靠地识别。在这里，作者展示了重新排列的基础上的大染色体区域，分开不同的迁徙柳莺。

直到今天，通过CRISPR/Cas9技术来操纵阿米巴巨型病毒(gv)的遗传工具一直缺乏。在这里，Bisio等人应用化脓链球菌Cas9和pU6驱动的引导rna来研究潘多拉病毒的复制，这是一种在细胞核中的GV复制。利用这一工具，他们为病毒巨人症的阶梯式进化和遗传扩张提供了证据。

在这项工作中，作者研究了结构-序列依赖性。在三个常见折叠之间的界面上设计和表征蛋白质的能力表明，折叠切换是蛋白质折叠语言的内在特征，在蛋白质结构和功能的进化中可能很重要。

二萜类生物合成基因簇(BGC)已在Lamiaceae(薄荷)家族的一些物种中被发现，但其起源和进化尚不清楚。在这里，作者报告了家族中三个物种的基因组组装，并揭示了BGC的动态进化轨迹。

监狱机构所扮演的角色结核分枝杆菌传播仍不清楚。作者进行了一项前瞻性基因组监测研究，以评估巴拉圭监狱和周边社区的传播动态。

生物性别影响着动物生理的各个方面。使用模型秀丽隐杆线虫，作者表明，代谢组具有高度的性别特异性，包括大量尚未识别的代谢物，这些代谢物可能控制发育和寿命。

了解杂草的起源和适应性对杂草的管理具有重要意义。在这里，通过基因组组装，群体基因组学和QTL定位，作者建立了Cardamine occulta作为研究杂草野蛮性的模型方法而且CRY2作为建立短生命周期的遗传驱动因素。

适应性景观在很大程度上决定了进化的动态，但尚不清楚它们如何在生态多样化上发生变化。通过对一个新生细菌群落的全基因组敲除文库进行工程设计，Ascensao等人展示了生态模式和上位模式是如何结合起来形成适应性景观的。

毒液是一种复杂的性状，其潜在的毒素表达动态尚未得到解决。在这里，作者比较了不同海葵物种的表达，揭示了不同种群中显性毒素二倍体拷贝数的变化，从而产生不同的单倍型。

鸟类长途迁徙的基因决定因素在很大程度上是未知的。Sokolovskis等追踪了来自瑞典迁徙分水岭的杂交柳莺的基因分型，发现秋季迁徙方向与两个通过上位相互作用的大效应位点的显性遗传模式一致。

最近发现的HAPSTR1蛋白控制着细胞的应激恢复能力。在这里，作者发现了一个哺乳动物的HAPSTR1旁系，称为HAPSTR2，它通过逆转录转位形成，并作用于增强和缓冲细胞应激信号。

马达加斯加是一个受到威胁的生物多样性热点地区。在这里，使用一个新组装的数据集和岛屿生物地理模型，作者估计了自人类殖民以来，马达加斯加哺乳动物已经丢失了数百万年的进化史，并且在未来可能会进一步丢失。

在这里，作者报告了一名免疫受损的非霍奇金淋巴瘤患者的SARS-CoV-2宿主内进化加速，其COVID-19已存活318天，并表明病毒基因组的变化导致了T细胞免疫反应的逃逸。

嗜极红藻在温泉中繁盛了10亿多年。在这里，作者分析了三种红藻物种的染色体水平组装，发现水平基因转移、亚端粒基因复制、基因丢失或基因家族大小的减少支持了关键的嗜极适应。

细菌和它们的病毒在自然界中共存并共同进化，但在实验室中保持它们在一起是具有挑战性的。在这里，一个空间结构的环境允许长时间的共同进化，细菌和噬菌体多样化成多种生态型，揭示了影响噬菌体-细菌相互作用的基因机制。

具有新靶点的重组酶的设计通常通过定向分子进化的周期来实现。在这里，作者报告了重组酶生成器，RecGen，一种用于生成设计器重组酶的算法;他们进行了实验验证，表明这可以预测重组酶序列。

抗生素和抗癌治疗受到突变介导的治疗耐药性的挑战，尽管许多突变是不适应的。在这里，作者介绍了一个系统，该系统显示了如何通过获得多个突变来增加高密度微生物种群中耐药突变世系长期持久性的概率。

通过对大量Ribo-seq数据集的分析和基因组比对，发现了新的非aug蛋白质形态。出乎意料的是，用Ribo-seq鉴定的非aug蛋白质形态的数量大大超过了那些具有强系统发育支持的蛋白质形态。

鸟类脚趾垫和足鳞的形状可以用来推断它们的行为。在这里，作者研究了来自鸟类及其近亲的脚趾垫和鳞片的化石证据，以及爪子和骨头，说明了早期兽脚亚目飞行者的不同生活方式和生态角色。

花朵以视觉和嗅觉展示吸引传粉者而闻名。在这里，作者表明，在夜间沙漠授粉系统中，传粉者的花的选择也受到花的湿度的调节。

旨在改善医疗保健的研究主要集中在雄性动物和细胞上。在这里，作者使用来自国际小鼠表型联盟的数据表明，体重并不能解释雄性和雌性小鼠之间的所有表型差异，支持更多以女性为中心的研究。

海马可能需要适应以避免雄性对同种异体胚胎的免疫排斥。作者表明，单代入tlx1在海马中与脾脏损失相关，并且在整个进化支中，雄性怀孕程度与免疫基因库复杂性呈负相关。

与微生物和哺乳动物不同，植物中的湿地动力学尚不清楚。本文以GOLDEN2-LIKE (GLK)转录因子为例，通过种间转化实验发现，大多数GLK结合位点是种特异性的，结合分化是由顺式变异引起的。

