高通量筛选文章内自然通讯

双药效团dna编码文库(DELs)可以生成大型文库，但连接子优化是一个挑战。在这里，作者报告了一种三药效团DEL (T-DEL)，用于从头片段识别和已知片段对的连接子优化。

细胞超氧化物的特异性检测具有挑战性。在这里，作者设计了1,2,4,5-四氮基荧光探针，用于超氧化物的特异性和敏感性成像，并将其应用于氧化应激调节剂的高通量筛选。

尼日利亚的疟疾负担很重，主要是由恶性疟原虫感染引起的，但其他物种也很流行。在这里，作者估计了2018年尼日利亚儿童活动性感染的患病率和之前接触过疟疾P、卵形P和间日P的情况，并确定了风险因素。

到目前为止，很少有非编码区域的癌症驱动因素被确定。在这里，作者开发了一种转录因子感知负担测试，以预测非编码变异，并分析对转录因子结合的影响，尤其是ETS因子，以及它们对转录活性的影响。

定制蛋白酶在治疗、研究和生物技术应用中得到应用。在这里，作者建立了一个基于细菌α -2-巨球蛋白蛋白酶抑制剂的蛋白酶选择系统，并进化葡萄球菌蛋白酶以增加活性和改变特异性。

CRISPR-Cas13d的应用由于无法预测目标的开启和脱靶而受到限制。在这里，作者进行了CRISPR-Cas13d增殖筛选，然后对Cas13d靶上和靶外建模;他们设计了一个深度学习模型DeepCas13来预测gRNA的靶上活动。

在这里，作者表明RbFox的RRM通过使用功能和结构上不同的结合模式实现了非凡的序列特异性——一种用于其同源RNA，一种用于所有非同源RNA。

通过基因畸变和基因沉默使两个基因同时失活，合成致死性可用于识别癌症中的潜在药物靶点。在这里，作者开发了一个统计框架，从多种癌症类型的大规模扰动筛选中识别合成致命对。

在这里，结合诊断成像方法和体内实验，Windfelder和他的同事建立了烟草角虫幼虫Manduca sexta作为研究肠道先天免疫和宿主-病原体相互作用的替代高通量平台。利用该平台，作者识别了肠道炎症的介质，将病原体与肠道互惠细菌区分开来，并演示了药理学干预。

目前很难在384孔板中进行精确的单细胞分析。在这里，作者报告了Dye Drop，它使用顺序密度位移和显微镜对细胞进行多步分析，并使用它来收集乳腺癌细胞中小分子的单细胞剂量反应数据。

内质网应激与各种神经退行性疾病有关。本研究发现，FDA批准的药物马普替林可抑制组胺受体h1介导的内质网应激，对小鼠青光眼模型具有显著的神经保护作用。

I型糖尿病的特点是针对蛋白质或非蛋白质自身抗原的自身抗体。在这里，作者分析了纵向和横断面儿童糖尿病队列中的糖反应性抗碳水化合物抗体(ACA)，并将ACA与疾病进展联系起来。

微孢子虫是一种与真菌相关的细胞内寄生虫，可感染动物和人类。在这里，Murareanu等人开发了一种利用线虫的高通量筛选方法秀丽隐杆线虫作为宿主，并确定几种化合物通过不同的机制抑制微孢子虫感染。

多个可选的拼接事件CD19在B细胞恶性肿瘤患者中，mRNA与CD19 CAR-T治疗的耐药/复发有关。在这里，通过结合患者数据和高通量诱变筛查，作者确定了可以控制的单点突变和rna结合蛋白CD19并与CD19 CAR-T治疗耐药性相关。

目前缺乏检测3D文化异质性的工具。在这里，作者报告了trajectory t3d作为一个框架，以识别3D培养中的异质状态，并了解这些状态如何使用无标签的多日延时成像产生不同的表型。

腺瘤性大肠息肉病(APC) -Asef蛋白相互作用对结直肠癌转移至关重要。在这里，作者提出了一种用于荧光偏振分析的灵敏度增强示踪剂的合理设计，使他们能够发现更有效的APC-Asef相互作用抑制剂。

