结构确定条目自然通讯

x射线衍射图像包含的信号是蛋白质动力学信息的未开发来源。在这里，作者提出了解释这种扩散散射信号和扩展蛋白质晶体学能力的一般工作流程。

随着冷冻电镜在药物发现中变得普遍，需要自动化小分子结构测定的工具。在这里，作者展示了一种地图引导的配体建模方法，以在低温em中常见的分辨率构建配体结构。

在这里，作者展示了一种磨碎玻璃化生物材料的方法。使用相关荧光和电子显微镜图像，收集了腺苷受体的MicroED数据。

雌蚊在吸血时将唾液注入脊椎动物宿主体内，传播蚊媒病原体。在这里，蚊子唾液腺提取物的冷冻电镜揭示了原生SGS1结构和与病原体传播相关的结构域。

作者利用等离子聚焦离子束进行伪原子结构测定，报告了原位结构生物学中提高的通量和自动化，以阐明细胞和组织内部的结构-功能关系。

细胞因子受体的激活方式多种多样。在这里，作者发现海洋海绵衍生的凝集素ThC，一种二价糖结合蛋白，激活人类细胞因子受体MPL。这种作用模式类似于恶性血液病中突变分子伴侣钙网蛋白对MPL的致病激活。

以前，GPCRs的VPAC受体家族中的肽选择性知之甚少。在这里，作者结合冷冻电镜和MD数据来了解VPAC1R和PAC1R肽激动剂的结合和选择性，这可以指导未来的药物开发。

在这里，作者发现BTB结构域的配位性与μs-ms时间尺度动力学的存在相关。这一发现表明，蛋白质动力学可能是一种广泛适用于药物发现的工具，以评估新的和具有挑战性的目标的配体性。

在早期药物开发中，利用新型支架提取新的起始活性化合物是一项重要但具有挑战性的任务。在这里，作者提出了一个生成式深度学习模型，通过应用这个模型，他们发现了一种有效的、高选择性的RIPK1抑制剂，其中含有一种以前未报道过的支架。

气水界面和择优取向问题是低温电镜样品制备的关键问题。在这里，作者利用石墨烯涂层的EM网格，由具有各种静电性能的盐功能化，成功地克服了偏好取向。

有证据表明，tau蛋白的纤维聚集体可能是阿尔茨海默病的近端原因。在这里，使用来自阿尔茨海默病患者大脑的tau原纤维的原子结构，作者发现了小分子药物先导物，可以在体外分解tau原纤维。

哺乳动物朊病毒的高分辨率结构仍然难以捉摸。在这里，Manka等人报道了小鼠传染性RML朊病毒原纤维的冷冻电镜结构。与最近报道的来自仓鼠的传染性263K朊病毒原纤维的结构相似性现在表明了一个共同的朊病毒结构。

低温电子显微镜的一个挑战是将原子模型构建成中等分辨率的地图。在这里，作者通过集成AlphaFold、基于fft的拟合和基于域的细化，提出了一种深度学习引导的迭代装配方法。

乙酰羟基酸合成酶(AHAS)是50多种商业除草剂的靶点，在杂草中发现了许多作用位点抗性菌株。在这里，作者报道了AHAS突变对除草剂效价的影响的结构和动力学特征。

在这里，作者描述了华夫方法，旨在提高用于低温et分析的低温fib /SEM样品制备的吞吐量和解决几个挑战，这是原位获得原生生物标本3D视图的最高分辨率方法。

非阿片类sigma-1受体(σ1R)定位于内质网(ER)，与多种效应蛋白和各种合成配体相互作用，与许多疾病有关。在这里，作者提供了结构和功能证据，揭示了σ1R可能的配体进入途径。

两亲性低分子量蛋白疏水蛋白(HFBI)可自组装成结晶单层膜。在这里，作者提出了一种使用这种疏水性HFBI的2D晶体的冷冻- em支持膜，并表明它可以保护样品免受空气-水界面的影响，并有助于克服低温- em中颗粒的偏好取向问题。

加工体是富含翻译抑制mrna的相分离区室。在这里，Smith等人表明，在感觉神经元中，真核延伸因子2激酶(eEF2K)在处理体丰度的调节和翻译非活性核糖体的形成中起着关键作用。