在没有完全地理隔离的情况下出现生殖隔离时，就会发生跨物种形成。在这里，作者结合基因组和系统地理学分析来说明一个归因于气候变化、范围扩大和交配系统转移的跨物种形成案例。

二叠纪-三叠纪期间的三次灭绝事件对陆生无脊椎动物的影响尚不清楚。在这里，作者发现关键的非生物和生物因素，包括花组合的变化，与昆虫多样性的变化相关。

外部生态相互作用和内在生物参数影响着动物的进化路径和多样性。在这里，作者使用反刍动物的内耳形态来研究3300万年的多样性模式，发现了依赖演化支的气候和古地理趋势。

在寒武纪辐射期间，氧作用以一系列短脉冲的方式发生。在这里，作者通过检查古孢子海绵，量化了与这些氧脉冲相关的珊瑚礁大小、栖息地范围和元群落生态复杂性的周期性变化。

在这里，作者展示了两块保存完好的北美晚侏罗世蜥蜴头骨化石。这些化石被放置在泛scinccoidea分支的底部，表明鳞状动物具有广泛的地理分布和保存特征，显示了鳞状动物解剖学的复杂早期进化史。

核糖体RNA基因在真核生物基因组中丰富，并编码核糖体的普遍和基本RNA成分。本研究揭示了单一物种内基因的高度序列多样性，并讨论了选择在核糖体RNA进化中的贡献。

劳动分工，即一个群体的成员专门从事不同的任务，是许多社会有机体的核心特征。利用一个理论模型，作者证明了劳动分工可以在一群完全相同的个体中自发地出现。

社会性在节肢动物中反复进化。Tong等人比较了22种具有一定社会复杂性的蜘蛛物种的基因组和8种独立的社会性起源，并确定了与蜘蛛社会性进化相关的特定基因变化。

在这里，作者比较了旧石器时代狩猎采集者与新石器时代和铜器时代生活在意大利同一地区的农民的76个牙石口腔微生物群。将这些数据与考古数据和饮食信息相结合，他们发现了逐渐过渡到农业的证据。

在本文中，作者证明了致病菌铜绿假单胞菌在ICU患者的肠道和肺部之间迁移，并且在这些器官中发生了对抗生素治疗的不同进化反应。

浮游有孔虫是了解古气候和浮游生物进化的关键，但它们的起源尚不清楚。在这里，作者使用分子钟表明，白垩纪古近纪大灭绝后，底栖有孔虫分散在浮游生物中，并恢复了浮游有孔虫的多样性。

选择下的免疫基因可以揭示有助于生存和现代炎症条件的表型。在这里，作者对21种炎症疾病的535个风险位点中的适应性疾病变异进行了优先级排序，并报告了有希望的snp，用于预测细胞环境和功能的功能研究。

高度近交的群体如何产生新的遗传变异，使自然选择能够发挥作用，目前尚不清楚。在这里，作者揭示了转座因子在自然近交梯度上的全基因组杂合度景观的影响拟南芥lyrata并降低了近交萧条的概率。

在这里，作者发现肝脏特异性糖原合成酶GYS2的mRNA是METTL3和IGF2BP2的底物，m6a介导的GYS2 mRNA的调节对于哺乳动物(如小鼠和大鼠)生长期间肝糖原的维持至关重要。

在这里，作者利用繁殖模式数据与系统发育数据相匹配，探讨了两栖动物繁殖模式的进化、繁殖模式之间的转换和多样化率。

在这项研究中，对来自南加州101种海洋鱼类的多个身体部位的微生物群进行了采样和分析。作者比较了多样性测量，同时也建立了一种估计微生物生物量的方法。身体部位被证明是微生物多样性的最强驱动因素，在鳃、皮肤和后肠中观察到系统共生模式。

在这里，作者描述了来自英国威尔士中奥陶世城堡岸生物群的两种具有前长鼻的类opabiniid真节肢动物。系统发育分析表明，这些标本可能是放射类和后足类的姐妹。

虽然人们普遍认为达尔文对女性的描述带有性别偏见，但现代性选择研究中的性别偏见却很少被承认。这一观点强调了性选择理论和研究仍然以男性为中心，并提出了减轻这一领域和其他领域偏见的策略。

蛋白酶体是重要的真核复合体，可以回收不需要的蛋白质。在这里，作者提出了一个来自寄生微孢子虫休眠期的压缩蛋白酶体的结构，并与内源性抑制蛋白结合。

多序列比对被广泛应用于预测蛋白质的结构、功能和系统发育，但如果序列差异较大，则不确定。Muscle5生成可选的高精度对齐的集合，从而在对齐、树和其他推断中实现新的置信度估计。

幽门螺杆菌是一种主要的人类病原体，其种群结构与其宿主相似。在这里，作者证明了这一点幽门螺旋杆菌最近已经多次传播出非洲，取代了5万多年前最初走出非洲时积累的有害变种。

受精发生的位置在不同物种之间变化很大，特别是内部和外部肥料之间。Kahrl等人发现受精环境在脊椎动物精子形态的进化和多样化中起着重要作用。

基因组进化葱属植物辛辣风味形成的属和基因组基础仍然知之甚少。在这里，作者组装了束洋葱的基因组，并进行群体遗传学分析来揭示葱属植物基因组进化，风味形成和驯化历史。

评估人口在气候变化下的脆弱性和适应能力对于为保护战略提供信息至关重要。Sang等人组装了一个参考基因组杨树koreana并结合种群基因组学和建模来预测气候变化的时空响应。

通过核糖体分析在果蝇胚胎中检测到lncRNA中来自小orf的100到300个微肽的翻译。这些翻译的小ORFs具有自然选择保存微肽序列和功能。