CRISPR/Cas9诱导的DNA断裂的毒性取决于它们的修复机制，以及切割部位的染色质环境。在这里，作者表明编辑活性基因或调控元件可以通过a引起更高的毒性TP53端依赖机制。

目前用于评估肿瘤耐药性的筛选需要大量的材料，而这些材料通常无法从患者那里获得。在这里，作者报告了CombiSeq，一种可伸缩的微流控工作流，使用转录组变化作为读数，在皮升大小的液滴中筛选数百种药物组合。

全细胞筛查结核分枝杆菌抑制剂由于病原体生长缓慢和生物控制要求而变得复杂。在这里，作者开发了工程大肠杆菌作为表达和筛选代谢靶点的合成生物学工具结核分枝杆菌．

宏循环具有治疗潜力，但目前它们的文库还不够大，无法进行高通量筛查。在这里，作者展示了一种组合方法，通过将羧酸片段偶联到大环支架上，识别出抗凝血酶的纳米摩尔抑制剂和MDM2的粘合剂，生成了近20000个大环的文库。

RNA微阵列有许多潜在的应用，但很难生产。在这里，AUs提出了一种将商业的、可定制的DNA微阵列转换为RNA微阵列的方法，该方法使用一个涉及引物光交联、扩展和模板降解的三步过程。

随机序列的无偏筛选识别出许多驱动环状RNA转译和数百个滚动圈转译事件的短ires样元件，这表明在人类转录组中普遍存在帽无关转译。

迫切需要新的策略来对抗危及生命的真菌感染。在这里，Revie等人鉴定了一种化合物，可诱导真菌膜的改变，与唑类抗真菌药协同对抗病原体白色念珠菌，并在感染动物模型中抑制毒力性状和生物膜的形成。

荧光生物传感器是研究细胞代谢的重要工具，但开发和优化具有挑战性。Koveal等人提出了一种用于传感器性能的高通量多参数屏幕，并将其用于生成高性能定量乳酸盐传感器LiLac。

单靠湿式实验室实验筛选组合突变体的工作量太大。在这里，作者提出了一种机器学习耦合的组合诱变方法，极大地减轻了工程Cas9基因组编辑酶的实验负担。

胰腺癌的染色质可及性格局和基因调控网络尚未完全确定。在这里，作者对84种胰腺癌类器官系进行了多组学分析，揭示了基因调控网络和不同的分子亚型。

靶向整合素介导的恶性B细胞保留在其保护性微环境是一种有效的治疗淋巴瘤和白血病。在这里，作者提出了一种无偏倚的粘附丧失CRISPR筛选方法，确定了这些b细胞恶性肿瘤的治疗靶点。

儿童急性淋巴细胞白血病的特点是一系列的遗传畸变。在这里，作者使用所有细胞系的多组学分析来连接分子表型和药物反应，以提供药物敏感性的交互资源。

通过将机器人细胞培养系统与人工智能驱动的图像分析相结合，Schiff等人在患者皮肤细胞中识别出帕金森病之前未见的特征，将其与健康对照区分开。

据报道，Hippo信号通路是ESR1正确表达所必需的。在这里，作者揭示了ESR1的转录抑制是通过LATS-YAP-TEAD-VGLL3轴和ESR1超级增强子在ER +乳腺癌中的表观遗传调控。

在这里，作者表明，Koolen-de Vries综合征相关基因KANSL1通过自噬体基因Syntaxin17的转录调节调节自噬体-溶酶体融合，13-顺式维甲酸可以逆转缺乏KANSL1的小鼠的有丝分裂缺陷和神经行为异常。