在这里，作者提出了一个分层无序模型，用于分析晶体和低温em结构中的无序。他们将他们的方法应用于三种蛋白质的几种结构，包括SARS-CoV-2蛋白，并讨论了机制和动力学意义。

微晶体电子衍射(MicroED)已经显示出巨大的潜力，以确定结构的晶体太小，x射线衍射，但MicroED样品制备仍然具有挑战性。在这里，作者介绍了Preassis，一种用于制备MicroED样品的压力辅助方法，并证明Preassis可以应用于低粘度和高粘度的蛋白质晶体悬浮液以及低晶体浓度的蛋白质晶体悬浮液。

作者表明，考虑到整体骨干应变，可以成功地从头设计更大的αβ-蛋白，其中5股和6股β-薄片两侧有α-螺旋。

开发了icSHAPE等测序方法来探测细胞转录组范围内的RNA结构。为了探测完整的RNA结构，作者开发了icSHAPE-MaP并应用于Dicer结合底物，这表明距离测量对pre-miRNAs的Dicer切割很重要。

当前的算法适应三维SMLM数据是目前的问题。在这里，作者报告了一种方法，提高了三维单粒子分析的信噪比和分辨率，并能够确定大分子复合物的对称群。

低温保存标本的层析重建使原位结构研究成为可能。在这里，作者提出了光束图像移位电子冷冻断层扫描(BISECT)方法，与早期方法相比，该方法加快了数据收集速度，提高了地图分辨率，并提出了300 kDa蛋白质复合物的体外结构，以3.6 Å分辨率作为测试用例。

时间分辨晶体学(TRX)仅用于监测同一晶格内生物大分子的微小构象变化。在这里，作者报道了RNA晶体中同步分子重排和晶格相变之间的相互作用，为使用TRX研究大构象变化提供了基础。

病毒蛋白激酶-1 (PK-1)磷酸化调节蛋白p6.9，促进杆状病毒基因组释放。在这里，作者结合x射线晶体学与生物物理和生化分析以及分子动力学模拟来表征Cydia pomenella颗粒病毒PK-1，形成了一个激酶结构域平行排列的二聚体，此外，他们提供了对其催化机制和与其他激酶的进化关系的见解。

准确预测非编码rna的二级结构有助于揭示它们的功能。在这里，作者提出了一种集成热力学信息和深度学习的方法来提高RNA二级结构预测的鲁棒性，与现有的几种算法相比。

Spy是一种不依赖于ATP的伴侣蛋白，它既可以作为保持酶，也可以作为折叠酶，作用于拓扑简单的底物。评估Spy和反黄烷还蛋白的相互作用，一个复杂的客户端，作者表明Spy的活性是底物特异性的。Spy紧密地结合了部分展开的apoflavavodoxin状态，这限制了折叠的可能性，并将Spy转化为纯holdase。

具有高时空分辨率的电子探测器的使用受到产生的大量数据的限制。在这里，作者描述了一种数据缩减和压缩方案ReCoDe，它可以保存单个电子事件，并能够实时减少和压缩原始数据。

合成的调节RNA结构和功能的小分子具有治疗RNA疾病的潜力。在这里，作者展示了小分子靶向致病r(UGGAA)的机制。_n脊髓小脑性共济失调31型重复rna。

高粱是生产可再生燃料的木质纤维素生物质的来源。在这里，作者用多维魔角旋转固体核磁共振表征了高粱次级细胞壁，并提出了一个由三倍螺旋木聚糖和非晶纤维素相互作用主导的模型。

大型蛋白质和配合物的结构和动力学可以通过甲基核磁共振来研究，但共振分配仍然具有挑战性。在这里，作者提出了一种核磁共振方法，利用最优控制脉冲设计，使用简单的2D HMQC实验明确区分Leu和Val，并将其应用于包括Cas9、白细胞介素和人类翻译起始因子eIF4a在内的几种蛋白质。

由于x射线自由电子激光(XFEL)仪器的脉冲特性，使用连续喷射注射技术注射的大多数蛋白质晶体被浪费了。在这里，作者提出了一个微流控装置，以交付水蛋白晶体负载液滴分段与不混溶的油，并证明了与此装置的近似。在EuXFEL中收集3-脱氧-d -甘露聚糖- 8-磷酸合酶晶体的数据时，样品浪费减少了60%。