在脂类中，神经酰胺与心脏代谢健康受损有关。在这里，作者报告了特定神经酰胺和二氢神经酰胺与前瞻性人群队列中发生2型糖尿病和或心血管疾病风险的关系。

在这里，作者使用基于液滴的筛选进行磷酸盐转移催化，测试人类蛋白激酶MKK1的变体，以激活其下游靶点ERK2的能力。数据揭示了MKK1对接域中一个灵活的基序，促进了ERK2的有效激活，并提示了该序列中残基之间的互上位性。

现有的微生物组差异丰度方法很多，但缺乏系统的比较。在这里，作者比较了14种差异丰度测试方法对38个16S rRNA基因数据集与两个样本组的性能，并显示ALDEx2和ANCOM-II产生了最一致的结果。

为下游研究优先考虑药物再利用候选仍然具有挑战性。在这里，作者提出了一种高通量方法来识别和验证药物再利用的候选药物，整合人类基因表达、药物扰动和来自公开资源的临床数据。

蛋白质的液-液相分离(LLPS)缺乏定量研究方法。在这里，作者报告毛细管流动实验(Capflex)的关键LLPS参数的量化;他们研究了Ddx4、RP3肽和α-突触核蛋白的异常液固相变。

糖基化是翻译后修饰的一种丰富形式。在这里，作者提出了一个可推广的工作流程，选择吲哚修饰的适配体，可以识别蛋白糖型与高特异性。

CRISPR筛选等正向遗传方法是识别基本基因和影响宿主-病原体相互作用的基因的强大方法。在这里，作者设计了用于sgRNA设计的生物信息学门户，以及用于交付到蚊子细胞系的重组介导盒式系统。

工程酶的测试是一个瓶颈。在这里，作者报告了一种结合微流体和质谱的筛选方法，以绘制突变酶的催化图谱，表征产生的产物范围，并恢复具有所需活性的变体序列。

在癌细胞中基于crispr的敲除筛选表明存在增殖抑制基因(PSG)。在这里，作者开发了一种系统识别它们的方法，并揭示了在急性髓系白血病细胞系中参与脂肪酸合成和肿瘤抑制的PSG模块。

深度学习(DL)可以用于从动态系统中自动提取复杂特征。在这里，作者结合高含量成像，DL和机制模型来提取和解释导致亚洲大豆锈病的真菌生长的药物诱导的形态变化。

控制真核生物分泌系统通路的确切蛋白质特征在很大程度上仍然未知。在这里，作者报告了他们用来评估酵母中蛋白质组范围内多肽的分泌潜力的cryptify，揭示了灵活性和内在紊乱的作用。

Normalisr去除单细胞RNA-seq中的技术偏差，准确有效地检测基因差异和共表达。它还从传统和CRISPR筛选单细胞RNA-seq数据集推断基因调控和共表达网络。

PKU患者苯丙氨酸水平升高，可导致神经功能损害。在这里，作者利用基于生物传感器的超高通量筛选来优化合成生物平台中的PAL活性，以提高体内性能。

基于细胞的转录报告器是高通量筛查的宝贵组成部分，但许多这样的报告器反应较弱或短暂。在这里，作者描述了一种用于放大报告器活性，增加灵敏度和保留通路激活记忆的数字化电路。

线粒体自噬的程序性或损伤性去除机制仍然是难以捉摸的。在这里，作者使用siRNA文库筛选脂质结合蛋白，并确定激酶GAK和PRKCD作为prkn不依赖的有丝分裂的阳性调节因子。

目前，对携带危险病原体的蚊子进行高通量分子监测具有挑战性。在这里，作者介绍了Vectorchip，一种低成本的微流控平台，可以在单次叮咬分辨率下对蚊子DNA、病毒RNA和传染性病毒颗粒进行多路检测。

目前鉴定DNA中g -四重结构的方法需要专门的方案和多轮测序。在这里，作者开发了一种基于标准测序实验中测序质量波动的检测DNA中g -四重结构的方法。

相变曲线(ptc)描述了由于刺激引起的昼夜节律振荡的相位变化，对于研究昼夜节律时钟重置具有重要意义。在这里，作者提出了一种利用荧光活体成像和单细胞分析进行ptc高通量重建的方法。