真核生物核糖体的生物发生是一个复杂的过程，涉及200多种蛋白质因子。在这里，作者提出了一个通过核输出适配器NMD3采样的人类pre-60S结构的集合的结构分析，表示pre-60S颗粒在通过核孔复合体之前和之后的结构快照。

冷冻电子显微镜广泛应用于结构生物学和相衬成像。在这里，作者使用了一种定量相位检索方法，用于低温轮状病毒和未成熟HIV-1病毒样颗粒的高对比度、低剂量相位成像，并表明电子相位成像比传统的相位对比成像更有效。

全细胞催化羟酪醇产量低。在此，作者提高了其生产效率大肠杆菌通过利用基于结构的酶重新设计或借助新开发的生物传感器进行体内定向进化，消除由单加氧酶和酪胺氧化酶催化的两个酶步骤的瓶颈。

含有CAMSAP/Patronins的CKK结构域识别和调节微管(MT)负端动态。在这里，作者比较了mt结合的人CKK和Naegleria gruberi缺乏负端结合偏好的CKK，发现NgCKK与其MT结合位点有不同的相互作用，且无法重塑，揭示了CAMSAP/Patronin末端结合机制。

气溶素孔有可能提高DNA测序和单分子蛋白质组学的准确性。在这里，作者合理地设计了一组突变孔，以实现更准确的肽和核酸检测。

瞬时受体电位通道成员2 (TRPM2)离子通道在氧化还原依赖信号传导中起作用。在这里，作者展示了斑马鱼TRPM2的无配体形式的冷冻em结构^{2 +}和adp -核糖/Ca^{2 +}在配体结合结构中观察到可能代表中间门控态的双对称四元结构重排。

目前缺乏最佳实践指南限制了代谢组学在调控科学中的应用。在这里，毒理学代谢组学标准倡议(MERIT)提出了代谢组学在监管毒理学中的几个重要应用的方法和报告标准。

使用单粒子冷冻电镜获得小于200 kDa的分子的高分辨率结构仍然是一个挑战。在这里，作者应用cs -校正器- vpp耦合冷冻电镜，以近原子分辨率求解52 kDa链霉亲和素(SA)蛋白的结构。

人体抗体对几种病毒有交叉反应Ebolavirus属已被鉴定。在这里，作者介绍了这种针对本迪布乔病毒糖蛋白柄的中和性单克隆抗体(mAb)的晶体结构，并表明mAb的结合可能干扰三聚体束组装和/或病毒膜。

腺病毒(AdV)载体是一种很有前途的治疗和疫苗平台，但血清型受体在临床开发中的用途尚不清楚。在这里，基于晶体结构和建模，Baker等人表明HAdV-D26/48纤维旋钮蛋白与CAR相互作用弱，但与CD46或DSG2不相互作用。

由延长的重链框架区域3 (FR3)介导的第四次接触已被证明可以改善与HIV包膜的结合和少数抗体的病毒中和。在这里，Liu等人将这样的FR3环移植到几种有效的广泛中和抗体上，从而提高了中和活性和药代动力学。

木质素与植物次生细胞壁多糖的相互作用还不清楚。在这里，作者使用固态核磁共振测量来分析完整的玉米茎，拟南芥观察到木质素自聚集并形成高度疏水的微域，这些微域与木聚糖有广泛的表面接触。

真核生物转录需要RNA聚合酶II (Pol II)通过染色质，染色质被核小体破坏。在这里，作者报告了转录Pol II与下游核小体核心粒子的冷冻电镜结构，总体分辨率为4.4 Å，为染色质转录机制提供了见解。

含有甲型流感病毒的免疫表位区域的突变可损害流感毒株之间已建立的免疫反应，并可能影响合理的疫苗设计。Grant等人研究了两种人类免疫显性流感表位变异的存在、结构影响和交叉反应性。

甲病毒是包膜RNA病毒，包含几种人类病原体。在这里，作者使用基于块的重建方法，并提供了sindbis病毒的3.5 Å cryo-EM结构，该结构确定了病毒膜附近的保守疏水口袋，该口袋由未知口袋因子稳定。

TssA是细菌VI型分泌系统(T6SS)的重要组成部分。在这里，Dix等人整合了TssA亚基的结构、系统发育和功能分析，为其在T6SS组装和功能中的作用提供了新的见解。